兩名中軍突然昏迷跌倒，高第急命人將他們抬出去，以免影響會議進程。朱由檢初時倒也沒太在意，只是隨口說了一句：「高大人，這兩名士卒似乎是發高燒了，須得好好調治。」
高第卻是雙眉緊鎖道：「遵旨。不過聖上，近日天氣轉暖，城中染上時疫的士卒突然增多。此疫發病頗急，病情凶險，聖上還是要以龍體為重，盡快返回京師。」
「時疫？」朱由檢突然心中一動，急止住往外抬人的士卒，蹲在地上仔細觀看那兩名突然昏迷的中軍。這時二人已經稍稍恢復了意識，但仍燒得滿臉通紅，寒戰不止，呼吸急促，咳嗽劇烈，頸下有淤斑，並且還是忍不住去抓撓腋下與襠部。
朱由檢急命人扒開二人的衣服，這下議事廳內的眾人全都驚呼出聲。原來二人的腋下和腹股溝已經大面積化膿潰爛，全身的皮膚呈現令人不寒而慄的黑紫色！
「糟了！黑死病！」朱由檢急忙起身掩住口鼻道，「快，快將這二人隔離，嚴禁任何人靠近！」
「什麼是『黑死病』？」眾人莫名其妙地問道。
「就是鼠疫！」朱由檢見眾人還在發愣，厲聲說道，「此病是烈性傳染病，這兩人現在就是傳染源，必須馬上隔離，你們還愣著幹什麼！」
眾人這才反應過來，幾名士卒剛要繼續搬動病人，朱由檢急制止道：「此病可通過飛沫傳播，你們快戴上口罩！」
士卒們卻是一頭霧水，不知道「口罩」為何物。朱由檢這才想起，這個時代因為還不知道細菌和病毒的存在，更不知道細菌和病毒能通過空氣中的唾液飛沫傳播，所以大概還沒有口罩。他只得臨時變通，讓士卒們用一塊布將口鼻嚴嚴實實地遮擋住，然後將病人抬入一間空房子中。
見皇帝如此重視，高第還要叫軍醫前來診治，朱由檢卻搖頭黯然道：「不必了。這兩人身上呈現黑紫色，說明全身血液已經被破壞，即使華佗重生也是回天乏術，恐怕一二日內就會死亡。軍中有紗布沒有？」
高第忙答道：「這個自然有。將士在陣前受傷，需用紗布包紮傷口，因此紗布是軍中常備之物。」
「馬上用紗布連夜趕製口罩，每個士卒都要至少發兩副！」
朱由檢急向中軍介紹了口罩的做法。其實也沒什麼可介紹的，因為口罩的製作實在是太簡單了，無非就是一塊紗布，兩邊用繩綁在耳朵上，這樣就可以將口鼻嚴實地遮擋住。
中軍領命而去之後，朱由檢又匆匆地道：「不開會了，你們馬上隨朕到軍中視察疫情！」說著便找了塊布纏在臉上，權且代替口罩。
眾人見皇帝如臨大敵，也知道事態緊張，忙依葫蘆畫瓢，將口鼻用布遮擋住了。朱由檢即在眾人的陪同下，在山海關的守軍駐地轉了一圈。
不看則可，一看真是觸目驚心！原來守軍的營地衛生極差，肥碩的老鼠到處亂竄，尤其是伙房和茅廁，更是「重災區」。邊軍也不講究個人衛生，房間裡從來不打掃，煙塵滿屋子亂飛，床鋪亂得向狗窩一樣。不少邊軍正光著身子，坐在床鋪上用手捉虱子和跳蚤。
而且鼠疫的發病者也不光是那兩名中軍，山海關中原來的駐軍約有一萬，其中已經有一百多人出現了腋下瘙癢、高熱、咳嗽的症狀。
朱由檢當機立斷，立即嚴令將這些人全部隔離。眾人心裡都清楚，不論是什麼草藥，對付來勢兇猛的瘟疫都沒什麼效果，只有隔離一法。所謂「隔離」，實際上就是任病人自生自滅，雖然殘忍了些，但能有效地避免傳染，也是沒有辦法的辦法。
接下來朱由檢又降下急詔：所有剛剛入城的薊州、寧遠、錦州、大凌河等地的邊軍和百姓立即出城，在山海關以南找空地紮營。並且盡量每座軍帳要盡量離得遠一些，紮好營盤後，嚴禁任何人隨意走動，指派專人帶口罩送飯。
這道聖旨下來，士卒和老百姓都是叫苦不迭，心想剛剛長途跋涉進入山海關，連氣還沒喘勻，怎麼放著現成的房子不讓住，反要到城外的野地紮營？
可是這些天來朱由檢與邊軍一起跋山涉水，已經在邊軍中豎立起了自己的威信。因此雖然對皇帝的命令無法理解，但眾軍還是乖乖的出城紮營。
接下來朱由檢又命令高第：山海關城內外數萬人，有一個算一個，立刻沐浴更衣，而且必須是淋浴，每天一次，連洗七天！
這下高第可犯了難，囁嚅著稟道：「聖上，若是炎夏，汲上井水即可沐浴，或是直接到河中洗澡亦可。可現在正是春寒料峭，沐浴必須燒熱水。如今關內外軍民不下十餘萬，若是這麼多人都要沐浴，而且連洗七日，得燒多少熱水？不惟麻煩，恐怕儲備木柴都不夠…」
「那朕不管，你自己去想辦法，否則要你這遼東巡撫幹什麼？」朱由檢陰沉著臉道，「沒有木柴，就派人去山上砍，實在不行扒些房子，把門窗房梁都劈了燒水！」
見皇帝如此疾言厲色，高第哪敢怠慢，馬上親自出去安排。巡撫府首先在院中架起大鍋，點燃劈柴，不多時便把一鍋水燒得滾開。
高第自然是要先請朱由檢入浴，並且為他準備了大木澡盆。因為朱由檢此行並未帶宮女隨侍，高第還自作聰明地請來赫爾哲服侍朱由檢洗澡。
赫爾哲倒是欣然同意，連聲催促朱由檢趕快脫衣服泡澡。朱由檢卻哭笑不得地道：「朕不是說了要淋浴麼？淋浴不僅省水，更重要的是衛生。而且朕也不要人服侍，難道朕連洗澡都不會麼？疫情緊急，咱們抓緊時間在屋子外面排隊，一個洗完一個馬上接著洗！」
在朱由檢的帶頭下，巡撫府裡裡外外，上至老頭子孫承宗、高第，下至做飯的廚子和雜役，都依次排隊淋浴。但有些人卻不喜歡洗澡，推三阻四不願來排隊。朱由檢聽了大怒道：「這些人當洗澡是自己的私事、小事麼？傳朕的旨意，如有無故一再拒絕洗澡者，軍法從事！」