皇太極雖然藉故幽禁了阿敏，搬到了他南面獨坐的一塊大石頭，但是皇太極還是面臨比較棘手的情況.
阿敏被幽禁了，但是忠於阿敏的鑲藍旗將領還在，他們還控制著鑲藍旗的兵士。現在的鑲藍旗對於皇太極來說，不抵於是一顆定時炸彈。皇太極是不會允許鑲藍旗這個不穩定的因素存在的，他要改組鑲藍旗。
不僅鑲藍旗讓皇太極擔心，正藍旗也不能讓皇太極放心。莽古爾泰雖然還在床上不死不活的「哼哼」著，可是莽古爾泰這竿大旗還在，而現在正藍旗的領軍任務德克勒是莽古爾泰的心腹，而德克勒也不是個傻子，他心裡明白，皇太極既然能對鑲藍旗動手，為何不能向正藍旗動手？
所以現在面對倆藍旗不穩的局面，皇太極無心南征，他要安定內部，「攘外必先安內」這個道理皇太極還是明白的。
不過皇太極對袁崇煥率領的明軍實力不瞭解，他心裡沒有底。再說，後金主力勞師遠征，已經疲憊不堪。皇太極需要時間來休整，需要時間來安撫、整頓正藍旗與鑲藍旗，所以皇太極決定與明軍和談。
皇太極先派人和明軍進行接觸，向明軍表達出和談的意向。正在廣寧督休城池的袁崇煥接到前線游騎關於後金要和談的消息後，袁崇煥也感到這是一個爭取時間的機會。
相比皇太極來說，袁崇煥更加需要時間。別看現在現在明軍一鼓作氣收復廣寧，將前線推進到東沙河一線。可是袁崇煥明白，明軍此刻在沒有足夠火器以及堅城的情況下，實在很難守住戰線。
明軍急切的需要時間來修築城池，佈置火器。所以袁崇煥在接到皇太極要求和談的消息後，在袁崇煥的內心裡，十分的願意於皇太極利用和談來爭取時間.但是袁崇煥也明白，朝廷是不會同意。
袁崇煥手裡拿著皇太極給他的書信，心裡十分的矛盾。袁崇煥猶豫了好一會兒，決定上疏朝廷，向朝廷申明自己的想法，同時，袁崇煥有利用自己有專折密奏的權利。向崇禎皇帝奏報此事。
袁崇煥的奏折在朝廷裡面引起軒然大波。袁崇煥在奏章裡寫明，於後金和談的目的是爭取時間，用來修築城池，建造防線。
不過不管袁崇煥怎麼申明，朝廷裡面的大部分大臣都極力反對袁崇煥的主張，甚至有些大臣還彈劾袁崇煥，說他勾結後金，意圖不軌；有的說袁崇煥失去了進取之心，暮氣沉沉等等。
此事內閣也很難辦，在遼東任過職的孫承宗在心裡是支持袁崇煥的，錢龍錫也傾向於袁崇煥的意見；不過錢謙益明顯持反對意見，韓獷、李標、王祚遠等人態度不明。
而此刻朝廷的情況是，內閣會推在即，各派人馬都在極力的爭取自己人入閣，於是乎，袁崇煥在無意當中，捲入了朝廷的黨派之爭。
由於袁崇煥偏向東林，所以溫體仁、周延儒、山東道御史史范等人死命的彈劾袁崇煥，並且要求朝廷將袁崇煥下獄；而一些所謂的理學家也反對和談，他們說：不用說建虜必不可款，款必不可成，成必不可久已，即使款矣、成矣、久矣，目前寧遠、錦州、遵化、宣府、大同以及新收復的廣寧、黑山等地的之兵，何處可撤？
這些理學家的意思是似乎由於不好安置因和平而裁撤的軍卒，就不應該和平。這可真是高明的思維邏輯啊！
不過，也有為袁崇煥申辯的，比如余大成、錢家修、羅萬爵毛羽鍵等人紛紛上疏，為袁崇煥辯解，說袁崇煥只是提出一些邊疆方略，再說現在袁崇煥還沒有和後金議和，不應該加罪袁崇煥。
