鄭貴妃是神宗最寵愛的妃子。她在14歲的時候就成為19歲的神宗的寵妃。據說，鄭貴妃不但有閉月羞花的美貌，而且聰明機警，喜歡讀書。她敢於毫無顧忌地挑逗、嘲笑神宗，同時又能傾聽皇帝的訴苦。可以不誇張地說，她是精神匱乏的神宗的精神支柱。她為皇帝生下了兩個孩子。其中，皇三子朱常洵最為神宗所喜愛。在神宗內心深處，肯定希望由朱常洵繼承他的皇位。但是，神宗同時也深知這樣對於繼承規則的破壞，可能會產生嚴重的後果。所"天潢演派"璽以，他一直在猶豫，借口皇后還年輕，說不定能生出一個嫡系的皇子出來。在這種猶疑中，受傷害最大的無疑是皇長子朱常洛。
朱常洛生於萬曆十年。母親王氏是一名普通的宮女，平時在慈寧宮侍候慈聖皇太后。有一次神宗去慈寧宮探望慈聖太后，索水洗手，私下裡寵幸了王氏，並賞了她一副首飾。此事雖然有隨侍的文書房宦官記載於《內起居注》上，但是，神宗覺得自己與一名宮女發生關係很不光彩，便秘而不宣。一天，太后問起此事，神宗沉默不語。太后命人取出《內起居注》，讓他自己看。神宗面紅耳赤，靜候太后的發落。太后說："我老了，還沒有孫子呢，如果生個男孩，也是宗社之福呀，有什麼忌諱的！母以子貴，分什麼貴賤等級？"於是，萬曆十年六月，有孕在身的王氏受封為恭妃。兩個月之後，就生下了皇長子朱常洛。但是，恭妃王氏始終沒有受皇帝的寵愛。
因此，恭妃王氏帶著皇長子，僻居別宮。等到萬曆十四年正月鄭貴妃生下皇三子朱常洵，就立即引發了大臣們覺得不能掉以輕心的問題。首輔大學士申時行請求立即冊立東宮太子，但是皇帝以朱常洛年紀還小拒絕了。接著，皇帝決定將淑嬪鄭氏的地位提高為皇貴妃。貴妃在宮中，地位僅次於皇后了。這樣，生育皇長子朱常洛的恭妃在地位上反居於鄭貴妃之下。這一下，更引起了大臣們的警覺。因為，按照子以母貴的說法，皇三子朱常洵的地位反而要高於皇長子朱常洛。大臣們紛紛上疏，要求：一，按有嫡立嫡，無嫡立長的繼承製度，應冊立朱常洛為皇太子；二，鄭貴妃、王恭妃應當同時進封。但是，神宗一一駁回。
慈聖太后的過問，應當說遏止了神宗立皇三子為太子的意圖。皇長子朱常洛的母親，本就是侍奉太后的宮女，生下了皇長子後，更受太后的疼愛。一天，神宗去見太大高玄殿習禮亭後。太后問："外廷諸臣多說該早定長哥，如何打發他？"神宗道："他是都人的兒子。"太后怒道："你也是都人的兒子。"慈聖太后，本來也只是一名宮女，後來進了裕王府，才生下了朱翊鈞。這一說，多少讓神宗有所感悟。在另一方面，恭妃王氏對皇長子的約束甚嚴。從出生到十多歲，皇長子都是隨母親一同起居的。所以，當萬曆二十二年鄭貴妃誣陷皇長子與宮女有染已非童貞之身時，恭妃王氏慟哭，說："十三年與我兒同起居，正為此也，果有今日。"因此，朱常洛在未立太子之前，始終行動循規蹈矩。
另據文秉《先拔志始》記載，神宗曾經與鄭貴妃一同去紫禁城西北角的大高元殿行香。其間鄭貴妃要萬曆皇帝立下誓約——立皇三子朱常洵為太子，並將誓約藏於一個玉盒之中，交付鄭貴妃保管。後來，神宗改變了立朱常洵為太子的念頭，命人去鄭貴妃處取回玉盒。玉盒表面如故，揭開一看，誓約上所寫的誓文腐蝕殆盡，只餘一張白紙。這讓神宗感到非常害怕，從此也就決意立朱常洛為太子了。其間，三王並封、皇太子出閣講學等事情，神宗與朝臣之間有過不少的爭議和衝突。但是，一切的局勢倒還是向有利於朱常洛的方向發展。
萬曆二十九年十月，朱常洛正式立為太子。然而，皇三子朱常洵仍未離京之國，宮廷中的明爭暗鬥仍然繼續。
