劉成跟我來，領進去，又說：'你打了，我救得你。'"案情似乎比較清楚了，太監龐保、劉成是主使之人。然而，太監何以要殺太子朱常洛？幕後定然還有更深的主使者。龐保、劉成二人，都是鄭貴妃翊坤宮的有權太監。明眼人一看都明白此事的究竟。這時候，大臣們所上的奏疏紛紛，其中多涉及外戚。當然，大臣們都沒有直接指向鄭國泰，然而鄭國泰竟然按捺不住，在五月二十一日寫了一個揭帖，表明自己的清白。這一舉動，讓給事中何士晉抓住了辮子。何士晉說："陸大受疏內雖有身犯奸畹凶鋒之語，……並未直指國泰主謀。此時張差之口供未具，刑曹之勘疏未成，國泰豈不能從容少待，輒爾具揭張惶，人遂不能無疑。"鄭國泰的一個愚蠢行為，直接將自己捲入此事，實是不打自招。鄭貴妃的嫌疑從而更為明顯了。
事情牽涉到鄭貴妃，神宗遂不願事態進一步擴大。鄭貴妃則日夜向神宗哭泣。神宗深知此事牽涉到太子，非太子朱常洛不能解。於是，神宗命鄭貴妃去見太子朱常洛。貴妃見太子後，"辨甚力"，極力為自己開脫，並向太子下拜。太子亦拜，且拜且泣，坐在旁邊的神宗據說也"掩泣"，忍不住哭了出來。我們想，太子之泣，或是由於得不到父愛的關心而且身處危險的境地，感懷身世，不得不哭；而神宗之泣，或者是動了舔犢之情，畢竟朱常洛是自己的兒子。這件事，最後由皇帝帶著皇太子、皇孫、皇孫女一起面見大臣們而了結。
五月二十八日，皇帝在慈寧宮慈聖太后靈前召見諸大臣。神宗穿白袍白冠，西向而坐；朱常洛穿青袍，侍立於神宗右側；皇孫、皇孫女四人一字排列於左邊階下。神宗拉著皇太子的手說："你每都看見否？如此兒子，謂我不加愛護，譬如爾等有子如此長成，能不愛惜乎？"說著讓太監們將皇孫、皇孫女引上石級，讓大臣們仔細瞧瞧，且說："朕諸孫都已長成，還有什麼說的！"回頭對朱常洛說："你有什麼話，跟大臣們都說出來，別顧忌。"朱常洛道："似此瘋顛之人，決了便罷，不必株連。"又說："我父子何等親愛！外廷有許多議論，爾輩為無君之臣，使我為不孝之子。"這樣，皇帝與受害人朱常洛，都為梃擊一案定了調子，也就是將張差以瘋顛處理，不必株連太多。
諸臣追查此案，原是為太子的安危考慮，既然太子這樣說，事情也就這樣定了下來。第二天，即五月二十九日，張差被凌遲處死。接著，刑部、都察院、大理寺三法司會審龐保、劉成。此時張差已死，死無對證，龐、劉二人遂抵死不願承認。審訊時，皇太子朱常洛再下諭旨："龐保、劉成身繫內官，雖欲加害本宮，於保、成何益？料保、成素必凌虐於差，今差放肆行報復之謀，誣保、成以主使之條。"竟為龐保、劉成二人開脫。六月一日，神宗密令太監將龐保、劉成處死，梃擊一案的最後線索被掐斷，也就再無從查起。
梃擊一案，今天看來，必然與鄭貴妃脫不了干係。鄭貴妃想要加害朱常洛，便通過太監龐保、劉成尋找張差這一類魯莽、弱智、狀似瘋顛之人行事，目的就是想在事情敗露之後可以借張差瘋顛之事掩蔽主謀之人。謀殺皇太子這樣的罪行，稍有理智的人恐怕就不敢做，也就是張差這樣的半瘋顛的人敢做。因此，張差的瘋顛，看來不假；而鄭貴妃想借張差梃擊皇太子朱常洛，恐怕也確有其事。要不然，鄭貴妃為什麼要向朱常洛下拜？神宗為什麼要秘密處死劉成、龐保？當然，這件事情的最後解決，確是因為皇太子朱常洛溫馴的性格決定了他不願意擴大事態。於是，最後大事化小，小事化了。不過，此後的鄭貴妃，似乎收斂了許多，倒一味地討好朱常洛起來。
