察哈爾林丹汗勢力龐大，在他執政前期，林丹汗直接控制內喀爾喀巴林、札魯特、巴岳特、烏齊葉特、弘吉剌特等五部；同時林丹汗還遙控這蒙古其餘眾部，成為名副其實的全蒙古的大汗。
不過在萬曆四十六年，林丹汗26歲的時候，藏傳佛教中的寧瑪派也就是紅教喇嘛沙爾巴呼圖克圖到察哈爾部尋求支持，而林丹汗折服與沙爾巴呼圖克圖的法術，於是在察漢浩特隆重的接待了爾巴呼圖克圖。
隨即，林丹汗冊封爾巴呼圖克圖為國師，並接受深奧密乘之灌頂。巴呼圖克圖為了進一步的取得林丹汗的信任，從五台山取來元世祖時紅教八思巴喇嘛用千金所鑄嘛哈噶喇金佛，而林丹汗為了迎接金佛，特意修建一座金頂白廟，並將金佛供於其中。
事情到這裡問題就出來，林丹汗在繼承汗位之初是信奉藏傳佛教中的格魯派的，也就是黃教。林丹汗突然改信紅教，這就引起了信奉黃教的漠被喀爾喀部以及右翼三萬戶的不滿。
就在蒙古諸部因為紅教和黃教之爭的時候，後金漸漸的興起了。後金為了聯絡蒙古共同對抗明朝，開始拉攏內喀爾喀一些部落。而後金這種動作引起了林丹汗的警覺，林丹汗嚴厲的指責右翼三萬戶大臣錫爾呼納克杜稜洪台吉管束不得力，並且要對右翼三萬戶採取一些措施。
林丹汗在改信紅教的時候就引起了諸多蒙古部落的不滿，這時林丹汗要問罪右翼三萬戶以及內喀爾喀的時候，右翼三萬戶以及內喀爾喀一些台吉就公然的投靠了後金，蒙古諸部開始分裂。
皇太極即位之後，他繼續拉攏右翼三萬戶以及內喀爾喀諸部，並興兵對抗察哈爾蒙古.雖然察哈爾蒙古在與後金的交鋒中敗北了，但察哈爾蒙古勢力尚存，在漠南還有許多蒙古部落效忠於林丹汗。
而當時明王朝面臨的情況是：在東北，後金在不斷的積蓄力量，準備在次進攻明朝；在西北，持續的旱災使得各地暴動不斷，朝廷只得部署大兵來彈壓；在西南，四川土司奢崇明和貴州土司安邦彥叛亂還在繼續；在東南，西方殖民者時不時的騷擾東南沿海。
眼下的朝廷可以說是多事之秋，如果在這個時候在樹一個強敵，那是十分不明智的，於是朝廷裡的一些大臣主張和察哈爾蒙古妥協，至少先把察哈爾蒙古安撫住，等朝廷騰出手來在和察哈爾蒙古算帳。
當然這一主張引起了很大一部分的朝臣的不滿，俗話說：不蒸饅頭爭口氣。朝廷如果在察哈爾蒙古的威逼之下退讓的話，朝廷的臉面何在，尊嚴何在？所以堅決不能讓步，如果察哈爾蒙古要是非要打的話，那朝廷就是砸鍋賣鐵也要和察哈爾幹上一場。
朝廷上議論洶洶，再加上東林與溫體仁等反對派的論戰，一時間朝廷上火藥味十足，大有不是西風壓倒東風，就是東風壓倒西風之勢。
遠在熱河的錢士升也吃不足勁了，向明朝投降的大都是右翼三萬戶中的一些部落，此時林丹汗大舉興兵，而朝廷的態度不明，讓這些蒙古部長、台吉感覺十分的不安，他們生怕朝廷會放棄他們。
不安的氣氛瀰漫在熱河的上空，因為不明朝廷的態度，雖然錢士升極力的安撫這些蒙古部眾，不過效果不是很好，甚至錢士升還現一些歸附的蒙古部落竟然開始和後金進行聯絡。
