王辰浩以強橫的武力和財力做後盾，在完成國家體制的改革之後，
為了進一步控制各個地方政府，王辰浩將二十鎮北洋陸軍分派到全國各地。
三十萬北洋陸軍駐防直隸時看起來十分龐大，但是分散到1200萬平方公里的國土上後，就顯得有些促襟見肘了。
被改編的綠營、練軍多達六十萬，但戰力比北洋陸軍差了好幾個等級，大部分被改編為國民警衛隊、【警】察部隊和地方警備隊，讓他們管理社會治安還可以，讓他們成為正規作戰部隊則太差了。因為這些舊軍的舊觀念已經根深蒂固，即便把他們訓練成新軍也是換湯不換藥，王辰浩深知這個弊端曾經給中國近代造成多麼大的負面影響，因此他不會再走這條欲速則不達的老路。
在國家政體改革之後，王辰浩立即推行軍事改革。
以二十鎮北洋陸軍為基礎，擴編為三十六鎮常備陸軍，總兵力達到弘萬人。常備陸軍作為和平年代的國防力量，不需要多，只要精銳即可。因為常備陸軍太多則影響國民經濟的發展，成為國民的沉重負擔。
1898年世界最強大的德固常備陸軍只有88萬人。英國擁有全球最大最多的殖民地，但其常備陸軍也只有56萬，其中本土更是少得可憐只有1.2萬人。美國作為世界上經濟最發達的國家，其常備陸軍只有3.1萬人。
法國作為歐洲大陸僅次於德國的陸軍強國，其常備陸軍不過122萬。如果不是為了提防德國、奧匈帝國和意大利，法國不可能維持如此龐大的常備陸軍。
北半球國土面積最大的俄國，其常備陸軍達到282萬，如此龐大的常備陸軍並不是俄國政府所希望的。為了對抗德國和奧匈帝國陸軍，俄國在東歐部署了155萬大軍，俄國經濟太差，俄軍作戰素質不如德軍，因此只能靠數量彌補。而俄國全球樹敵，同奧斯曼土耳其帝國打了幾個世紀，每隔二十年便要爆發一次規模空前的俄土戰爭。為了應對奧斯曼帝國的常備陸軍，俄國不得不在俄土邊境部署100萬大軍。
可以看出，常備陸軍的規模是按照國防需要來制定的。
在中國周邊地區，英屬緬甸、印度等殖民地的殖民軍不足十七萬人，英國陸軍正面臨印度塔什克武裝起義，無法威脅中國國家安全。法屬越南殖民地不足兩萬人，可以忽略。美國緊急徵調二十萬遠征軍派往菲律賓，同菲律賓革命軍作戰，沒有三年五載休想平定菲律賓。日本甲午戰爭前擁有常備陸軍七個師團，兩次清日戰爭後，日本背負沉重的戰爭賠款負擔，已經縮減到五個師團，不足為患。
此時的中國，唯一的敵人便是沙俄。
清俄戰爭後，沙俄加緊修建西伯利亞鐵路，陸續向遠東派遣了三十萬大軍。對於中國來說，國防任務以防範沙俄為主。雖然沙俄常備陸軍近三百萬，但是卻被同盟國牽制了155萬，被奧斯曼土耳其帝國牽制了100萬，刨除本土防禦需要，沙俄向遠東派遣了三十萬常備陸軍已經是極限了。
當然，這是只和平時期，戰爭期間就無法估測了。
王辰浩所指定的國防政策，只能按照敵對國家的國防政策來計劃。
沙俄目前在遠東的常備陸軍只有三十萬，因此王辰浩成立三十六鎮常備陸軍足以應付。如果俄國向遠東增兵，那麼王辰浩才會相應的進行擴軍。
北洋陸軍更名中華帝國陸軍，簡稱中國陸軍。王辰浩將現有的二十鎮陸軍拆分成四十個協，以每個協為基礎，在原住地招募一個新兵協，這樣用老兵帶新兵，組成新的鎮。老兵都是王辰浩的嫡系部隊，新兵則是當地人，這樣即堅固了地方，又保證王辰浩對軍隊的絕對控制權。
