戰爭進行到現在，參戰雙方已經用盡了一切可行或者不可行的戰術，幾乎已經純粹是在打消耗戰了，在那剩下的不到三分之一的城區，戰況尤為激烈，許多街道和房屋都幾經易手，有些戰略位置重要的街道和房屋甚至在一天之內易手數十次之多。對於幕府軍士兵和西南四藩倒幕軍士兵而言，現在比拚的純粹已經是耐力和耐性了。
但是，局勢還是在朝著不利於西南四藩倒幕軍的方向發展。這些天來，幕府軍的炮火一天比一天猛烈，發起的衝鋒也一天比一天有力，而西南四藩倒幕軍的炮火則一天比一天微弱，發起的反衝鋒也一天比一天無力。
……
這一切的一切都使木戶孝允憂慮無比。
木戶孝允也知道，出現這樣的情況，實在不能怪罪西南四藩倒幕軍的士兵們，這一個多月來，他們以巨大的犧牲為代價，粉碎了佔據兵力優勢和裝備優勢的幕府軍無數次猛烈的進攻，守住了佐世保這座孤城，已經是殊為不易，他們的的確確是在竭盡全力拚死作戰了。如果真的要怪，也只能怪幕府軍的實力太強了，他們裝備著購買自英國的威廉大炮，這種大炮的威力和射程都遠遠超過西南四藩倒幕軍裝備的紅衣大炮，並且數量眾多，彈藥充足。而西南四藩倒幕軍不僅大炮數量有限，彈藥也越來越吃緊，一方面，佐世保存儲的彈藥十分有限，另一方面，佐世保已經成為孤城，鹿兒島等地存儲的彈藥也送不進來。經過粗略的估算，佐世保剩餘的彈藥儲存量只夠支撐五天了。也就是說，五天之後，西南四藩倒幕軍就只能依靠血肉之軀去打退幕府軍的進攻了。」「
但是，更令人擔憂的是西南四藩倒幕軍將領和士兵的傷亡情況。西南四藩倒幕軍原本就只有三萬藩兵，戰爭伊始就全部投入到了佐世保的防禦中。一個多月的惡戰下來，這三萬藩兵陣亡五千多人，重傷七千多人，現在，真正能夠投入戰場的就只有一萬五千人而已。作為預備隊的將近五萬的民團，既要承擔在戰場上修築工事、搬運彈藥和搶救傷員的任務，又要承擔防止小股敵軍秘密潛入的任務也已經是左支右絀，更何況，民團的團丁並沒有接受過正規的軍事訓練，也缺乏必要的裝備，等到真的上了戰場能發揮多大的作用還是一個未知數。
此外，西南四藩「倒幕派」的主要領袖、西南四藩倒幕軍的主要將領高杉晉作原本就患有重病，又在不久之前的戰鬥中受了重傷，恐怕時日無多，而大久保利通、西鄉隆盛和山縣有朋也都不同程度地受了傷，必須安心靜養。伊籐博文、陸奧宗光、井上馨和澀澤榮一都是文官，根本沒上過戰場，而且還要承擔領導民團、組織生產、安撫人心、穩定局勢的重任，伊東佑亨和東鄉平八郎一方面是海軍將領，一方面也承擔著率領西南四藩倒幕軍海軍伏擊幕府軍運輸船隊、進攻幕府軍零星艦隻的任務。因此，西南四藩「倒幕派」臨時將自己推舉為西南四藩倒幕軍主帥，負責組織佐世保防禦戰，乃木希典則協助自己負責城防事宜。自己雖然在之前的薩英戰爭中率領「奇兵隊」屢建功勳，但那畢竟是執行特種作戰性質的任務，與指揮大兵團進行野戰或者守衛孤城大不相同，自己不是職業軍人出身，對於能否指揮在兵力和裝備方面都處於劣勢的西南四藩倒幕軍守住佐世保這座孤城真的沒有信心。至於乃木希典，雖然是職業軍人出身，但是卻心胸狹隘，缺乏大局觀念。乃木希典是西鄉隆盛的得意門生，而西鄉隆盛一直與伊籐博文、陸奧宗光和井上馨政見不同，自己為了彌合西南四藩「倒幕派」內部的裂痕，竭盡全力緩和他們之間的矛盾，卻因此得罪了西鄉隆盛和乃木希典。正因為如此，近幾天來，乃木希典一直對自己的決策陽奉陰違，表面上執行自己「全線收縮」的部署，實際上卻屢屢出擊，給西南四藩倒幕軍造成了不小的損失。…,
……
一陣震耳欲聾的巨響將木戶孝允從沉思中驚醒，他急忙舉起望遠鏡向腳下的佐世保城望去，只見火光沖天處赫然正是位於佐世保城市中心地帶的島津神社，西南四藩倒幕軍的指揮部原本就設在那裡。
不久前，考慮到幕府軍驚人的推進速度，西南四藩倒幕軍才把指揮部遷移到了木戶孝允現在所在的位置佐世保城的最高點，鹿鳴山上的蓮華寺。
島津神社是薩摩藩前藩主家族島津家族的家廟，供奉著薩摩藩的保護神月闕大神。當初，張繼為了激發佐世保民眾的反抗勇氣以組建倒幕義軍曾經將那裡焚燬，不久前才剛剛修復完工，沒想到居然再次罹難。
木戶孝允深知島津神社在佐世保民眾心目中的重要意義。這次，島津神社被敵軍炸毀一定會大大挫傷西南四藩倒幕軍的士氣和西南四藩倒幕軍的信心。想到這裡，一向鎮定自若的木戶孝允也開始變得焦躁不安，背著手快步踱了起來。
……
正在這時，一名斥候一邊高喊著「緊急軍情……緊急軍情……」，一邊飛速向木戶孝允所在的地方衝了過來。
看著那名斥候因為緊張而變得扭曲的面孔，木戶孝允心知大事不妙，但是作為西南四藩倒幕軍主帥，他不能表現出一絲恐慌，只得強壓住「砰……砰……」亂跳的心，顫聲問道：「什麼事？」
那名斥候顯然已經狂奔許久，猛地停下來，居然一時之間說不出話來。
木戶孝允焦急萬分，卻又沒法催促，只得強作鎮定地等待著。
良久，那名斥候才緩過一口氣來，大聲喊道：「木戶將軍，不好了。據可靠線報，三天前，德川慶茂下達了佐世保總攻擊令。駐守在長州藩、作為戰略預備隊的三萬幕府軍陸軍已經乘坐運兵船越過關門海峽，向九州島襲來。原本就在九州島上兩萬幕府軍陸軍和兩萬幕府軍海軍也已經接到命令，一旦三萬幕府軍陸軍趕到，就立即發起總攻。」