崇禎皇帝一看到袁崇煥的奏章，和內閣票擬的意見，想了想，還是批准了內閣的意見。t同時崇禎也在思考，到底袁崇煥還是不能忍受毛文龍啊，不過袁崇煥比毛文龍重要多了，至少崇禎是這麼認為的，所以崇禎在袁崇煥和毛文龍兩人中，理所當然的放棄了毛文龍。
既然皇上批准了內閣的意見，於是內閣草擬聖旨，加蓋玉璽有，由行人司快馬加鞭的送到廣寧了。雖然毛文龍一事有了結果，但是錢謙益與孫慎行可是不甘寂寞，他們倆上竄下跳，聯絡同志，要為熊廷弼翻案。
溫體仁和周延儒不可能眼睜睜的看著東林在台上唱戲，於是他們也開始聯絡既得利益的官僚大臣們，他們知道，他們一幫人誰都不乾淨，一些人還和熊廷弼一案有很多關聯，東林要是翻案的話，他們都要倒大霉的。
於是在朝會上，御史中東林一脈的人員開始為熊廷弼喊冤，要求朝廷為熊廷弼正名。這些御史在崇禎二年清理冤案的時候也曾經提出過要為熊廷弼正名，不過那時朝廷事務繁多，這案子也就脫下來了。
這些人在這時候又重新提出翻案的請求，而且他們又拿出了許多的證據，證明熊廷弼是遭閹黨陷害的，足見東林這次是準備充分啊。可是溫體仁他們能眼睜睜的看著東林為熊廷弼翻案，進而打擊自己嗎？
於是既得利益集團的成員，閩洪學出列反駁，說熊廷弼當時是遼東的最高軍政長官，丟失廣寧，他罪責難逃，再說，熊廷弼在關押期間，通過內閣中書汪文言，行賄與楊漣、左光斗等六人，這是有案可查的。
其實在丟失廣寧之後，熊廷弼與王化貞同時被革職，尤其是熊廷弼一案從天啟二年一直調查到天啟五年，時間長達三年多的時間，其中還夾雜這閹黨與東林殊死搏鬥，所以內情複雜，其中牽扯很多人。
熊廷弼在遭關押期間，確實通過內閣中書汪文言先人行賄，不過那人是魏忠賢，不是楊漣、左光斗等六人當時熊廷弼為求活路，通過汪文言向魏忠賢求情，願意送魏忠賢四萬兩白銀以求活命，當時魏忠賢也是答應熊廷弼了。
不過熊廷弼他不是貪官，也不是巨富，一時間湊不齊這麼多的銀兩，魏忠賢就認為熊廷弼是耍他，再加上熊廷弼與東林關係一向很好，所以魏忠賢就想通過熊廷弼一案將東林從朝堂上抹去。
於是熊廷弼被處死，並且傳九邊，進而魏忠賢又逮捕了汪文言，對其進行嚴刑拷打，要他誣陷楊漣、左光斗等六人。汪文言寧死不屈，不過胳膊終究擰不過大腿，但參與審理此案的徐大化等人還是弄到了汪文言的「口供畫押」，然後據此上奏熹宗。
因為閩洪學有汪文言的「口供」，所以閩洪學也是非常的理直氣壯。東林一脈看到「閹黨」餘孽竟然又開始對楊漣、左光斗等六位波髒水，那哪行啊，於是東林集中火力開始對閩洪學進行批判，說閩洪學膽大妄為，我們敬愛的，至高無上的皇帝陛下已經為楊漣、左光斗等六位正明瞭，那裡容得你們這些閹黨餘孽往這些鬥士身上潑髒水？
溫體仁那方也不甘示弱，錢向坤出列反駁東林，說皇上確實為楊漣、左光斗等六位正名了，他們六位也確實是好官僚，可是人無完人啊，誰又能保證這六位沒有因為和熊廷弼的私人關係而收受他的賄賂，進而為熊廷弼說項啊。
同時錢向坤又說，熊廷弼當時是遼東經略，王化貞是遼東巡撫，廣寧之失兩個人都有責任，就算丟失廣寧王化貞要負主要的責任，但是熊廷弼在王化貞丟失廣寧之後，竟然不戰而逃，丟失了山海關以東的大片河山，所以熊廷弼死有餘辜。
錢向坤的話彷彿為他們的那個集團的人馬打開了一扇窗戶，於是閩洪學等人不在提熊廷弼行賄一事，而是集中火力攻擊熊廷弼不戰而逃的事情上，說定熊廷弼死罪是合乎律法的，東林不應該為熊廷弼翻案。
