如果重新分封諸王，只會重演春秋戰國時，各國互相攻伐的苦況，因此決定把天下分為三十六郡，直至秦亡為止，共置五十四郡，每郡都設置郡守（掌民政）、郡尉（掌軍政）、郡監（掌監察），由中央朝廷委任，不得世襲，並須向朝廷匯報租稅、戶口及治安情況。（文學館）
秦始皇決定在地方治理上採用三級行政區劃制度，構建中央—郡—縣—鄉—亭—裡—什—伍—戶的縱向金字塔式的控制體系，以加強對地方的控制，主要在郡設郡守，郡下設縣，縣設縣令，但秦代的國家行政機構只下設到縣級。
縣之下實行鄉亭制（亦稱鄉里制度），設鄉，具體辦法是在鄉級設三老掌教化，嗇夫聽訟和徵稅，游徼偵緝盜賊。
此外，鄉級以下則利用民間力量來治理，一鄉轄十亭，設亭長；一亭轄十里，設裡魁（亦稱裡正）；一里轄百家，五家為伍，十家為什。這種制度為秦朝帶來了巨大的動員能力，即使三百多年前的波斯居魯士大帝創建帝國之時，阿契美尼德王朝唯有省（薩特拉庇）和縣作為行政區劃機構。
除此之外，歷來盤踞在淮河流域的淮夷、泗夷早已變為民戶，而秦始皇統一天下後，在今福建省一帶地方設置閩中郡。
由於秦始皇認為閩中郡遠離中原，是荒服之國，地處偏遠，山高路險，而且越人強悍，難以統治，故實際上並未派遣官吏往閩中。只是廢去當地酋長無諸及騶搖的王位，改用君長的名號讓其繼續統治該地。
郡縣制在全國推行後，標誌著六國故地不會再有擁兵割據，自選官吏，財政獨立的諸侯。此外，百姓的籍貫不再用以前所屬的諸侯國，例如楚國人、齊國人等作為識別，而是用其所處的郡名以咨識別。
不過自秦滅漢興後，漢高祖劉邦認為秦王室推行郡縣制後。因缺乏宗室屏藩，過於孤立而亡，於是推行郡國制，大封劉氏宗室子弟為王，但卻導致日後的吳楚七國之亂。因此歷代統治者都試圖在郡縣制至分封制之間。取得一定的平衡，以維持國祚。
為了防止六國遺民作亂，秦始皇下令收集天下的兵器，聚集到咸陽熔化，鑄成大鐘及十二個銅人，每個銅人個重達二十四萬斤，放置在宮廷裡。
公元前215年（秦始皇三十二年）。秦始皇進行第二次巡遊，途經碣石，宣佈拆除原關東六國建造的城廓及堤防，稱為墜城廓、決堤防、夷險阻。並在碣石山門刻石立碑，碑文內容如下：
「遂興師旅，誅戮無道，為逆滅息。武殄暴逆。文復無罪，庶心鹹服。惠論功勞。賞及牛馬，恩肥土域。
皇帝奮威，德并諸侯，初一泰平。墮壞城郭，決通川防，夷去險阻。地勢既定，黎庶無繇，天下鹹撫。
男樂其疇，女修其業，事各有序法師駕到最新章節。惠被諸產，久並來田，莫不安所。群臣誦烈，請刻此石，垂著儀矩。
譯文：皇帝興師用兵，誅滅無道之君，要把反叛平息。武力消滅暴徒，依法平反良民，民心全都歸服。論功行賞眾臣，惠澤施及牛馬，皇恩遍佈全國。
皇帝振奮神威，以德兼併諸侯，天下統一太平。拆除關東舊城，挖通河川堤防，夷平各處險阻。地勢既已平坦，眾民不服徭役，天下都得安撫。
男子欣喜耕作，女子修治女紅，事事井然有序。皇恩覆蓋百業，合力勤勉耕田，無不樂業安居。群臣敬頌偉業，敬請鐫刻此石，永留典範規矩。」─《史記秦始皇本紀》
