變形金剛們離開地球之前，忘記了一件大事。那就是沒有把天空中那道長長的空間裂痕給補上。顯然誰都沒有把注意力放在它身上。裂縫的外面，乃是一個亞空間。那裡基本上空無一物，只有大片大片的不停移動的粒子雲。變形金剛在地球上逗留的這些日子，正好是對應亞空間段比較平靜的時候。並沒有大的粒子雲團，來到空間裂縫附近。
變形金剛才離開不久，就起了很大變化。粒子雲團開始經過空間裂縫附近。於是不斷地有粒子流從裂縫穿過，向地球表面吹拂。一時間，這一帶草木盡枯，風沙頻起，已經不再適合人類生存。黃帝及蚩尤部落不得不進行遷徙，以求生存。黃帝部落向北，蚩尤部落向南，中間空出了一大塊無人區。由於兩個部落強大而先進，分別統領了北方和南方，最終都成為擁有約30萬人的大部落聯盟。
東方神靈女媧見到天地間的異象，不禁暗暗擔憂。決心找辦法，補上這道空間裂縫。於是她周遊四海，遍涉群山，採集五色石，煉成霞光後將它補上。人們紛紛稱頌女媧的功德，然後遷回故土。
不料，一場大紛爭由此開端了。南下的黃帝部落與北上的蚩尤部落，撞在了一塊。雙方原先的地盤就已經挨著了，又沒有明顯的標識作分界。而且離開有一段時間了，地貌也出現了一些變化。再加上雙方都想多佔一些。邊界矛盾愈演愈烈，最後到了不得不付諸戰爭的地步。
蚩尤由於有較正規的軍隊，主動對黃帝部落發起了攻擊。黃帝命炎帝組織抵抗。結果炎帝吃了個大敗仗。黃帝看到形勢危急，主動提出議和。在給蚩尤割了一大塊領地後，雙方停止了爭鬥。黃帝認識到對戰爭的準備不足，是己方失敗的原因。在退縮北方後，積極煉製兵器，訓練軍隊。準備條件成熟之後，再與蚩尤部落開戰。
黃帝本人也沒有趁手的兵器。他打起了以前從天外掉落的金屬球的主意。既然是天外來物，肯定比一般的破銅爛鐵強。可這個金屬球不僅質地堅硬，而且在爐裡燒了幾天幾夜還沒化。最後黃帝想起變形金剛曾經傳授過的冶金知識，如果碰到有鐵礦石難以熔煉，可以把毛髮、指甲投入其中。便往爐裡投入自己的長髮和指甲。這個金屬球果然立即融化，黃帝命手下立即將金屬液，注入早已準備好的劍模中。等金屬液冷卻硬化，又將劍模打碎。經過幾次加工，終於得到一把寒光逼人的神劍，取名軒轅。
原來黃帝誤打誤撞，正好用對了方法。這種金屬具有認主功能，能夠識別和記憶人類的dna。黃帝將長髮和指甲投入爐中，讓金屬識別到了他的dna，並自動認主。金屬可以接收黃帝的意識訊息，並做相應改變。於是遂黃帝的心願，煉成了一柄神劍。
後來在與蚩尤部落的戰爭中，這把軒轅劍也發揮了很大的作用。黃帝就是憑它一舉斬殺了本已金剛不壞的蚩尤。黃帝隨著自身修為的不斷增強，也逐漸認識和開發了神劍的威力。使得它成為無論天上、人間，都當之無愧的第一劍。