廣明二年六月，當黃巢失敗退出長安的消息傳遍天下的時候——當然也少不了《大唐日報》的推波助瀾，尤其在關中地區，《大唐日報》的影響力日漸增強——原來黃巢任命的各地官員一片嘩然，開始各自思考自己的出路。
開始，黃巢所任命的同州刺史王溥、華州刺史喬謙、商州刺史宋巖聽黃巢已放棄長安，均率領部眾投奔鄧州，朱溫將王溥、喬謙問斬，而將宋巖釋放，讓他率軍還商州。
然而朱溫對黃巢也並不忠心，開始那樣做，只是因為他以為黃巢軍力仍強，還不到背叛的時候。
隨後的戰事果然證實了這一點。
此時，除了那些小節度使，從前那些心存觀望的其他藩鎮的兵馬，也加入了痛打落水狗的行列。河東監軍陳景思糾合吐谷渾各部、已經叛變黃巢的諸葛爽、感化節度使時溥、鄜延節度使李孝昌等節度使都在諸道行營副都統方徹的號令下圍攻黃巢。然而黃巢並不像他們想像中那樣虛弱。而這些節度使也對方徹的號令並不怎麼買賬。
六月十二日，權知夏綏節度使拓跋思恭、鄜延節度使李孝昌二鎮節度使，不停紡車的調兵號令，擅自出戰黃巢軍於土橋（今陝西省旬邑縣東南），結果卻被重新召集部眾，緩過氣來的黃巢軍大敗之！
方徹借此機會下令斥責此二人。並上奏李儼，將此二人降職，權知夏綏節度使拓跋思恭被將為權知夏綏留後（留後相當於副節度使）。鄜延節度使李孝昌被降為鄜延留後。二人知道朝廷是借此機會削弱節度使地權柄，但因忠心於朝廷的十幾萬大軍虎視眈眈，心中雖然不滿，也不敢口出怨言。
七月初，昭義節度使高潯與河中節度使王重榮聯合進攻華州。不久攻克華州。
這時正在同州防禦河東唐軍的朱溫，因為兵力不足。要求黃巢派兵增援。但這時黃巢已經腹背受敵，兵力明顯不夠用，哪還有多餘兵力派出朱溫？朱溫屢請不報，漸生異心。
他見到唐軍窮追圍攻黃巢，知道黃巢已經來日無多。朱溫不愧是個梟雄，有很強的戰略眼光，何況朱溫本身就是個賭徒。參加起義軍也只是過了追求富貴。看到大事不妙，便動了背叛黃巢的心思。
於是，在分析了保黃和降唐的利弊得失後，朱溫決定降唐。
八月中，朱溫殺掉黃巢派來的監軍嚴實，拿嚴實地人頭做見面禮，投降了王重榮。朱溫臉皮也比較厚，認王重榮當干舅舅（認干親在當時非常流行）。王重榮當然大喜過望，連忙認下這個干外甥，並飛報李儼。
李儼對後世歷史上終結大唐命運的朱溫十分警惕，不過現在卻不便收拾他，於是封朱溫為河中留後，歸屬王重榮指揮。
他知道朱溫此人野心極大。決不甘心居於王重榮之下。而王重榮也是一個極有野心地人。縱然朱溫認王重榮為干舅舅，二人也未必能夠相處和睦。
況且王重榮在經過李儼的削弱後，實力大減，而朱溫的實力卻極強，偏偏處於王重榮之下。所謂主弱客強，必生事端。到時候李儼只需要來上一個挑撥離間，就可以坐收漁利了。
最好朱溫能夠親自對王重榮動手，那麼李儼就可以以「無故殺害大臣」的名義將之問罪。正是一舉兩得的好辦法。
當然，至於後世歷史上那個昏庸的唐僖宗，居然大喜過望的給朱溫賜名「全忠」這樣留下笑柄地事情。李儼可就不會幹了。
隨著響應的節度使越來越多。再加上朱溫的投降，黃巢的勢力在此消彼漲下。更形衰弱。無奈下，黃巢只好接著流竄。
這時候，太原也有不小的事情發生。
