針對董志原回軍出現了撤退到金積堡的動向以及分兵部署的情況，左宗棠因時制宜，制定了各路銳進追攻的戰術。具體作法是飭諸路統領急將糧料運足，伺賊竄動則追之。
左宗棠慮各種銳進，而董志原的回軍或分支擾我後路，復令各留四成隊於後，肅清董志原殘餘的回軍，以期慎密。又慮各軍分佈數百里，未能剋期畢赴，則飭各軍相機而進，但見回軍動即各銳進追之，毋懷觀望，以至自相牽制，運掉不靈。
於是，陝安道黃鼎率師會固原提督雷正綰、記名提督馬德順、二品頂帶陝西補用道李耀南、楚軍守備高連升亦率馬步各軍屯駐距靈台百里西屯鎮一帶，均準備十日乾糧，「伺賊竄動，即銳進追之」。
二月二十二日，探馬飛報回民軍「老弱、輜重均已離巢，分向驛馬關，三叉河北竄。」
早晨，雷正綰、黃鼎率師自長武渡涇。午後，馬德順、李耀南、高連升亦率馬步各營由靈台跟進，均會師於太昌。
此時精悍的回軍悉伏董志原，回軍元帥馬正和等率騎千餘扼三不通，憑溝抗拒。是夕，各路將領會商以回軍盡萃於三不通，則荔家堡西路必空虛無備，議以雷正綰撥所部陳義率領步隊六營人馬，馬德順派所部楊世俊率領馬隊四營人馬，由泰昌入荔家堡，取蕭金西路以達鎮原，迎頭截剿。
余軍分為四隊，以李耀南所統恪靖馬隊為前鋒，馬德順、高連升馬隊繼之，雷正綰、黃鼎馬隊為左右翼，各軍步隊隨後排列而進，均由三不通一路直搗賊巢。
二十三日五鼓時分，各軍秣馬蓐食，分道進攻。辰時行至邱家寨，回軍游騎數百騎瞥見大股清軍之後，立即逃遁，各軍風馳電掣，直抵三不通。
至此回軍馬正和所部龜縮董志縣城，不敢在野外與清軍作戰。
而逃竄的余彥祿率領三千餘回軍騎兵從三不通外後撤退，依然憑借地理優勢分段阻擊清軍。
清軍馬隊經前衝撲，回軍恃險力拒，槍炮紛注如雨，馬隊往來衝擊，均為深溝所限，卒不得前。
正相持間，恰好官軍步隊各軍分由左右兩路逾溝衝上平原，繞出回軍關卡之後，回軍驚駭失措，害怕後路被堵，余彥祿率領回軍騎兵逃竄。
清軍馬隊乘勢衝入，槍轟矛擊，回軍不能支，紛紛後退。原上埋伏回軍剛要衝出抵禦，又為敗退回軍牽動，只好一起狂奔。清軍跟蹤緊追不放，斬殺千餘名回軍，復分軍循馬蓮河而上，繼續追擊逃竄的回軍。
留守董志原的清軍遂將焦村、肖金鎮、一帶回軍據點踏毀。回軍最後一個據點董志縣城在四月十六日被皖軍郭寶昌勝利收復，至此董志原已無大股回軍，留下的清軍肅清回軍游擊隊、土匪。李國樓留守董志縣城做善後的安撫工作，以及重建董志原等諸多事宜。
白彥虎、余彥祿率領約十萬名回民，攜老扶弱，向金積堡方向逃竄。沿途百餘里，回軍死亡枕藉，拋棄騾馬、丟棄軍械無數。剩餘的回軍策騎飛馳，悉向西峰鎮北走。
那數百里的黃土高坡上都是密密麻麻的人群，逃竄的回民一門心思想至金積堡，好似那裡就是人生最後的希盼，回民日夜趕路，沿路倒斃、掉隊的回民無數，逃難的慘景，綿延數百里。
高連升率領一千餘騎兵駐紮邱家寨，二十四日五鼓時分，巴特爾率領五百餘李字營騎兵撥隊跟蹤，早晨抵西峰鎮。
清軍游騎刀鞘雲所部抓住掉隊的三名回軍，據俘虜供稱，回軍前起老弱、輜重，因人馬眾多，未能疾遁，相距不過一日之程。其殿後勇悍的回軍騎兵被清軍打怕了，漏夜奔竄，前方約有二萬多名回民在向金積堡逃竄。
