這次的選舉吏部尚書人選的內閣人選，結果其實早就內定完了，因為內閣之中大部分都是親東林的大臣，所以一定是東林人來繼任這個職位。
誰來繼任這個職位，東林內部也在協商，但皇帝的意思也是非常明確的，那就是內閣之中的成基命，作為閣員的成基命，並不是大臣會推上來的，而是皇上親自任命的，而成基命本人也算是親東林的大臣，所以東林在成基命的任命上也沒有怎麼責難他。
韓獷、劉鴻訓、孫承宗、等人對成基命的才華還是持肯定態度的，在這次的「大計」中，成基命也是做了不少的工作的。錢謙益也不反對成基命來出任吏部尚書，所以基本上成基命出任吏部尚書是已經定了的事情。
三天之後，朝會上，王永光正式的向皇上提出辭職的請求，而崇禎皇帝在做足了戲之後，「痛心」的接受了王永光的辭呈，並加封王永光為太子太保，賜銀，讓王永光榮歸故里。
在王永光辭職後，內閣大臣們建議由成基命接任吏部尚書一職，崇禎皇帝又問了問一些大臣的建議，這些個老油條在官場混了這麼久，早就看出來皇上已經和內閣商量好了，自己反對也沒有什麼用，乾脆做個順水人情得了。
於是成基命的任命在沒有什麼反對意見的情況下通過了，這預示著崇禎二年新一輪官員調整的開始。其實崇禎皇帝還想調整一下戶部的官職任命，在崇禎看來，曹於汴不是一個理財的好手，御史出身的他更適合主管督察院，而不是戶部。
現在崇禎考慮是不是應該重新任命一個戶部的主官，重新的梳理朝廷的財政狀況，畢竟現在朝廷財政吃緊啊。那些的改革措施非三五年才能見效，如何度過這三五年？一個好的戶部尚書至少能讓人少操些心。
按照大明皇朝的慣例，朝廷的一些重要決定並不是都在朝會上決定的，反而大部分都是皇帝在平台召見群臣而決定的，因為明朝天子同朝臣的會見分禮儀形式的和辦公形式的兩種，前一種就是所謂的朝會，特別是在元旦、冬至、萬壽節（皇帝的生日）等重大節日的朝會。t
平常舉行的例行朝會則是半禮儀性質的，有時也能討論一些重大的問題。真正的辦公會議一般不會在正殿舉行，因為那種森嚴、繁雜的禮儀制度顯然是不利於討論和解決問題的，所以大明皇朝的皇帝們如果想主持例行的辦公會議，就會在平台召見內閣和各部大臣，共同商討問題。
朝臣們在這一年多的時間裡，早就覺皇帝對戶部不太滿意，其實準確的來說是對戶部尚書曹於汴的不滿，因為無論皇帝是想整頓京營、修築薊鎮防線還是想為遼東練兵、築城，戶部尚書曹於汴都以朝廷緊張為由，反對皇帝的的舉措，把崇禎皇帝逼的沒有辦法了，連連的掏內帑為朝廷辦事。
這就引起了一些朝臣和一些讀書人的議論，在朝廷財政實在是緊張的情況下，皇帝出內帑是愛民的表現，但是皇帝連連出內帑就不是回事了，畢竟內帑是皇帝的私房錢，不能總讓皇帝自己拿錢來養活朝廷啊，這樣的話你戶部尚書曹於汴是幹什麼的。
鑒於這種情況，彈劾戶部尚書曹於汴的奏章就多了起來，曹於汴也是有口難言，戶部確實是沒有多少的錢，而曹於汴自己也不是幹這個的料，多虧戶部侍郎畢自嚴，那可是一個會理財的主，就是因為有畢自嚴的幫助，要不大明戶部就會在曹於汴的領導之下，早就破產了。
曹於汴自己也覺得戶部的工作實在是不適合自己，他盤算著，應該找個適當的時候，向皇上提出調換工作了。
在最近幾天裡，因為「大計」而使自己利益受到損失的一些官僚開始上疏彈劾一部分朝中的大臣，指責他們利用神聖而莊嚴的「大計」為自己的黨派謀去利益，矛頭直指東林內閣和官員，崇禎皇帝可是沒有工夫搭理這些奏折，直接指示司禮監留中不。