鄭貴妃討好朱常洛的手段，主要是向朱常洛進獻美女。朱常洛自從做了太子之後，由於離開了母親的約束，加上父親朱翊鈞對自己的冷淡，生活失意，精神苦悶。所以，大部分的時間，他都是縱情於酒色。萬曆四十一年皇太子妃郭氏去世以後，朱常洛就沒有再立妃子。這可能是因為冊封皇太子妃需要得到皇帝的批准，而神宗對於朱常洛基本上是不聞不問的。因此，在慈慶宮中，雖然有很多的女人，但卻沒有皇太子妃。也許，沒有皇太子妃，對於朱常洛來說更是自由。萬曆四十八年七月二十一日，神宗病逝。八月初一，朱常洛即皇帝位，宣佈次年改元泰昌。
應當說，朱常洛初即位的時候，是想做一個有為之君的。當初神宗大行斂財，宮中留有大量的銀兩。朱常洛在七月二十二日至八月一日之間，連續兩次發內帑共計160萬兩，用來賞賜在遼東及北方的前線防軍。同時，朱常洛命令撤回萬曆末年引起官怨民憤的礦監和稅監，召回在萬曆一朝因為上疏言事而遭處罰的大臣，補用空缺的官職。像鄒元標、王德完等一些正直敢言的大臣，先後下詔召回。這一切，都預示著新的政治面貌即將出現。然而，宮中的鄭貴妃似乎仍是朱常洛無法擺脫的陰影。他非但沒有膽量去追查當年鄭貴妃對自己的迫害，反而處處以先皇為借口，優待鄭貴妃。
神宗彌留之時，曾遺言於朱常洛，要朱常洛封鄭貴妃為皇后。神宗離世的次日，朱常洛傳諭內閣："父皇遺言：'爾母皇貴妃鄭氏，侍朕有年，勤勞茂著，進封皇后。'卿可傳示禮部，查例來行。"此時，神宗原來的王皇后以及朱常洛的生母王氏都已經去世，鄭貴妃一旦變成皇后，在接下來的泰昌朝中，她就可能變成皇太后。禮部右侍郎孫如游上疏給朱常洛說："臣詳考歷朝典故，並無此例。"既然朱常洛另有生母，鄭貴妃怎麼能封為皇后呢？朱常洛對此感到十分為難，於是將奏疏留中不發。後來，在八月二十日，朱常洛收回了封鄭貴妃為皇太后的成命。
鄭貴妃擔心朱常洛會因前嫌而報復自己，採取了兩方面的措施：一是勾結朱常洛所寵幸的李選侍，請求朱常洛立李選侍為皇后，李選侍則投桃報李，請朱常洛封鄭貴妃為皇太后；一是向朱常洛進獻美女，以取悅於朱常洛。朱常洛對於鄭貴妃送來的美女，照單全收。據《明史》的說法，鄭貴妃送來的美女數目是8名；《明史紀事本末》說是4名。但無論如何，喜愛美色的朱常洛面對美女，自然是夜夜縱樂。本來就因為生活壓抑而虛弱的身體，驟然要承擔如此多的政事，又貪戀美色，"退朝內宴，以女樂承應"，"一生二旦，俱御幸焉"，由是基本上累垮了。到八月初十日，身體就不行了，召醫官陳璽診視。八月十二日，一心想做一個好皇帝的朱常洛拖著病體接見大臣。大臣們見到皇帝形容憔悴，"聖容頓減"。十四日，便發生了崔文升進藥事件。
崔文升本是鄭貴妃宮中的親信太監。朱常洛即位以後，升崔文升為司禮監秉筆太監，兼掌御藥房。朱常洛患病後，鄭貴妃指使崔文升以掌御藥房太監的身份向皇帝進"通利藥"，即大黃。大黃的藥性是攻積導滯，瀉火解毒，相當於瀉藥。所以，接下來的一晝夜，朱常洛連瀉三四十次，身體極度虛弱，處於衰竭狀態。後來，廷臣們對於崔文升進藥的資格和所進藥物是否符合醫學原理兩點，對崔文升進行猛烈的抨擊。給事中楊漣說："賊臣崔文升不知醫……妄為嘗試；如其知醫，則醫家有餘者洩之，不足者補之。
皇上哀毀之餘，一日萬幾，於法正宜清補，文升反投相伐之劑。"楊漣認為，朱常洛本來身體就虛弱，應當進補，而崔文升反而進以瀉藥，其心叵測。當時，朱常洛的生母王氏外家、原皇太子妃郭氏外家兩家外戚都認為其中必有陰謀，遍謁朝中大臣，哭訴宮禁凶危之狀："崔文升藥，故也，非誤也！"八月二十二日，朱常洛召見首輔方從哲等大臣，六品的給事中楊漣也在召見之列。朱常洛看了楊漣很久，說："國家事重，卿等盡心。朕自加意調理。"之後，朱常洛下令，將崔文升逐出皇宮。八月二十九日，鴻臚寺丞李可灼說有仙丹要呈獻給皇上。太監們不敢做主，將事情稟告內閣大臣方從哲。方從哲說："彼稱仙丹，便不敢信。"接著，內閣大臣們進乾清宮探視朱常洛。