巴特爾和成昆等軍官商議之後，立刻派傳令官通知高連升，李字營騎兵也不等主力部隊，由巴特爾率領五百餘李字營騎兵遂急行軍，堵截回民逃竄，一鼓作氣的猛追，終於在延安地區，截獲一萬名逃竄的回民。
其餘一萬餘名回民，逃入山溝溝，李字營騎兵也無能為力，只能讓四處逃散的回民自生自滅。
清軍主力由驛馬關以出環縣，一由蒲河川以向三叉河，均在黑城子、下馬關會齊，同竄預望城、半角城，金積堡一帶。
前面於太昌會商所派提督楊世俊、總兵陳義兩軍從荔家堡出發，掃蕩而前，沿途斃賊甚眾，將鎮原縣城收復。
馬德順、黃鼎等率馬步各軍追擊逃往驛馬關、環縣方面的回軍。午後，馳抵驛馬關，追上回軍後尾，各軍爭先馳擊，追二十里到黨家腰峴，這裡「山徑逼仄，兩旁溝深數十丈。」
回軍大隊擁塞，急不得前。白彥虎等見勢危急，親督悍黨數百人阻隘死拒。清軍奮勇衝殺，槍轟矛刺，立斃悍賊百餘。
白彥虎等回軍頭領見勢不妙，撥馬先逃，餘眾則紛紛敗逃，人馬自相踐踏，墮落坑塹者無數，清軍追殺五十餘里，約共殺死回軍數千餘名。又連夜躡蹤窮追，二十五日收復慶陽府城，二十六日追至蔡家廟。
白彥虎率領回軍過環縣，由洪德城一路北走逃入馬化龍的金積堡地區。
清軍追之不及，遂於二十七日收隊回董志原。
此役，回軍餓死、戰死及墜崖而死者，實不止二、三萬人，騾馬之倒斃、餓斃及被各軍奪獲者約二萬餘匹，抓獲逃難的回民四萬餘人，拾獲軍械無數。
但也有三四萬回民安全抵達金積堡，這些經過長途跋涉的回民，大都身體強健，民族**的意志堅定，讓馬化龍倍添實力，有了繼續割據金積堡的底蘊。不過這些從董志原逃至金積堡的回民中間，有許多崔偉派遣的臥底，人數超過四千人，超過逃難人數的一成。
其中陳道勤就帶著八百多名回軍成建制的歸入余彥祿麾下，順理成章的被安排在一處堡壘。零星、單股的臥底更是數不勝數，這些清軍的暗探潛伏在金積堡，等待四帥崔偉的召喚。這是李國樓下的一招棋，讓原本固若金湯的金積堡充滿變數，未來金積堡的回軍也將出現一隻隻蛀蟲。
慶、涇各屬一律肅清回軍、土匪，董志原固守的回軍也被徐占彪肅清，自此董志原全部收復。
自陝西回民軍入踞董志原，當地居民的生命財產、農田窯捨、城堡村落，均遭受了巨大的破壞。
遠近城邑寨堡慘遭殺掠，民靡孑遺千里荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕，被禍之慘，實為天下所無。
清軍師行所至，井邑俱荒，水涸草枯，回軍因此而多所死亡，清軍亦因此而艱於追逐。
董志原居民除在兵亂中被殺、餓死、病死者之外，還有一些逃往陝北途中淪為難民，甚至淪為土匪，無力自救，慘苦至極。
戰亂過後，慶陽一帶杳無人跡，城內荒草成林，骨骸堆積，奇禽猛獸相聚為害。徐占彪先令戰士、民夫斬荊披棘，掇拾屍骨掩埋，城中方可駐紮。
勇陽府城周有山有壑，老百姓可藉以藏匿，董志原為黃土高原空曠平坦，在清軍來回掃蕩之後，能存活下來的百姓就更少了。其絕戶絕村之數，數不枚舉。
真是千村薜荔人遺失，萬戶蕭疏鬼唱歌。