奉詔討黃巢的李克用壓根就沒有真正的全力討伐黃巢的意思。他所想地，不過是借此機會，擴大自己的實力。
於是，在七月末的時候，李克用率軍進入河東，他給河東節度使府發送牒文，聲稱奉詔命率兵五萬征討黃巢，要求節度使府沿道準備酒食以供軍，並設置郵驛。
河東節度使鄭從讜緊閉城門對李克用嚴設戒備。李克用率軍於汾東駐屯，鄭從讜派人去犒勞，並送給李克用軍資糧草，但李克用駐留多日而不開拔。
他親自來到晉陽城下呼喊，要求與河東節度使鄭從讜相見。鄭從讜登上城樓向李克用致意，李克用仍然不肯退去。
到了八月十六日，李克用又要求發給糧餉賞錢，鄭從讜送給錢千緡，米千斛。十七日，李克用放縱沙陀軍搶掠居民，城中大為驚恐。鄭從讜派人向振武節度使契璋求救，契璋率領突厥、吐谷渾兵趕來援救，攻破沙陀軍兩個寨，李克用率大軍出戰，追契璋軍至於晉陽城南，契璋率軍進入晉陽城，於是李克用所率沙陀軍隊搶掠陽曲、榆次後北歸。
李儼聞訊大怒，下詔嚴詞斥責李克用。只是，除此之外，他也沒有什麼更好的辦法。朝廷現在的軍隊，自保有餘，開拓不足。眼下最重要的是肅清關中一帶，休養生息，發展壯大，還不是對付這些桀傲不遜地節度使的時候。
此時，李克用已佔據了忻、代二州，並屢屢侵擾相鄰的並、汾數州。儘管他一直累表請降，但並無歸附的誠心，他在尋找著與朝廷討價還價的砝碼。負責防禦沙陀的河東節度使鄭從讜是當年的名相鄭餘慶之後，其時以宰相銜出鎮河東。領命之後。從讜知人善任，明於治軍，一時軍威大振，太原一府被朝中稱為「小朝廷」，享有極高地聲望。從讜與強勁的克用所部在代州一線形成拉鋸局面，相持不下。
李克用別號「鴉兒」，當時年紀也只有二十多歲。衝鋒陷陣，驍勇無比。沙陀軍中稱之為「飛虎子」。他一目微眇，時人又謂之「獨眼龍」，軍略上確實有著過人之處。他有著胡人尚武的天性，善於領兵征戰，他手下地沙陀兵善於騎射，戰鬥力極強。
這些都是李儼搜集到地關於李克用的情報。
此時，行在地朝廷已經遷回長安。但是滿堂朝臣。對於這個獨眼龍也沒有更好地辦法。打不能打，賞更是不能賞的，但是朝廷更不能什麼都不做，否則剛剛建立起來地朝廷威望，又要毀於一旦。
在方徹的嚴令下下，河中節度使王重榮率領的河中軍和忠武監軍並兼行營都監楊復光率領的陳、蔡軍，面對黃巢軍的極大壓力，雖然黃巢軍已經衰弱。他們手上加了朱溫的兵馬，仍然感覺到吃力。而直屬李儼的兵馬卻又被派去維護地方治安，幫不上忙。大軍維護治安地理由是信不過節度使軍隊的軍紀，眾節度使雖然不滿，卻也知道自己的軍紀的確很差，長安大審判前車可鑒。這個時候他們不敢違背朝廷的意思。
於是，楊復光出了個餿主意：「代州的李克用勇猛無比，又擁有強兵，可為朝廷所用！」
這個提議很大膽，因為此時李克用的沙陀兵正給帝國的北方以很大地壓力，屢招不降，並且牽制了一部分朝廷兵力，多少算是一個大患。
王重榮這個時候雖然擁有野心，朝廷的力量還是他不得不畏懼的。況且以他為代表的節度使們的確與黃巢勢不兩立。他對這個想法頗有顧忌，擔心再度因此觸怒李儼。從而再度削弱自己的力量。可是不這樣做。自己地力量也會在攻擊黃巢的時候被消耗掉。這是一個兩難的問題。
