當夜朱由檢即與袁崇煥、李來亨、曹文詔等人登船，四艘運糧船加上剛剛修復的袁崇煥座艦，五船向寧遠緩緩進發。
不過這次可沒有來的時候快了，因為海上風力一下子轉弱，儘管水手們不斷調整航向和船帆，讓船隻盡可能借助風力，可船速還是如烏龜一般，在海上漂了兩天，才到達波海口附近。這也將海運在這個時代的缺點暴露無遺，那就是除了風力以外，沒有其他的動力，因而可靠性比其陸地來大為不如。
朱由檢雖然心急如焚，卻也無可奈何，只能每日與袁崇煥等人研究遼東地形，聊以解悶。心中卻在想，現在指望發動機出現顯然是不現實的，如想逆風行舟，就只有依靠人力划槳。
但海船不是小艇，自重很大，要想用船槳划動，除了船隻需要改裝以外，還要增加大量槳手，至少也得有幾十人。那麼船隻每次出海，必須多帶幾十人，以及這幾十人的糧食和淡水，消耗自然大增。在速度和消耗之間如何取捨，這還真是個讓人頭疼的難題。
到了第三天，由於春天漸近，海上轉為東南風，船速陡然加快。眾人皆歡聲雷動，將航向對準寧遠，掛上滿帆全速前進。
又過了一天，已經遠遠地望見了覺華島的輪廓。眾人歡呼之際，朱由檢卻想起兩年多前島上軍民被後金軍屠戮殆盡、上千船隻被焚燬的往事，心中不禁黯然。
忽聽袁崇煥驚叫道：「聖上，有兩艘船正向我們接近！」
船上的水手和士兵立即進入警戒狀態，運糧船上是沒有火炮的，只有袁崇煥的座艦側舷上有四門小型佛郎機炮，此時炮手趕緊手忙腳亂地填裝彈藥，準備射擊。因為女真人雖然沒有海軍，但近來倭寇越來越猖獗，偶爾也會流竄到這一海域，所以眾人都是如臨大敵。
待距離近些，袁崇煥才長出一口氣道：「聖上勿憂，是我們的船，那船頭上的人還向我們揮手呢。咦，此人體態怎麼有些眼熟…」
待雙方距離更近，朱由檢與袁崇煥卻大吃一驚。原來那船上不是別人，正是吏部尚書孫承宗！只見這老爺子急得滿臉通紅，在船頭蹦著高向這邊拚命大喊。但是距離太遠，喊什麼實在聽不清楚。
朱由檢心中猛地一緊，暗想孫承宗不是被自己甩到了山海關麼，這會跑來寧遠做什麼，又為何如此驚慌？難道是遼東局勢有變？
待雙方船隻相距不足百丈，對面船上的水手突然齊聲吶喊：「錦州、大凌河被圍！」
朱由檢腦袋「嗡」地一聲，險些沒坐到甲板上。袁崇煥急忙攙住，朱由檢卻奮力甩開他的胳膊，破口大罵道：「你大爺的袁崇煥，看看你幹的好事！你不在寧遠呆著，非要跑去皮島，還耽誤了朕十幾天的時間！若兩城邊軍全軍覆沒，朕非活剮了你不可！」
袁崇煥當然也知道情況的嚴重性，嚇得跪倒在甲板上連連磕頭。朱由檢恨得咬牙切齒，剛飛起一腳想踢袁崇煥，卻又生生地頓住道：「磕頭有個屁用！趕緊靠岸進寧遠城，想法子補救！」
幾艘船迅速靠岸，孫承宗也從船上下來，幾乎是連滾帶爬地跑到朱由檢面前，氣喘吁吁地道：「聖…聖上，你好大心，怎麼去了這麼久！大凌河和錦州已經被圍五天，建虜正全力猛攻，這可如何是好！」
朱由檢忙飛身跨上早已準備好的駿馬，一邊進寧遠城，一邊聽孫承宗詳細匯報戰況。
原來後金大汗皇太極一方面派寧完我去京師議和，另一方面也厲兵秣馬，隨時準備發動進攻。儘管朱由檢很快就來到遼東，並且將消息封鎖了幾天，但由於皮島之行一來一回耽誤了十幾天的時間，後金方面還是獲知了寧完我被殺的消息。
皇太極聞訊勃然大怒，而且本來長冬過去，他也準備興兵南侵了，於是當即盡起後金、蒙古、漢軍八旗十餘萬大軍，從瀋陽、遼陽和廣寧分別出發，只用了一天半時間就兵臨大凌河城下，將這座尚未竣工的城池團團圍住。
大凌河守將、平遼前鋒總兵官祖大壽正率領三萬五千邊軍在此築城，見後金大軍驟至，當然不敢出城迎敵，只得緊閉四門龜縮不出，後金軍立即將大凌河四面圍得如鐵桶一般。
皇太極還覺得意猶未盡，十幾萬大軍圍困這座彈丸小城，兵力不易展開，又命四大貝勒之一的正藍旗旗主莽古爾泰為帥，統領濟爾哈朗的正白旗、岳托的鑲紅旗，以及自己的長子豪格率領的鑲黃旗之一部，迅速越過大凌河城，直撲幾十里外的錦州。
錦州現在的守將是總兵朱梅，他因為受到祖大壽排擠，手下只有八千老弱殘兵。錦州雖然已經築城完畢，但這八千弱兵自保尚嫌不足，更別提救援大凌河了，因此朱梅也只好死守錦州，同時飛馬向寧遠告急。消息剛剛送出去，八旗大軍就合圍錦州，此後就再也沒有消息傳出了。
偏巧駐節寧遠的袁崇煥去了皮島，寧遠守將哪敢做主，只得繼續向山海關的高第通報。高第和孫承宗正在山海關苦等皇帝，突聞此大變，皆嚇得魂飛魄散。
高第本來就沒什麼軍事才能，讓他守山海關可能還行，遇到如此緊急情況，他也不知道該怎麼辦才好了。倒是孫承宗還沉得住氣，一方面命人快馬去追趙率教，讓他趕緊率軍返回山海關再說；另一方面親率滿桂所部一萬多兵力向寧遠急行軍，用了兩天兩夜的時間匆匆趕到。
可是孫承宗也知道，這一萬多人若去和後金軍野戰，多半是凶多吉少。而錦州和大凌河存糧頗豐，城池又很堅固，應該可以守一段時間。再說他現在可不是統兵的督師，只是吏部尚書，無權做出如此重大的軍事決定。因此他急盼皇帝回來主持大局，心急之下，竟也乘船出海，想要到皮島去找朱由檢，幸虧走了不遠便碰上了。
朱由檢聽罷介紹雙眉緊鎖，良久才道：「尚書大人，還有你，袁崇煥！你們認為現在該怎麼辦？」