蘇州、松江、常州三府府是行政司的直屬光復區，也是同盟會除了崇明島之外的最核心區域。這三個府縣在反抗剃髮令運動中都受到不同程度的屠城。滿清殘酷的殺戮雖然使得江南繁華地帶毀於一旦，但同盟會的新政在廢墟上從零開始，也算是一種機遇，可謂是置之死地而後生。大部分壟斷田地的官紳死的死，逃的逃，大批無主的田地荒蕪，這些田地都充公會庫，號稱為同盟田。
這些同盟田除了按軍功發放給烈屬之外，還招募大批的難民租種，憑著華商會海外貿易的巨額利潤支持，這些同盟田享受免稅三年的農稅。自大明開國以來，蘇松兩府的稅賦最重，同盟會新政的免稅三年，對收拾江南民心的效果是無法估量的。這些同盟田的自耕農將成為同盟會最堅定的支持者。
作為行政司的司理長，沈廷揚的實務能力值得稱道，正是因為有了他的經營，處於敵後根據地的蘇松兩府在短短的一年間，社會生產就得到了巨大的恢復。但是他畢竟出身舊式官紳，身上帶著諸多晚明官場上的烙印，對於高旭頗為激進的新政措施，特別是重商主義的奉行，大力提高軍人、匠人的社會地位，顛覆性的新學推廣，相較起大明朝歷來的重農抑商，以文制武，視匠人為賤籍，八股取士的傳統來說，可謂南轅北轍。對於這些新措施，沈廷揚是保留意見的，但幸好他的性子並不迂腐，被高旭拉上了同盟會這條賊船，開弓沒有回頭路，只有硬著頭皮執行著高旭的政治理念。
以高旭看來，沈廷揚的性子雖然少了一分顧炎武志在進取的銳氣，但多了幾分沉穩，但在這個新舊交替、變革激烈的時代裡，也需要像沈廷揚這樣一個有實務能力的人來主持政務，厚實平穩地搭建同盟會的政治基礎。
讓高旭欣慰的是，沈氏後繼有人，沈從文做了一年的上海縣縣理事長，表現出了極強的治政能力。
沈從文頗有其父沈廷揚的沉穩與實務精神，作為新生代，他是高旭政治理念的堅持追隨者，而不像其父在很多的新政措施上保留意見。他年紀輕輕，年僅十八歲，內斂的性格下保持著旺盛的進取心，對於新政的推行沒有一絲一毫瞻前顧後的憂慮。
在參政會上，高旭正式把上海作為新政試驗的行政特區，廢府改市，把原來的松江府改制為上海市，把原來設在松江的府郡移到上海縣城，任命沈從文作為上海市的第一任市長。原松江府府理陳子龍改任為蘇州府府理，原蘇州府府理事長沈廷揚再回歸崇明總部，坐鎮行政司，統籌同盟會的政務全局。
畢竟暫時來說，同盟會不過是一個民間組織，為了與大明朝的知府、知縣這些官方稱謂區別開來，高旭以府理事、縣理事代替，而在上海這個新政特區中，高旭正式啟用市、縣、鎮三級行政單位，各級行政首長分別以後世的市長、縣長、鎮長稱謂。在高旭的計劃中，上海特區將是以後光復區的行政模板。
上海特區正式成立後，高旭決定在上海籌建同盟會新學的大本營——「復旦公學」，招收光復區各地同盟公塾中的優秀學子。這個這復旦公學，原本由近代知名教育家馬祖伯創建於1905年，是現在復旦大學的前身。高旭則是信手移植到四個世紀之前。
籌建復旦公學的重任，高旭交給了沈從文。當然，高旭將會給沈從文一個大致的籌建方案，包括學校的選址，新式校舍的建設，師資力量的籌備，參照後世的九年義務教育學制，以及各個年級課程的編撰，等等諸如此類。幸好有了高老莊內同盟公塾的基礎，籌建公學有了樣本。儘管如此，這復旦公學的建設，起碼需要三年到五年的時間，才能初見雛形。
另外，高旭又計劃把崇明講武堂與浦東新兵訓練營合併一處，在浦東籌建黃浦軍校。
復旦公學以後將成為新學士子的搖籃，而黃浦軍校則成為同盟軍軍事人才的搖籃，這兩個學校將成為高旭事業中最核心的兩個支點。
接著，高旭又在參政會上，宣佈改革同盟會的組織架構，把原來的五司削減為三司，只設憲政司、行政司、律政司，為將來的三權分立作準備。
原先的商政司改為商政部，從屬於行政司，高老頭則是全面負責獨立於同盟會之外的經濟組織華商會。
