看見木葉三忍在那裡休息，彌彥壯著膽子走過去，與自來也等人談話。但是長門無法接受木葉忍者，原因是父母之死。在大雨中，三忍即將離去，彌彥提出了想要學習忍術，小南把紙花遞給綱手。大蛇丸心性陰冷，「殺掉這些小鬼吧！我看過太多的戰爭孤兒，都非常淒慘……乾脆在這裡殺掉他們，也是為了這些孩子，對他們來說也是一種幸福……」這種離譜的提議，自然被自來也和綱手否決。自來也讓大蛇丸和綱手先回去，「我留下來暫時照顧一下這些孩子，起碼等到他們能夠自立為止。權當作對這個飽受戰火國家的補償。」
長門對木葉忍者芥蒂很深，但自來也給人的感覺與眾不同。這樣就開始了師徒4人的生活。不久之後發生了一件事情。巖忍的餘黨來襲擊了彌彥和長門，在彌彥即將被殺掉的瞬間，長門用輪迴眼的力量殺掉了那個巖忍，而且是無意識的。隨後，自來也和小南趕到這裡，自來也發現長門有一種特殊的力量，那就是名為輪迴眼的瞳術。這件事之後，本來一直疏於教導他們忍者修行的自來也，開始認真傳授三人忍術。
雖然自來也說那是為了防身的忍術，但對長門來說，那是為了能讓他控制輪迴眼的力量。但長門害怕這種力量，仇恨在讓力量失控。長門認為自己做錯了事情，罪惡感一直責備著他。但是自來也從低谷中拯救了他，告訴他力量也許會傷害人，但也能拯救別人，彌彥就因此逃過一劫。「你保護了朋友，你做的應該是正確的事情。誰也沒有權利來責備你……」等長門回過神來，他發現自己已經在不知不覺中認同了自來也老師。
自來也說，「受到傷害會記住仇恨，傷害了別人會遭到憎恨……但是當體會了這種痛楚之後，才能真正地善待他人。人們是在體會痛楚之後，才會成長的。成長之後要怎麼做，這就要自己去考慮了。體會痛楚，不斷地思考，得出怎樣的答案……」自來也彷彿也是說給自己聽一樣，這樣教導長門，但是他自己也沒有找出答案。長門道，「就如同你現在一樣，鳴人。」
當時長門覺得自己找到了答案，「我只要保護兩個人，不管會伴隨著怎樣的痛苦。」自來也告訴長門，「這個忍者的世界充滿了仇恨，戰爭和憎恨到處蔓延……我在想著如何消除它……和平究竟是什麼，我想找到這個答案。」這之後過了3年，通過修行，3個孩子變成了少年，身心都有所成長。只是自來也的話一直留在長門心中翻滾，久久難以釋懷。
自來也把這個答案寄托在了長門的輪迴眼上，「很久以前，人們經常爭鬥，戰爭不斷，是比現在更加慘烈的時代。那個時代出現了一個僧侶，首次闡明了查克拉的真理，想將世界引向和平。傳說他走遍世界，傳播忍術絕學，宣傳自己的教義。忍術並非只包括武力，同時也是將人們引向和平的教誨。這位僧人就是六道仙人，是被冠以世界救世主的聖人，而他擁有的正是輪迴眼。，這是六道仙人的格言。他堅信人們能夠真正相互理解的世界，終將到來。」自來也認為長門可能就是這位仙人的轉世，輪迴眼寄托著仙人的心願。
把和平的希望寄托給了長門和彌彥，自來也就離開了他們。彌彥不負眾望，成為了大家的首領，不久將其發展壯大，並當上了這個龐大的組織的領袖，許多忍者加入了進去。這個組織就叫做曉，很快就名聲大振，大家都贊同構建一個不靠極端武力維持的和平世界。但是，當時依然處於第二次忍界大戰期間，巖隱、木葉、砂隱三大忍村還在交戰中。雨隱的首領半藏，聽聞了這個組織，故意接近了彌彥等人。因為半藏已經無法忽視彌彥等人的存在了。半藏提出以曉作為主體，向三大國提出和平交涉的提案。