就在朝廷吵嚷紛紛的時候，崇禎皇帝正在整頓皇商。崇禎皇帝十分的缺錢，而這個皇商系統十分的**，根本就帶不來什麼利潤。所以崇禎皇帝決意整頓、重組皇商系統。崇禎皇帝在整理期間還真在皇商裡頭找著一個能幹的。
周崇明原先只是皇商系統裡面的一個普通掌櫃的，不過這個人很有才華，崇禎現這個人才以後，就提拔他主持皇商系統。皇商系統在周崇明的整頓之下，成為了崇禎皇帝賺錢的主要途徑。
周崇明代表華潤商行與五大商會談判，談判的結果十分令崇禎皇帝開心。周崇明與五大商行達成協議，由華潤商行提供玻璃製品，五大商行負責銷售，每賣出一塊玻璃製品的利潤五大商行與華潤商行三七開。
崇禎皇帝看到這個周崇明怎麼能幹，就將商行的一切事務都交給了周崇明，並且拿出一座皇莊撥給了華潤商行。而崇禎皇帝也不擔心別人會偷學到製作玻璃的秘密，因為玻璃作坊在崇禎皇帝的一座皇莊裡，裡面的工人不是被裁撤的太監，就是一些重刑犯，而看守皇莊的都是三廠的得力番子。
崇禎皇帝解決完代理問題後，就接到了袁崇煥的密報。崇禎皇帝還是認可袁崇煥的方法的，不過朝廷的大部分大臣們反對與後金任何形式的和談，這讓崇禎皇帝很苦惱。所以崇禎皇帝沒有立即的表態，冷眼旁觀朝臣們的態度。
果然不出崇禎皇帝的預料，袁崇煥的往內閣的奏折果然在朝廷引極大的議論，而大部分的朝臣持否定的態度。當崇禎皇帝看到一些人竟然利用袁崇煥的奏折而大肆興風作浪的時候，崇禎皇帝出來干預了。
崇禎皇帝在接到奏章的三天以後，在例行的朝會上，表了態，崇禎皇帝的意思是，袁崇煥身在前線，那他對前線的情況比我們都瞭解，我們身在廟堂之上，對前線的情況不熟悉，就不要對前線的將領指手畫腳了。
崇禎皇帝的態度很明顯，就是諒解、支持袁崇煥。朝臣們看到皇上如此的態度，有些大臣就對皇上開始勸諫，說堅決不能與後金議和，也就是後金「款」。
這些大臣認為堅決不能與後金「款」，而是應該大加討伐以示天朝威嚴，並且拿出宋朝於金議和，反而被金滅掉的史實，勸說皇上堅決不能與後金「款」，不然大明皇朝有滅亡的危險，順帶著還把袁崇煥比作石敬瑭、秦檜一流。
崇禎皇帝在心裡對這種說法嗤之以鼻，心說這純粹是死要面子活受罪，既然以前朝廷能和蒙古和談，怎麼就不能與後金和談啊。再說了，無論是明朝方面還是後金方面，都沒有誠意進行和談，這只不過是爭取時間的一種方法而已。
崇禎皇帝沒有理會那些所謂的理學家，但是崇禎皇帝卻對溫體仁、周延儒一派的人馬打壓了一番，以表示對他們的不滿，崇禎皇帝以貪污的罪名將山東道御史史范下錦衣衛大獄。溫體仁、周延儒等人看到皇上將山東道御史史范下獄以後，他們頓時明白了，皇上這是對他們不滿了，於是溫體仁、周延儒等人開始裝聾作啞，不再對袁崇煥進行攻擊了。
在一些朝臣的反對之下，一份給袁崇煥的聖旨經過行人司往遼東。在這份聖旨裡，崇禎皇帝既沒有反對與後金和談，也沒有贊成與後金和談的意思，只是說明袁崇煥你既然是薊遼督師，朝廷又給你專斷之權，你自己決定遼東前線的事宜，朝廷不多做干涉。