左宗棠深知回軍和捻軍聯合後更加難以對付，因此他向清廷進陳方略說：「方今所患者，捻匪回逆耳。以地形論，中原為重，關隴為輕；以平賊論，剿捻宜急，剿回宜緩；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地，然後客軍無後顧之憂，餉道免中梗之患。」
又說：「進兵陝西，必先清關外之賊，進兵甘肅，必先清陝西之賊，駐兵蘭州，必先清各路之賊，然後餉道常通，師行無梗，得以一意進剿，可免牽掣之虞。」
這個方略的核心是「先捻後回」、「先秦後隴」，關鍵則是「不令捻回合勢」。
7月，左宗棠所部楚軍近二萬人由湖北樊城分三路到達陝西。按照其「先捻後回」的既定方針，以先期入陝的劉松山所部老湘軍、郭寶昌所部皖軍、劉厚基所部湘軍和新到的高連升部楚軍共二萬一千餘人進攻捻軍，以幫辦劉典所部楚軍和黃鼎所部川軍共八千餘人駐陝甘邊界，對付回民起義軍。
其餘楚軍萬餘人，分駐鳳翔、宜君、華州、華陰、渭南、臨潼等地，策應各軍，為「兼討回捻之師」。西捻軍識破了左宗棠的陰謀，迅速跳出包圍圈，在回民軍配合下，向陝北挺進。與此同時，陝甘回民起義軍仍不斷從甘肅進入陝西，與西捻軍共同抗清。
10月至11月間，西捻軍和回民軍取得了連克陝西安塞、延川、綏德等城的勝利。左宗棠智窮力竭，不得不上奏「自請嚴議」。
可是，由於民族和宗教信仰不同等原因，回民起義軍和西捻軍的聯合沒能得到進一步的發展，一直處於「時離時合」的鬆散狀態，既沒有統一的組織形式和集中領導，也沒有共同作戰的長遠計劃。
更由於回民軍的領導權又掌握在上層貴族手裡，強烈狹隘民族主義思想，讓回軍排斥捻軍。回民軍與西捻軍之間的互相攻殺事件時有發生，使得回軍和西捻貌合神離。
之後西捻軍為救援東捻軍，由宜川東面的壺口渡過黃河進入山西，回民起義軍在陝西處於孤軍作戰的不利地位。
左宗棠率清軍主力入晉追擊西捻軍，在幾路人馬圍攻之下捻軍首領張宗禹投河自盡，西捻大部肅清，只有少部分的捻軍，尚留在甘肅。
此時左宗棠參加鎮壓西捻軍之後回到西安，他以陝西大局已定，遂加緊進行甘肅的各項整肅。
第一，整頓部隊。
駐陝清軍，除左宗棠所部楚軍外，還有劉松山的老湘軍、郭寶昌的皖軍、黃鼎的川軍等；駐甘清軍更為龐雜，這些部隊不但待遇差別很大，而且編製很不統一，有的名為一營，實際只有二三百人，有的則多至數倍。為了整齊劃一，左宗棠下令淘汰疲弱，一律按楚軍的編制加以整頓，統歸其指揮。同時，在陝甘就地招募新兵剩女媚惑天下-江山紅顏定。左宗棠和劉典直接統轄的楚軍就有步隊五十五營、馬隊十五營，共三萬人左右。
第二，誘降饑民武裝。
在西捻軍退出陝西、回民起義軍大部轉入甘肅以後，董福祥領導的饑民武裝仍在陝北一帶活動，對清軍威脅很大。董福祥與金積堡和董志原的回民起義軍都有聯繫，是左宗棠進攻甘肅的一大障礙。於是，左宗棠在榆林、綏德、延長各駐一軍，截斷董福祥東渡黃河之路；又派劉松山率部從山西渡過黃河，由綏德西行，直逼董福祥的根據地鎮靖堡。劉松山通過收買董福祥的父親董世有，誘使董福祥投降。
