處理完這些事情之後，洪承疇不僅立刻奏報朝廷，而且還向山西、四川、河南諸省通報了情況之後，洪承疇就帶著陝西總兵杜文煥、游擊賀人龍等一干將領，殘酷、不折手段的繼續絞殺著農民起義軍。
而朝廷接到洪承疇的奏章之後，立馬就炸鍋了，因為，在朝廷看來，洪承疇你這是在殺降啊。而殺降的這個行為是對是錯，在中國的哲學、道義上都能找到理論支持；這些降兵降將，你背離了原來的組織，投降過來，之後你準備又要搞事，又要反叛，所以你這是非常明顯的不忠不孝、不仁不義啊，所以說洪承疇殺降沒有錯，不僅不該罰，還要獎勵。
但是反過來說，不殺降，那是因為守信，既然你已經投降了，那就應該保你一命，具體到這件事，你洪承疇把除掉惡，對於那些盲從的，給人家留一條生路，畢竟都是大明赤子嗎，何必趕盡殺絕啊。所以在洪承疇的這件事上，不管是支持也好，反對也好，都能在道義上找到理論支持。
而且，在此事上還參雜這東林內部之間，東林和反對派之間的利益糾葛和彼此之間的勾心鬥角，於是乎本來就說不清道不明的事情就更加的複雜了。在東林之中，也是有相當多的一部分人看洪承疇等一干封疆大吏很是不爽的，至於原因，有的是因為嫉妒、有的是想趁此機會踩著洪承疇向上爬、有的是因為洪承疇等人對東林不冷不熱的態度。
但是第一個彈劾洪承疇是清流一派，他們認為洪承疇的所作所為不符合儒家的行為準則；而東林和這些清流交好，所以一些隸屬於東林的御史等一些言官看在同窗、同僚、好友的面子上也上疏彈劾洪承疇。
在這些人彈劾洪承疇時候。一些反對派的大臣看到東林要彈劾洪承疇，就尋思，雖然洪承疇對我們沒有太深的交情，但是本著政敵的敵人就是我們的朋友，政敵的朋友就是我們的敵人這一原則，於是乎一些反對派的官員就力挺洪承疇。
崇禎皇帝對此事的態度不明，崇禎只是將關於洪承疇的奏章全部轉交內閣，要他們那個章程。而內閣在這件事上分歧卻是相當的大，尤其是東林的孫慎行和既得利益集團的溫體仁、周延儒分歧最大
孫慎行等人雖然反洪承疇的作為很反感，認為其所作所為違反了儒家所講的仁愛精神，雖然不可否認是陝甘在洪承疇等人治理之下情況可是大有改觀的，但是孫慎行等認為洪承疇作為一個朝廷官員，既然背離儒家傳統的道德精神，不管他有多少功績，還是將其降職或者罷官為好。
不過在溫體仁等大臣來，洪承疇所做的雖然有些狠絕了點，但在陝甘那個地方，洪承疇的做法還是很管用的，有些農民軍將領在走投無路的時候，就投降，而投降之後他們並不安穩，總是在私下搞些小動作，甚至有的在領了糧餉之後就嘩變，重新加入農民軍了，這讓朝廷很頭疼。
所以溫體仁等人是有限度的支持洪承疇的，他們並不同意彈劾洪承疇，他們認為洪承疇在陝甘干的有聲有色，此時雖然有些過分，但是不至於將其罷職，只要訓斥一番就可以了，畢竟陝甘一攤子事情還是需要洪承疇的。
兩派官員本來就政見不和，矛盾重重，於是在討論洪承疇問題時，兩派就不可避免的陷入意氣之爭。孫慎行從一開始的想要懲處洪承疇，因為看到溫體仁等反對東林的人為其辯護，於是孫慎行等人認為洪承疇投靠了既得利益集團，所以就更不能放過洪承疇了，所以改變其主張，要求堅決將其嚴懲。
而溫體仁和周延儒看到孫慎行要把洪承疇往「死裡整」，心說，沒聽說洪承疇和你那麼打得仇啊。不過這也堅定了溫體仁和周延儒要保洪承疇的決心。溫體仁和周延儒明白，洪承疇這個人很是被皇上所看重，而皇上本人也是主張剿殺起義軍。所以在溫體仁和周延儒想來，洪承疇這回不會有事，既然他不會有事，那何不買個人情給他，以後也好相見啊。
