崇禎皇帝也是對東林有些不滿，心說你們東林要為熊廷弼翻案不是不行，但是你們不能這麼翻案啊，東林這是要一竿子打翻一船人啊，這能行嗎.t現在朝廷需要的是穩定，不要動盪，要團結，不要分裂。
於是崇禎制止了兩派激烈的辯論，說當時朝廷在在追究丟失廣寧之罪的時候，處死熊廷弼而流放了王化貞，過矣。不過熊廷弼在遼東任上還是有所建樹的，還是有功勞的，這樣吧，就把熊廷弼的頭顱交還個熊廷弼的子孫，厚葬熊廷弼，在給熊廷弼的子孫一些補償吧。
崇禎皇帝這話一說來，既得利益集團肯定是高興啊，不牽連人啊。東林就不幹了，東林就要是要憑借熊廷弼的案子打擊既得利益集團啊，所以皇上的這番話在東林看來就是明顯的偏袒既得利益集團。
於是東林官員出列諫言，說當時熹宗皇帝受到閹黨的蒙蔽，所以熊廷弼雖貴為遼東經略，但是遼東的兵馬卻全被巡撫王化貞所掌握。而王化貞識人不明，致使叛將孫得功把持廣寧防務，並向建酋投降。
所以丟失廣寧的主要責任應該由王化貞負責，而熊廷弼愛接到廣寧有失的消息後，不畏艱險，帶領麾下五千兵馬，接應王化貞，為了不讓關外百萬軍民不受建酋荼毒，毅然率領關外軍民一體撤出關外，這是有功的，朝廷應該獎賞啊。
既得利益集團聽到東林這樣的說辭，都氣樂了，本以為自己夠無恥了，沒有想到東林比我們還無恥，瞧瞧人家那話說的，熊廷弼丟失河西廣大地區是為了河西民眾，這樣的行為不應處罰還要獎賞。厲害啊。
東林說完這些話以後，他們子自己都覺得臉紅，這純粹是狡辯啊。t不過東林沒有辦法啊，這麼難得的機會，在不抓住就可惜了。所以東林也顧不得難為情了，洋洋灑灑一番話，愣是把黑的說成白的。
既得利益集團當然不能容忍東林這種行為，所以既得利益集團展開新一輪的反擊，說熊廷弼既然擔任遼東經略這一要職，就應該明白守土有責。王化貞是丟了廣寧，可是熊廷弼卻丟失了整個河西地區。
兩派再次陷入激烈的爭吵當中。內閣中的韓獷、李標、劉鴻訓等看到這種情景，趕忙出來和稀泥。韓獷等人明白，皇上既然已經出面協調了，那雙方就應該給皇上面子，罷兵和談，可是東林太不給皇上面子了，皇上要是生氣了，後果是很嚴重的。
對於像熊廷弼一案，算是陷入了僵局，東林不依不饒，既得利益集團寸步不讓，而皇上太俗曖昧。這下可苦了內閣了，雙方都有人馬在內閣，雖然東林的人比較的多，內閣輔也可以藉著他的權利強行的為熊廷弼翻案。
不過皇上的心思實在讓人琢磨不透，說皇上是偏向東林，聽皇上的話不像；說皇上偏向既得利益集團，也不像。這就讓人難辦了。皇上已經表示過對東林的不喜，所以韓獷不可能明顯的偏向東林。否則他的輔是當到頭了。
於是大家討價還價，在皇帝的基調之上，平反的熊廷弼的冤案。丟失廣寧確實不是熊廷弼的責任，此事應該有王化貞負主要責任，不過鑒於王化貞年歲過大，在者也在外邊流放那麼多年，為了體現皇上的仁慈，就然王化貞在外邊呆著吧。
雖然熊廷弼早丟失廣寧一事上不負主要責任，但是熊廷弼卻未戰先逃，丟失河西地區，致使京畿震動，不過熊廷弼在撤退時能夠掩護百萬民眾退入山海關，避免了生靈的荼毒，再加上熊廷弼在前兩次兩棟任上的優秀表現，朝廷還是要給予表彰的。
於是朝廷最後給熊廷弼的定論是熊廷弼有功有過，熊廷弼大人在萬曆三十六年以及萬曆四十七年出任遼東最高長官的時候，穩定了遼東局勢，迫使建酋不敢進犯遼東，為朝廷最初卓越的貢獻。
不過熊廷弼在天啟元年出任遼東經略的時候，因為經撫不和，在原遼東巡撫王化貞丟失廣寧之後，雖然提兵救援，但是未能在河西諸堡壘組織抵抗，而是擅自放棄河西地區。只是朝廷丟失河西廣大地區。
所以朝廷決定許其子持頭歸葬，謚襄愍。並且朝廷決定在江夏修賢鄉建享堂，於紙坊廣坊嶺修祠墓，以紀念熊廷弼。這個結果雖然不是那麼的太盡如人意，不過朝廷至少為熊廷弼翻案了，還是可以接受的。
朝廷再次下詔，表彰在天啟元年在廣寧戰場上與後金英勇作戰，以身殉職的各級文武官員，比如在西平力戰而亡的參將黑雲鶴、副總兵羅一貫、總兵祁秉忠等忠勇將士。同時朝廷還表彰了不願隨熊廷弼後撤，在松山自縊的兵備道參政高幫佐等官員。
東林看到藉著熊廷弼一案扳倒既得利益集團的目的是不可能實現了，但是東林中有和熊廷弼交好的官員趁機提出，有的官員在查抄熊廷弼府第時，為了討好閹黨，竟然迫害熊廷弼的家人，當眾鞭打熊廷弼的妻兒。
這些官員說的正是時任江夏知縣的王爾玉，此人為了討好閹黨，竟然「去其兩婢衣，垯四十」，當地官員和民眾對對王爾玉咬牙切齒。於是和熊廷弼交好的官員趁勢提出要求懲治王爾玉。
崇禎沒聽過這個官員的名字，向這也不是什麼重要的人物，也為了撫慰東林官員，所以就同意了處置王爾玉的要求。
一場爭論下來，雙方基本上可以說是平手。東林雖然說勢力龐大，但是論政治爭鬥，還真不是既得利益集團的對手，在加上皇上暗地裡的打壓，所以東林並沒有取得輝煌的戰果。
反觀既得利益集團，雖然他們實力不如以往，但是這幫傢伙縱橫官場幾十年，論鬥爭經驗，論看風向的能力，那是東林所萬萬趕不上的。他們明白自己只能依靠皇上來抗衡東林。
所以這幫傢伙費勁了心思要揣摩皇上的意思。朝廷財政困難，皇上為此傷透了腦筋，於是既得利益集團就開始想辦法增加朝廷收入，有限的官紳一體納糧確實是好辦法，但是這幫人敢提嗎。
提出來就是與整個士紳階層對抗啊，所以他們只能另想辦法。至於朝廷在西北實行這項政策，那是朝廷實在是沒有辦法了，要在全國實行，那還不翻天了。於是這些人開始想起它的辦法，鹽政專賣是朝廷收入的一大來源，所以這些人開始打鹽政的主意。
於是在熊廷弼案過後幾天，既得利益集團拿出了一攬子改革鹽政的方案，要求朝廷實行，其實朝廷在萬曆四十五年就改革過鹽政，廢除官倉改鹽法，令商、灶直接交易，改場灶實物稅為貨幣稅。
但是到了天啟時期，這項制度就有些崩壞了，所以為了增加朝廷收入，改革鹽政就是一條捷徑。並且溫體仁等人還寫奏章，要求朝廷重新開放山東、江蘇的市舶司，開通海貿，以增加朝廷的收入。