劉松山收其眾十多萬人，從中挑選精壯，按楚軍編制，編為「董字三營」，由董福祥、張俊和李雙梁各帶一營。董福祥的投降，不僅使回民起義軍失去了一支同盟軍，並直接威脅到金積堡和董志原的安全。
第三，改革稅收機制。
在陝甘地區仿照福建的做法，開辦商賈貨厘，也就是商品稅。按照商品價值，收取百分之二。
招募廉潔樸實的士紳管理厘局，商品稅收支的數額，每月張榜公示。設總局由西安知府裕麟總管，將稅收轉入軍需局。
厘稅制度剔除了漕糧的積弊，原漕糧浮折，官私取給，規定按每石谷子交納六兩銀子。
而當地谷價賤跌，當年一石谷只值四百錢，二千四百錢才能換到一兩銀子。農民用谷子換錢，再用錢換銀子，完納漕糧，苦不堪言。一個年收入百石谷子的家庭，折合銀子去交公糧，要用掉三分之一的谷子，於是拖欠日益積累。
左宗棠通令各州縣廢除舊規，按照戶部規定的章程，每石谷子交納三兩四錢銀子，其中地丁四錢，漕米折色一兩三錢，加上軍需一兩三錢，每石谷子增收四錢歸縣裡使用。左宗棠要求各地根據自己的收入，加減定額。
這種辦法既減輕了農民負擔，又增加了財政收入。作為農業家左宗棠看出漕運、商事稅收的弊病，行之有效的改革，讓陝甘地區的農業、商業，恢復了生機。
稅收、農事是左宗棠的強項，至於創辦的軍工企業，成為朝廷沉重的負擔，總是讓胡雪巖替他向洋行借錢，也是他為官一大弊端。
左宗棠漢族，字季高，號湘上農人。已經五十多歲，留有濃密的八字須。少時屢試不第，那雙金魚水泡眼，斜睨看人，有誰受得了。左宗棠自詡才高八斗，天底下沒有他佩服的人，脾氣古怪，在大清官場上獨樹一幟。在天平天國猖獗時，贏得「國家不能一日無湖南，湖南不可一日無左宗棠」的美譽。
就連他的恩師曾國藩也要讓著他，等到他羽翼豐滿，連曾國藩也看不慣，上書攻訐曾國藩，甚至到後來兩人鬧不和。
左宗棠從來不受賄，未做官時家裡就有錢有勢。不是他自己有錢，他家境中落，二十歲大齡青年尚未婚配。而是比聯招親，娶了湖南湘潭縣周姓大族的才女周詒端，做了入贅女婿。婚後夫婦蟄伏「桂在堂」吟詩唱和，談經論史。又一道鑽研方輿學和農學。在此度過了三試不第，充滿坎坷的十三年。這十三年也正是他夯實基礎、蓄銳待發的十三年。
太平天國之亂，讓左宗棠有了用武之地，憑借他高超的指揮藝術，以及超乎常人的眼光，從胡林翼的幕僚成為炙手可熱的統帥，陝甘總督，軍機大臣。
左宗棠正在為經費絞盡腦汁，年關各地官府封印，而下半年的楚軍以及湘軍的餉銀到此時還未見朝廷撥來，新的一年即將開始，兵部不會認老賬。這也是慣例，朝廷從來不會按照兵冊的數額，下發軍隊的餉銀，最多按照九個月的餉銀髮放。兵部早已做出的規矩，讓左宗棠徒呼奈何，他手下的兵卒比花名冊上的數字還多。
「難呀！還是按照老辦法來。」想到要撫恤死去的各部戰士，左宗棠哪有瑞雪兆新年的好心情，對著手下的平慶涇固道員魏光燾大歎苦經。
「大帥，再難也要過年，將軍們一路勞頓，好酒好菜總要準備，下官先去安排一下末世之美女保鏢。」魏光燾是稅務改制的制定者，為四品道台銜，被左宗棠從湖南調入陝甘，執行新的稅收改制政策。
左宗棠想起一事，心裡忿忿然，問道：「魏道台，那個押運使李國樓，如今到哪了？我怎麼連他的消息也沒有，他難道不用快馬傳遞消息嗎？」
