即使在石翁那裡，他也交代的過去。石翁的想法他很清楚，衝擊鳳凰山莊，燒絲廠，砸住宅都是假－－石翁甚至很明確的告訴曹光九，絲廠之類的只要象徵性的破壞一下就可以，千萬不要付之一炬，至於山上的宅邸也盡量不要破壞。反倒是大家都覺得不要緊的慈惠堂才是攻擊的重點：石翁的目的是最大程度的造成流血－－所以還策劃了火燒慈惠堂的行動。
只要死得人多，不管是出於什麼原因，縉紳們也會即刻和他劃清界限，不管他背後的靠山有多強大，亦不會替他出頭，他趙引弓也就不可能在杭州繼續立足下去。石翁的主子打得就是這個主意。
事成之後，他郝元還能不能繼續為石翁「效勞」，這是很難說的一件事。郝元對這些縉紳大戶有著清醒的認識。
西班牙人在馬尼拉大屠殺的時候，他的父親正在馬尼拉作為一家縉紳的代理商經商，當時已有風聲說西班牙人即將對華人不利，他父親回國結賬交款的時候稟明東主，想結束馬尼拉的生意，卻被對方嚴詞拒絕，只能重返馬尼拉，結果在1603年的馬尼拉屠殺中全家被殺，連屍身都找不到。
郝元當時還在襁褓之中，混亂中被他的土人保姆帶到多明我會的教堂內避難，躲過一劫。後來被教堂收養直到成年。
雖然受歐洲傳教士的教育長大，郝元也受了洗禮，接受了多年的宗教神學教育。但是他卻沒有像其他被教會養育長大的孤兒那樣篤信教義。多明我會的神父。抱著有朝一日能夠重新回到中國傳教的目的，請了一個中國讀書人，讓他在西班牙語之外又學會了自己的母語。
因為土人保姆的關係，他知道了自己的身世。西班牙人在菲律賓的凶殘跋扈。他耳渲目染了許多，對教會的正義第一次產生了極大的懷疑。
既然西班牙國王是受教皇的承認，統治半個地球的「天主教國王」，那麼他們如此凶殘貪婪的作為，哪裡還有一個真正的基督徒應有品質呢？
這些從卡斯蒂利亞遠道而來的西班牙人不但毫無「拯救迷途的羔羊」的覺悟，反倒把奴役、剝削和掠奪視為理所當然。這樣的人也配作為「主的信徒」嗎？
已經成為多明我會見習修士的郝元在虔誠的教士生活背後，懷疑的種子不可遏制的生長著。他需要更多的知識來回答自己的疑惑。教會的藏書已經不能滿足他的需求，他甚至冒著被革除教門，送交西班牙人也聞風色變宗教裁判所的危險，潛入過教會的**圖書館，如饑似渴的閱讀那些從捕獲的英國、荷蘭船上收繳來得和企圖潛入西班牙殖民地傳教的「異端」手中繳獲的「**」。
「**」打開了他的視野，也摧毀了他的信仰。郝元變得更加「虔誠」了－－這是內心的恐懼做出的竭力掩飾。沒人料到，這個虔誠的華人見習教士已經成了馬尼拉最大的一個異端。
終於到了**也難以滿足他的地步－－殖民地教會的藏書是有限的，雖然以他身份，可以很方便的出入馬尼拉的達官貴人。富商豪門的官邸，但是這些人都是懷著發財冒著生命危險來這裡的，自然也不會帶著大量的藏書漂洋過海來到這裡。於是，他開始尋找其他的圖書來源。
馬尼拉當時已經有了採用「德國式」印刷的作坊，但是這個作坊主要為總督服務，印刷各種條令、公告和法律文書。即使印刷一些書籍也是《聖經》、《航海指南》之類的大眾讀物，找不到他需要的書籍。
借助教會的力量和他的修士身份，他能隨意前往華人和土著的生活區活動。他開始以傳教的名義出入澗內，悄悄的搜集書籍，悄悄的帶回自己的靜室閱讀。這些書籍讓他重新接觸了中國的社會和文化－－他對這個從未謀面的父母之邦充滿了好奇和嚮往。在傳教士和土人保姆的口中，中國就是一個充滿了陽光和黃金的理想國度。
然而在澗內中國區的活動，很快就讓他的這種幻想破滅了。從馬尼拉生活的華人口中他知道這個叫做「大明」的父母之邦並不是他想像中的「烏托邦」－－他已經在教會的**圖書館中悄悄的看過這部從英國商人手中沒收來得書－－澗內中國區雖然在1603年遭到了炮擊、焚燒和屠殺，二萬人被殺，「河水為赤」，但是這裡很快又繁榮起來。源源不斷的中國移民重新來到這個對他們並不友好的地方，澗內的人口甚至比大屠殺之前更多。
