妙木山蛤蟆國，陽光照射在碩大的葉子上。蛤蟆文太身上纏滿了繃帶，勉強爬了起來。蛤蟆大仙人擺弄水晶球，「你醒了啊！」文太疑惑，「蛤蟆仙人？」蛤蟆大仙人道，「我看到你那樣會有生命危險……」看到旁邊的桌子上有酒，文太伸手拿過瓶子，往杯裡倒酒，「給你添麻煩了。」蛤蟆大仙人道，「明明是傷員，馬上就飲酒嗎？」文太道，「這是最有效的藥了。那麼，小鬼呢？」蛤蟆大仙人道，「在和佩恩的本體進行交談。」文太吃驚，「啊，和佩恩？」蛤蟆大仙人指了指水晶球，裡面呈現影像，「兩位預言之子相見了。那麼會如何做個了結呢？」
樹洞下，鳴人提出想聽聽長門和小南的故事，長門同意了，小南卻表示反對，「長門，這樣完全是浪費時間。馬上解決這兩個傢伙吧！」晶臧冷笑，「喂，天使紙妹，這樣的話應該由我來說吧！你還沒搞清楚現在這個狀況吧，在這麼近的距離內，我只要一出手，就能幹掉你們兩個！」小南哼了一聲，「那你就試試看啊！別以為長門沒有佩恩那樣的戰鬥力，他可是能夠使用佩恩六道所有的招數！」晶臧道，「哎，這樣啊！有點意思！」長門道，「先等等，小南。我想知道這傢伙的答案。這兩個人都不是能輕易夠擊敗的對手。他們先後3次打倒了佩恩六道，一起來到了這裡。」
小南只是擔心拖得久了，木葉的援兵會源源不斷趕來。長門道，「我最大的痛楚有兩個……其中之一是父母的死。事情發生在曾經作為大國戰場而被捲入其中的雨隱村。」
時光回退到第二次忍界大戰時期，雨之國處在大戰的中心。長門的紅色頭髮繼承自母親，那時候長門還是個小孩子，與父母躲在家裡，提心吊膽的避難。有兩個木葉中忍闖進他家裡，尋找食物，他們已經4天沒有吃到東西了，人幾乎到了極限。兩個木葉忍者在家裡東翻西找，看見有罐頭。長門的父親見情況不妙，就決定帶著妻兒趁機逃出去。兩個木葉忍者在吃食物，開始時並沒有注意到這一家三口。但是在逃出去的時候，長門不小心碰掉了桌子的陶罐。
陶罐落地碎裂的聲音，驚動了兩個木葉忍者，二人聞聲過來查看。長門的父親見被發現，為了掩護妻兒逃走，上前攔阻木葉忍者。長門的母親讓長門快逃，去幫丈夫。黑暗中，兩個木葉忍者倉促遇襲，因此全力出手攻擊，一下子就把長門的父母給殺死了。長門嚇得坐在地上不能動彈，淚流滿面。這時候，木葉忍者才注意到這裡有個孩子，繼而醒悟過來，這對夫妻並不是忍者，只是普通的平民。木葉嚴禁忍者屠殺平民，即便是在忍界大戰期間也不例外。見事情弄成這樣，兩個木葉忍者也頗為後悔，他們誤將長門的父母當成了敵人。
長門在黑暗中，藉著外面的雷光，看清了二人頭上的木葉護額。這兩個木葉忍者完全沒想到在交戰最激烈的戰鬥區域，還有普通的百姓的存在，「對不起啊，小鬼！」長門受到父母之死的劇烈刺激，輪迴眼打開了，雨中發生的慘劇包裹著長門……等到長門恢復過來，他看見那兩個木葉忍者已經死在了地上。儘管長門依靠輪迴眼覺醒的力量，殺死了那兩個木葉忍者，報了父母之仇，但父母卻再也不會活過來了。長門從此成為了孤兒，昔日幸福的一家就不復存在了。
樹洞下，長門道，「我的父母，在你們木葉挑起的戰爭中死亡了。那時候的痛苦令我至今難以忘卻。直到現在，痛苦還在繼續。這份痛楚變成了憎恨，使我的力量嶄露頭角。殺死那兩個木葉忍者的人，就是我。這是我很久之後才察覺到的。」晶臧道，「相信在忍界大戰中，這樣的悲慘遭遇並不只是你一家才有，很多人在戰爭中家破人亡。」木葉忍者的紀律還算良好，鮮少發生故意傷害平民的惡行，但其他國家的忍者就沒有那麼多顧忌了，因此死在戰爭中的無辜之人，更是不計其數。