楊復光知道王重榮的疑慮，他補充道：「其實李克用也早有徇國之志。所以不聽朝命，是因為與河東鄭從讜有過節而已。若誠以朝旨曉諭鄭公召之，克用必來，來則賊不足平矣！」
楊復光也是一個資格頗老的宦官，為人慷慨任氣，頗善籌略，在黃巢起兵之初，就出為外鎮監軍，領兵作戰中立有功勞。他和那些只知頤指氣使的宦官監軍不同，既善指揮，又善撫士卒，因此很有點名望。但是他此番提出的建議卻多少有點出於私心，因為他的養父內常侍楊玄價早先曾經當過鹽州監軍，在招撫沙陀的過程中與李國昌有很大的交情，楊復光本人對此也並不諱言。既然對公對私都有利可圖，楊復光有這樣地想法就是很正常地了。
王重榮稱善，報與朝廷宣慰使王徽。王徽亦以為然。兩人再報方徹。
方徹經過仔細的考慮，同意了這個提議。
方徹知道，李儼對李克用非常地忌憚，卻有希望能夠引為己用。只有把此人放入中原，原理他的根據地，那麼無論對付他也好，收復他也好，都更方便。所以他這才同意了這一個建議。隨後他飛報李儼，李儼也表示讚許。
於是方徹遂以天子名義頒諭鄭從讜召李克用領兵入援。
詔令發出後，一個月不到，李克用即率一萬七千沙陀、韃靼兵入戰。取道河東時，克用尚不敢從太原過境，只與數百騎在晉陽城下與鄭從讜告別。鄭從讜儘管無奈，但也顧全了大局，很客氣地送走了這個老對手，還贈了他不少馬匹器具。
李克用的參戰大大改變了力量對比，對戰局起了一個關鍵性的作用。（這是李儼的嫡系不上戰場的情況下。如果李儼的嫡繫上戰場，其實用不上他。只是李儼需要一定的時間發展生息，不能把自己的軍隊消耗在這樣的情況下，於是李克用就得以發揮作用了。）
十二月，克用兵渡過黃河，進據同州。隨後他出征進逼，大敗黃巢弟黃揆部。廣明三年二月。李克用與河中、易定、忠武三軍會合，又大敗尚讓十五萬部眾，俘斬數萬，伏屍三十里；三月，又與王重榮再破黃巢軍，追擊黃巢到了陳蔡一帶。
此時，駐守鳳翔的軍隊早已經調入長安。李儼便將一部分軍隊調回來守長安。再將原鳳翔駐守軍隊調出去作戰，形成輪換。
李克用等藩鎮攻擊黃巢地時候。李儼的軍隊並不是沒有任何舉動。事實上，維護治安要不了多少人。這些軍隊除了少部分前去維護治安，其他的大多數都以千人的編制不停的襲擊黃巢軍——偶爾遇到劫掠的官兵，也對官兵下手。尤其是戰役的後期，黃巢軍勢力被削弱之時，他們地戰鬥往往對官兵發起。可以說，如果那些官兵不死被莫名其妙的幹掉——他們下手得非常隱秘——可能黃巢軍垮得更快。總之藩鎮兵馬地損失遠遠大於後世歷史上的。不少節度使因此消失——他們的部下要麼被消滅。要麼被收編。
通過這麼一來，李儼至少收編了三萬兵馬（一部分屬於原藩鎮，還有一部分屬於原黃巢軍，當然是軍紀比較好的。那種軍紀極壞的軍隊，無論是誰，都只有死路一條！）。藩鎮的兵馬單單是因為被消滅而損失的就有五六萬——這些兵馬已經成為兵油子了，根本不可能重新成為良民，更不可能成為優秀地士兵。所以儘管殺了他們會因此損失不少青壯，也不得不殺掉。或許等天下平定下來，李儼會給他們一個既往不咎、改過自新的機會，但是現在是不可能的了。