四十個協擴充後變成四十個鎮，王辰浩只要三十六鎮常備陸軍，多出來的四鎮陸軍改編為帝國禁衛軍和帝國御林軍，專司北京內外城、
皇城的防禦。禁衛軍和御林軍歸王辰浩直轄，作為王辰浩的私人護衛軍，同時也是王辰浩用來控制北京城的重要工具。
總參謀部按照王辰浩的指示，對其他三豐六鎮做了部署安排，其中京畿由禁衛軍和御林軍護衛，不需要再部署常備陸軍。
直隸兩鎮，山東一鎮，江蘇兩鎮，安繳一鎮，江西一鎮，河南一鎮，湖南一鎮，湖北一鎮，浙江一鎮，福建一鎮，廣東兩鎮，廣西一鎮，雲南兩鎮，貴州一鎮，四川兩鎮，山西一鎮，陝西一鎮，甘肅兩鎮，新疆一鎮，奉天兩鎮，吉林兩鎮，黑龍江兩鎮，蒙古兩鎮，西藏一鎮，台灣一鎮，關島和波多黎各二地各一個協，總兵力一鎮。
琉球群島保留一個獨立師，不在常備陸軍的編制內，歸國防部直轄，給養由琉球國負責。
各省駐軍兵力不同，除了總參謀部考慮到的戰略因素之外，國防部出於政治和經濟需要，也對駐軍做了相應的要求。
例如，直隸再鎮、江蘇兩鎮、廣東兩鎮主要出於政治和經濟考量。直隸作為王辰浩的大本營，
京津唐工業基地坐落於此，不得不重兵防護。兩江、上海地區、廣東地區是中國賦稅貢獻最大的省份之一，因此需要重兵防護。
四川、雲南、甘肅、奉天、吉林、黑龍江等地也部署兩鎮兵力，這是出於地域和國防安全考慮。雲奄、四川、甘肅等地區路途遙遠，但戰略性極為重要。例如英國不斷蠶食雲南地區的中國領土，一旦發生突發事件，臨近地區的軍隊無法及時增援，因此需要增加兵力。
西藏地區也部署了一鎮兵力，這主要是王辰浩的個人主張，國防部和總參謀部一開始並沒有安排兵力駐藏，在王辰浩的特別指示下，
總參謀部才派一鎮兵力入藏。本來王辰浩的計劃是派兩鎮兵力入藏，因為英國人一直對西藏虎視眈眈，不斷的侵吞蠶食西藏的中國領土。道光末年被英國侵佔的西藏拉達克地區平方公里的土地被英國人佔了去。用不了多久英國人還會炮製非法的麥克馬洪線，王辰浩先知先覺，因此對西藏重點防護。
但是，在總參謀部官員們看來，王辰浩屬於站著說話不腰疼那伙的。西藏地處高海拔地區，軍隊駐紮在西藏將面臨高原病、補給困難、生活困難的威脅，兩鎮兵力駐紮在西藏，其軍費開支相當於京畿地區的六鎮軍隊，而且很多事情不是增加軍費就可以解決的。
最終，總參謀部說服了王辰浩，只向西藏派駐了一鎮兵力。
對於蒙古地區，王辰浩的各項改革都沒有提及蒙古，因為蒙古地區自清帝國建立那天開始，就一直處於高度自治狀態。蒙古大部分地區還處於遊牧時代，其他地區是封建奴隸制並存，蒙古的封建王公大臣們享受著鐵帽子王的待遇。
蒙古地區是否改革對王辰浩推行的帝國新政影響不大，甚至可以忽略不計。正是因為這個原因，王辰浩並沒有對蒙古下達強制性改革命令。
但出於戰略考慮，蒙古200多萬平方公里的巨大戰略縱深是王辰浩所看重的，有蒙古大漠護住中原地區，王辰浩可以游刃有餘的準備對俄戰爭。
另外，王辰浩的軍隊當中急需要徵召大量的騎兵部隊，蒙古戰馬、蒙古部族騎兵是最佳選擇，王辰浩出於各種利益考量，繼續維持蒙古地區的封建體制，維護蒙古王公貴族們的利益，以此來獲得蒙古七十二部的大力支持。
