歷經十餘年的叛亂，朝廷終於平定了西南的叛亂，滿朝的文武終於鬆了一口氣，但是就在此時，崇禎皇帝以西班人無視我天朝威儀，擅自興兵攻伐我朝藩屬呂宋，並大肆屠殺在呂宋的天朝子民為由，要求朝廷立即興兵征討在呂宋的西班牙人。
雖然崇禎皇帝一再表示要征服呂宋，但是此消都是在暗地裡流傳或半公開的流傳，誰也沒在名面上提起來過，當然了，內閣、兵部為征伐呂宋所做的準備工作也沒有瞞著滿朝的文武大臣，所以滿朝的大臣們對崇禎皇帝此刻要宣佈征伐呂宋也沒有太過意外。
但是還是有一些大臣對此刻征伐呂宋提出了一些異議，這些大臣說，如今朝廷情況不好，內部有起義軍在作亂，外部有後金、蒙古的軍事威脅，還有就是朝廷剛剛西南的軍事叛亂，此事出兵呂宋，是不是有些不妥當。
有很多朝臣也非常贊成這些意見，畢竟朝廷剛剛平定西南的叛亂，再加上外部威脅，在這個時刻出兵，是不是有窮兵黷武的意味啊。但是畢竟大多數的朝臣們都比較的支持崇禎皇帝的論調，於是就在朝會上，大臣們與崇禎皇帝決定，在近期出兵呂宋。
當然，朝廷之所以這樣快的決定出兵呂宋，在很大程度上是朝廷上的大臣認為在呂宋的西班牙人對大明王朝的軍隊不會造成很大威脅有關。因為朝臣通過一些渠道瞭解到，西班牙在呂宋沒有多少軍事力量，就西班牙海軍而言，他們在呂宋不過就部署了不到三十艘的戰艦，其他的都是些武裝商船。
至於步兵，就更少了，根據朝廷在呂宋的細作傳來消息，西班牙在呂宋部署的步兵不會過五千人。而明軍為了攻佔呂宋，足足準備了上百艘的戰船，兩萬裝備精良的士兵。
正在福建、浙江厲兵秣馬的鄭芝龍、傅有成等一干將領在接到期盼已久的朝廷出兵的命令之後，立即揚帆出海，直撲西班牙在呂宋的大本營——馬尼拉。而在廣東的西班牙商人在接到明朝要對呂宋動手的消息後，明朝的遠征軍已經快要到達馬尼拉了。
而此刻的馬尼拉的西班牙人卻絲毫沒有意識到，明軍已經磨刀霍霍的正向這裡趕路呢。明朝遠征軍在崇禎五年五月初一的夜晚秘密到達了馬尼拉灣之後，傅有成的艦隊掩護明軍步兵在距離馬尼拉城不遠的一處偏僻海灘登6之後，先期登6的部隊稍作休整之後，就在夜色的掩護之下，一隊人馬在嚮導的帶領之下，攜帶者野戰火炮悄悄的到達了馬尼拉城下，一隊人馬則在嚮導的帶領之下，悄悄的前往位馬尼拉的炮台那裡了。
前往馬尼拉剛炮台的明軍在內應的協助之下，比較的順利的攻佔了炮台之後，就通過事先約定的信號，向鄭芝龍的艦隊信，鄭芝龍的艦隊在接到信號之後，在夜幕的掩護之下，突入港內，展開了對馬尼拉以及西班牙艦隊的炮擊作戰。
西班人催不及防，被突如其來的炮火給打蒙了，剛開始西班牙以為是荷蘭人打進來了，因為西班人一直非常惱火荷蘭人與他們搶奪中國商品和周圍的殖民地，雙方鬧得很不愉快，時常的雙方還大打出手。
但是很快的，西班牙人意識到，這不是荷蘭人，雖然荷蘭人在這片海域有一支規模不小的艦隊，但是這次襲擊馬尼拉的艦隊，實力比荷蘭人的艦隊強過太多了，而附近又如此規模艦隊的國家只有中國。
