四天之後，當雄偉的山海關突然出現在眼前，數萬邊軍全都感到愕然。因為在連綿不絕的松嶺山中跋涉數日，周圍的景致又異常單調，他們早就喪失了距離感，甚至連方向也辨不大清了。明明是要回寧遠，怎麼一下子走過了二百里，跑到山海關來了？
只有軍中的高級將領才知道，崇禎皇帝已經將關外所有城池全部放棄了，包括寧遠在內。臨時坐鎮寧遠的孫承宗按照朱由檢的旨意，在援軍從松嶺山秘密北上的同時，也派出數千士卒沿著遼西走廊緩緩推進。但一遇到後金軍的偵察騎兵，立即縮回寧遠，給後金造成畏敵如虎、不敢北援的假象。
而與此同時，寧遠城已經開始大規模撤離。除了城中的邊軍以外，還有大量的家屬、農戶，也都被強令退入山海關中。所謂破家值萬貫，老百姓們當然捨不得自己的家當，但孫承宗曉諭軍民：不日後金軍即將大舉入寇，寧遠已不可守。凡隨大軍退回山海關者，朝廷會補償銀兩、糧食，還會劃分耕地；若是不肯走，則以通敵論，不分男女老幼一律斬首。
在這道蠻不講理的命令之下，老百姓們就是再捨不得走，也不敢有片刻停留了。不過幾天時間，寧遠、前屯及附近十餘處明軍據點，已是人去城空。但凡值點錢的東西，老百姓全運走了；實在運不走的，則加以搗毀。
邊軍也運走了所有糧餉、彈藥，尤其是城牆上的大炮，更是重點保護對象，派重兵沿途護送到山海關。但奇怪的是，朱由檢特意叮囑孫承宗，不得破壞城牆和房屋，只要是空的就行。
除了寧遠城之外，東面的覺華島也奉命全體撤離，守軍和眷屬們乘坐著數百條大大小小的船隻，直接趕到山海關，倒是比陸路快得多。
孫承宗是最後離開寧遠城的。望著巍峨雄壯，卻是漸漸變小、消失在東北方地平線上的城牆，這位三朝元老不禁黯然神傷。關寧錦防線是他畢生得意之作，可皇帝一句話，他的心血就全白費了！數年來朝廷為了這幾座城池，花費了上千萬兩白銀，至此也全打了水漂！
可是就算再想不通，皇帝已下嚴旨，而且專讓孫承宗督辦，這位忠心耿耿的老臣還是不折不扣地執行了。當在山海關前接到皇帝以及他帶回來的數萬和叫花子一樣的邊軍時，孫承宗終於再也止不住委屈的淚水，跪在朱由檢馬前放聲痛哭。
他這一哭不要緊，本來邊軍已經極度疲乏，此時突然得知寧遠已經放棄了，連帶著那邊的房子、田產，一切的一切全沒了，一路上勉強維持著的士氣一下子跌入低谷，也都嚎啕大哭起來。
朱由檢心裡當然也不好過。雖然他本來就要暫時放棄山海關外的一切土地，因此丟了大凌河、錦州乃至寧遠，他都並不心疼；但是在大凌河及錦州的守城、突圍戰中，還是有近萬邊軍陣亡，這才是讓他痛徹心扉的重大損失。
不過眼見孫承宗悲痛欲絕，朱由檢還是勉強打起精神笑道：「尚書大人，此役雖然損失不小，朕好歹把大部分邊軍救了出來，朝廷並未損傷元氣。如今且穩守山海關，同時注意打探建虜的動向。遼東局面如此，冰凍三尺非一日之寒，尚書大人也不要過於心急了，尚須從長計議。如今還是先讓大軍入城吧。」
孫承宗這才止住悲聲，與遼東巡撫高第、剛剛從去薊州的半路返回的趙率教等一起把朱由檢等人迎入城中。
剛一進城門，突然從旁邊躥過一人，拉著朱由檢的戰馬又哭又笑。朱由檢定睛一看，原來是多日未見的赫爾哲，忙跳下馬來歉然道：「本想著去皮島幾天就能回來，哪知道後來又發生這麼多事。你在山海關住得還習慣吧？」
赫爾哲卻把臉一沉，又快又急地道：「萬歲爺心也太大了，這麼多天把人家扔在這裡不管，人家都快急瘋了！」
孫承宗和袁崇煥等人見一個女子竟然當眾訓斥皇帝，立時把臉沉下來，剛要厲聲斥責，卻見朱由檢拉著赫爾哲的手，低聲下氣地道：「朕也是身不由己嘛。怎麼樣，京師那邊有什麼動靜？」
「你自己看好了！」赫爾哲氣鼓鼓地從隨身攜帶的挎包中取出一大疊經過破譯的密奏，一股腦摔入朱由檢懷中，扭頭便跑開了。朱由檢則是滿臉尷尬，顧左右而言他道：「那什麼，將士們一路辛苦，食宿得盡快安排好，連朕在內，多少天都沒吃過一次熱乎飯了！」
眾人這才看出些端倪，只得忍著笑陪朱由檢進入原來的經略府。當然，由於朱由檢已經裁撤遼東經略，現在這裡已經改名為巡撫府了。
朱由檢先是與眾人狼吞虎嚥地喝了幾碗熱粥，出了一身大汗，這才將體內積攢的寒氣痛痛快快地驅趕了出去。然後立即聚將議事，孫承宗、高第、袁崇煥、滿桂、趙率教、祖大壽、何可綱、朱梅、曹文詔等重要將領全部出席。
首先，朱由檢當著眾將的面正式宣佈裁撤遼東經略一職，高第改任遼東巡撫，袁崇煥回京另有任用。並且通報了毛文龍因罪被逮入京、皮島由黃龍接任、統歸高第節制的情況。這算是給袁崇煥留了個面子，其實眾將都知道，袁崇煥實際上是因為越權擅殺毛文龍而被免職了。
接下來是對遼東邊軍的安排。趙率教仍然調至薊州，滿桂與祖大壽同守山海關。這樣一來，駐守山海關的邊軍達到六萬多，從兵力上來說確實是不少了，也改變了之前遼東邊軍分駐山海關、寧遠、錦州、大凌河等處，力量較為分散的局面。
其實朱由檢是很想撤掉祖大壽的。但是考慮到他在軍中很有威望，如果驟然將他免職，可能會引起軍心浮動，甚至嘩變，所以朱由檢也不得不暫時隱忍。不過做為對他的制約，朱由檢將朱梅和何可綱都升為總兵，這樣一座山海關之內，就有了滿桂、祖大壽、朱梅、何可綱四位總兵官。
接下來眾人又討論山海關的具體防務，正專心致志之時，忽見侍立在議事廳內的兩名中軍不時抓撓腋下和襠部，並且一個勁地哆嗦不止。孫承宗大為不悅道：「陛下在此，你們兩個怎麼如此不注意儀態？」
那兩名中軍嚇得趕緊跪倒，卻是上下牙床打架，一個字也說不出來，呼吸越來越急促，突然身子一歪倒在地上！