派駐蒙古的兩鎮軍隊除了鞏固帝國對蒙古地區的統治之外，更重要的是蒙古擁有規模龐大的工業礦藏。例如蒙古擁有一萬億噸儲量的易開採露天煤礦，擁有世界級規模的鐵礦、銅礦、絡礦，以及儲量世界第一的稀土礦，而後者是王辰浩最看重的軍事工業所需原材料。
王辰浩計劃…在蒙古地區打造第二處工業基地，該基地以原材料的採集為主。目的是將優質煤炭，各種礦石，各種稀土原料源源不斷的向京津唐工業基地輸送，加速中國的工業發展和工業化進程。
對於中國的殖民地關島和波多黎各，二地共用一鎮兵力，每地派駐一個協。關島人煙稀少，一個協兵力足夠了。波多黎各人口稠密，比較富裕，但是距離本土太遠，王辰浩只把波多黎各當做一個戰略支點，當做是參與美洲事務的踏腳石，因此在波多黎各也只駐紮一個協的兵力。駐地在波多黎各的布坎南堡，陸軍部在那裡設立的陸軍基地，
資金以波多黎各賦稅支付。
常備陸軍的規模和編製完成改革後，國防部和總參謀部就駐紮在各省的中國陸軍劃…分了相應的車事基地、軍事警戒區和兵源補充區。例如京畿直隸省的軍事駐防區為北苑、南苑、軍馬場、保定、秦皇島等地區，兵源採取就地補充原則，每鎮陸軍都有自己固定的兵源補充區，不得跨省補充兵源。
常備陸軍實行義務兵役制，每年固定退役一半士兵，補充一半新兵。普通士兵標準服役兩年，兩年後表現優異可留作士官，士官作為中國陸軍基層指揮力量，其作用巨大，因此士官前五級可服役十年，六級士官長可服役至五十歲退休。軍官則有嚴格年齡限制，尉官軍官可服役至四十歲必須退役，校官服役至五十歲必須退役，將官服役至六十歲後視具體情況選擇退役。
國防部和總參謀部對全國陸軍的改革之後，帝國常備陸軍對外宣稱數字為五十四萬人。
但實際上，這只是國防部的隱藏真正實力的一個計策而已，這個數字只是三十六鎮常備陸軍的數量。禁衛軍和御林軍還有六萬人，駐硫球王國獨立師兩萬人，各省國民警衛隊、警備區戍守部隊共計三十萬人，還有蒙古各旗的騎兵部隊並不計入常備陸軍序列鼻中，蒙古七十二部共計擁有蒙古騎兵十五萬人，這些蒙古騎兵也按時接受訓練，騎兵裝備也由總裝備部發放，軍楠也由帝國財政部支出，他們實際上也在帝國常備陸軍的戰鬥序列之內，但這些都沒有計算進去。
常備陸軍的編制和駐防確定後，總裝備部和總後勤部緊隨改革步伐。總裝備部將帝國陸軍現有裝備全面升級換代，裝備適合東方人使用的武器裝備主要換裝了輕便、靈活、穩定的勃朗寧系列步槍、手槍和重機槍。
近百萬陸軍更換裝備不是一時三刻就能完成的，換裝從王辰浩的二十鎮嫡系北洋陸軍開始，北洋陸軍淘汰下來的德國系列槍械交給其他各省組建的帝國陸軍使用，國民警衛隊和【警】察部隊依然使用他們原先的武器裝備。等到各省的帝國陸軍完成武器換裝之後再將淘汰下來的德國系武器給國民警衛隊和【警】察使用。這樣一批批，按照重要性依次進行替換，最終完成全面換裝。
北洋兵器重工加班加點的生產武器裝備，但依然跟不上換裝速度。
不得已總後勤部在取得王辰浩的同意後，在保定成立帝國兵總廠，在各省原有的兵工廠基礎上成立帝國兵工廠分廠生產武器裝備的機器設備由北洋兵器重工提供，各省的帝國兵工分廠同時開始生產製造，這樣一來武器裝備的生產速度便趕上了各省新建陸軍的編練進度。
