萬壽節和春節過後，朝廷再次陷入繁忙之中，由於朝廷要成立新的衙門，所以吏部尤為的繁忙，吏部尚書成基命更是十分的苦惱，既要顧及人情世故，也要為朝廷選拔能幹的官吏，在這兩者之間找個平衡和不是一件容易的事情。
但是吏部就是幹這個活的，成基命沒有辦法逃避，只能硬著頭皮上，不過這個成基命也是一個人才，智商高，情商也高，成基命在吏部這幾年混的也是風生水起，與內閣、同僚、部下的關係也很好。
再加上這幾年吏部的歷練，成基命處理這一類事情是駕輕就熟，游刃有餘，但是畢竟這一回新成立的衙門口是管理宗教的，事關重大，不容有半點馬虎，所以成基命時常來內閣，與內閣討論這件事。
不過沒等成基命與內閣討論出來一個所以然，在一月中旬的時候，西南送來捷報，四川總督朱夔元與雲貴總督傅宗龍終於平定了奢崇明、安邦彥的叛亂，朝廷終於有重新控制了西南地區。
奢崇明，彝族人。萬曆十四年(1586年)襲職四川土司永寧(治所在今四川省敘永西南、轄境相當今敘永、筠連、古藺等縣地)宣撫使，與其子奢寅久有反明割據之心。天啟元年，奢崇明自請調馬、步兵2萬援遼，隨後派遣其婿樊龍、部黨張彤等領兵至重慶。
天氣元年九月十七日，奢崇明起兵殺死巡撫徐可求等軍政官員2o餘人，動叛亂，佔據重慶，攻合江，破瀘州，陷遵義(今屬貴州省)，建國號「大梁」，設丞相、五府等官。爾後，奢崇明、奢寅率軍數萬分道向成都進，先後攻陷富順、內江、資陽、簡州(今四川簡陽)、新都、龍泉(今四川成都市東南附近)。
奢崇明與天啟元年十月十八日，包圍成都。時成都守兵只有2ooo人，布政使朱燮元急調石柱宣慰司(治所在今四川石柱縣)、龍安府(治所在今四川省平武縣)等地官軍入援，同巡按御史薛溥政等分門固守。明廷升朱燮元為四川巡撫，調派楊愈茂為四川總兵官，入川平叛。
就在朱夔元率領四川明軍加緊圍剿奢崇明的叛亂，並快要將其剿滅的時候，貴州水西土司安邦彥與入川平叛為由，於天啟二年二月，率軍2萬至畢節(今屬貴州省)，動叛亂，自稱「羅甸大王」，在烏撒(今貴州威寧)土知府安效良的協助下，攻佔畢節。
四川東川(今雲南會澤)、雲南沾益(今雲南宣威)、貴州洪邊(今貴州開陽縣境)等地土官紛起響應。叛軍先後分兵攻陷安順、平壩、沾益、龍裡、甕安(今均屬貴州省)、偏橋(今貴州省施秉縣)、沅州(今湖南芷江縣)、普安(今貴州盤縣)、安南(今貴州晴隆)等地。
隨即安邦彥率領叛軍包圍貴陽，並且聲稱破辰(辰州)常(常德)，下荊州，直抵中原。而當時由於四川叛亂，朝廷已經調走貴州大部兵馬，貴陽兵力空虛，好在巡撫巡撫李枟、巡按御史史永安、提學僉事劉錫元等官員率領軍民奮勇抵抗，才保貴陽不失。
奢崇明、安邦彥叛亂，朝廷只得再派遣湖廣、雲南、廣西等地4萬官軍入黔。但是因為朝廷北方邊患嚴重，朝廷中央派系鬥爭激烈，在加上奢崇明、安邦彥兩處叛軍聯合行動，致使朝廷平叛行動極不順利。
天啟四年正月，新任巡撫王三善因糧草不濟、再加之向明軍詐降的陳其愚出賣，王三善所部兵馬被叛軍擊敗，王三善本人也被俘、遇害；天啟五年正月，魯欽等回師渡河，遭叛軍襲擊，士卒死亡2ooo多人。
