晉元興四年，臨海郭澄之攻擊會稽郡始豐，在天台山下與揚州司馬劉裕激戰，由於劉裕兵糧缺乏，武器也陳舊，一時大敗，死傷者不計其數，劉裕收縮兵力於山陰轉進攻於防禦。郭澄之軍也沒有討到便宜，面對劉裕的積極防禦，也不得不撤軍。
此役之後，盧循和劉裕雙方再沒有生大規模的衝突，只是互相派遣小股軍隊進行試探性攻擊。劉裕因此喘過了一口氣，急忙向晉庭索要物資糧草，並以會稽郡諸事操作不便為由，要求晉庭任命劉裕為會稽太守。
由於攻擊受阻，晉庭無奈，只得任命劉裕為會稽太守，辛景調往建康。但是並不增派兵力給劉裕，會稽郡的戰事一時僵持了下來。劉裕這一路攻擊受阻，其他二路進攻大軍只不過是做做樣子，自然而然也不得不停頓了下來。
晉庭與盤踞在武夷山以南的盧循軍只得以武夷山為界，雙方暫時停止了大規模的軍事衝突。這給了盧循一個喘息的時間，他抓緊時間展生產訓練部隊，同時打造兵器戰船準備下一次與晉庭的衝突。
經過幾個月的學習，政校和軍校的第一批學員已經被派往靠近盧循根據地的晉庭實際控制的農村地區，盧循的意圖是以建安等地為依托，慢慢向外面展，不斷蠶食晉國的地盤。這些人以土匪山賊水賊為形式四處偷襲晉**營，同時劫殺士族地主，把土地分給周圍的農民，得到了他們的支持，晉國控制地區漸漸燃起了一團熊熊的戰火。
即便如此，晉庭中也沒有幾個人意識到問題的嚴重，只是把他們當成非常平常的農民起義罷了，這在當時的中國大地上是四處生的。所以晉庭的高級士族們也沒有把這些此起彼伏生的農民暴亂當一回事，只是命令當地的郡縣進行鎮壓罷了。
由於與盧循相鄰的各州郡都生了大小不一的農民暴動，各地郡府兵鎮壓都來不及，更妄說怎麼計劃進攻盧循所控制下的建安和晉安等四郡了。與以前他們所遇到的農民暴動不同，這些起義顯然是有組織有目的的，而且由於把地方上的土地分配給了農民，所以這些如雨後春筍般湧現出來的起事政權非但沒有被撲滅，反而愈演愈烈了。
這些農民起義機構一旦穩固下來，就立刻與盧循建立起了穩固的多方面聯繫，各地的優秀人才被派往建安府的勤政學校和政校進行學習，學成歸來後被派往四郡以及他們原來所來的地方擔任地方官員。
在經濟上，由於實行耕者有其田，農民投入生產的熱情高漲，又由於中央四郡向這些地方推廣一些新的耕作方式和農田水利工具，所以雖然某些地方人丁雖然稀少，但是依然取得了非常顯著的農業豐收。
各地的農產品通過大量的商人被運往了四郡以及夷洲各地，各地的物資也運往了各地，這些地方也越來越活躍了。
晉庭中間也有人把這些事情看在了眼裡，比如說現在的會稽郡太守劉裕。盧循表現得這麼明顯，自然有很多人知道這些農民起義是盧循搞的鬼，但是他們都沒有把盧循的這些動作看在眼裡，因為他們認為把土地分給農民只會引得天下士族的怨恨，使他們合力對盧循開展攻擊。到時候就是建康不動手，盧循也是死路一條了。
可是劉裕不這麼認為。他是貧寒出身，自然知道土地對於農民是多麼的重要了。有了土地的他們為了保護自己的土地會不惜一切代價和那些要搶奪他們土地的人拚命的，他知道這些狂的農民的厲害，更知道盧循這種做法的厲害。