為了達成這個和平協議，彌彥等人同意了半藏的建議，答應協助半藏實現雨之國的和平。但這一切不過是禍端的開始，彌彥等人在政治上還很幼稚。一切都是半藏的圈套和陷阱，他擔心雨隱的主導權被彌彥奪走，為此處心積慮地要除去彌彥。果然，在約好交涉的地點，包括木葉的暗部在內，半藏率精銳部下埋伏在那裡。半藏和木葉暗部的首領團藏勾結，想要將曉全部抹殺。團藏為了爭奪火影的寶座，答應協助半藏。半藏為了維護雨隱的統治，勾結了團藏。在長門眼裡，這兩個藏，就是狼狽為奸沆瀣一氣。
半藏出其不意地抓住了小南，說出了自己的真實目的，以小南的性命為要挾，逼彌彥自殺。半藏擲下苦無，讓長門用這把苦無殺死彌彥，「這樣的話，我就放你和這個女人逃走。」小南大驚，「住手啊，長門。別管我，你們兩個快掉逃走，回頭再給我報仇！」彌彥見情況危急，命令長門用苦無殺死自己，以便救出小南。看到長門猶豫不決，彌彥抓住長門的手臂，把苦無刺入自己的身體，自盡而亡。臨終前，彌彥囑咐長門，「你和小南要一起好好活下去！你也許真的是這個世界的救世主……一定可以的……」
彌彥就此死去，小南悲痛欲絕，長門陷入了痛苦中。半藏見目的達到，曉已經群龍無首，下達了總攻擊的命令，「殺！」頃刻間，曉的成員傷亡慘重，長門用神羅天征彈開了雨忍的攻擊，趁機接近了半藏，救出了小南。然而，半藏已經在小南的所在位置，佈置了大量的起爆符，長門中了陷阱，被起爆符纏住了雙腿。爆炸中，長門的雙腿被炸成重傷，從此**於行。半藏衝過來，以火遁攻擊，長門用餓鬼道的技能吸收了這個忍術。看到長門的眼睛，半藏大吃一驚，「真不賴啊，小子！竟然能夠吸收我的火遁忍術，並且逃出了起爆符陷阱！」長門道，「小南，抱住彌彥，靜靜地躺著……」
木葉的暗部和雨忍們一擁而上，長門發動通靈術，召喚來外道魔像，地獄的冥王，把那些敵人殺得落花流水。半藏也是第一次看到這樣的通靈獸，大為震驚。召喚完之後長門背部就被插上了黑色鐵棒，而且身體變得骨瘦如柴。長門以此控制外道魔像，從冥王嘴裡放出了一條查克拉巨龍，大肆屠殺雨忍和木葉暗部。半藏很快發現，只要人接觸那個查克拉巨龍，靈魂就會被吸走。部下們傷亡殆盡，半藏這才意識到曉的真正核心戰力是長門，而不是首領彌彥。真正讓半藏震驚的是長門的輪迴眼。
長門控制巨龍，直接攻襲半藏。半藏發動了瞬身之術，險險逃過了一劫，所在位置被查克拉巨龍鑿穿大坑。彌彥死去之後，長門就代替彌彥，成為了曉的首領。明明有所成長，可是跟之前沒有任何變化。儘管擁有強大的忍術，可依舊不能保護同伴。同伴的死去，不管是身體上還是心理上都對長門造成很大的傷害，「我錯了，我注意到我得出的答案，簡直狗屁不如。彌彥是我的救命恩人，也是我的夢想，想要拼上性命守護的無可替代的朋友。彌彥的死，就是我第二個最大的痛楚。」失去雙親和摯友，痛苦充滿了長門的心胸，化身為佩恩的人生從此開始了。
長門接替了彌彥成為曉的首領，之後又有許多同伴在戰鬥中死去。長門語氣偏激，「很多很多，不斷有人死去……沉溺於和平幻覺之中，你們的火之國民眾都是些虛偽的和平主義者。給予木葉村每筆的委託金，都成為了戰爭資金。火之國的民眾明知助長了不少戰爭的事實，卻口口聲聲地說著偽善的和平。你們大國的和平，不過是建立在我們小國犧牲基礎上的。你們的和平是對我們的暴力！人只要活著，就會在不經意之間傷害他人。只要人類還存在，仇恨也將與之共存。在這詛咒的世界裡，根本不存在真正的和平！自來也老師所說的話，全部都是不切實際的。」
