既然成立了皮島商行，朱由檢就打算如毛文龍時期一樣，繼續保持皮島「自由港」的地位。百度：本名+除了商行的船隻可以去海外貿易以外，當然也得允許海外的商船來皮島交易。這就又涉及到兩大問題：安全和監管。
所謂安全，自然是指皮島的防務。東江鎮現在只剩下皮島及附近的若干小島，雖然是彈丸之地，兵力也不很多，但處於朝鮮和後金之間，進可攻退可守，戰略地位十分重要。如果山海關乃至京師是未來的前線主戰場，那麼皮島就是敵後第二戰場，可以騷擾後金的後方，牽扯其兵力，使韃子不敢全力進攻主戰場。
所以皮島絕對不容有失。由於是海島，所以只要防住來登陸的艦隊，女真人就只能望洋興歎。而狡猾的女真人會不會打著貿易的幌子，偷偷派人上島搞破壞，甚至直接攻島？朱由檢必須考慮到這種可能性。
所以朱由檢要黃龍做的第一件事，就是整編皮島水師。本來皮島共有戰艦十七艘，其中毛文龍的旗艦最大，是八百料的福船，不過換算成排水量，大概也就是四五百噸。剩下的三艘六百料戰艦，分別為孔有德、尚可喜、耿仲明所有，現在也被三人帶跑了。餘下多為四百料船，甚至還有一百料的小船，比漁船也大不了多少。
朱由檢命令黃龍坐鎮於旗艦之上，非特殊情況不得下船。而毛承祿則駐於皮島之上，負責日常管理。說到底，朱由檢還是對毛承祿不大放心。如果毛文龍已經被殺，他是絕不會留毛承祿在島上的。現在毛文龍要被押往京師，毛承祿應該還不敢怎麼樣，而皮島又人才奇缺，權宜之下，朱由檢也只得讓他留任。以後只要有合適人選，朱由檢肯定要把毛承祿調走。現在讓黃龍直接掌管艦隊，毛承祿就算有異心，沒船照樣什麼也做不成。
朱由檢給黃龍下達的近期任務是：暫時不必急於襲擊後金，先把皮島海防鞏固了再說。每日艦隊要在附近海域巡航，凡有至皮島貿易的海船，必須先在外海停船受檢，沒有問題之後才放行停靠，這樣就基本杜絕了女真人偷襲的可能性。
至於對外來海船的稅收，毛文龍時期是按船收稅，一艘船收個幾十兩白銀。相對於一次動輒成千上萬兩的交易量來說，這點銀子實在微不足道，所以才能吸引大量的走私船前來。
朱由檢卻改變了這個規矩，改為按貨值收稅。這在前世本是常識，因為貨物種類千差萬別，貨值也相差懸殊，按船收稅雖然簡單，但卻很不公平。
改為按貨值收稅後，雖然監管的工作繁瑣了許多，比如船主要申報、守軍要核點，而且為了繼續吸引商船前來，朱由檢也把稅率定得很低，算下來與以前也差不了多少；但朱由檢的目的是讓貿易方養成照章納稅的習慣，而且海關收稅也是一個主權國家的當然權力，對外貿易總量變大以後，稅收收入也會是財政收入的一個重要來源，對現在的皮島而言尤其如此。靠著自收自支，皮島就可以解決一部分軍餉了。
將皮島的防務和主要經濟問題做出安排後，接下來就要處置島上的其餘人員了。其中一部分是毛文龍招募來幹活的工人，這部分人朱由檢基本留用，因為島上的建設還少不了他們。而最棘手的問題，就是如何處理那幾千名女子了。
毫無疑問，朱由檢是絕對不會允許技女在皮島繼續存在的。但他們或是被毛文龍擄來，或是因為生活極度困苦而主動前來，而且日本人、朝鮮人、女真人甚至歐洲人都有，朱由檢也不可能把她們一一遣送回原籍。
向這些女子徵詢意見的結果，也印證了朱由檢的判斷。她們別說是無家可歸，就是有家也沒臉回去了。數年皮島賣笑生涯，已經在她們的心中刻下了深深的傷痕；如何撫平這些傷痕，讓這些可憐的女子做回正常人，可讓朱由檢頗費思量。
初時朱由檢曾經考慮，乾脆將她們留在島上，與守島士卒結成夫妻。可是後來一想，此舉大為不妥。因為這些人都有著不堪回首的過去，即使以後成家，但皮島一共也沒多大，低頭不見抬頭見，一旦碰到過去的「主顧」，實在太過尷尬。若甚至因此產生「出軌」等事，極易引發士卒之間的矛盾，對嚴肅軍紀殊為不利。
最後朱由檢下定決心：將這些女子全都運回京師。在那裡，沒人知道她們的過去，她們可以和那裡的百姓成親，並且參與未來京師的建設。這個人口遷移工程可不算小，至少也得往返幾十次才能運完。朱由檢嚴令：在等候船隻期間，禁止任何人再去騷擾這些女子，違者立斬不赦。並且每人賜銀二十兩，權且算是對她們這幾年受到的欺凌的一點補償。
至於這裡面的一些外籍女子，朱由檢把她們挑出來，待風暴平息之後，隨自己同船返回。這倒不是他想品嚐什麼「異域風情」，而是這些女子都會外語。
朱由檢現在急需懂得外語的人才，偏偏大明向來以天朝上國自居，幾乎就沒人會外語。他也不可能總指望著那幾個傳教士，一來他們人數太少，二來他們來中國都另有所圖，不能太過倚重。而這些外籍女子沒有任何政治目的，被解救出來之後又心存感激，當外語教員實在是再合適不過了。
這七天就在忙忙碌碌之中飛快地過去了。雖然皮島事務仍是千頭萬緒，朱由檢卻一天也等不下去了，他心裡最牽掛的，始終是大凌河的數萬邊軍。
這一晚他夜不能寐，索性與袁崇煥來到海邊，頂著刺骨的寒風觀察咆哮的大海。不知過了多久，他突然海面上有一片亮光，隨著上下浮動的波濤不停閃耀變幻。
「那是什麼？」朱由檢不禁奇道。
袁崇煥定睛一看，不禁大喜道：「那是月亮在海中的倒影！聖上，天氣放晴了！」