當時閹黨給熊廷弼定的罪是：失陷廣寧、貪贓納賄。所以東林官員們在這兩個罪名上做文章，說失陷廣寧是王化貞的責任，至於貪贓納賄則是閹黨的誣陷之詞，不足為信。至於說熊廷弼擅自放棄河西大片土地，是因為後金軍力強大，熊廷弼沒有足夠的兵馬與之相抗衡。
溫體仁、周延儒和閩洪學、錢向坤對東林的說法嗤之以鼻。周延儒說，丟失廣寧以後，遼東還有三萬餘官兵，錦州、大、小凌河、寧遠、前屯等諸多城堡還在朝廷之手，而熊廷弼大人竟然不組織抵抗，卻擅自放棄河西大片領土，罪莫大焉啊。
東林也知道，熊廷弼擅自放棄河西，退守山海關確實是失誤了，而熊廷弼也應該負責，可是這個熊廷弼畢竟和東林有密切的關係，再說，東林也想憑借這這個事打擊既得利益集團，所以東林硬著頭皮在那裡為熊廷弼辯護。
溫體仁怪聲怪氣的說道：想當初袁崇煥大人率領不到兩萬的孤軍，在寧遠城與建酋激烈的交戰，斃傷建酋領努爾哈赤。而熊廷弼大人馳騁遼東多年，卻不敢率領數萬遼軍在錦州、大、小凌河、寧遠、前屯等諸多城堡與建酋決一死戰，何其怪哉？
溫體仁這番話把東林嗆得夠嗆啊，事實如此啊，想當初熊廷弼要是在錦州、大、小凌河、寧遠、前屯等城堡與後金血戰，縱然是戰死，也不會禍及家人；可是熊廷弼他沒有率軍死戰，而是讓軍民一體撤到山海關以西，熊廷弼這麼做，確實不妥。
東林想反駁溫體仁，他們還真不好反駁，於是東林就說，熊廷弼是對丟失廣寧有責任，但是王化貞就沒有責任嗎？丟失廣寧的主要責任應該由王化貞負，要不是王化貞佈置失當，不聽熊廷弼的，廣寧也不至於丟失。
所以丟失廣寧的責任光由熊廷弼背行嗎，合理嗎？再說，熊廷弼三次到遼東任職，對朝廷有多大的貢獻。即使追究丟失廣寧的責任，判熊廷弼的罪，不是還有八議嗎，在怎麼說也不至於判熊廷弼死罪吧。
所謂八議就是，議親、議故、議賢、議能、議功、議貴、議勤、議賓。熊廷弼在前兩次遼東任職期間，在遼東整修武備，制定官制，有效的抵禦了後金的侵襲，這是功，是賢，是能啊。所以你們怎麼能判熊廷弼死刑，而放過王化貞啊？
東林抓住這點，猛烈的抨擊既得利益集團，並且要求重審熊廷弼一案，對有關玩忽職守的官員進行調查，懲處。既得利益集團看到東林露出了獠牙，他們那能坐得住啊。
重審熊廷弼一案沒有什麼，不過要處理審理熊廷弼一案時的有關官員，那就不行了，那是正式閹黨和東林鬥爭的關鍵時期，是官員們站隊的時期，站錯了對不僅身家性命難保，還要禍及子孫。
所以當時的的官員們，有的沉默不語，有的為熊廷弼喊冤，有的助紂為虐，還有的辭職回鄉。而助紂為虐的官員們不少都是高級官員，有的現在還朝廷任職。所要追究責任的話，先就是那幫助紂為虐的人跑不了。
既得利益集團都是從天啟朝過來，有的在熊廷弼一案時，就曾經助紂為虐，他們心裡那個氣啊，都心說你們東林這要是幹什麼啊，許多的重要職位都是你們的人，或者是傾向於你們的人在任職，你們還想要什麼，難道要把我們趕盡殺絕嗎？
東林正事抱著這個心態，要把朝中那些非東林的，全部趕出朝廷，因為就我們東林是一心為朝廷的，其他的都是邪黨，都不配站在這朝堂之上。
東林的這種態度引起了很多大臣，包括那些和東林交集不多，但還是能一心為公的中立派大臣的反感。他們都覺得東林太霸道了，做事有些過了。所以說，東林的那些政敵，都是自己樹立起來的，跟別人都沒有關係，純粹是東林自己沒事找事。