郝元很快發現，那些為了發財來到此地的人並不多，很多人是被逼無奈的出洋討生活而已。來到馬尼拉做得也是卑微辛苦的工作，所得不過是餬口而已。
「不下南洋就過不下去了。」這是他一直聽到的一句話。
雖然郝元早就知道對於普通百姓來說。統治者從來不會仁慈。但是這麼多百姓背井離鄉，漂洋過海的來到一個只知道從他們頭上盤剝，還充滿敵意，隨時用大炮對準他們棲身的居住區的政權的治下忍受歧視和不公，勉勉強強的討生活，這大明還是一個傳教士口中的「黃金國度」麼？
他從新來的移民口中知道了許多大明的事情：皇朝的更迭，黨爭的變幻，頻繁的災害，苛重的稅役，凶狠的官吏……
「活不下去了。」老百姓這樣說。
「朝局一天比一天亂。」商人們這樣說，「當官的都黑了心！」
郝元一直想打聽自己父親的消息，終於有一天，他在澗內的一家商號裡遇到了父親的舊識。這位舊識將他的身世和父親的一切都告訴了他。
「你爹等於是為了給趙老爺賺錢，活活的被逼著回馬尼拉送死的。」老人流著眼淚說。
這件事給了郝元很大的刺激－－原本聽到的只是「別人的事」，現在他發覺自己也是受害者。父親是死在唯利是圖的縉紳手上的，由此，他對大明燃起了第一縷仇恨的火焰。
不論是馬尼拉、宗主國西班牙，還是自己的素未謀面的祖國，都不是什麼「黃金國度」。這個世界，到處是群魔亂舞的吃人國度。
一個普通人，一個「純潔而貧窮的人」，到底如何才能幸福的生存在這個世界上？
書裡的「烏托邦」和「基督城」，到底只是一個虛幻。郝元陷入了深深的絕望，他發覺：沒有一本書能回答他的疑問，沒有一個人可以請教這大逆不道的問題。
這樣的迷惑和困頓一直纏繞著他，直到幾年前他遇到了自己的恩師。這個男人猶如迷霧中一盞明燈，照亮了郝元的心路。他的一切問題都有了答案。
在幾次談話之後，郝元毫不猶豫的投入了他的門下，成為他的第一個徒弟。如饑似渴的學習那些「禁忌的知識」。越學習，他越覺得恩師的偉大。不，不僅僅是偉大，恩師還很神秘。他幾乎洞曉一切，還掌握著許多世人不知道的知識，靠著這些知識，他很快成了馬尼拉的巨富，得到了總督的信任，混入了上流社會。然而郝元知道，恩師和他們不是一路人。儘管他表面上有著大貴族一般的做派，本質上卻如苦行僧一般強大的自我克制。
他追隨恩師在菲律賓各地活動。有一天，恩師把他叫來，讓他去大明。
「魔鬼的爪牙已經進入了中國，若我們不再做些什麼，他們遲早會將這個國度收入囊中。」恩師穿著如同修士一般的黑色長袍，兜帽遮住了他的面孔，「你去罷，盡你的力量阻止他們的惡行。」
「是，師父。我去哪裡？」
「去杭州。」雖然他從未到過中國，但是他已經從書本和與華人的交談中得到了足夠多的當地的風土人情。「他們已經有人到達了。」
「是，師父。」
「你要小心從事，暗中經營自己的力量。再尋機制服他們。同時，你要保護好自己。」恩師聲音從深邃的兜帽中傳了出來，「你到了中國就是孤身一人了，我不能再給你什麼幫助了。你可以用這個地址給我寫信－－當然，要很久才能得到彼此的消息。所以你要做好自己在中國活動長遠的打算。」
「是的，師父」
「恐怕這是你最後一次見到我。你在中國要給自己收下弟子，將光明的火種傳授給他。你要記住：你只是一道光芒，射入的是無邊黑暗。不論是你還是我，都不會燃燒很久，只要有人能傳承我們的思想，這星星之火終將燎原。」
郝元去大明傳教的申請很快得到了教會的同意－－他現在是一名多明我會的教士，作為傳教士到中國傳教，他的血統和語言比起歐洲傳教士更有優勢。
郝元通過教會系統的船隻來到澳門，隨後他在澳門住了一段時間，留起了髮髻。最後，他換上大明百姓的衣服，悄悄的進入了廣東，一路來到了杭州。