若要說到軒轅劍的來歷，恐怕得從非常久遠的年代說起。在浩瀚的宇宙中，有一顆美麗的恆星，它的附近有九大行星環繞。神在其中兩顆鄰近的行星上創造了生命。
軌道更靠近主恆星的那顆星球叫「亞瑞」，另一顆遠些的叫「尤克」。神將它們改造得非常適宜生命的存在，都擁有蔚藍的海洋、豐富的大氣，而且在上面都創造了高智慧的人類。
雖然兩種人類非常相像，可是走了完全不同的道路。亞瑞星人注重科學，建立起了輝煌的科技文明。尤剋星人信仰神力，走的是修煉路線，也建立起了輝煌的魔法文明。當雙方都用能力向外太空擴展後，由於彼此文明間的格格不入，引發了許多矛盾。而他們共同的主神離開了很久，去了某個遙遠的地方。
心照不宣中，戰爭爆發了。亞瑞星人的熱核飛彈，將尤剋星炸了個遍。許多平民被殺，但核子武器並不能夠殺死尤剋星人中那些修煉有成的仙者。普通物質範疇的武器，是很難消滅那些強大的精神體的。那些仙者將亞瑞星的衛星，推向了亞瑞星，使得它重重地轟擊到了亞瑞星上，形成了一個巨大衝擊坑。亞瑞星上的生命也大批死亡。
戰爭到了最殘酷的時候，尤剋星運用最高魔法技術創造的「羽人軍團」，降臨到亞瑞星。那是一些背後長有白色翅膀的奇怪生物。嚴格來說，他們甚至不能算生物，因為是特殊的精神能量體，不受任何普通物理攻擊傷害。槍炮甚至核武器，對他們都是無效的。最可怕的是，他們可以無性繁殖，前提是獲得了他們所需要的那類能量。甚至還可以相互復活。
亞瑞星人提前知道了羽人的情報，並利用最新科學技術生產了「機械恐龍軍團」進行對抗。可情況並不樂觀，除了兩頭剛剛試造出來的超級機器暴龍，具有很強威力。其它的都不堪一擊。因為這兩頭機器暴龍，完全採用了新工藝、新原料。一頭叫莫奇那，材質是裡奇雅國家科學院最新研製的高能粒子金屬。另一頭叫阿扎利，材質是科學院最新研製的高能粒子晶體。只有它們能夠對羽人進行有效殺傷，而且也能夠很好地防禦羽人的能量攻擊。可是羽人數量眾多，而且殺之不絕。戰爭陷入了膠著狀態，持續地對已經遭受巨大打擊的亞瑞星造成新的破壞。而尤剋星也差不多成了死亡之星。
就在這時，主神從遙遠的外太空又回來了，看到了令人心痛的戰爭慘劇，馬上施加干預。亞瑞星人和尤剋星人停戰，並簽署了和平協議。兩頭機械暴龍及羽人軍團，被分別封印在亞瑞星上的秘密所在。主神為了化解兩個星球間的矛盾，重新建立和諧的秩序，決定將兩個星球的人類分別送往金時空和土時空。原來我們所處的宇宙，分為5大空間，簡單地可以標記為金、木、水、火、土。另外還有無數小型附屬空間在5大主空間附近。空間與空間彼此隔離，需要用特殊的神力才能創造通道通行。空間與空間之間的空隙統稱亞空間。而兩大星球原先所在的空間，乃是水時空，也是我們目前所在的空間。
兩大星球的殘餘人類被送往異空間後。兩個星球都陷入了死寂。過了一段時間，另有一位大能之神得到消息，從遙遠的外宇宙，趕來一看究竟。他受到感悟，決定在破壞不是很嚴重的亞瑞星上重新創造一個生命的樂園。
他運用神力，將那顆掉落的衛星，移到了偏遠的深海。又將原屬於尤剋星的衛星移到了亞瑞星邊上。很久之後，又創造出了新的神族，這些神族又創造了新的物種及新的人類。
亞瑞星被新的文明稱作「地球」，那個龐大的衛星撞擊坑被稱作「墨西哥灣」。那顆衛星的殘存物所生出的大陸，叫「澳大利亞」。而所在星系的恆星被稱作「太陽」。尤剋星的衛星被稱作「月亮」。
由於衛星對亞瑞星的撞擊太過強烈，而地幔層又具有一定的流動可塑性，在撞擊坑「墨西哥灣」的背面，形成了一個突起的高地。人們稱它為「青藏高原」。
雖然亞瑞星又恢復了生氣，但尤剋星因為受到超強核子武器的轟炸，大氣層受到了嚴重損壞。宇宙射線照射到海洋上，分解水為氫氣和氧氣。氫氣又逃逸到宇宙中，而剩下的氧氣與尤剋星的外層物質反應，生成許多紅色的氧化物。因為紅色的外表，尤剋星有了一個新的名稱「火星」。