朱常洛被冊封為皇太子的時候，已20歲。次年，皇太子納郭氏為皇太子妃。這在明朝歷代的皇帝中，結婚已相當的晚了。一般明代皇帝的結婚年齡，多半在16歲左右。朱常洛萬曆十三年始出閣講學接受教育，21歲始婚，可見神宗對他的冷淡。因此，婚後的皇太子移居慈慶宮，一則與母親王氏隔離，難以往來；二則受神宗的冷落，境遇並不很好。王氏居景陽宮，且眼睛患白內障，幾近失明。
萬曆三十九年，王氏病危。朱常洛前往探視，只見宮前門庭冷落。王氏聽到兒子朱常洛的聲音，用手撫摸著兒子，不禁淒然而泣，說："兒長大如此，我死何憾！"朱常洛及左右皆淚下如雨。母親死時，朱常洛已有五子，後來的思宗朱由檢亦已出生。然而，獲得太子名份以及生下皇孫，並不能改變朱常洛的境遇。東宮的防衛也非常鬆弛，侍衛僅寥寥數人。宮中的太監也多因東宮門庭冷落而告假而去。萬曆四十三年，慈慶宮遂發生梃擊一案。
萬曆四十三年五月初四日黃昏時分，一個陌生男子手持棗木棍闖入慈慶宮，打傷守門的老太監，直奔前殿簷下。太子內侍韓本用聞訊趕到，與同來的七八名太監將陌生男子擒獲，交由東華門的守衛指揮使朱雄收監。第二天，朱常洛將此事告知神宗。皇帝立即派人提問。當天，御史劉廷元就將訊問的結果奏報給皇帝：闖宮的男子名叫張差，是薊州井兒峪的百姓，語言顛三倒四，看起來有點顛狂，話裡頭常提到"吃齋討封"等語，但又有些狡猾，看來要認真審問。初十日，刑部郎中胡士相等官員對張差的審問結果是：張差因被人燒了柴草，要來京城申冤，在城裡亂闖，又受氣顛狂，受人誑騙說拿一木棍可以當作冤狀，然後亂跑，誤入慈慶宮。前後兩審的結果似乎有些不同，非但"吃齋討封"的話頭沒有提起，連帶狡黠的性格判斷也沒有了，變成純粹的一個"瘋顛"的結論。胡士相等人的處理意見是：按照在宮殿前射箭、放彈、投磚石傷人的法律，對張差問斬。但是，皇太子朱常洛在萬曆一朝中的地位及其安危，始終是一些正直的官員們所關心的。官員們不禁會想，慈慶宮雖然禁衛不嚴，但又怎麼是一般人說進就進的呢？這背後肯定有隱情。刑部提牢主王之■(cai)抱著這樣的疑問，在牢中親自審問張差。
十一日，王之■為牢中囚犯散發飯菜，見張差身強力壯，樣子決不像瘋顛之人。王之■誘他："實招與飯，不招當饑死。"把飯放在張差的面前。張差低頭，又說："不敢說。"於是，王之■命牢中其他獄吏迴避，只留兩名獄卒在旁，親自對他進行審問。張差的招供中說："張差小名張五兒，父張義病故。有馬三舅、李外父，叫我跟不知名的老公，說：'事成與爾幾畝地種！'老公騎馬，小的跟走。初三歇燕角鋪，初四到京。……到不知街道大宅子，一老公與我飯，說：'你先沖一遭，撞著一個，打殺一個，打殺了我們救得你！'領我由厚載門進到宮門上。守門阻我，我擊之墮地。已而老公多，遂被縛。小爺福大。"照王之■所錄的這一段口供，則張差的行為是由太監指使，而且目標直指小爺。王之■這一奏疏，遂掀起軒然大波。有敢說話的官員如陸大受，就開始影射背後指使之人必有"奸畹"，暗示此事是鄭貴妃之父鄭國泰所為。神宗對王之■及陸大受的奏疏，皆留中不報。
參與調查此事的人越來越多。御史過庭訓移文給薊州知州戚延齡，調查張差此人的一貫表現。得到的回答是，張差確屬瘋顛之人。於是，諸臣都欲以"瘋顛"二字定案。五月二十日，刑部郎中胡士相等官員再次提審張差。這一次，張差招供的內容更多了。張差說："馬三舅名三道，李外父名守才，同在井兒峪居住。又有姊夫孔道住在本州城內。不知姓名老公，乃修鐵瓦殿之龐保。不知街道大宅子，乃住朝外大宅之劉成。三舅、外父常往龐保處送炭，龐、劉在玉皇殿商量，和我三舅、外父逼著我來，說打上宮中，撞一個打一個，打小爺，吃也有，穿也有。