「萬歲有旨：自即日起，全城軍民暫停一切活動，專心滅鼠。捕鼠十隻，賞銀一兩；捕鼠百隻，賜田一厘；如有利慾熏心、養鼠領賞者，立斬不赦！」
第二天清晨，朱由檢這道滅鼠的聖旨就迅速傳遍全城。老鼠這東西看似不起眼，膽子既小，又專門偷啃糧食，一直為老百姓所厭惡，「老鼠過街，人人喊打」，就是極其生動的寫照。
但是老鼠的生命力頑強，且數量極多、繁殖極快，儘管百姓平日裡也會採取一些滅鼠措施，比如養貓、灑老鼠藥等等，卻是收效甚微。而且老鼠除了偷吃些糧食以外，似乎對人也沒什麼威脅；不論軍民，白天忙了一天累得要死，晚上回房只想休息，也懶得再耗精力和這些難纏的傢伙較勁。
可是這次不同，山海關的十餘萬軍民從巡撫府貼出的告示上得知：已經致死百餘人的可怕瘟疫，竟是因鼠而起！一時間，不論男女老少，皆是談鼠色變，同時更增加了老鼠的憎惡之情。
而皇帝的這道聖旨，更是瞬間點燃了十餘萬軍民的滅鼠熱情。白花花的銀子、可以祖輩相傳的田地，誰不想要？再說捕鼠又不是上陣殺敵，只要做好防護措施，不被老鼠傳染，男女老少誰都能做。於是十餘萬人立即行動起來，在山海關城內及野外展開了轟轟烈烈的滅鼠運動。
滅鼠的方法，也是八仙過海，各顯神通。最簡單的方法是捕鼠夾和捕鼠籠，這東西平常老百姓家中都會有，但一般也就是一兩個。這次在豐厚的物質刺激下，僅僅一個白天，全城就趕製出了數萬個捕鼠夾、幾千個捕鼠籠，投放到老鼠經常出沒之處。時間不長，「啪啪」的聲音就連續不斷地響起來，那些敢於招搖過市的老鼠，有不少慘死在鐵夾之下。
但老鼠是很聰明的動物，絕大多數膽子又比較小，上當踩捕鼠夾的只是少數。這時人們又開始對老鼠洞下手，過去發現老鼠洞，一般是用石塊堵死；但現在可沒人堵了，因為一個老鼠洞，往往就意味著幾兩銀子！
對付老鼠洞的方法也是多種多樣，有灌水、灌石灰的，有用煙熏的，有還有直接用鐵掀挖的。一旦老鼠被趕出來，在外面等候多時的人們就會掄起鐵掀一通猛拍。
在一些老鼠肆虐的重災區，朱由檢還組織官軍統一投放劇毒鼠藥。其實在前世，因為劇毒鼠藥往往會誤傷其他動物，甚至是被人誤食，因而被嚴厲禁止；但現在兩害相權擇其輕，他也顧不了那麼多了。
而在野外，對田鼠的捕殺同樣進行得熱火朝天。現在天氣逐漸變暖，本來也到了春耕的時候。人們便藉著松土的機會，在田中深挖鼠洞，窮追猛打。田鼠可不像家鼠那麼聰明，過去只有菜蛇、貓頭鷹等天敵，農戶可沒怎麼對他們下過手。這次突然集體行動，收穫可比山海關城內要大多了。
每日到了正午，則要進行上交死鼠、兌換銀兩的工作。朱由檢每次都命人在城外的原野上挖一個大坑，交上來的死鼠全部扔進坑中，一把大火燒個乾乾淨淨。當然這個過程必須確保安全，襙作者都裹得裡三層外三層，穿得與前世的防化服相仿。
除了滅鼠以外，朱由檢對衛生工作也毫不放鬆。每人每天必須洗澡，所有衣物也都用開水燙過一遍。另外他還借鑒秦王莊的成功經驗，對糞便進行統一管理，嚴厲禁絕隨地大小便、隨地吐痰。
孫承宗等人見皇帝整日忙於滅鼠和搞衛生，不禁心急如焚。在他們看來，遼東國土一戰盡失，如何佈置防務才是當前的頭等大事。另外皇帝偷著出京這麼長時間，現在朝廷已經亂成了一鍋粥，也實在不宜在山海關耽擱太久了。
其實這些朱由檢都知道，也確實都是重要的急務。但是他還是堅持要等到滅鼠和衛生運動初見成效，再離開山海關返回京師。因為他心裡很清楚，鼠疫在歷史上給人類造成的災難太嚴重了，若不及時制止其擴散，山海關的軍民就將遭受滅頂之災，不用後金來打，自己都有可能死絕，甚至還可能波及全國！
當然朱由檢也知道，自己不可能在山海關待太久。因此他這幾天一直在給高第、滿桂、祖大壽等人上課，告訴他們如何應對鼠疫。
高第等人這才知道，鼠疫是由老鼠和跳蚤聯手傳播的烈性傳染病。跳蚤叮了老鼠以後再叮人，就會把瘟疫傳播到人身上。初時會有發熱、寒戰、被叮咬的部位瘙癢出血等症狀，然後病情迅速發展，三四天內就會破壞全身血液，造成死亡。
而這還只是鼠疫的一種傳播方法，更為可怕的是，已經感染鼠疫的人，還會以咳嗽、噴嚏的方式，用唾液飛沫將瘟疫傳染給其他人，這就是肺鼠疫。染上肺鼠疫後，病猛更為兇猛，甚至可朝發夕死，且病死率高達九成以上。朱由檢強令每人必須帶口罩，且發病者堅決隔離，原因就在於此。
其實朱由檢還沒敢告訴他們，在歷史上鼠疫曾經有過三次大流行，其中最嚴重的一次始於十四世紀，單是在歐洲就造成了兩千五百萬人死亡，整個歐亞大陸更是有近億人死亡。
明末這個時代，正趕上這次大流行的尾期。據估計，單是華北地區，死於鼠疫的人口就達千萬以上。當李自成率領大順軍兵臨京師城下時，京師之內尚有兩三萬守軍，但僅用兩天就攻陷了這座世界上最堅固的城池，據說也是因為正值城內鼠疫流行，士卒皆無力防守所致，故有「明亡於鼠疫」之說。雖然有些偏激，但也在一定程度上反映了明末鼠疫肆虐的實情。
在朱由檢的雷霆手段之下，山海關這場本該大規模爆發的鼠疫，被迅速壓制了下去。除了二百多人已經發病，因缺乏有效的治療手段而死亡外，其餘軍民都安然無恙。
朱由檢這才心中稍安，立即啟程返回京師。其實不用孫承宗等人催，他早就歸心似箭了！