皇太極既然已經決定撤兵，所以他就不會等到袁崇煥率領主力明軍到來是再走，那樣的話，就是想走也可能要走不了了，於是他立即傳令，大軍迅後撤，不過為了安全起見，防止明軍追擊，皇太極命令兩黃旗斷後。
皇太極的動作很快，等到一場和率領主力明軍到達和黑山後，後金大軍早就撤走了，留給袁崇煥只有一片廢棄的營寨，不過為了安全起見，袁崇煥還是命令偵騎偵查四方軍情，後金鐵騎留給袁崇煥的印象太深了，再說，小心總是好的。
黑山守將趙率教、何可綱看到袁崇煥率領主力明軍到來後，趕緊大開城門，迎接袁崇煥進城。袁崇煥進城後，命令一部軍隊休整，一部軍隊警戒，以防後金捲土重來，然後又命令後方的輜重部隊趕緊運送一些糧草與彈藥，以補充黑山守軍所需。
忙完這些後，袁崇煥又聚集將領，開了一次軍事會議。在會議上，趙率教、何可綱先介紹了黑山現在的狀況，黑山守軍與後金血戰數十場，雖然有堅固的城牆與犀利的火器，但是還是損失慘重。
然後趙率教、何可綱有送上此次戰役的陣亡與有功將士的名單，袁崇煥接到名單後，對趙率教、何可綱等黑山守將說，你們放心吧，本督帥不會讓這些將士白白的犧牲的，本帥會如實像朝廷奏報。
隨後，趙率教、何可綱又向袁崇煥引薦了從熱河遠道來支援的那支明軍的將領，說熱河錢士升派遣林遠生將軍等，率領兩千餘騎兵，前來支援督帥，其後趙率教又向袁崇煥通報了這支軍隊的戰績。
袁崇煥一聽，恍然大悟，心說原來是怎麼回事啊，還對虧了這支奇兵，否則勝負還難料啊，於是袁崇煥趕緊請林遠生及其部將趕緊過來。因為林遠生及其部將是熱河錢士升的手下，不軌袁崇煥管轄，所以他們就沒有參加會議。
不大一會兒，林遠生帶著他的四個蒙古副將，來到大堂，拜見袁崇煥，把錢士升寫給袁崇煥的文書拿出來，呈遞給袁崇煥，並向袁崇煥謝罪說，因為本將所率領的騎軍迷路，所以未能和督帥的大軍匯合，實在是罪過啊。
袁崇煥趕緊站起來，走過去，很是親切的拉起林遠生，說：林將軍客氣了，錢士升大人派遣爾等遠道前來支援袁某，袁某是趕緊不禁啊，再說將軍哪有罪過啊，實在是有大功啊，要不是將軍，袁某可能就敗了。
袁崇煥和林遠生談了一會兒後，就讓林遠生休息去了，因為林遠生所率領的兵馬畢竟是熱河的，袁崇煥沒有管轄他們的那個權利。將林遠生送出大堂後，袁崇煥繼續找來軍事會議，討論下一步該怎麼走。
接下來是繼續的追擊後金大軍，一直打到瀋陽啊；還是不追了，就此結束這場戰役。在會議上，大部京軍將領主張繼續追擊後金大軍，他們說現在我軍連番大勝，士氣如虹，正應當再接再厲，一鼓作氣的殲滅後金主力，平定遼東。
遼軍的將領聽到這番話後，很是不以為然，遼軍將領說，不錯我軍是連戰連捷，但是我軍並沒有重創後金主力，後金主力好友很強的戰鬥力，而我軍因為連番作戰，不僅很疲勞，損失也很大，在追著後金打，情況很可能不容樂觀。
京軍的將領對對遼軍的這種說法嗤之以鼻，認為遼軍將領把後金看的太強大，而有些「畏戰」了。所以京軍將領反駁說，我軍很疲勞，損失很大，；後金同樣的很疲勞，損失同樣的也很大，再加上後金此刻士氣低落，正是我們一舉擊潰後金的好機會。