道員魏光燾露出一絲苦笑，回道：「大帥，別提那個押運使李國樓，自以為對社稷有功。把國家財物當做私財，我發文問劼他物資具體數字，他竟然語焉不詳，均以一批，來敷衍我。反而要我們陝西地方為他提供2200人的食宿，1000匹牛馬的飼料，這種公文倒是沒少發，從未看見過有這麼囂張的官。」
「哎，他是要來討要軍功，男爵的爵位，虛位以待。不滿足他的私慾，就要掐我的脖子，和李鴻章一副德性，我不求他。」左宗棠斷然說道，一副天不怕，地不怕的樣子。
魏光燾愁雲佈滿那張方臉，捋鬚道：「大帥，朝廷對我們向洋人借款頗有微詞，那個李國樓還說要把海關的關稅權，收歸國庫，不再給予地方關稅抵押給洋行的擔保。我怕他為了洩憤，真的會幹得出來。」
左宗棠西部用兵，支出巨大，動輒便是百萬以上白銀。戶部無力為繼，是由官商胡雪巖的《阜康錢莊》出面，向《英國渣打銀行》等幾家國外銀行、錢莊借錢，就是以各地的關稅釐金來作為還款的擔保。若是地方海關的關稅釐金全部收歸國有，作為地方的總督等於少了很大一塊財政補貼，連活絡的銀子也沒有了。
魏光燾告誡左宗棠與李國樓翻臉的很可怕惡果，你不給他果子吃，他也不會讓你好過，大家一拍兩散。不給李國樓受封男爵機會，他一定會報復的，而且絕不止一個手段，他可是在朝堂上站著，無事也能煽風點火。
左宗棠看著那張陝甘地區的巨大模型，肩上承擔太多的責任，那張乖張跋扈的臉，慢慢變得平和。他懂得變通，進京面聖也給太監孝敬，兩宮皇太后的壽禮，從不會忘記，該孝敬的菩薩總要磕頭。他亦是拜在恭親王奕訢門下的弟子，同樣屬於洋務派。
一個派系的人也相互侵輒，大清有祖制「沒有軍功不能封爵」。所以李國樓才會窮凶極惡，帶了近千名軍人押運軍需品，故意刁難左宗棠的陰招早已圖窮見匕。
左宗棠沉思良久，波瀾起伏的心態歸於平靜，露出老成持重的神情，捋鬚道：「魏道台言之有理，探花郎一心為國，本帥理應以資鼓勵。給布政使林大人發文，押運使李國樓的糧草要妥善佈置好。再給李國樓發去公函，讓他把直接將物資運送至董志原前線，直接交予果勇營徐占彪所部，戰事緊迫，望押運使能以國事為重，早日讓將士們看見無敵神威砲的威力。」
「大帥這麼多軍用物資，交予徐占彪所部，我怕其他部隊會鬧事的呀。」魏光燾有些不敢相信，徐占彪十二營是四川客軍，並不是左宗棠的嫡系楚軍。
「哎，魏道台，這個你不懂，攻打堡寨還是川耗子好使，要想徐占彪所部效死，就要對他們視如己出。只有這樣李國樓才不會大甩賣，在山西境內四處買好，給你來一個一批軍用物資來敷衍你。現在他在看我的表態，我給他面子，接下來普魯士的進口物資，他就不會以海防重於邊戍刁難我，漢人的那些花花腸子，也就這麼幾招，你要學著點。」
黃土高坡上的堡寨，以及隴東地區的地勢，制約了大清軍隊展開大面積攻勢，打一個個堡寨、軍事壁壘都需要用命去填，還需要攀爬工事。人小靈活的山地民「川耗子」自古是山地戰的好手，故此這次董志原的前線總指揮交予川軍總兵徐占彪。
魏光燾洒然而笑道：「還是大帥高明，李國樓只是一個跳樑小丑，丞相肚裡能撐船，不與他一般見識。」
千穿萬穿馬屁不穿，左宗棠那張老臉不由笑了，戰略佈局早已瞭然於懷，冬季小股部隊部隊穿插，不給敵人逃竄的機會。到了春季，大兵壓境，一舉收復董志原。