想到這裡，西班牙駐呂宋總督的冷汗就下來了，他知道，看這陣勢，中國人是對馬尼拉是志在必得，而和中國比起來，西班牙在呂宋的力量，微薄的可憐。但是事已至此，這位總督也沒有好的辦法，只得命令士兵們拚命的抵抗。
而攻擊馬尼拉城的明軍在鄭芝龍的艦隊起攻擊之後，也展開了對馬尼拉城的攻勢，兩千明軍在內應的接應之下衝入城內，殺入西班牙的指揮部，在一番激烈的戰鬥之後擊斃西班牙總指揮。
之後，明軍在嚮導的帶領之下，直攻總督府。西班牙駐呂宋總督勒比撒裡親督衛隊百餘人據守總督府，而城內的西班牙人在初期的慌亂之後，也拿起武器拚命的攻擊明軍，但是明軍有持續不斷的後援，再加上港內的海軍被鄭芝龍的艦隊擊潰，於是在天明時分，明軍攻入總督府，生擒勒比撒裡，而馬尼拉城內的戰鬥也隨之結束。
在經過一夜的激戰之後，明軍成功的攻佔馬尼拉，而一路從台灣出，配合主力作戰的明軍也攻克啊帕裡。因為馬尼拉是西班牙殖民者在呂宋的主要基地，並且也是西班牙殖民軍主力的駐紮地，所以明軍攻佔馬尼拉之後也就意味著明朝替代了西班牙，確立了在呂宋的統治地位。
遠征軍的幾位大帥開會一合計，說，咱哥幾個雖然沒有費多大力氣就把呂宋給平了，但是把西班牙駐呂宋的總督給抓了，這可是大功一件啊，咱們是寫一份精彩的奏章，向朝廷奏報咱哥幾個的功績啊。
傅有成、鄭芝龍一聽這話，覺得有理，說咱們不辭辛苦啊、不遠萬里的、乘風破浪來這破地方，不就是為了立功受獎嗎，現在地方咱也佔了，人咱也抓了，這也就差不多了，是該寫一份表功的奏章了。
經過一番商議之後，鄭芝龍叫來隨軍的書吏，指示他一定要寫一份內容精彩的，情節緊張的，主題高尚的奏章。這位書吏也是一個老油條，一聽主帥這麼吩咐，就知道是怎麼回事了，於是這個書吏向鄭芝龍表示，自己一定不負領導的期望，寫出一份精彩的奏章來。
此事議定之後，傅有成說：雖然咱們把馬尼拉給佔了，但是呂宋其他的地方，其他的一些島嶼還是盤踞這殘餘的西班牙人，你看咱們是不是除惡務盡啊，要不然一旦朝廷派遣官員來這的話，那咱們就有些麻煩了。
鄭芝龍覺得傅有成這話有理，就說：那這樣吧，讓芝虎率領一部分戰船留守馬尼拉，讓芝豹率領一部分戰船搭乘步兵，去掃蕩呂宋其餘島上的西班牙人，我呢，就率領福建水師的主力出海巡防，防止西班牙人的報復，也防止荷蘭人過來搗亂。至於傅大人，我軍的補給線就全靠大人的水師保護了。
傅有成聽到鄭芝龍的這番話後，傅有成在心裡冷冷的一笑，傅有成明白，鄭芝龍這是想要幹什麼，但問題是崇禎皇帝，朝廷能讓鄭芝龍如願嗎？崇禎皇帝和朝廷就是那麼好糊弄的？但是傅有成在名面上也沒有表示什麼異議，只是說：那呂宋的安危就全靠鄭大人了。說完，傅有成就走了。
主力明軍在經過一番休整之後，一分為三：一部留守馬尼拉，一部在呂宋主島上清剿殘餘的西班牙人，一部分搭乘鄭芝豹的戰船到呂宋其餘的島嶼上面清剿西班人。安排妥當之後，鄭芝龍、鄭芝豹的艦船前後出港。
傅有成目送鄭芝龍、鄭芝豹的艦隊出港之後，也帶領著自己的艦隊出港巡視去自己的補給線去了。而報捷的奏章已經寫好，傅有成專門派遣一艘快船搭乘報捷的官員，直航天津衛，向朝廷報捷。