他也有意按照盧循的方式在會稽郡進行土地改革，但是奈何以孔靖為的會稽地方豪族對於這項制度極力對，因為這樣一來就會侵害他們的根本利益，所以劉裕也只能無奈地放棄了。
雖然在土地改革上受挫，但是劉裕嚴明地方法令，對那些恃強凌弱的地方豪族殺一儆百，廢除一些冗雜的制度和人事，併力減農戶的負擔，使得會稽郡的氣象頓時一新。雖然不及盧循控制下的四郡，但是比起晉國的其他地方是好了很多。
劉裕一邊整頓吏治大力展生產訓練兵員，一邊暗自積蓄力量，加強與分散到了其他地方的那些老部下以及晉庭內部反對恆玄的勢力的聯繫，在京師安插勢力，準備在時機成熟的時候起事。
隨著各方的動作，一時間形勢雲譎波詭，整個晉國都瀰漫著一股山雨欲來風滿樓的感覺，幾乎所有比較敏感的人都已經注意到了這一股形勢，只是作為晉庭實際上的最高掌權人的恆玄卻沒有意識到這一股態勢。他依然在做著他的「皇帝」夢。
晉元興五年秋，晉安帝司馬德宗改元義熙，是為義熙元年（公元四百零六年）。在這個時候改元自然是為了圖一個好兆頭，但是在建康的大將軍府中的晉侍中殷仲文顯然不想讓晉安帝和晉朝庭能夠有一個好日子過。
「南郡公，現在司馬氏已經失去威望，令天下人恥笑了，您出身名門望族德高望重，又身負顯赫戰功，這個時候您應該站出來挑起這副重擔，取代司馬氏，平定天下的人心惶惶之勢。」殷仲文向恆玄勸說道。
「南郡公，殷大人說得很對，現在正是大好時間，天下人心未定，若是南郡公站出來取代司馬氏掌控天下，天下人一定會信服的。況且司馬德宗也已經準備進行禪讓了，您應該盡快做好準備了。」散騎常侍卞范之也跟著道。
恆玄低頭思考不語，但是腦袋也微微點了點，像是同意了二人的說法。卞范之和殷仲文互相對視一眼，他們知道恆玄已經被說動了，於是接著說道：「恆謙大人已經為您寫好了『家授九錫』和『禪讓』的文告了，只等著您同意，我們這就送往司馬德宗那。只要大印一蓋，同時召告天下，您就是天下新的主人了。」
這些人的準備都已經做到這個地步了，恆玄恍惚下定了決心道：「仲文，你立即草擬一道詔書，任命恆謙為侍中、開府、錄尚書事；王謐為中書監、司徒；恆胤為中書令；加授恆脩為撫軍大將軍。」
「是，我這就去辦。」殷仲文喜道。他是恆玄的姐夫，現在恆玄就要稱帝了，對他這個擁戴有功的小舅子來說無疑是一件非常值得祝賀的消息。他與卞范之對視一眼，然後向後退了幾步，走出了恆玄和卞范之所在的房間。
九月十六日，晉安帝司馬德宗再次下詔：擢升為相國，總管文武百官，封楚王，采邑十個郡，加授九錫，楚國設置丞相以下文武百官。同時由於荊州刺史恆偉離世，詔命恆石康接任荊州刺史一職。
恆石康是前梁州刺史恆慾的兒子，也是恆玄和恆謙的堂弟。對於人臣來說，加授九錫和封王已經是所能夠達到的最高目標了。現在恆玄一次性就越過了九錫和封王這兩道坎，已經沒有任何人能夠阻擋他的步伐，那麼他的下一步就是至高的位置——皇帝。
一時間朝野震動，大家都已經知道了恆玄的下一步動作了。遠在數千里之外的盧循把郭澄之所呈上的信件仍在床几上，因為他的到來，導致恆玄的動作緩慢了下來，原本應該在三年前就應該生的篡晉活動，硬是到了現在才開始。
只是歷史的車輪是誰都無法阻擋的，恆玄已經用他的行為召告天下：他要篡奪司馬氏的皇位了。