長門道，「你們已經聽完了我所說的事情，讓我聽聽你的回答吧！」晶臧有些緊張，已經做好了開戰的準備，他不知道鳴人的回答能否如同預期一樣說服長門。鳴人臉色凝重，從忍具袋裡取出了自來也留下的那本《堅強毅力忍傳》，「也許真的是這樣，我也覺得你所言非虛，我和你的想法一樣。」長門有些失望，「這樣啊！」鳴人道，「我對你們有所理解了，但即便如此，還是不能夠原諒你們！還是那樣地憎恨你們！」長門道，「既然如此，那就來做個了結吧！」晶臧吸了口氣，「我正有此意！」
鳴人道，「但是啊，好－色仙人相信我，把夢想托付給了我。那我就要試著來相信好－色仙人的信念，把這個信念堅信到底，這就是我的回答！所以啊，我們今天不會殺你們……」超越仇恨，這就是自來也的信念。晶臧搖頭，「鳴人……」長門道，「要試著來相信自來也老師的信念嗎？原來如此，這就是你的回答嗎？那就是讓我們……相信你能給世界帶來和平，一直等待嗎？開什麼玩笑，事到如今，誰還相信自來也的鬼話！真正的和平根本不存在，只要我們還活在這個被詛咒的世界裡，那種東西就不會存在！」
鳴人發動了口遁，「那我就來解除這個詛咒吧！如果有和平存在的話，我會將其緊握在手。我不會放棄！」長門有些吃驚，「你……剛才說的那是……」小南疑惑，「怎麼了，長門？」長門道，「這些話是……」鳴人道，「沒錯，剛剛這番話全是這本書中的台詞。」晶臧道，「這就是自來也大人所著的第一本書啊！」鳴人道，「好－色仙人真的想用這本書來改變世界，書的最後，寫著給了他完成這本書靈感弟子的名字。是你的名字啊，長門！」長門難以置信，「怎麼會……不可能，那是巧合吧？」往事如煙，那個回憶清晰再現於長門的腦海中。
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木葉，奈良鹿久、山中亥一、秋道丁座三人在一起聚餐，亥一道，「說起來，我們三人這樣齊聚一堂，也是很久之前的事情了吧！」丁座不停地往嘴裡塞飯，「說起來就是啊！」鹿久道，「大蛇丸的木葉崩潰計劃之後，這還是第一次啊！」亥一有些感懷，「並稱為豬鹿蝶，被其他國家畏懼，也是過去的事情了。」丁座晃動手裡的空碗，「我們還沒退役呢！」鹿久道，「好久沒做了，試試那個吧！」丁座說好，鹿久大喊，「那就開始吧！」三人擺出姿勢，「無敵陣型，豬鹿蝶！」「太帥了！」「是啊，不管多大年紀，同伴都是好東西啊！」井野從窗戶外看到，嘲諷三人，「真是的，都一把年紀了，還在那裡賣萌！」
三人重新坐下來，鹿久疑惑，「說起來，我們今天好像還約了別人吧！昨天久違的見了面……」亥一也道，「對啊，想偶爾也一起吃一頓飯……」丁座道，「是誰來著？想不起來了……」油女志微就坐在隔壁，「喂喂，居然會忘記同伴，這可是老年癡呆症的徵兆啊！」服務生過來，「客人，請問你要點什麼呢？」志微語氣不怒自威，「我應該在2個小時之前就已經點過了。」老闆擦汗，急忙跑過來道歉，然後帶著服務生跑開，去查看這個客人到底點了什麼。油女志乃親眼看到了這一幕，「原來我的不引人注意，是遺傳啊！」