在大雨中，悲痛欲絕的長門，把雙親安葬。食物所剩無幾，長門只好孤身一人離開家。從此，失去了雙親的長門過起了饑一頓飽一頓的流浪生活。雨之國的大雨終年不停，十天中有8天在下雨，這讓食物的尋覓變得更加困難，也非常難以長時間保存。長門餓得走不動路，倒在水地裡，幸好被一條黃狗所救。長門感激黃狗的救命之恩，就帶上它一起流浪。可是長門也沒有食物了，人和狗只好一起挨餓。
為了生存，長門就帶著黃狗去挨門挨戶地乞討，可是戰爭不斷，世道艱難，雨之國民眾的生活也非常不易，能夠填飽自家人的肚子就很困難了，自然沒有多餘的食物給前來乞討的孩子。長門走遍了那個村落，沒有一家人肯施捨食物給他。長門也曾經動過去偷食物的念頭，但是想起父母的教誨，最終還是放棄了。長門帶著黃狗繼續上路，終於餓得有氣無力，倒在了雨地裡。長門本以為自己會就這樣餓死在這裡，卻意外地遇到了經過的小南。
藍色頭髮的小南打著傘經過這裡，看到了黃狗和長門，就把手中的食物分給了長門。長門和黃狗因此而得救了，小南就像天使一樣帶著笑容。善良的小南把長門和黃狗帶回了自己的住處。當時，彌彥和小南相依為命，看到小南帶人回來，橘色頭髮的彌彥有些不滿，「小南，這傢伙是什麼人啊？」小南道，「對不起，我看他奄奄一息就……放著不管會死的。」彌彥頭疼，「真是的，你把狗都撿回來了啊！」彌彥問長門的名字，長門說了自己的名字，還給黃狗起了個名字叫小不點。
樹洞下，提起彌彥這個人來，長門和小南都露出溫馨的笑容。長門道，「在那時我和小南，以及名為彌彥的少年相遇了。他們也都是戰爭的孤兒，堅強地拚命地想要活下去。我很榮幸，成為了他們的同伴。」相識、希望、夢想，即使在這微弱的光芒中，悲痛仍永無休止地降臨。
長門加入這個團隊，他驚奇地發現彌彥竟然儲存了相當多的食物。而小南更喜歡黃狗，把這個小不點當成了寵物，經常折紙逗弄它。彌彥道，「想要留在這裡的話，你也要一起弄食物。」長門向彌彥請教弄到食物的辦法，彌彥說去偷。長門有些難以接受，「可這是做壞事啊！」彌彥道，「你是笨蛋嗎？這種世道，我們要靠自己填飽肚子，不要說這種冠冕堂皇的話了。不管是偷還是什麼別的辦法，總之不去做，就只有死路一條。」迫於殘酷的現實，長門也只好接受這個辦法。
三個人結伴行動，經常是長門和小南去明面討要，吸引對方注意力。如果對方不給，彌彥就悄悄從後面偷走食物。就連黃狗也很自覺地去市面上偷水果，趁著別人追黃狗時，三人再次偷走大量的食物。西瓜、蘋果、大魚……幾乎什麼樣的食品都偷過。但是常在河邊走，也有失手的時候。有幾次他們被人抓住，慘遭痛扁。還好那些人見他們是孩子，只是教訓一番，沒有下死手。紛亂的小國中，根本沒有收留孤兒的支援設施，無依無靠的孩子們想要活下去，只有用這種辦法。長門道，「就算在這種悲苦的環境中，彌彥依然沒有放棄希望。」
在又經歷了一次偷竊失敗後，回去的路上，彌彥問道，「長門，你有夢想嗎？我可不想這樣終了一生，我想離開這個地方。我還有個很大的夢想呢！那就是征服世界！」長門和小南都為彌彥那偉大的夢想感到吃驚，在那個昏暗的雨季之國，彌彥就像陽光一樣照耀著周圍的同伴，「連世界的盡頭都在我的掌握之中的話，就不必再忍受這種艱辛的生活了。而且如果就這樣死掉的話，怎麼對得起生我們的父母呢，對吧，小南？」小南從小就崇拜彌彥，朦朦朧朧也有種喜歡的情結，「嗯，對啊！」