錢士升知道事情嚴重了，由於朝廷名優明確的表態，造成歸附的蒙古部落人心浮動，如果朝廷在採取措施的話，後果不堪設想。於是錢士升立即寫奏章向朝廷奏報熱河的情況，錢士升還寫了一份密折，不僅向崇禎皇帝詳細的匯報了熱河的情況，還向崇禎皇帝進言，說朝廷堅決不能向察哈爾屈服，否則的話以後誰還會歸附朝廷啊。
就在朝廷進行激烈的辯論的時候，崇禎皇帝也在思考，就眼下的這種狀況，是否和察哈爾撕破臉皮。當然那些歸附的蒙古部落朝廷是根本就可能放棄的，那可是不可多得的優良騎兵啊。
再說，朝廷的目的是收服整個蒙古，當然不能向察哈爾妥協，否則就像錢士升所說的，以後誰來歸附啊。還有，歸附朝廷的是右翼三萬戶中的一些部落，他們信奉的是黃教，而黃教可是在青藏和喀爾喀很有影響力的，保住了歸附的蒙古部落，對於朝廷以後對青藏和喀爾喀施加影響力是大有益處的。
不過話又說回來，朝廷和察哈爾蒙古交惡，這不是讓後金得了一個便宜嗎。所以現在要做的是既不能和察哈爾開戰，又不能放棄那些歸附的蒙古部落。很難，不過不是沒有辦法。
崇禎皇帝召集內閣開會以後，就立即給熱河了一道聖旨，行人司以最快的度將聖旨交到了錢士升的手上。錢士升接到聖旨以後，他的心終於放下來了。聖旨上說，歸附朝廷的蒙古各部部長、台吉，已然接受朝廷的冊封，朝廷斷然沒有棄之不顧的道理。
有了朝廷的聖旨就好辦多了，錢士升立即召集歸附的那些蒙古官員開會，並將朝廷的聖旨展示給他們看。這幫子蒙古台吉、部長看到朝廷的聖旨以後，都趕忙對著紫禁城的方向形三跪九叩的大禮，並向錢士升表示，今後絕對效忠朝廷，絕無二心。錢士升對這些蒙古官員的態度很滿意，連連表示朝廷對他們的問候。
熱河的問題解決完了，該是解決察哈爾蒙古的時候了。既然察哈爾在邊境地區集結大軍，朝廷也不能示弱。朝廷在向宣大調集兵馬的同時，派了一名禮部的官員到宣大前線去與林丹汗談判。
派去談判的這名官員原先只是一個四品官，但是因為要與林丹汗談判，不能讓一個四品官去談啊，於是吏部緊急將這名官員提拔到正三品。
其實林丹汗也不想和明朝大打一場，林丹汗他清楚的知道，他眼下最大的敵人是後金的皇太極。當林丹汗想到有多少內喀爾喀和右翼三萬戶的部屬向後金投靠以後，他恨不得將皇太極以及那些背信棄義的部落領全都殺了洩憤。
這回在明朝邊界集結兵馬，一是向明朝方面示威，林丹汗想要告訴明朝方面，在草原上，誰是老大；二是漠南這些年遭遇到春旱，察哈爾部損失了很多的牛羊，部民的日子也是很不好過，雖然和明朝進行了「馬市」，但是杯水車薪，這回一定要弄到足夠的物資來，否則，部民還得都跑了。
林丹汗聽到明朝方面派出使者要與自己談判後，他也牌是一名使者，雙方在邊界的一個城堡展開了談判。
雙方商談了半個月，最後的結果是林丹汗撤兵，並承諾不在進犯明朝邊界；相應的，明朝每年付給林丹汗銀十四萬兩、金八萬兩，還有大量俄布匹、茶葉、米谷等物資。雙方達成協議以後，林丹汗撤兵北去。