雖然說主要官員選拔完畢，但是朝廷改組市舶司還是面臨很多問題的.明朝在東南沿海設立了浙江、福建與廣東三司，東南沿海這三司設提舉一人，從五品；副提舉兩人，從六品；屬下吏目一人，從九品。而提舉，或者是特派，或者由該省的按察使和鹽課提舉司提舉兼任。
所以，按照現行體制的話，浙江、福建與廣東的市舶司是隸屬於該省的布政使管轄，所以稅收大權完全掌握在該省的布政使等地方高級長官的手裡。雖然在萬曆皇帝時期，朝廷對浙江、福建與廣東的市舶司進行了一些改革，採取了定額包稅制，才由提舉負責收稅，但是，浙江、福建與廣東的市舶司還是由地方掌控。
在明代想要當官，是要歷經一條艱難曲折的道路的；想要當官，先就要通過「童試」也叫小考、小試。通過「童試」之後，成績合格的取得「生員」資格的，也就是俗稱的秀才，就分別前往府、州、縣學學習。這是踏入仕途的起點。
進入府、州、縣學學習後，再由各省的提學官進行歲考和科考兩級考試，按成績分為六等，名列一、二等，才取得「鄉試」的資格，稱科舉生員。通過「鄉試」、「會試」、「殿試」三級考試之後，才能踏入仕途，光耀門楣。
俗話說「十年寒窗」，這一路走來，只怕是不止十年啊。好不容易踏入仕途了，光宗耀祖了，可是官員的俸祿極低，只能勉強夠養家餬口的。
雖然官員們讀了多年的聖賢書，但是他們終歸不是聖人，官員們也是人，官員們也要生活，也要排場。但是俸祿不夠，怎麼辦，只能通過合法的、半合法的和不合法的手段來增加自己的收入。
江南的官員，尤其是江浙、閩粵的官員的日子比其它地方官員的日子好過，不光因為江南的民富，也是因為這些地方的官員能從海貿中分一杯羹.所以他們的生活很滋潤。
而其他地方的官員只能通過合法的、半合法的、不合法的增派與勒索來增加收入。所致很多北方的官員是想盡了辦法要往南方去，而更多的外方的官員是通過許多手段要去江南。
雖然在崇禎初年，朝廷派遣馮銓與阮大鋮到江南，收回了市舶司的一些權利。但是現在朝廷要完全收回市舶司的權利，變地方管轄為中央管轄。這樣的話，就侵犯那些既得利益的官員，那些官員他能幹嗎？他們還不德想盡辦法保住既得利益。
再說了，朝中的那些東林東林可是出身江南的，而這些東林比較喜歡空談，結黨，把事情交給東林，崇禎還真不放心。
在磕磕絆絆當中，管理市舶司的衙門在京成立。不過因為當時何如寵已經是禮部尚書，按照品級，所以市舶司的五品提舉官是不合適，所以只能新成立一個適於何如寵品級的衙門。
最後眾人商定，成立海關署理衙門，何如寵任海關署理衙門的主推舉官，品級是二品。馮銓和阮大鋮為副推舉官。按照其資歷，也被提升到從二品。當然，為了加強對浙江、福建與廣東三個市舶司的監管，也避免馮銓和阮大鋮在京裡與東林生衝突，於是海關署理衙門在南京和廣洲設立監管司，馮銓和阮大鋮一個在南京，一個在廣洲，他兩就不用進京了，就近辦差。
不過為了加強監管，也為了制約馮銓和阮大鋮，朝廷規定：每年，浙江、福建與廣東的市舶司主官，帶著賬目，在馮銓和阮大鋮的率領下，到京城述職，其賬目交由海關署理衙門和戶部審核。
禮部尚書雖然說也是六部尚書之一，聽起來很威風，不過職權比起吏部和兵部、刑部來說，還是差上那麼一點。所以何如寵從禮部尚書出任海關署理衙門這麼一個很有實權，皇上又這麼重視的一個衙門的主官，在眾人眼裡，何如寵陞官了。