而和孫慎行同意陣營的錢謙益和孫慎行不一樣，錢謙益知道，皇帝很器重洪承疇這個萬曆四十四年丙辰科的進士，而皇帝本人在有意無意中也透露出剿殺農民起義軍的意思，所以無論出於怎麼樣的考慮皇帝都不會同意內閣懲處洪承疇的，哪怕是洪承疇這回剿殺的都是良民，皇帝為了自己的面子，都會力保洪承疇。
既然是這樣，那孫慎行可是把洪承疇可是給得最慘了。而洪承疇本人雖然對東林還是相當的尊敬的，但經過此事以後那可就不一定了，為了意氣之爭而得罪皇帝看重的封疆大吏那可是非常不明智的，所以錢謙益沒有支持孫慎行，但是處於一個陣營的考慮，他也沒有反對孫慎行，二十幾在想這麼善後。
對於洪承疇殺降一事，朝廷非常的糾結，可是對於和陝西相鄰的山西、四川、河南的督撫來說，就不僅僅是糾結了，而是非常的鬱悶。剛開始朱夔元、耿如杞、朱大典接到洪承疇的公文的時候很是疑惑，心說你這麼正式的公文給我們不奇怪，但是公文的內容也太耐人尋味了吧。
公文的內容是洪承疇和洪承疇上奏朝廷的奏章內容差不多，但是在卻又多出了一段文字，其大致內容是陝甘總督洪承疇並甘肅巡撫楊嗣昌，陝西巡撫練國事，為早日恢復西北的安寧，將要在西北大理剿殺農民軍以及流寇。
按常規，這話不應該告訴我們，應該向朝廷表白才對，但是洪承疇是什麼人啊，他行此公文不會沒有什麼其他的意思，於是乎朱夔元、耿如杞、朱大典想來想去，終於明白了。
想明白此事的朱夔元、耿如杞、朱大典這個鬱悶啊，心說，洪承疇，你個王八蛋，你行那是什麼公文啊，分明是你讓我們配合你剿滅農民軍、流寇的命令啊。而且朱夔元、耿如杞、朱大典還不能說什麼，反而還要感謝洪承疇。
原因很簡單，洪承疇在陝西全力剿殺農民軍、流寇，這些農民軍、流寇因為不能在陝西立足而被迫想其他地方轉移，他們轉移的地方只有山西、四川與河南。要是洪承疇不通知他們，這些農民軍、流寇就能比較順利轉戰到這些地方，等山西、四川與河南的官員反應過來的時候已經晚了，他們只能哭著收拾爛攤子。所以朱夔元、耿如杞、朱大典還要感謝洪承疇。
最讓朱夔元、耿如杞、朱大典鬱悶的是，等到朝廷最後表功的時候，洪承疇肯定是拿大頭的，畢竟工作是人家做的，至於說你們「主動」配合一事，當然是有功的，但要不是洪承疇給你們行文，你夢到時只有哭的分了，所以嘛，這主要功勞還是要落在洪承疇的頭上。
正因為此，朱夔元、耿如杞、朱大典很不爽，我們幫你忙，還要對你說謝謝，這叫什麼事啊！這幾位心裡嘀咕，平時看這個洪亨九老實巴交、幹工作兢兢業業，不像個耍心計的人，不過這樣的人耍起心計不是人啊，對這樣的人以後可要注意了。
這些人之中對洪承疇是很有怨念的，不過對洪承疇最有怨念的是耿如杞，因為山西也是乾旱的重災區，他們那裡也有不少的農民軍、流寇，經過大規模的剿殺之後是勉強的壓了下去。
不過因為林丹汗的大規模的擾邊行動，邊軍不得部抽調平叛部隊以應付林丹汗，所以山西的局勢又開始不穩了。本來耿如杞手裡的兵力就不夠用，這回是徹底的坐蠟了，氣的耿如杞大罵洪承疇是壞蛋、混蛋、王八蛋。
等洩完後，耿如杞立刻像洪承疇分了一份公文，說：洪總督，山西兵力不夠用啊，等到你們陝西的農民軍、流寇殺過來，我山西就完了，看在「黨國」面子上，派點兵過來，幫兄弟一把吧。之後，耿如杞又向朝廷求援，要求朝廷同意陝西兵馬幫助山西平叛，並請求朝廷向山西增兵。