在朱由檢的鐵腕手段下，湧進京師的十餘萬難民很快得到安置。除了少數投靠親友外，絕大多數難民被安置在外城通遠門內臨時搭建的帳篷內。因為現在是初秋季節，天氣也不冷，所以還不用考慮御寒問題。
需要注意的只有三點，一是吃飯問題，二是防火，二是保持秩序。吃飯這一點，由戶部開設粥廠，朱由檢委派戶部尚書王在晉專門負責，糧食先從戶部倉庫撥付，如不夠就動用內庫的戰略儲備。朱由檢的要求是一定要管飽，因為難民、尤其是來自通州的難民，是朝廷的原因導致他們失去家園的，朝廷當然要負責到底。
防火和保持秩序方面，難民區實行嚴格的軍管，由北城兵馬司專門負責。不論男女老幼，是貧是富，在京師戒嚴期間都嚴禁隨意走動，包括大小便都在固定地點解決，沒事都得呆在自己的帳篷裡。各帳篷之間也留出一定的安全距離，嚴禁互串。若是被巡邏的士兵逮住，第一次警告，第二次打板子，第三次就要投入大牢了。這些命令雖然不近人情，但非常局勢之下須有非常之策，這麼做最起碼保證了這些難民不給京師添亂。
不光是難民，整個京師也實行嚴格的戒嚴。內外城的所有城門，都由五城兵馬司和皇城警衛團設卡檢查，夜間實行嚴厲的宵禁，像清樓、酒樓等專做夜間生意的，乾脆強制歇業。凡是無故在街上亂逛者，都會被視作奸細，抓進錦衣衛北鎮撫司嚴加審問。
朱由檢還特別注意物價問題，尤其是糧價。他已命令五洲商社和陝西商幫，要按照戒嚴之前的價格正常售米，必要時動用戰略儲備平抑米價。
經過大半年的積累，戰略儲備庫中已有近百萬石存糧，按照一個成年人每天吃一斤糧食算，一石糧食夠一個人吃四個月的，百萬石存糧足可支撐全城軍民吃三個月以上。而後金軍圍城超過三個月的可能性微乎其微，所以糧食方面朱由檢並不擔心。
至於可能出現的奸商哄抬米價，朱由檢已經給錦衣衛下了一道密令：誰敢這麼幹，就隨便編個理由把他抓進詔獄。其實按照他本來的想法，像敵軍圍城這種特殊情況，是完全可以實行「戰時**」，所有資源統一調配的；但考慮到士紳階層肯定會強烈抗拒，進而影響守城大計，朱由檢只能採取這種「曲線救國」的方法，總之只要達到穩定糧價、穩定民心的目的就行了。
至於軍事方面的安排，郝永忠的三千營原有二萬五千人馬，李定國和李來亨帶走一萬，在剛發生的戰鬥中又傷亡千人，現在只剩一萬四千人了，朱由檢讓他們擔任預備隊，不但不承擔守城任務，還轉移到京師以西的山區之中。他們目前的任務就是保存自己，只要不被後金軍圍殲就行。
而解勝的五軍營和神機營，合計三萬步軍，責無旁貸地承擔起了守城重任。解勝把這三萬人平均分成五支，每支六千人。一支做預備隊，其餘四支各守一面城牆。
擴建後的京師外城長達百里，單面城牆平均長二十五里，六千人駐防，平均每丈才有不到二名士卒，這顯然是不夠的。好在三大營整編時裁汰下來六萬多人，這些人仍然保留軍籍。前段時間他們負責修築工事，現在則全部調入城中，擔任諸如搬運彈藥、搶救傷員、巡邏瞭望之類的輔助作戰任務。一旦戰事吃緊，主力軍隊傷亡過重時，也就不得不從這些官軍中選拔士卒頂上去了。
趁著這個「機會」，朱由檢又宣佈了一項重要措施：在京師臨時施行義務兵役制。具體做法是不分官民、戶籍，只要是京師戶口的，每戶凡是被選到，必須出一年齡在十五歲以上，六十歲以下的男丁，加入新組建的「新軍營」，服役一年。除非這一戶沒有符合條件的男丁，才能豁免兵役。
義務兵役制，也是朱由檢對大明軍事制度的一項重大改革。其實這種兵役制度古已有之，名為「徵兵制」，是與募兵制相對的一種籌集兵源的制度。所謂「徵兵」，就是強制符合條件的國民從事軍職；而募兵顧名思義，就是花錢招兵，願者參加。
這兩種兵役制度各有優缺點。徵兵制的優點是幾乎全體國民都在應徵範圍之內，最起碼兵源數量充足；而且成本較低，因為徵兵是強制性的，只要讓士兵能吃飽飯就行了。
徵兵制的缺點亦很明顯，一是兵源質量良莠不齊，戰鬥力難以保證；二是因為強迫入軍，士卒的意志力和戰鬥精神普遍較差，基本上就是在混日子；三是戰爭頻繁時，老百姓都知道當兵就意味著死亡，會出現大量的逃役情況，官府就不得不「拉壯丁」。
而募兵制截然相反，優點一是兵源質量高，因為參募者一般都是身強力壯、好勇鬥狠的人；二是忠於領軍將領，敢於死戰，因為將領就是他們的「老闆」，只要作戰勇敢，就有大把的糧餉可拿。
至於缺點，一是兵源不足，尤其是當百姓生活水平較高時，本來自己日子過得不錯，誰吃飽了撐的豁出命去當兵？二是募兵成本高，需要大量的真金白銀，對財政是一個沉重的負擔；三是所募之兵容易成為領兵將領的「私兵」。
在中國歷史上，徵兵制和募兵制都不乏先例，像戰國、秦、西漢都屬於徵兵制，而東漢、唐代中後期、兩宋時期，都屬於募兵制。
而明代的「軍戶制」，非軍戶者不用服役，軍戶則世代服役，可以視為一種有限範圍內的徵兵制。但是現在軍戶制已名存實亡，各地的民團、鄉勇實際上都是募兵，就連朱由檢創建的秦兵也是募兵。至於傳統的軍戶，因為生存不下去逃亡的佔了一大半，剩下的戰鬥力也嚴重退化，而且可征之兵越來越少。在經歷了薩爾滬之戰、廣寧之戰等幾次慘敗後，明軍消耗了大量兵力，兵源已經出現了枯竭的跡象。
在兵源枯竭、財政困難的情況下，朱由檢知道自己只有一個選擇，那就是普遍徵兵，也就是義務兵役制。但這項制度改革，無疑是動搖了明朝戶籍制度的根基，他也預料到旨意一下，必然會遭到激烈反對。
果不其然，就在第二天清晨，上百名官員齊聚天壇，聯名上奏，請求皇帝撤銷徵兵決定！.