無論平、慶、涇、涼一帶縱橫數千里，黃沙白骨，路絕人蹤。隴地荒瘠，人民百不存一矣，野狼最多，夜不敢行路。
董志原收復之後，左宗棠認為，甘肅「兵事方始，必先將陝西接壤之平、慶、涇、固一帶佈置大興屯政，然後進可戰，而退可守。」
為此，左宗棠一面派撥官軍前赴董志原扼守各要隘，一面辦理兵屯民屯，慶陽、合水、寧州亦須次第經理。
並從如下幾個方面進行了治理與開發。
1。遴選官吏，組織善後。
隴東收復後，左宗棠首先奏請朝廷「破除文法」，打破常規，就近遴訪甘肅人員署理府州縣各篆，招輯流亡，計口散糧，以延喘息。並給籽種農器，督勸丁壯及時耕種，以規久遠。擇險隘為兵屯，統領、營官主之。就堡寨為民屯，府州縣主之，均因其地之所宜。按節候播種粟、糜、蕎、麥諸種，督課軍民，日事鋤墾。
按清代的人事任免制度，地方州縣官員的任命須由吏部從外省詮選，不得就近選調。由於當時隴東新復，許多州縣都缺少官員組織善後工作，從外選調官員遠水不解近渴，且未必熟悉隴東情況，所以左宗棠特事特辦，要求朝廷同意就近從甘肅選配地方官吏，組織各項善後重建工作。
2。招徠難民，廣興屯墾。
由於戰後「慶陽一帶只剩空城」，左宗棠決定將曾隨從董福祥等淪為土匪，現已歸降的平慶籍難民招回原籍。這些人由於躲避回民起義，不得已背井離鄉，又被逼淪為土匪，招隆後大部分已被安插在陝北一帶。
3。設置縣丞，強化管理。
在董志原增設縣丞，加強地方政權建設的重要舉措。
4。禁種罌粟，引種棉桑。
西北關隴一帶地少而貧瘠，但長期以來有栽種罌粟的陋習。栽種罌粟和吸食鴉片不僅是甘肅貧困之因，也是西北民風由悍而頹靡的致衰致亂之源。為此，左宗棠提出了一套禁種罌粟倡種草棉的發展計劃。
5。鑿井抗旱，以工代賑。
提倡以工代賑，鑿井灌溉，試行區種之法，搞生產自救。左宗棠要求「甘肅各州縣，除濱河及高原各地方向有河流泉水足資灌潤外，惟現辦賑之慶陽、寧州、正寧等川地較多，尤宜鑿井。就是搞以工代賑，「
董志原和慶陽各州縣人民就是依靠左宗棠的賑濟和大興鑿井灌田之法度過戰後的動盪。
6。修路植樹，改善環境。
左宗棠把修路和栽行道樹、護路樹作為進軍的重要一環，道路修到那裡，行道樹就修栽到那裡，僅從陝西長武縣經隴東到會寧縣止的六百多里的道路兩旁，歷年種活的榆柳，就有26萬餘株。所種之樹，密如木城，行列整齊。這些樹林被甘肅人民稱為左公柳，以表達對倡導者左宗棠的緬懷之情。
在慶陽各屬，環縣屬境種活樹一萬八千餘株；董志縣丞及鎮原縣境種活樹一萬二千餘株。
董志縣丞所在地就是董志縣城，在那裡大量樹木的栽種，改善了董志原的生態環境和生存條件。
此外，左宗棠部屬還修治道路，平慶涇固各屬驛站，固原北至平遠以達惠安堡鹽路，均已一律修治平坦。又承修平涼、慶陽、隆德、合水、董志縣丞、鎮原、平遠各府縣城垣、衙署及各祠廟、堡寨、驛館。
這些基礎設施的興建，加上樹木的栽種，極大地改善了董志原的面貌，董志原又綻露生機。
平慶涇固道魏光燾視察甘肅東路，善後諸務施治。修築城堡、平治道路、搭架橋樑、開浚河流、種植官樹、利民之政、百廢俱興。