因為朝廷平叛行動極其不順利，所以朝廷只好重新啟用蔡復一，並任命傅宗龍巡按監軍主持貴州軍務。在經過蔡復一以及傅宗龍通力合作，奢崇明與安邦彥的叛亂終於得到了扼制。
但是朝廷並沒有乘勝追擊，使得安邦彥和奢崇明可以從容的退回到水西，後經兩年多休養生息，蓄積力量，兵力展到1o萬餘人。到了崇禎元年，朝廷任命朱夔元和傅宗龍兩人總督雲、貴、川、廣西軍務。
朱夔元和傅宗龍兩人通力合作，招流移，廣開墾，恢復經濟；據險要，立營壘，充實軍伍；並且聯合忠於朝廷的土司，比如秦良玉等土司。在經過一番整訓之後，朱夔元和傅宗龍展開了對奢崇明、安邦彥的軍事行動。
因為朝廷決定，對參與叛亂的土司採取「改土歸流」的政策；對於忠於朝廷，幫助朝廷平叛的土司，採取暫時保留土司制度，並且大加封賞的政策，所以那些叛亂的土司負隅頑抗，使得朝廷平叛軍隊進展緩慢。
雖然叛軍拚死抵抗，但是朝廷軍隊經過奮勇作戰，先後在五峰山、桃紅壩、鵝項嶺，大敗叛軍，斬數萬級，叛軍主力基本被消滅，安邦彥、奢崇明先後敗死。但是安位卻率領叛軍餘部繼續頑抗朝廷官軍。
朱夔元、傅宗龍等繼續率領官軍繼續圍剿叛軍餘部。朱夔元、傅宗龍採取「四面迭攻，漸次蕩滌」的作戰方針，屯兵險要，四面包圍，逐步壓縮，絕其資儲等措施，終於在崇禎五年正月，安位走投無路，向明軍投降。
朝廷費時十餘年、耗費巨額糧餉、調動了大量的主力部隊，終於平定了西南的叛亂，在這次平叛中，朝廷消滅了西南的兩大割據勢力，並且在萬曆之後，再次實行大規模的「改土歸流」。
雖然朝廷付出了巨大的代價，但是朝廷終於能夠有一個穩固的大後方，而且朝廷也終於能夠騰出一隻手來，使得朝廷能夠專心的對付北方的邊患，再者，朝廷也能夠更充足的時間來休養生息。
所以平定西南來說對朝廷意義重大，但是平定西南以後，因為「改土歸流」的需要，朝廷需要選拔大量的官吏到西南去任職。不過根本沒有幾個官員，其實是壓根就沒有官員想要到西南實行「改土歸流」的地方去任職。
究其原因，因為西南那塊地方，打出明初的時候起，朝廷根本就無法直接控制那個地方，無論是明太祖皇帝還是明成祖皇帝，都無法使西南的土司屈服，所以朝廷無可奈何，只能對西南的這匯總狀況睜一眼，閉一隻眼。
即使朝廷在西南任命了一些「流官」，但是朝廷的政令根本出不了縣城，到了縣城的外邊，朝廷的政令根本不管用，全憑當地的土司做主。至於說收繳賦稅，那就拉倒了。
縣城周圍的那些少數民族的村子，看你這個官還不錯，聽愛民的，給你點面子，交點錢糧，至於說那些邊遠的村子，你還去收賦稅，還沒等你帶人到村子，就讓人家給你滅了。
這種情況到了萬曆皇帝實行「改土歸流」之後，有所改變，但是並沒有得到根本的改觀，致使朝廷裡根本沒有官員願意到西南去任職。當然，這種情況不能光算在「土司制」上，朝廷的官員們也是有責任的。
要改變這種狀況，先朝廷要選派得力官員，以往朝廷派往西南的官員，有很多一部分不懂得處理與少數民族的關係，造成當地官府與少數民族的關係緊張，還有一部分官員在當地作威作福。
所以這次朝廷派往西南的官員必須是德才兼備的，但是現在朝廷上哪找這麼多德才兼備的官員，而且現在「熱血青年」也少了，你想啊，刻苦讀書幾十年，步入仕途，誰不想去一個好地方穩穩當當的當官，有幾個願意去西南任職的。