彌彥滔滔不絕地闡述自己那偉大的不切實際的理想，「站在世界巔峰，到時候就能隨心所欲地做任何事情了。」長門道，「這好像變成了神明一樣啊！也能夠消除戰亂嗎？」話音剛落，一把帶著起爆符的苦無落在不遠處，「轟」地巨響，爆炸發生了，三個孩子被氣浪掀翻滾了出去。這時候，他們這才意識到，原來死亡並沒有離他們遠去。三個人勉強爬起來，前方火光沖天，爆炸接連不斷。彌彥壯起膽子，爬到一個高坡向下觀望，正好看到木葉三忍對戰山椒魚半藏。
長門道，「在那裡戰鬥的就是自來也老師他們，之後被稱為木葉三忍的忍者。對手是雨隱的首領，有半神之稱的山椒魚半藏。戰鬥十分激烈……」
長門三人雖然躲過了爆炸餘波，但是那條叫做小不點的黃狗卻成了犧牲品，被起爆符炸死了。彌彥察覺這裡很危險，急忙帶著長門和小南遠離了這裡。黃狗的死，讓三人都非常難過。面對如此戰亂不休的世界，彌彥第一次有了覺悟，「為了終止無休止的戰爭，我要成為這個世界的神！」長門記住了這句話，並把彌彥的夢想當成了自己的夢想，這是生存中二人之間的羈絆。
回到住處後，長門和小南還在為黃狗的死而難過，彌彥卻說，「受到傷害只會哭的話，什麼都無法改變。就和這個哭泣的國家一樣，我要改變這個國家。這不能光靠嘴說，我需要力量！」
世界的巔峰，少年們為此而努力！彌彥決定去學習忍術，拜師的目標是和半藏戰鬥的木葉三忍。彌彥偷偷回到了那個戰場，並未發現木葉三忍的屍體，「跟半藏交手後還能倖存下來，他們一定非常厲害。」長門有些牴觸，他還記得木葉忍者殺死他父母的事情。彌彥道，「我討厭半藏，是他將雨隱村和雨之國變成了這樣的戰場。」彌彥決定去拜高人為師，小南擔心那3人已經被殺掉了。彌彥說，「如果那樣就去找幹掉他們3個的人，總之一定學到厲害的忍術。」
準備好能夠長期攜帶的食物，將黃狗安葬後，三個孩子背著包裹，踏上了漫長的拜師之旅。在出發之前，彌彥把那些偷來的但又無法帶走的食物，還給了那些被偷的村民。可是，追尋木葉三忍絕不是簡單的事情，這對三個孩子來說，就是不斷地深入戰場，不停地彷徨迷惘。有一次彌彥不知道從哪裡找來了防毒面具，三個孩子戴著防毒面具，冒險進入了有毒的霧區。彌彥的謹慎小心，避過了陷阱，救了他們多次。雖然沒有找到三忍，但彌彥撿回來一把苦無，拿在手裡耍帥。
看到長門和小南有些消沉，彌彥不斷地鼓舞，終於讓二人露出笑容。如果沒有彌彥，長門和小南恐怕早就放棄了。然而忍者是不會輕易留下自己的行動痕跡的，木葉三忍更加是難以找到。可是彌彥沒有放棄，在他的堅持下，三個孩子更加地深入戰場了。彌彥認為，越是戰鬥激烈的戰場，三忍活躍的可能性越高。有一次，三人經過峽谷，冒險攀上了一個高崖。彌彥把小南拉上來後，遠處的爆炸聲漸漸停息了，彌彥警覺這裡的情況不對勁。瀰漫天空的苦無、手裡劍、起爆符像下雨一樣落下來，三個孩子不湊巧地處在了戰場的中心。
危急關頭，長門打開了輪迴眼，形成了一個斥力防護罩，擋住了所有的攻擊。但是三人腳下的高崖卻被起爆符炸毀了，三人向下墜落，掉入了峽谷的河流中。幸好三人出身雨之國，都熟悉水性，總算撿了條小命。命運之神開了個玩笑，彌彥三人掙扎上岸後，剛巧遇上了從這裡經過的木葉三忍。他們終於找到了自來也，那位來自妙木山的蛤蟆仙人。