崇禎皇帝在琢磨，用什麼方法讓曹於汴體面的離職，然後讓他去都察院出任左都御史，全面的主持都察院的工作。但是一個堂堂的戶部尚書被調任到都察院，會不會引起什麼流言，畢竟戶部可是一個「肥差」啊。
沒等崇禎皇帝想到方法，在於永光去職三天後，曹於汴自己主動的提出，自己不適合戶部尚書的工作，再有一些大臣的彈劾，請求皇上免去自己戶部尚書的工作，自己回家聽候調查。
崇禎皇帝知道，最近曹於汴的日子很是不好過，但沒有想到他會自己提出辭職，崇禎皇帝當下是一番慰問，對於曹於汴的辭職，崇禎皇帝是不同意的，多好的臣子啊，正直、肯幹，就是有些黨派私見。
崇禎皇帝會見內閣的時候，提出讓曹於汴出任左都御史，而戶部尚書由畢自嚴接任，徐光啟出任禮部侍郎。內閣對皇帝的安排是十分的贊同。曹於汴雖然不在任職戶部，但是卻掌握了都察院，這可是一件好事啊。東林的影響力可是越來越大了，這讓內閣大臣很是高興。
崇禎二年四月末的時候，朝廷接連的到喜報，先東南沿海的海盜頭子之一，鄭芝龍在福建巡撫的勸慰之下，歸順朝廷。崇禎皇帝隨即任命鄭芝龍為廈門總兵，厲兵秣馬，準備收復台灣。
此時的台灣已經被荷蘭人和西班牙人佔領，但是雙方誰都想獨佔台灣，彼此攻伐不斷，崇禎皇帝想在雙方打得兩敗俱傷的時候，命令水師收復台灣。
鄭芝龍歸順朝廷，正好使朝廷白得一支強大的水師，儘管可能這支水師不會太聽朝廷的話。
天啟二年，台灣遭到荷蘭的進攻，因為當時朝政的**，明朝政府無力支援台灣，但是大明水師在澎湖列島兩次與荷蘭海軍交鋒，重創其艦隊，使荷蘭人遭受重大損失，不敢窺視東南沿海。
此刻崇禎皇帝在朝會上宣佈要收回台灣，但這些個大臣們並不怎麼熱心，畢竟當時的台灣還未開，在朝臣眼裡不過是蠻荒之地，而大軍跨海作戰，不知要耗費多少的錢糧，而且後金在關外虎視眈眈，所以他們認為朝廷當下還是以應付後金為第一要務。對於台灣問題，朝廷只要下一道聖旨責問一下荷蘭和西班牙就可以了。
崇禎皇帝聽到這種言論，肺都要氣炸了，當庭不顧風度的痛罵這幫大臣，群臣看到皇上這麼大的火，知道皇上對台灣志在必得，所以這幫傢伙口風一轉，開始痛斥荷蘭和西班牙，並要求福建巡撫盡快的出兵。
崇禎快被這些大臣氣瘋了，他心裡暗罵道：一幫混蛋、壞蛋、王八蛋。一群牆頭草，到時候老子把你們全撤了。
一提到戰爭，就讓新任的戶部尚書想到錢糧夠不夠，按照現在朝廷的狀況，西北要賑災，四川要平叛，薊鎮和遼東要築成防守，實在是沒有錢啊。
畢自嚴沒有辦法，只能悶頭的站在大臣堆裡，不言語。但是顯然，崇禎不想讓畢自嚴在那裝啞巴。點名問他，朝廷現在有沒有足夠的錢糧來支持福建作戰。
畢自嚴沒有辦法，只能如實說道現在戶部沒有錢，只能應付朝廷日常的開支。
崇禎也知道畢自嚴的難處，沒有難為畢自嚴，只是命令戶部在今後幾年裡盡量準備支持福建作戰的錢糧，並命令兵部在集結部隊，進行整訓，隨時準備收復台灣，對於先期的經費，因為開通開外貿易，朝廷足足賺了四百多萬白銀，馮詮、阮大誠已經派人將這筆錢起運京城了。
崇禎皇帝連連布聖旨，其一，命令水師封鎖台灣海峽，不准各國船隻運送物資到台灣；其二，命令戶部先期撥付二百萬兩白銀運送的福建，用來整頓軍備，準備收復台灣；其三，正式任命鄭芝龍為廈門總兵，要求鄭芝龍部積極備戰，隨時準備襲擊荷蘭、西班牙艦隊。