既然何如寵高昇了，那禮部尚書這個位置就空出來，於是眾人開始推舉禮部尚書的人選，就在大家熱議禮部尚書的時候，漕運總督告老還鄉。朝廷還要趕快任命新的漕運總督。
漕運總督，全稱是「總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道」不僅管理著長達三千多華里的運河，還監管著鳳陽、淮安、揚州、瀘州四府以及徐州、和州和滁州三州，可謂是職權重大。
這個漕運總督可是個油水豐厚的差事，漕運總督駐地是江蘇淮安府，淮安的興起就是因為漕運，每年漕船到達這裡後，需接受漕台衙門的盤查，上萬艘糧船的船工水手、漕運官兵在此停留，南來北往的商人在此進行貨物交易，旅客也在此盤桓，更加之在這裡設常盈倉兩處、常平倉兩處、預備倉三處、莊倉五處。因此促成淮安城市的繁榮：「揚州千載繁華景，移在西湖嘴上頭。」
好地方，好職位，於是很多人都想要漕運總督這個職位。東林想要安插自己的人，溫體仁等反對派也想要，這就讓內閣輔韓獷很難辦。作為內閣輔，既要平衡好各方的利益，又要選拔對國家有用的人才。所以內閣輔不是什麼人都能當的。
競爭這兩個職位的官員很多。而這些官員也用盡了手段來僅僅和巴結內閣與吏部的官員。這讓韓獷、劉鴻訓、李標等非常難辦，礙於人情世故，又不能對人家冷面相待，於是韓獷等人只能想盡辦法避開這些求官、說情的人。
內閣經過商談，推敲，最終決定由徐光啟出任禮部尚書，而楊一鵬出任漕運總督。眾人看打球哦由這兩個人出缺後，也沒有什麼話好說。
徐光啟是禮部侍郎，按照資歷來說，他出任禮部尚書也是合情合理，再說徐光啟為人很好，別人也挑不出徐光啟什麼大的毛病，而且徐光啟的資歷也夠，最重要的是，皇帝陛下對徐光啟的印象很好。
在眾多朝臣的眼裡，徐光啟是因為上疏請求修訂新曆法，而且工作卓著，而被皇上重視，再說皇上對徐光啟的恩寵那不是一般的好啊，否則皇上能同意讓西洋人參與到修訂曆法的工作中。
而由楊一鵬出任漕運總督，被人也挑不出刺來。楊一鵬，萬曆三十八年進士，初在成都任職，當時播州（今貴州遵義一代）出現動亂，楊一鵬麼哦有動用一兵一卒就有平息動亂；皇差在川敲詐，也是楊一鵬出面制止。
這兩件事使得川人很信賴楊一鵬，楊一鵬因為這些事被朝廷擢升，出任吏部郎中，由於工作出色，繼又升為大理寺丞。而皇上對楊一鵬的印象也是很好。
其實眾人之所以不反對徐光啟人禮部尚書，是因為徐光啟的靠山是皇上。所以不會有人出來對徐光啟擔任禮部尚書來說三道四，那純粹是沒事找事。
而楊一鵬也是不好得罪的。楊一鵬在兵部任過職，而楊一鵬之所以能這麼快的陞官，也是和兵部尚書孫承宗的舉薦是分不開，而楊一鵬與孫承宗的關係也很好。想要打擊楊一鵬，說不定孫承宗就會出面來干涉。
孫承宗是什麼人啊，兵部尚書，而且深受皇上信任，不僅掌管全國兵權，就連京營也在其的掌握中。還有關外的袁崇煥，那可是孫承宗的學生，也深受皇上的寵信。得罪了孫承宗，也就把袁崇煥。這兩個人可不是省油的燈，的最他倆那是極端不明智的。
因為徐光啟和楊一鵬，既有能力，其背景深厚，於是他兩個人任命很快的就被批准下來了。徐光啟出任禮部尚書、楊一鵬出任漕運總督，兩人擇日上任。