原來的軍政司則從同盟會的行政組織中剝離出來，單獨成立一個直屬於會長的督帥府，由高旭任最高統帥，下設參謀部、陸軍部、海軍部、軍備部、兵役部、後勤部等部門。督帥府中以參謀部為首，任命閻應元為第一任參謀長，其成員由陸軍和海軍中的優先將領組成，以參謀會議的形式輔助督帥高旭形成決策。
除了憲政、行政、律政三司與督帥府之外，高旭又新設都察院和科學院。
都察院下設廉政公署，作為會社各級政府機構的監察系統。對於廉政公署的署理長，高旭有意讓黃宗羲擔任。只是暫時來說，黃宗羲初入會社不過半年，資歷不足，還需要一個足夠長的試用考察期。
至於科學院，與士人的科舉毫無關係，而是一個新技術的研發部門，由那些一技之長的工匠組成。科學院暫時設在高氏工坊之中。科學院將是高旭重視匠人階層、開發新技術的標誌性部院。
在三司之中，憲政、行政二司的司理長分別由顧炎武、沈廷揚擔任，但律政司的司理長，高旭一直找不到適合的人選。在高旭的構想中，律政司是是獨立司法組織，掌起訴、判決、懲處、獄政等職，負責律政司的人必須是一個一心為公，而且六親不認的傢伙。
但是高旭見到閻爾梅之後，直覺這個「死將為厲鬼，生且做頑民」的老頑固，似乎是律政司司理長的好人選。
如果以冷酷的性情，以及滿臉麻坑的兇惡來說，閻應元被稱之為「閻羅王」的話，那麼長著一張慘白、毫無血色的殭屍臉，當初為了反清而殺妾、焚家、毀去祖墳的閻爾梅，其性情之孤厲，當得上是視私情為無物的「白無常」。
倆人皆是姓閻，性情都傾向凶狠，但閻應元卻是對於自己唯一的兒女閻小玉視若珍寶，觸之猶如逆鱗，但是閻爾梅則是為了大義，為求無所牽掛，不惜手刃至親，讓人悚然。
對於高旭悍然的焚詔行動，忠於大明的閻爾梅心中自有一股憤懣之氣。但他初入同盟會，資歷尚淺，就算是反對，效果也是微不足道。他一邊心懷對大明王朝的留戀，一邊也明白這些朱明宗室正如顧炎武所言，人人皆是扶不上牆的爛泥，要想反清，就必須憑藉著同盟會這個新興團體。
但是，像閻爾梅這樣的明眼人都知道，高旭的焚詔立憲，已完全拋棄了大明旗幟。他提出的「驅逐韃虜，恢復中華」的口號，恢復的中華不再是朱氏大明，而是他的高氏中華。易朱而立之心，已是司馬昭之心，路人皆知。
高旭知道，暫時來說，這個閻爾梅心中有大明正統的執念，他雖然加入會社，只是為了抗清大勢，並不是真正的同道中人。
但是，高旭也有足夠的自信，這個同盟會是個大染缸，只要閻爾梅跳了進來，總有一日會蛻變為自己的支持者，成為律政司的首任司理長。
大年初三的參政會一直開到深夜才結束。
在會議上，高旭拋出了一攬子改革計劃，比如三司分立，改軍政司為督帥府，新立都察院和科學院，建立上海行政特區，籌建復旦公學和黃浦軍校，這些計劃的推行沒有受到太大的阻力，只是有些部門的負責人選，還需要進一步的選拔。高旭把架子先搭起來，但完善計劃還需來日方長。
自大年初四開始，同盟會的各司部就進入了緊張的工作之中。作為一個新生團體，那種自上而下的工作熱情完全不是晚明官場上那般拖拖拉拉，每一項指令從崇明總部發出，具體落實到光復區，這個流程可謂是朝令夕達，暢通無阻。
作為同盟會的大佬之一，顧炎武的幹勁最為兇猛，他早在年底就已經籌備好的各個宣政隊，就開始秘密向江西、湖廣、山東、河南、山西這個滿清控制區挺進，暗中聯絡抗清志士，發展地下會員。為了推廣同盟會運動，顧炎武不遺餘力，每個宣政隊都攜帶了大量的《中華報》新年期刊以及宣傳同盟憲章的傳單，以江南為起點，向全國各地散發。
閻應元的身份從原先的軍政司司理長，變成督帥府的總參謀長，但他仍然是同盟軍領導層中除高旭之外的第二人。對於同盟軍今年的軍事行動，將由閻應元全面支持。
自正月初四開始，閻應元的參謀部就開始調兵遣將，集結兵力。鐵一鎮中項真達、羅子牛、侯世蔭、湯志遠這些新生代將領，以及出身紹興師爺的狗頭軍師魯無巧，出身鄭氏的將領洪旭，舉義反正的李元胤，除了忠義鎮號稱「蟑螂」和「螃蟹」的倆個攻守名將——何常和季從孝領部駐紮在常州城，監控駐紮在丹陽的清兵動向之外，幾乎同盟軍的主要將領都來到崇明。
一時間，崇明將星雲集，江南戰雲密佈。