朱由檢對《天工開物》手稿大加讚賞，當即吩咐徐光啟：由工部出資，將此書已完成部分立刻付印，先印上一萬本再說……更新好快。出書以後，工部自己留五千冊，分發給相關各製造局、工懲作坊，其餘面向社會售賣。每本書按照一兩銀子的版稅付給宋應星，以後每次重印，版稅銀只能增加，不能降低。
將《天工開物》印刷成書，也是宋應星長久以來最大的夢想，但他根本也沒想到還能通過這本書掙錢。現在不但朱由檢幫他解決了出書問題，還給他這麼高的版稅，可以說宋應星是陡然而富！
這接踵而來的幸福，簡直讓宋應星有點承受不起了，他趕緊眼含熱淚請求道：「陛下助微臣將此書付印，微臣已經感激不盡，何敢賺取朝廷的銀兩？微臣任縣學教諭，月俸已足可養家…」
朱由檢立即笑著打斷他道：「先生甘受清貧令人欽敬，但朕若還讓先生繼續清貧下去，那就是朕的不是了。完全沒必要惶恐，這些都是先生應得的。朕不但要先生做個富翁，再不用為柴米油鹽這種瑣事牽扯精力；還要天下人都知道，與務農經商相比，知識才是最大的財富！」
宋應星還要遜謝，朱由檢卻接著說道：「而且以先生之大才，之前只做個未入流的縣學教諭，實在是太屈才了。先生暫且委屈幾天，待通州難民安置步入正軌，朕返京之後，還要對朝廷機構做一番調整，裁撤一些多餘的衙門，新增科學院，級別與五寺相同。朕欲請先生出任首任科學院院長，官品嘛，還要與閣臣商議，但應該不低於正三品，與大理寺卿等品級相同。先生意下如何？」
「陛下，這…這如何使得？」宋應星聽罷驚得連連擺手道，「臣乃微末吏員，何敢一步登天，忝居朝廷大員之列？況且臣雖不知陛下所言『科學院』有何職責，但其主官必得統攬全局之才方可勝任。要臣做些具體研究尚可，如此重任實不堪當！」
徐光啟也笑著勸解道：「陛下愛才心切，臣豈不知？但宋應星畢竟現在只是未入流的小官，若驟然提拔至高位，難免會惹來『幸進』之物議，引發廷臣爭論。更恐有小人嫉妒而造謠中傷，反而對他不利。以臣之愚見，不妨先設立科學院，選派德高望重者出任主官，以宋應星輔之。待科學院步入正軌之後，再行扶正，那時阻力就小了。」
朱由檢聽罷沉吟片刻苦笑道：「還是徐尚書考慮周到。既如此，那就只好再多委屈先生一段時間了。不過先生放心，科學院遲早還是要由你來掌舵的，你不但要把《天工開物》中所載機械、技術在全國發揚光大，還要幫朕發現和培養更多的人才。一個宋應星實在太少了，若我大明能有三五十個、甚至上百個宋應星，何患外侮不滅、國家不興！」
當天晚上，朱由檢沒有回行轅，而是留在宋應星的活動板房裡，與徐光啟、顧炎武、宋應星三人一起飲酒暢談到深夜。本來他登基之後幾乎從未喝過酒，但今天為著怕三人、尤其是宋應星拘束，還是頻頻舉杯勸酒。
這三人也都是豁達磊落之士，沒那麼多心思，皇帝敬酒豈能不飲，因此幾人很快就酒至半酣，席間的氣氛也熱烈起來。
朱由檢又命人送上一碟花生米，笑著說道：「你們大概還沒見過這東西吧。此物名為花生，原產於新大陸，朕在陝西藩邸種過一些。炒熟了蘸醋吃，這叫老醋花生，最能下酒。」
這幾人還真沒見過花生，即使是與外國人接觸較多、對新大陸略有瞭解的徐光啟，也沒見過花生實物，此時紛紛好奇地學著朱由檢的模樣，用筷子夾起一粒花生米細細咀嚼，不禁同時稱讚道：「果是好物！」
「花生可不光是能下酒。」朱由檢與三人碰杯，仰脖一飲而盡之後咂著嘴道，「它可以搾油，出油量比油菜籽大得多，是一種重要的經濟作物。如能盡快到全國，找出適宜耕種的地區，就可以大量出產，降低油價，尋常百姓家就都能吃得起油了。」
接著他又如數家珍地向三人介紹紅薯、土豆、玉米等新大陸作物，聽得三人心馳神往。尤其是徐光啟，更是讚不絕口道：「沒想到陛下對農政如此精通！臣之弟子陳子龍熟知全國各地氣候及地力，若他在此，也許能向陛下推薦最適宜耕種之地。」
朱由檢聽了大喜道：「對了，陳子龍現在是不是還在松江府？今春恩科，他為何沒來京師參考？像這樣的人才，也應該進科學院啊！」
徐光啟卻搖頭苦笑道：「這個陳子龍哪裡都好，只是有些兒女情長。他與『秦淮八艷』之一的柳如是兩情相悅，但柳如是贖身銀高達數十萬兩，他一個窮舉子哪能出得起？去年他已不再去尋柳如是，但為此大病一場，直到夏天才痊癒，因此未能趕上恩科。」
朱由檢聽罷哈哈大笑道：「這就叫英雄難過美人關！這樣吧，徐尚一封，讓陳子龍先來京師，朕有重要差使交給他做。柳如是今夏獨佔花魁，但她若是跟了周道登或是錢謙益這樣的年齡既大、人品又差的無恥之徒，恐怕也未必會如意。朕的圓妃與柳如是有舊，董小宛也在京師逗留，可以讓她們邀請柳如是來京，到時候朕給陳子龍製造個機會，看看他們二人能否再續前緣。」
三人聽罷哈哈大笑，推杯換盞，又在席間熱烈探討了鐵路的可行性和經濟性。到最後全都喝得酩酊大醉，直到日上三竿才起床。
宋應星剛剛睜開惺忪的睡眼，卻見床頭擺著一冊嶄新的肯定不是他帶來的，宋應星好奇地拿到眼前一看，卻立即驚呆了！
只見封面上赫然是「天工開物」四個大字，右下角還有「宋應星著」四個小字。翻開一看，第一頁那整齊的版印字，還散發著淡雅的墨香。
在這一瞬間，宋應星喜悅和感激的淚水再次奪眶而出。
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