帝國兵工廠的成立整合了清帝國各省的兵工廠混亂不堪、五花八門的ml局面。以前一家兵工廠生產好幾個國家幾十種武器裝備，即費錢費時費工，又給軍隊的後勤保障帶來巨大的壓力和資源浪費，軍隊作戰時使用各種不同型號武器裝備，極大的影響了綜合戰鬥力。
如今全國各地的兵工廠整合到了一起專門生產中**隊所需的武器裝備，以上的問題和弊端頓時解決了。
按照國防部的要求中固陸軍和平時期的軍制為鎮，戰時就地擴充為軍、集團軍，或者集團軍群，其最高指揮官是帝國元帥。
帝國元帥是戰時產生的，和平時期最高只有上將，但王辰浩不可能放開對軍隊的控制，因此帝國內閣、國防部授予王辰浩海陸空三軍大元帥軍銜，使得王辰浩對帝國的海陸空三軍力量有著絕對的控制權。
陸軍改革完成後，國防部和總參謀部又對海軍進行了改革。
此時，中國海軍已經擁有兩艘全鋼製戰列艦，三艘甲鐵戰列艦，六艘重型裝甲巡洋艦，六艘輕型裝甲巡洋艦，六艘防護巡洋艦，四十艘驅獵艦，五十艘炮艦，八十艘炮艇，三十艘魚雷艇，十四艘潛艇。總噸位二十多萬噸，位居世界第五，僅次於英法美俄四國。
總參謀部制定了海軍發展規劃，由海軍部負責執行。鄧世昌升任總參謀部海軍參謀長，劉步蟾升任海軍部部長，林泰曾升任海軍軍令部部長考慮到中國海軍的海防任務，以及海軍中新舊戰艦的使用方式問題，海軍部將中國海軍劃分為中國海軍第一艦隊和第二艦隊，第一艦隊又稱太平洋艦隊，主禦敵於國門之外。第二艦隊又稱本土艦隊，主本土海岸防衛作戰。
中國海軍第一艦隊全為新式戰艦，包括兩艘戰列艦登雲號和踏雲號，六艘重型裝甲巡洋艦獵人號、*勇號、膽勇號、鬥勇號、剛勇號、
奮勇號，六艘輕型裝甲巡洋艦海圻、海容、海籌、海琛、海汐、海鱗，其中海鱗號是穹甲防護，但也被列入裝甲巡洋艦行列裡。六支驅獵艦隊，每支驅獵艦隊六艘驅獵艦，六艘驅獵艦中三艘為雷擊驅獵艦，三艘為炮擊驅獵艦。第一艦隊旗艦為登雲號，艦隊司令為林建章中將，艦隊參謀長為杜錫圭中將。
第二艦隊主要使用老式戰艦，包括「定遠」、「威遠」、「鎮遠」三艘鐵甲艦「濟遠」、「經遠」、「來遠」、「致遠。、「蜻遠」、「平遠」六艘巡洋艦，以及飛霞、飛鷹等八艘驅逐艦，三十艘魚雷艇，十四艘潛艇。第二艦隊旗艦威遠號，艦隊司令李鼎新中將，艦隊參謀長葉祖貴中將。
對艦隊作戰、防禦的分工改革完成後，駐地也有所調整。第一艦隊作為太平洋艦隊，負責禦敵於國門之外，因此第一艦隊的基地設置在琉球群島的白灘海軍基地，關島阿普拉海軍基地，以及遠在加勒比海的波多黎各島上的聖胡安海軍基地。
當然，第一艦隊當前的任務不是去關島和聖胡安，而是準備對俄遠東海軍進行作戰。
俄國遠東海軍前出基地已經從海參崴到達朝鮮半島的蔚山海軍基地，因此第一艦隊的本土海軍基地包括葫蘆島潛艇基地、威海衛基地、旅順基地、舟山、象山五處，配合白灘海軍基地封鎖俄國海軍。
其中舟山和象山兩處海軍基地為新建。
第二艦隊負責本土防衛，因為第一艦隊霸佔了旅順、威海衛等地，因此第二艦隊於是另外開眸膠州灣（青島灣）、寧德港、黃埔港三處為海軍基地，負責巡邁東大洋和南大洋，防禦本土。其中膠州灣為第二艦隊母港。！。