刑部、大禮寺、都察院的共同審理案件叫做三司會審，民間又稱為三堂會審，一般用來審理重大、疑難案件，這次審問的是因私刻、改編《邸報》而落馬的眾多高官。
這次事件涉及官員之多，影響之大，都快趕上明世宗時期的大禮議事件了。拿下的從五品的官員有兩個，一個是大理寺少卿左光斗，另一個是禮部員外郎顧大章；正七品官員五個，分別是兵科都給事中楊漣、戶科都給事中魏大中、吏科都給事中周朝瑞、兩個監察御史——袁化中和黃尊素。
不過，天啟皇帝的聰明之處在於他運用司法手段，利用三司會審來定案，讓文官沒有辦法信口雌黃；而明世宗嘉靖皇帝運用皇權，威壓百官，導致文官以受罰挨打為榮，據說有一位官員的夫人還很細心地把丈夫被打下來的肉收集起來，做成醃肉，逢年過節就拿出來顯擺。
《東林風聲》因為詰屈謷牙的文風，頗受某些道學先生的歡迎，現在成了燙手的山藥，大家紛紛把家裡收藏的《東林風聲》銷毀。那些曾經在《東林風聲》上發表過文章的官員更是惶惶不可終日，直到皇上為此案定調，「首惡必辦，協從不問」，大家這才放下心來。
左光斗、顧大章、楊漣、魏大中、周朝瑞、袁化中、黃尊素七人倒真是漢子，把罪名全部擔了下來，沒有牽扯別人。三堂會審的結果，七人罪名全部成立，左光斗、楊漣為首犯，秋後處決；顧大章、魏大中、周朝瑞、袁化中四人為從犯，罪減一等，流放三千里；黃尊素欺君謗上，流放三千里。
朱誠勸道：「皇上，這些東林黨人雖然觸犯國法，但畢竟為惡不重，不如減刑一等，以示皇上的慈悲與寬宏大量啊。」
經過幾天的冷靜，天啟皇帝的氣消了不少，於是法外開恩，左光斗、楊漣流放，顧大章、魏大中、周朝瑞、袁化中、黃尊素撤職，永不敘用，並削去功名，嚴禁從事文化、教育工作——也就是說，回到故鄉，他們也不能去東林黨講學和參加東林書院的大小活動。
東林黨見皇上仁慈，並沒有感激，反而起了生命不止、鬥爭不息的雄心壯志。
在送別左光斗的餞行宴上，左光斗道：「諸公，我離開京城後，皇上那邊就全賴諸位照顧了。」
葉向高哽咽著說道：「左公，你放心，我一定會讓皇上回心轉意，把你們重新請回朝廷。」
「回不回朝廷沒關係，但先要把皇上身邊的奸佞小人清除乾淨。」
「奸佞小人，你指的是朱誠嗎？」
「朱誠當然是奸佞小人，不過他跟在朱由檢的身邊，我們很難抓到他的把柄，而且他奸滑異常，如果彈劾不成，反而容易把自己賠進去。高攀龍先生不就是死劾朱誠，結果事敗身死嗎？唉，現在高先生的墳頭恐怕已經長滿青青的野草。現在，對我們威脅最大的是司禮監秉筆太監魏忠賢。」
「哦，為什麼？」
「魏忠賢是天啟皇帝的左膀右臂，有了魏忠賢，皇上就不需要我們東林黨人了。殺了魏忠賢就等於斬斷了的皇上的手臂，他會發現，離開東林黨，大明的朝廷運轉不靈，於是朝政又會重新回到我們手上。」
「魏忠賢好像沒犯什麼錯呀？」
「魏忠賢是閹人，閹人就是一大罪狀，俗話說得好，閹人無罪也該殺。再則，你們有沒有發現，魏忠賢的黑手已經伸到了朝堂上了。崔呈秀、李春燁、顧秉謙已經和他結成了死黨，他們就是閹黨。還有，魏忠賢非常聰明，每一招都打在我們的軟肋上，讓我們疲於應付。假以時日，魏忠賢執掌大權，我輩將死無葬身之地。」
葉向高恍然大悟，道：「難怪這些時日，我總覺得諸事不順，原來是魏忠賢在後面搗鬼呀。你放心，這件事交給我們，我們一定會把魏忠賢整倒批臭。」
「千萬別掉以輕心，重蹈謝遷的覆轍啊。」
當年明武宗正德皇帝在位時，劉健、李東陽、謝遷三人彈劾司禮監秉筆太監劉瑾，正德皇帝被逼無奈，想丟卒保帥，犧牲劉瑾。時間太晚，正德皇帝說明天再議此事，大臣們見勝券在握，便同意了。當天晚上，劉瑾痛哭流涕，正德皇帝心一軟，結果，彈劾無效，劉健、謝遷也因此致仕。
「你們放心，我們不見到魏忠賢的人頭絕不罷休。」
楊漣從懷裡掏出一張紙，道：「這是我在獄中寫成的彈劾魏閹二十四大罪狀的奏章，現在我被流放，這奏章不能署我的名字，你們誰有膽子接下來？」
文選司員外郎周順昌接過奏章，道：「我敢！」
周順昌拿起奏章就看，看著看著，他一捂鼻子，問道：「楊大人，這什麼味兒呀，臭死人了。」
楊漣有點尷尬地說道：「不好意思啊，我當時以為必死，怕奏章被人搜去，所以藏在靴底。我又是大臭腳，奏章難免沾到點腳臭味。唉，這又是閹黨造的孽啊。」
估計魏忠賢聽到了這話要悲憤地大喊，楊大臭腳，你的臭腳關我什麼事？
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左光斗離開京城的第二天，東林黨對魏忠賢展開了猛烈的攻擊。
朝會開始，群臣山呼萬歲之後，周順昌出班跪倒，鏗鏘有力地啟奏道：「臣周順昌彈劾魏忠賢二十四條大罪！」
天啟皇帝一陣錯愕，道：「你把奏章遞上來吧。」
魏忠賢走下玉階去接奏章，周順昌一把將魏忠賢推開，展開奏章大聲念了起來：「高皇帝定令，內官不許干預外事，只供掖廷灑掃，違者法無赦。聖明在御，乃有肆無忌憚，濁亂朝常，如東廠太監魏忠賢者。敢列其罪狀，為陛下言之……」
奏章很長，其中所列的二十四條大罪大致如下：侵奪內閣擬旨的大權。大罪一；剪除顧命大臣劉一燝、周嘉謨，大罪二；曲意維護李選侍，大罪三；不容朝廷時有正色之直臣，大罪四；把持內閣，大罪五；玩弄權術，大罪六；肆意刁難獲罪臣子，大罪七；殺趙選侍，大罪八；殺裕妃，大罪九；皇后流產，傳聞是魏忠賢與客氏的陰謀。大罪十；殺王安及其他內監，大罪十一；逾制僭越，修建祖墳，大罪十二；濫封親眷，大罪十三。誣陷國戚，動搖中宮，大罪十四；逼死開礦鄉紳，大罪十五；掠奪士紳田產，大罪十六；擅停大臣陞遷，大罪十七；罷免北鎮撫司劉僑，大罪十八；擅改旨意，朝令夕改，大罪十九；提督東廠，假公濟私，大罪二十；玩忽職守，致奸細入京，大罪二十一；在京西皇莊擅養私兵，大罪二十二；出行逾制，大罪二十三；陛下處罰魏忠賢時，他不認罪，反而頗有怨言，大罪二十四。
魏忠賢猝不及防，摔得好生厲害，半天爬不起來。李永貞慌忙跟下來，攙扶魏忠賢。
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