軒轅自接位後，自是勤勤懇懇，善待民眾，在神農的基礎上，又自大加發展人族，又有慧心指點，劃定尺度，將天下之物統一歸劃一個尺度，以便流通計算。
卻說玄天，蓬萊島上的玄天好久沒現身了，呃……貌似人家才是主角，該出來了。
這日，玄天忽然心有所感，睜開眼睛，笑道：「好徒兒，師父來了。」說罷便消失於雲床之上。
玄天再一出現時，已經是身處於洪荒人族當中，怕引起騷亂，玄天走到一僻靜處，化身一老著，頭帶青絲束髮頭巾，身著素色麻布袍子，腳穿露著大腳趾的破鞋，手裡倒拿著一根拐仗。
玄天卻是來到了一個部落村莊裡，只見十幾個小孩圍在一起嬉鬧，中間有一個年輕人衣衫襤褸，面容消瘦，口中喃喃自語，時而望天，時而看地，正拿著一根棍子在地上寫寫畫畫，依稀看得出是一隻小鳥的模樣。
玄天一見，正是此行要找的人，想了下，走了過去。
那些孩子見一陌生老人過來，便走上前去問道：「老爺爺，您從哪兒來？」
玄天笑著說道：「我從山那邊過來，剛見那邊有人在販糖，你們不去買糖吃麼？」
那些孩子說道：「可我們沒錢啊？」
玄天摸出十幾枚錢幣，遞給那些孩子，「拿去吧，去買糖吃。」
「謝過老爺爺。」孩子接過高興的拉著同伴跑了。
玄天見那些孩子們走了，便走到那年輕人身前，道：「年輕人，你叫什麼？在畫什麼呢？」
那年輕人見一老者問他，說道：「老先生，我叫倉頡，我這是在寫字，這是『鳥』字。」
「哦，鳥？可你這寫的不像『鳥』啊？」
「是這樣的，我見村裡面的人都記錄事情時都用畫的，可是太過複雜，而且有時內容不一，我便想創造出一種統一的圖案，我稱之為『字』，可是總是沒什麼頭緒。」倉頡說道。
「哦！年輕人有志氣啊！我倒有些想法，不知你肯聽不肯聽？」玄天道。
「老爺爺您請說。」倉頡一聽老者有提議，急急說道。
「不急，你先看看我寫的。」玄天阻止道。蹲下以手中拐仗以甲骨文的方式在倉頡畫的「鳥」字旁邊寫下一個「鳥」字，然後便不再說話，等倉頡自己看。
倉頡只用手上樹枝照著「鳥」字寫了一遍，然後又閉著眼睛沉思了一會，在睜開眼睛時卻是淚流滿面，為了造字，他不知道受了多少苦楚，嘲弄者有之，同情者有之，早就習以為常了，見玄天所寫「鳥」字珠圓玉盛，筆畫簡潔，哪裡是自己畫得那兩副七歪八斜的圖畫可以比擬。
當下朝玄天一拜：「道長真乃高人也！洪荒百姓將永遠銘記道長大恩大德！」頓了頓，將手中樹枝扔掉，歎道：「想我倉頡自持狂傲，辛辛苦苦二十年欲造字，不想早已有字體問世，當真羞煞我也。」
玄天笑笑，身形一晃，現出真身，對倉頡道：「吾乃蓬萊島玄天聖人。」
倉頡一見玄天模樣大驚，正是自家一直香火供奉的聖父，連忙拜下：「見過聖父，聖父聖壽無疆，還請恕倉頡先前無禮之過。」
玄天將他扶起，道：「今日特來收你為徒，倉頡，你可願意？」
「聖父大恩，倉頡敢有不從？倉頡願意。」倉頡當下又拜道，心下驚喜不已。
玄天笑道：「吾剛才所用乃是取巧之法，借你的想法加以整理，才寫出來這一『鳥』字。其餘的字，吾卻再也寫不出來了，你也不要有心理負擔，此番收你為徒，眼下洪荒眾人卻是並無字體，我也是看你造字之舉，才收你為徒，造字乃是教化洪荒萬民，有功與千秋萬世之事，你且不要放棄，當繼續將那些未完之字造完！有甚不明白之處可來問我！」
倉頡這才知道聖父所來就是為收他為徒，心想聖父學識淵博，必然對這造字上有許多見解，隨即就向玄天請教造字之法，玄天也不藏私，將那後世概括的漢字中的指事、象形、形聲、會意、轉注、假借等六法與倉頡說了，倉頡聽後，只覺雲散霧開，許多以前不明白之處，此刻也是豁然開朗，只仰天歎服道：「老師學問，真是冠絕洪荒也！若我早遇見老師，何至如此？」
玄天為了讓倉頡能夠更好的造字，便將他帶到蓬萊島，反正他家裡面也沒人了，就在蓬萊島上居住下來。
卻說那日巫妖大戰，不周山倒，蒼穹破裂，天河之水滾滾而下，那天河之水乃是九天渾水，便是鵝毛也不能浮於其上，大水傾洩而下，將那不周山下剛經歷巫妖大戰的兩族倖存者淹死了大半，餘下的妖族被女媧及通天收了，巫族則被玄天收了放在那些洪荒碎片中。