至於拆除原關東六國所建造堤防，原因是為了消除地方割據，這是由於各國堤防的設計不合理。根據《孟子告子篇》的記載，魏國著名水利專家及商人白圭曾向孟子指，自己治理水患的水平勝過大禹，但孟子卻不以為然，指責白圭只是將鄰國當作蓄水的溝壑，即是將洪水引向別國，令百姓厭惡。
此外，據《漢書溝洫志》的記載，當時齊國和趙魏兩國是以黃河為界，趙魏兩國位處黃河上游，地勢較高，齊國的地勢低下，黃河氾濫時齊國所遭受的災害就較嚴重，因而齊國首先沿著黃河建築了一條離河二十五里的堤防，以防止黃河的氾濫。
自從齊國沿黃河築了堤防，令黃河氾濫的水流衝向趙魏兩國，於是趙魏兩國也沿著黃河建築了一條離河二十五里的堤防。從以上記載可見，戰國諸侯都有利用水利設施，作為削弱敵國的手段，因此秦始皇才強調採取決通川防的措施。
墜城廓、決堤防、夷險阻等措施，除了防止六國遺民據險作亂外，還有方便交通，促進貿易的作用。
秦始皇自消滅六國後，便下令遷徙關東六國富豪十二萬戶入咸陽，其中以齊楚兩地出身的富豪為主。這是因為齊魯之地崇尚齊魯學，崇尚聚眾講學，追求典雅，與主張謀富強，尚功利，務實際的秦國主流思想三晉學截然不同，學術思想的衝突很容易形成反秦輿論，齊魯儒生譏諷秦始皇封禪一事正是明證。
不過相比起齊國來說，秦始皇更為擔心楚國故地，例如他往楚國故地巡視期間，史籍可見其在江東金陵、丹徒、曲阿等地掘地厭天子氣的記載，而且亡秦必楚一說，亦反映楚人強烈的復仇慾望。因此徙民以齊楚之地為主，也就變得理所當然。
另一方面，遷徙富豪還有其他政治用意，除了可繁榮首都外，更可避免富豪與六國貴族互相勾結。此外，富豪們在本地兼併土地，放高利貸，造成地方不安定因素，將他們遷徙至咸陽，亦有助消除地方勢力。
秦始皇統一天下後，得悉六國文字各不相同，決定推行書同文政策，按照當時任廷尉的李斯所奏，廢除關東六國原有文字，將史籀大篆簡化為小篆（亦稱秦篆），作為全國通用字體，於是令李斯作《倉頡》七章、趙高作《爰歷》六章、太史令胡毋敬作《博學》七章作為全國規範字帖，皆取材於周宣王時期的大篆《史籀》十五篇，但現時世人皆稱李斯為小篆的鼻祖，其相傳書跡有《泰山刻石》、《琅琊台刻石》、《嶧山刻石》和《會稽刻石》等。
西漢時期，閭裡書師將三篇以六十字為一章合併為《蒼頡篇》，共五十五章。西漢時期又稱《倉頡》、《爰歷》、《博學》為三蒼，但因多種原因，《蒼頡篇》文字大都失傳。
另一方面，據唐朝張懷瓘所著《書斷》記載，秦朝下邽（今陝西省渭南市）人程邈（字元岑）在獄中花了十年時間，創造隸書，得到秦始皇賞識，被任命為御史。
由於小篆難以在奏事繁多的環境下使用，故此程邈發明的字體頗受歡迎，而因為程邈字體起初專供隸役應用，所以把這一，但正史沒有關於程邈的生平記載。
度量衡傳統上是計量長度、體積、輕重單位的統稱。度是用來計算長短，量是用來測量體積，衡則用來計算物件重量。戰國時代，各國都採用不同的度量衡標準，致令在換算過程中顯得十分混亂。