好不容易將東江問題解決了，朝臣們剛要喘口氣，將主要精力放在內鬥上。自從朝廷施行幾項新政後，東林與既得利益集團都憋足了勁要把對方置於死地。
實行新的鹽政，勢必就會損壞一些商家和朝中權貴的利益，而且在實行新的鹽政方面，那些既得利益者會設置重重的障礙，所以在溫體仁他們提出改革方案後，並不想派自己人去實行這個改革方案，他們推薦的是東林官員。
東林也不是省油的燈，他們知道，這是個燙手的山芋，政策施行好了，固然功勞的大大有，但是萬一弄砸了，那可就萬劫不復了，所以東林說鹽務改革方案是溫體仁等提出，他們熟悉政策，所以這事應該他們去幹。
所以就造成了好的政策制定出來了，卻沒有人來實行。最後給崇禎皇帝氣的大雷霆，你們不是都要看對方笑話嗎？好，改革鹽務，我讓你們誰都跑不了。於是崇禎皇帝任命錢謙益和溫體仁為欽差大臣，赴兩淮鹽場改革鹽務。
命令一下，雙方都不想去啊，這可是得罪人的一件差事，幹好了固然能得到皇上的嘉獎，那要是幹不好呢？那些鹽商是那麼好對付的？不過皇命難為，兩人在怎麼不願意，都得去。
溫體仁和錢謙益兩人剛走，鄭芝龍的奏章就遞到朝廷了。鄭芝龍在奏章裡先向朝廷謝恩，說鄭某為朝廷立下尺寸之功，朝廷竟然封賞如此之隆，鄭某就是萬死也不足以報答皇恩。
藉著鄭芝龍話鋒一轉，說近日得到情報，海盜劉一香勾結荷蘭人，意圖進犯閩台，所以建議朝廷暫緩將自己調往廣東，不過為了加強廣東的海防，自己願意將鄭芝虎部調往廣東。
總之就是一句話，因為有人要進犯閩台，所以鄭芝龍要留守福建，至於廣東的海防，自己可以派遣他的弟弟鄭芝虎去廣東。
鄭芝龍的這份奏章，又將朝臣的注意了從內鬥集中到了一致對外上。東林與既得利益集團是互相看不上，雙方都想打到對方，然後自己獨掌朝政。不過不管是東林，還是既得利益集團，他們都是文官官僚集團。
而鄭芝龍是一個海盜出身的水師將領，竟然不聽朝廷的命令，想幹什麼，難道說你鄭芝龍想要擁兵自重嗎？
於是朝臣們對鄭芝龍反對朝廷調令的這種作為表現出了幾乎同仇敵愾的一種憤怒，朝臣們認為鄭芝龍的這種行為使得朝廷的尊嚴受到了挑戰，而整個文官官僚集團也大丟面子，所以朝臣們都紛紛上疏要求嚴懲鄭芝龍。
崇禎皇帝也是不信任的鄭芝龍的，鄭芝龍這個人，亦商亦盜，而且還不太安分，鄭芝龍在晉江安海鎮建豪宅，並且擁兵自重，所以朝廷才會將他調到廣東，不過看來鄭芝龍是不打算遵守朝廷的指令了。
不過朝廷實在是沒有功夫來對付鄭芝龍的水師，再說鄭芝龍水師實力強大，朝廷沒有那個時間和精力來對付鄭芝龍。所以崇禎皇帝決定同意鄭芝龍的請求，你鄭芝龍不想去就不去，不過鄭芝虎和鄭芝豹你們兩必須去廣東。
於是在崇禎皇帝的堅持下，朝廷再次下達旨意，令鄭芝龍留守福建，鄭芝虎和鄭芝豹率領水師部分戰船，移師廣東，以加強廣東的水師力量，防備海盜的襲擊，保衛i廣東安全。
同時，崇禎皇帝對兩廣總督，福建巡撫等閩粵有關官員下達密旨，要求有關官員用各種方法，架空鄭芝龍、鄭芝虎和鄭芝豹，將鄭家的水師變成朝廷的水師；不過要秘密的進行，不要打草驚蛇。
旨意下達後，朝廷的官員們普遍的對鄭芝龍極其一家懷有敵意，所以當鄭芝龍派出的說客到京城遊說朝廷官員，備重禮，要這些朝廷官員在朝廷上為鄭芝龍極其一家說些好話的時候，朝廷官員們沒有幾個接受鄭芝龍賄賂的。
這些朝廷官員明白，鄭芝龍的所作所為，已經觸怒了大部分的朝臣和皇上，他鄭芝龍極其鄭家早晚要倒霉，所以那鄭芝龍的禮物是那麼好收的嗎？也不怕你禮物燙手，到時候鄭家事，還不得為他鄭家陪葬啊。
朝臣們感覺要忙瘋了，朝廷大事不斷，試種那該死的西洋作物，結果有些官員的工作方法粗暴，不講究政策，強行威逼農民剷除已耕種的作物，大範圍的耕種西洋作物，差點鬧出民變。
這還不算完，錢謙益和溫體仁到達兩淮鹽場後，由於鹽商和兩淮鹽場的官員們上下勾結，抵制新政，錢謙益和溫體仁的工作十分的不順利，再加上兩人的私交不好，所以兩人時常生衝突，致使鹽務改革陷入停滯。
試種在西洋作物竟然鬧出民變，於是崇禎皇帝大罵官員辦事不利，一項利國利民的事情，竟然在某些手上變成了擾民的行為，內閣被皇上痛罵一頓後，立即找來都察院的負責人曹於汴與吏部尚書成基命，要他們兩人派人徹查。
兩人迅派人到出事的地方進行調查，結果是當地的知縣為了迎合上面，強令當地民眾剷除已經耕種的作物，換種西洋作物。當地民眾找到知縣，說現在已經播種完了，在進行換種的話很困難，再說朝廷提供的西洋作物的種子不足，不如等明年有足夠的種子在耕種那些西洋作物吧。
知縣不允，派出衙役，想要毀掉已經耕種完畢的作物，沒有想到和民眾生衝突，知縣大怒，派衙役將幾個鬧事的人抓到縣衙，當眾將抓到的這幾個鬧事的民眾仗斃，引民眾的極大不滿。
知縣利用職權鎮壓不滿的民眾，結果民情激憤，要不是當時巡撫聽到風聲，及早趕到當地處理，就要造成民變了。內閣收到調查報告之後，感覺事態嚴重，趕忙派人到試種西洋作物的各個試點地區，看看有沒有類似的事件。
結果一調查，現這種情況很普遍，當地官員為了凸顯政績，強迫當地民眾耕種西洋作物，但是有沒有提供足夠的種子，所以造成了很多的問題。內閣一看竟然出現這種狀況，趕緊進行補救。
於是朝廷再次布命令，要求試種西洋作物的地區，不准強迫當地民眾種植西洋作物，而是要採取政府誘導，民眾自願的原則。在工作中，要講究方法，工作不能粗暴，如果在生類似事件，朝廷將嚴懲不貸。
至於兩淮鹽場，朝廷賜欽差大臣尚方寶劍，並通告兩淮官員與鹽商，如果在不聽從欽差大臣的吩咐，實行新鹽政，那欽差大臣手裡的尚方寶劍不是擺設，那是要殺人的，在不聽從朝廷命令，後果自負。
錢謙益和溫體仁在得到朝廷授權，在罷黜了幾名鹽務官員後，才打開局面，在兩淮實施鹽票法，在折騰了幾個月後，錢謙益和溫體仁才完成任務，回到京城。有了兩淮鹽場的事例，其他的幾個鹽場，也接連實施鹽票法。