在明代歷史中，神宗經常被過度地描寫成一個荒唐、好色、懶散的皇帝。從萬曆三大征看來，神宗絕不是一個平庸的皇帝。雖然，我們可以說他是好大喜功，但是不要忘了，他在給朝鮮國王的信中始終強調朝鮮要力求自保的事實。實際上，神宗對於每一次軍事行動，似乎都充分認識到其重要性。而且，在戰爭過程中對於前線將領的充分信任、對於指揮失誤的將領的堅決撤換，都顯示了神宗的膽略。當然，神宗的荒怠、好色，也是不容否認的。
晚年的神宗，對於朝政的興趣，顯然沒有對斂財的興趣濃厚。在他親政的後20年，他基本上是一個不理朝政的皇帝。因此，萬曆後期朝政的混亂，直接導致了萬曆四十七年明朝軍隊在與努爾哈赤軍隊的薩爾滸一戰中喪師10萬，從而喪失了明軍對後金軍隊的優勢，間接導致了明代最終被清朝取代的結局。
孟森在他的《明清史講義》內稱神宗晚期為"醉夢之期"，並說此期神宗的特點是"怠於臨朝，勇於斂財，不郊不廟不朝者三十年，與外廷隔絕"。那麼，神宗是什麼時候從一個立志有為的皇帝變成一個荒怠的皇帝呢？又是什麼東西讓皇帝墮落得如此厲害呢？雖然，按照晚明的一位名士夏允彝的說法，神宗怠於臨朝的原因，先是因為寵幸鄭貴妃，後是因為厭定陵出土的金冠惡大臣之間的朋黨鬥爭。但是，學者們也以為，神宗之怠於臨朝，還因為他的身體虛弱的原因。當然，身體虛弱的背後，是酒色財氣的過度。
萬曆十七年十二月，大理寺左評事雒於仁上了一疏，疏中批評神宗縱情於酒、色、財、氣，並獻"四箴"。對皇帝私生活這樣干涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行婉轉開導，說皇帝如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外面的臣民會信以為真的。最後，雒於仁被革職為民。在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於毓德宮中，"自辨甚悉"。神宗對內閣大學士們說："他說朕好酒，誰人不飲酒？……又說朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕只因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞。……朕為天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財。……人孰無氣，且如先生每也有僮僕家人，難道更不責治？"看來，神宗根本不承認雒於仁的批評。的確，明末社會好酒成風。
清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習："朝廷不榷酒酤，民得自造。又無群飲之禁，至於今日，流濫已極。……飲者率數升，定陵出土的皇后鳳冠能者無量。……飲酒或終日夜。朝野上下，恆舞酣歌。"意思是說，明代後期對於酒不實行專賣制度，所以民間可以自己製造酒，又不禁止群飲，飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神宗在17歲的時候，曾經因為醉酒杖責馮保的義子，差點被慈聖太后廢掉帝位。這件事他倒是承認。至於說到好色，神宗雖然似乎不及他的祖父，但卻一點也不遜色於他的父親。他在萬曆十年的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了"九嬪"。而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，即玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中有10個長得很俊定陵出土的刺繡百子女裌衣秀的太監，就是專門"給事御前，或承恩與上同臥起"，號稱"十俊"。所以，雒於仁的奏疏中有"幸十俊以開騙門"的批評。這一點，神宗與當初荒唐的武宗有一點類似。至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出礦監、稅監，到各地四處搜括。
酒色的過度，使神宗的身體極為虛弱。萬曆十四年，24歲的神宗傳諭內閣，說自己"一時頭昏眼黑，力乏不興"。禮部主事盧洪春為此特地上疏，指出"肝虛則頭暈目眩，腎虛則腰痛精洩"。萬曆十八年正月初一，神宗自稱"腰痛腳軟，行立不便"。萬曆三十年，神宗曾因為病情加劇，召首輔沈一貫入閣囑托後事。從這些現象看來，神宗的身體狀況實是每況愈下。因此，神宗親政期間，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下面傳遞。萬曆三大征中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的"召對"形式。在三大征結束之後，神宗對於大臣們的奏章的批復，似乎更不感興趣了。所以，神宗荒怠的情形，還真有前後兩個階段：前一階段是不願意上朝聽政；後一階段是連大臣們的奏章也不批復，直接"留中"不發。但是，按照明朝的制定陵寶城度，皇帝是政府的惟一決策者。一旦皇帝不願處置但又不輕易授權於太監或大臣，整個文官政府的運轉就可能陷於停頓。到十七世紀初期，由於神宗不理朝政，官員空缺的現象非常嚴重。萬曆三十年，南、北兩京共缺尚書3名、侍郎10名；各地缺巡撫3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的編制，南、北二京六部應當有尚書12名，侍郎24名，這時總共缺了近三分之一。到萬曆四十一年十一月，南北兩京缺定陵方城明樓
尚書、侍郎14名。地方的行政管理，有時必須由一個縣的知縣兼任鄰縣的知縣。由這樣的情形，我們可以想見萬曆後期政府運作的效率。神宗委頓於上，百官黨爭於下，這就是萬曆朝後期的官場大勢。官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。整個政府陷於半癱瘓狀態。正如梁啟超說，明末的黨爭，就好像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嘗不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的："論者謂：明之亡，實定陵地宮亡於神宗。"
萬曆四十八年七月二十一日，神宗朱翊鈞病逝，十月葬於定陵。300多年以後，他的墳墓定陵被發掘。1958年，在考古學大師夏鼐的指揮下，神宗的梓宮被開啟。在厚厚的龍袍下面，掩藏著神宗的屍骨。屍骨復原後的結論是："萬曆帝生前體形上部為駝背。從骨骼測量，頭頂至左腳長1杄64米。"1966年8月24日下午，"地主階級的總頭目"神宗的屍骨被砸爛、焚燒。這位曾經統治中國48年的駝背皇帝，終於化作一縷青煙遠去。
光宗朱常洛可能是明代歷史中最不幸的皇帝。在他39歲的生命歷程中，前20年是不受寵光宗像愛的皇子，後19年過的是戰戰兢兢的皇太子生活及短暫的一個月的皇帝生涯。他的一生，始終處於宮廷陰謀漩渦之中。他的父親神宗偏愛他的異母弟福王朱常洵，而他則成為文官政府的官僚士大夫們擁護、推戴的對象。圍繞著他和福王，官僚們與神宗進行了長達15年的拉鋸戰。他被士大夫們視作國家的根本、未來的希望。他也確實在短短的一個月的執政生涯裡，曾經令士大夫們歡欣鼓舞，欣欣向治。
對於習慣於生活在皇權之下的明代大夫們來說，皇儲是一個國家穩定的象徵。皇太子是預備的君主，是國家的根本，可以杜絕旁人對於皇位的覬覦。我們應該還記得，憲宗在兒子朱祐樘6歲的時候就將兒子冊立為太子；武宗因為沒有兒子，所以就接連出現宗室親王圖謀皇位的叛亂；世宗不立裕王朱載■為太子，皇四子景王朱載圳就始終有著奪嫡的幻想。因此，從萬曆十四年起，大臣們與神宗就冊立皇太子一事展開了長達15年的拉鋸戰。許多大臣被生氣的神宗罷黜，但是，冊立皇太子的呼聲卻從來就沒有間斷過，直到萬曆二十九年皇太子正式冊立為止。
如果沒有福王朱常洵，或者如果朱常洵的生母不是受寵的鄭貴妃，大臣們也許沒有那麼敏感。在宮廷的地位陞遷中，母以子貴或者子以母貴的可能性都存在。