京軍將領與遼軍將領各執一詞，誰也不讓步，爭論的異常激烈。不過袁崇煥、滿貴、祖大壽等遼動高級官員並沒有介入這場爭論，他們在靜靜的思索，到底是率軍繼續前進，還是向朝廷奏報，說自己已經取得勝利，要班師回去。
就袁崇煥本人來說，他是十分希望繼續追擊後金主力，然後聚殲後金大軍，一舉平定遼東。但是袁崇煥明白，就憑借這現在手裡的這十萬多軍隊，想要一舉消滅後金主力，那有些異想天開了。
袁崇煥知道，雖然自己所率領的明軍接連擊敗後金大軍，可是自己的損失也很大，尤其是前鋒營的火槍手，已經傷亡殆盡了；而自己並沒有重創後金主力，皇太極現在是主力尚存，頗具戰鬥力。
而且東出黑山、渡過東沙河後，那就是一片平原地區，這樣的地形太有利於後金的騎軍了，後金可以集結主力，縱橫馳騁，隨意的襲擊我軍。反觀自己的軍隊，騎軍很少，大不是步兵，而且攜帶有大量的火炮，行動很是不變。
袁崇煥想來想去，覺得沒有必勝的把握，還十分有可能面臨失敗，而自己這十萬多軍隊，可以說是現在朝廷最為精銳的部隊了，要是外一有失，那自己就罪莫大焉了。所以袁崇煥決定，將顯示情況與自己的想法奏報朝廷，等候朝廷最後的裁決。
大家吵來吵去，最後主將袁崇煥一錘定音，決定上疏朝廷。這一結果，讓京軍將領有些不滿，不過主將袁崇煥已經作出決定，所以京軍的將領最後還是服從袁崇煥的命令，加緊休整，嚴加戒備，暫不動兵。
袁崇煥寫了兩分奏章，一份是給朝廷的，一份是給崇禎皇帝的密折，寫好後，袁崇煥命令驛卒以最快的度，送到京城。不過等了幾天之後，沒有等到朝廷的旨意，到是等到了皇太極派出的和談使團。
皇太極在這場戰鬥中損失很大，所以皇太極一方面要恢復實力，一方面要為征伐蒙古察哈爾部做準備，皇太極知道，現在手中的實力還不足以推翻明朝，所以皇太極要增強實力，於是皇太極將目標鎖定在蒙古察哈爾部上。
為了爭取時間和穩住明朝，所以皇太極決定派出使團，到黑山，面見袁崇煥，要求與明朝和談。袁崇煥接到皇太極派來使團議和的消息後，一想，也有些明白了皇太極為什麼要和談。
袁崇煥心說，你皇太極想要爭取時間，可我袁崇煥何嘗不需要時間以休整、訓練部隊啊。雙方都需要時間，在加上受天朝大國，禮儀之邦這一影響，所以袁崇煥還是決定接待後金來使。
此次後金來的是老熟人，方吉那、穩台什。袁崇煥一看又是這兩位，於是袁崇煥在黑山，說不上熱情吧，還是很有禮貌的接待了這二位。方吉那、穩台什急於談正事，所以在接風宴之後，雙方就談起了正事。
方吉那說：我們大汗，心胸寬廣，英明神武，不願看到因為雙方交兵而使生靈塗炭，所以為了廣大的百姓，很有誠意的相與大明皇朝和談，雙方止戈息武，友好往來，這是我們大汗寫給袁崇煥將軍與大明皇帝的信箋。
袁崇煥接到書信之後，並沒有開啟信封。穩台什接著說：在信箋的格式上，我們大汗為了照顧大明皇帝的尊嚴，特地將大明皇帝的尊號寫位位，然後才是我們大汗的尊號，之後才是大明朝廷的諸臣。
方吉那說：您看，我們是很有誠意的，只要雙方以東沙河為界，每年明朝方面「賜」我們金銀，我們就可以「進貢」貂皮、人參等遼東特產，並且我們大汗還承諾，只要明朝答應我們的這些條件，大汗絕不會興兵犯明。