皇帝召見完畢後，韓獷、劉鴻訓、孫承宗、王永光，成基命、李標都對錢龍錫，王怍遠敬佩不已，他倆可以說是重擔再肩，朝廷今後對蒙古的政策可以說是掌握在他倆的手裡了，然而錢龍錫，王怍遠可是苦笑不已，差事半好了那還好說，辦砸了，那就不好辦了。
因為有重臣在遼東撫慰蒙古，崇禎覺得這是籠絡蒙古的一個良好的開端，現在朝廷是四處用兵，在四川，朝廷要平息土司叛亂，在西北，朝廷要鎮壓民變，在東北，後金可是虎視眈眈，所以平復蒙古就顯得猶為重要。蒙古和朝廷有綿延千餘里的邊境線，出現一個忠於朝廷的蒙古，朝廷就可以減少一個受敵面，將更多的餓精力用於平定內部叛亂和休養生息上，攘外必先安內，還是有道理的。
但是崇禎皇帝現在還有一件棘手的事情要做，那就事魏忠賢一案的後續處理工作。畢竟魏忠賢一案影響深遠，而受魏忠賢陷害的都是東林干將，很受輿論的同情。雖然在即位之初就果斷的處理了魏忠賢及其骨幹，並為東林人員平反冤案，但是畢竟牽連廣大，一紙聖旨是處理不了的。
到現在為止，刑部和大理寺還沒有審清魏忠賢一案，再別說平反冤案了，要不是皇上要人，方震儒、耿如杞等人還在牢裡呆著呢。
這裡面有很多的客觀原因，其一是魏忠賢干政時期，朝中的大員，即使不是魏忠賢的死黨，多數也是長期站在東林對立面的「邪黨」人物，還有一部分也是靠攻擊東林而飛黃騰達的。魏忠賢倒台以後，這些勢力並沒有土崩瓦解，由於歷史原因，他們還佔據著一些比較重要的職位，而他們也決不甘心東林捲土重來，剝奪自己的既得利益。
隨著新內閣的成立，東林也悄悄的「還陽了」，一些東林干將，比如錢謙益，開始出任重要職位，一些傾向東林的大臣也被皇上委以重任，這時，東林開始對曾經攻擊過自己的對手還擊了。
在這次的「大計」中，雙方鬥爭達到了一個**，在平反冤案上，因為大理寺的不配合，刑部獨木難支，再加上吏部的制肘，刑部尚書喬允升根本就沒辦法.東林方面也沒顯著，在去年，也就是崇禎元年的中期，一些御史也開始提出，要對魏忠賢及其黨羽進行一次統一的定案處理，而且還要本著不放過一個「閹黨」的原則，把他們集中集在一個大案處理。
但是這個建議沒有得到崇禎的贊同，而韓獷也是反對的，畢竟保持全局的穩定是最重要的，所以，一些東林官員藉著「大計」開始剷除異己，這就使雙方的矛盾開始變的白熱化。雙方不停的在彼此互相攻擊，令崇禎厭惡的黨爭也開始變得激烈了。
處理完家務事後，崇禎皇帝決定要將前朝的大是大非基本上清算清楚。
第二天的朝會上，各位大臣對袁崇煥的奏章展開充分的討論，一些大臣十分懷疑蒙古方面的誠意，加上還有一些大臣十分的嫉妒袁崇煥，是的，他們嫉妒他，因為在政治上，他被看作是傾向與東林的，而且皇上還非常的信任他。
雖然有部分的大臣反對，因為皇上和內閣已經統一了意見，所以聖旨很快的就出去了，隨即皇上任命王怍遠和錢龍錫為欽差大臣，赴遼東和蒙古方面會談。
第一件事情總算是處理好了，隨後，崇禎皇帝開始大肆指責刑部和大理寺的官員，平凡冤案的工作在朝廷舉行「大計」的時候幾乎陷於停頓，一方面是因為朝廷的主要注意力都集中於清查吏治，無暇顧及為東林翻案；一方面是因為既得利益集團的阻撓。
既然已經騰出手來，那崇禎皇帝是不介意利用東林的力量來清除朝中一些蛀蟲的，一些重要的職位必須清出來，崇禎皇帝可以容忍一些閹黨或所謂「邪黨」份子，但前提是他們不能佔據重要的職位，