且不說這些，當日巫族大部分族中戰力被眾祖巫帶著衝上了天庭，卻有小部分隨著九鳳大巫看守那盤古殿，因而得已倖免。後大戰過後，九鳳帶領族人出去尋找過族人，卻哪裡還有巫族的影子，眼下祖巫盡喪，自己等人再不敢以巫族自居，無奈只好帶著剩下的族人一起，隱姓埋名，自稱九黎部落，和人族混居起來。
經過了千多年來和人族的融合，九黎部落也發展有了上千萬之眾，因為有了巫族血統，九黎部落民風尚武，個個身強力壯，武藝高強，卻不遵教化，性格極是蠻橫，鬥毆乃是常有之事。因此，天皇伏羲與地皇神農教化萬民，卻是沒有能普及到九黎部落。
巫妖大戰中，蚩尤被太一以混沌鍾殺死，卻並未如其他巫族一般死後歸於天地。這蚩尤是巫族的一個異數，早年曾誤食過一株仙草，因而有了元神，令一眾祖巫大驚，令蚩尤將仙草圖形畫出來後曾四處尋找，可惜終是再沒有找到過，後來也就不了了之。蚩尤被太一殺死後，一點兒真靈飄飄蕩蕩來到地府，投入六道輪迴盤中，生於九黎部落。
一日，蚩尤外出打獵，一路直入深山當中，卻沒有獵到任何動物，卻不是因為他打獵不行，平時蚩尤仗著本領高強，所獵之物在族中最多，今日卻一個獵物也沒有看到，蚩尤大奇，不信邪，便往森林深處行去，誓要打到獵物。
正當行走之時，忽然前面一片開朗，只見一把黑色長刀插於土地當中，那刀殺氣甚烈，方圓百丈之內寸草不生，蚩尤想這林中無鳥獸也必定是這把刀的殺氣所致。
蚩尤正想靠近那刀，那刀忽然一陣黑光環繞於體，刀身一陣鳴動，拔地而起，直往蚩尤砍來，蚩尤不趁防備，慌忙躲過，卻也被刀割破了手臂，鮮血濺於刀上，刀身一陣顫抖，由黑轉成血紅色，飛於蚩尤頭頂轉了三圈後，又直落於蚩尤面前。
蚩尤心道好險，好在此刀無意間被認主了，不然，小命今天就交代在這兒了。
蚩尤心念一動，那刀卻是直接飛到了蚩尤手中，蚩尤手一接觸那刀身，頓時感覺到一股冰寒氣息直接由刀上向腦海內傳去，腦袋內轟隆作響，片刻後，蚩尤卻是將自己的前世今生全部記起。
原來這刀正是當初太一手中的戮妖刀，因還殘留有太一的執念，所以一見著巫族中人便殺了過來，卻不想被蚩尤無意間認主了，在戮妖刀的刺激下，蚩尤卻是覺醒了血脈，記起了前塵往事。
記起了往年舊事，蚩尤便找到九鳳，述說了發生在自己身上的經過，九鳳也是大喜，這蚩尤血脈覺醒之後，修為暴漲，成就大巫之體，九鳳以前也和蚩尤相識，此時巫族祖巫盡去，只剩幾名大巫，現在多一名蚩尤，當然高興不已，於是九鳳就將九黎部落交給蚩尤管理，自己居於蚩尤之下。
蚩尤想要重振巫族當年風光，卻又無甚好方法，如今人族佔據天地主角，又有各教聖人相護，巫族祖巫皆亡，就是幾教聖人對手，不能行那莽事，蚩尤苦思之下，終於想出一法。以九黎部落為基，統一人族，借人族氣運重興巫族，此乃人族內事，那些聖人也不好直接出手，這樣在巫族現在所剩不多的幾名大巫相助之下，一舉奪得人皇之位，便能再興巫族。
想到這些，蚩尤召開九鳳，對她說了他的想法，九鳳也是大喜，自是無有不應。蚩尤又召集族內修為較高的九九八十一名巫人，根據十二祖巫的十二天都煞神大陣，將八十一名巫人聯合起來，一起練成了玄陰煉魂大陣。自己親自手握蚩尤魔刀主持陣眼。蚩尤魔刀即是那戮妖刀，如今在蚩尤手中，自然要改過名來。九九寂滅大陣雖不如十二天都煞神大陣那般毀天滅地，但也是威力巨大，殺氣沖天，配合起蚩尤魔刀施展開來，怕是一般準聖級別者也只有逃命的份。
軒轅在接替人族共主後，一系列惠民政策下來，人族發展更盛；而九黎部落在蚩尤覺醒後，走上了對外擴張的過程。軒轅想將人族政策向九黎部落普及，自己好成為真正意義上的人族共主；而蚩尤視軒轅人族為巫族發展大敵，巫族要再度稱雄洪荒，則必須將軒轅人族打倒。軒轅部落與九黎部落在接壤之地就不可避免的發生了衝突，後來愈演愈烈，大戰一觸即發……