由於他們以強大實力進行的這一切，自然進行得相當快捷和隱秘。其他節度使雖然心中有疑惑，卻也不明究竟。至於那些被收編的軍隊。直接被送回長安，在終南山原來赤衛軍的訓練之所開始練兵，那裡戒備森嚴，根本沒有人有機會將消息洩露。
經過這麼一番猛攻，黃巢軍流竄到了蔡州（今河南汝南）。蔡州刺史秦宗權打不過黃巢，乾脆投降了。
在得到這個消息之前兩個月，李儼也接到了刺殺秦宗權失敗的消息。想不到秦宗權身邊也有不少武藝高手，飛龍軍到底還是剛剛成立不久，對這方面能力不足，多達十餘次得刺殺都讓其逃脫。最後也損失慘重。而秦宗權此人也因此對自己的安全更加注意。難以再有可乘之機。
李儼這時候知道，除非派出空空兒這樣地刺殺高手。否則根本不可能通過刺殺的方式對付秦仲權了。然而空空兒雖然因為聶隱娘的原因留在了李儼身邊，卻不肯為李儼出手殺人，只願意負責保護李儼的工作。
李儼無奈之下，知道自己只能採用公開的手段對付秦宗權了。
不過，他到底還是想了個辦法讓空空兒為自己出力：為自己訓練特種部隊。
空空兒本來也準備拒絕，但是李儼對他說：「刺客者，有為名利而為者，有為恩義而為者，亦有為大義而為者。豫讓刺趙襄子，此之謂為恩義。憲宗時藩鎮刺宰相武元衡，此之謂名利而為者。唯專諸之刺王僚、荊軻之刺秦，此方為為大義而為之！刺客之道，為名義者下，為恩義者中，唯為大義者，名流青史，非刺客，此俠客也！今君為朕練刺客，刀鋒所指，決不對百姓及國人。朕欲行漢武、太宗之事，練刺客者為此也！此既為大義之刺也！君何拒之？」又信誓旦旦的保證：「朕之於君，不設防也！朕若害民昏庸，君可刺之！」
空空兒雖然是一個刺客，卻也是一個有自己堅持、自己信念地人，終於被李儼說動，為他訓練特種部隊關於保護、行刺的課程。
空空兒的事情不提，卻說李儼得知黃巢攻到了蔡州，秦宗權投降，知道自己必須出手了。
在後世歷史上，黃巢此後攻擊陳州，圍城一年。此後他們為了解決糧食的問題，「糜骨皮於臼」，「日食數千人」，隨後更縱兵四掠，自河南、許、唐、鄧、顯、鄭、汴、曹、徐等數十州，鹹被其毒。」駭人聽聞的吃人慘案就這樣發生了。
李儼之所以想殺秦宗權，就是為了避免這一慘案的發生，此時當然不能任此事再度發生，現在他不出手也不行了。
於是他傳旨給方徹，命他調集兵馬，全力圍攻黃巢，不必再隱瞞實力。
方徹於是開始調集李儼的全部嫡系，一共是十萬大軍！浩浩蕩蕩，殺往蔡州。
李克用原本因為自己的五萬大軍在眾藩鎮中最強，心中暗自得意。沒想到朝廷大軍一出，軍威如此鼎盛，心中暗自驚懼。
此時黃巢軍也已經開始圍攻陳州。
秦宗權降後，黃巢前鋒孟楷擊降蔡州後，志驕意滿，又東向急擊陳州（今河南淮陽）。
陳州刺史趙犨先示之以弱，小退連連，伺賊軍驕急，一舉擊襲，把萬餘黃巢前鋒軍幾乎殺個精光，並擒斬孟楷。
黃巢聞愛將被斬，急怒攻心，指揮手下所有部隊屯於殷水，與秦宗權合兵，「掘塹五重，百道攻之」，下定決心要拿下陳州為孟楷報仇。
一時間，陳州急攻不下，於是黃巢益怒，在州城北面紮下主營，「立宮室百司，為持久之計」。黃巢這位賊頭也好笑，皇帝的感覺上來後就下不去，敗北戰鬥途中，還擺昔日長安的排場。
可是，形勢已經不容他再擺什麼架子了。李儼嫡系十萬大軍，已經兵鋒直指陳州！