藉著這個緣由，崇禎皇帝在朝會上果斷的罷黜原大理寺寺卿，對於刑部尚書，因為喬允升原本就是東林的外圍成員，再加上他本身沒有什麼錯，所以訓斥一番就結素了。誰來繼任大理寺寺卿，崇禎當然偏向於東林人，畢竟東林素有清廉之名，大理寺和刑部是主管全國刑獄的機關，當然是選擇有清名的東林擔任比較的放心。
東林也不會放過這個機會，皇帝要為自己正名，這些人可是巴不得啊。如果大理寺和刑部都是自己人，事情就會好辦的多了，於是再朝中的東林人員舉薦了孫慎行。
崇禎皇帝也是很乾脆的，當庭任命孫慎行為大理寺寺卿，交割完畢後，立即會通刑部盡快的處理完在天啟時期的冤案。在獄中看押的惠世揚、李柱明等人，崇禎皇帝指示說，先把人放出來，有功有過，經過大理寺和刑部複審之後評定，再怎麼說也不能老讓人呆在監獄裡啊。
對於崇禎皇帝的表態，東林人士可是歡欣鼓舞，這證明皇上還是相信東林的，這些個東林名士開始磨拳搽掌，準備施行自己的滿腔抱負。
但是對於崇禎皇帝來說，並不想過於的重用東林，因為無論對於開海禁還是鼓勵商賈等等的這些政策，以東林的政治觀點來說，是不可能被接受的。深受程、朱理學毒害的他們，大部分只會空談。論辦實事，還真的不能光靠他們。
雖然說崇禎皇帝一直要求朝廷的大臣們要「精誠團結」要「化異為同」，但是崇禎皇帝也是很明白的，在現階段是根本不可能的，明朝的黨爭，可是有一段不短的歷史了，皇帝不可能只用幾條指示就化解黨爭，既然消滅不了黨爭，那就最好將黨爭限制在可以控制的範圍內，利用黨爭來施行自己的政策，這才是上上之選。所以崇禎皇帝並沒有將其他所謂的「邪黨」趕盡殺絕，只是將其削弱，他們要想存活下去，就離不開皇帝的支持，而他們會盡力的辦好皇上的差事，何樂而不為啊。
出於東林的黨私和偏直，東林可是一直想剷除其他的黨派，凡是不認同他們政治主張的，他們一律視為「邪黨」，他們不會容忍這樣的「邪黨」存在，所以在政治上東林最容易被群起而攻之，對於這樣一個東林，崇禎不知是哭還是笑。
經過了一個上午，朝會終於是結素了，孫慎行要到大理寺去和前任交割，刑部要等著和新任的大理寺寺卿處理案子，這兩個部門今後可是有的忙了。
日子還是要過的，對於被東林打壓的那些大臣，也是很不甘心的，他們為奪回自己的權益，開始在一起密謀起來，而吏部尚書王永光開始琢磨起來，什麼時候向崇禎皇帝請辭，作為吏部尚書，王永光在這次的「大計」中得罪的人太多了，盡早離開這是非之地是一個不錯的主義。
在隔天的平台召對上，吏部尚書王永光想崇禎皇帝提出年老體衰，想辭去吏部尚書和內閣大學士一職，回鄉養老。
對王永光的辭職，內閣其他的大臣有些蹊蹺，王永光並不算太老，看上去還算精神奕奕，再說了，吏部尚書，多好的職位，百官之，多少人想當都當不了，這王永光怎麼說辭職就辭職了。
崇禎皇帝表面上也是懇切的挽留王永光，但是暗地裡想，這個王永光也是真開竅，時候到了，你王永光也該走了。
雖然崇禎皇帝「懇切」的挽留，但是王永光執意辭職，無奈，王永光去意堅決，崇禎皇帝無奈之下，同意王永光的辭職請求，但是在沒有合適的繼任人選之前，王永光還不能去職，繼續的在吏部和內閣工作。
對於王永光的辭職，各方反應不一，非東林的人有的認為這是東林的一次清洗行動，他們要奪權了，他們想讓東林一統天下，所以他們開始憂心匆匆，擔心自己的職位不保，而王永光一脈的人馬也是很不理解王永光的作為，他們也認為自己利益的代表是被東林排擠出內閣的，是東林逼王永光辭職的，所以這一派人馬也開始對東林變的不滿，這些人開始聯合起來，準備著，在適當的時候，找東林的茬，然後使出致命的以及一擊，打倒東林，然後他們來掌握朝政，恢復自己的既得利益。