崇禎元年即天聰二年九月初三日，天聰汗皇太極決定親率大軍，征討蒙古察哈爾部，初六日，皇太極統帥八旗大軍從瀋陽出，初八日，八旗軍經都爾鼻（今遼寧彰武）地方，敖漢、奈曼、科爾沁、扎魯特、喀爾咯、喀喇沁等蒙古諸部來會，隨後，皇太極指揮後金、蒙古聯軍與察哈爾林丹汗部會戰，察哈爾林丹汗部不敵，潰敗逃走，皇太極指揮聯軍追擊察哈爾林丹汗部直至大興安嶺地區。t
袁崇煥得到皇太極出兵的消息後，就命令關寧軍嚴加戒備，並派出斥候打探八旗軍的動向。當時正在修築義洲城的祖大畢得到忠於明朝蒙古部落的消息，飛馬奏報袁崇煥。袁崇煥得到消息後，籌集近一年的糧草運送到義洲城，並命令祖大畢加快修城度，並向朝廷出八百里加緊奏報。
而此時，朝廷正忙於考核各地官員，懲治貪腐官員。即湖廣、山東後，朝廷又向雲貴、兩廣和安徽下手了。新啟用的傅宗龍為雲貴總督兼貴州巡撫；錢士晉為雲南巡撫，賦閒在家的楊賀為兩廣總督；因為得罪閹黨賦閒在家的陳子壯為安徽總督。
不合常規的是，這些新任命的地方大員沒有進京棉聖，而是直接到地方任職並配合內閣對當地官員的考核。就皇上以雷霆手段整束吏治，內閣、六部、御史台及督察院的官員是忙得不亦樂乎。成堆的卷宗，成群的說情者，令這些朝廷大員煩悶不已，但是皇命難為，沒有辦法，只能硬著頭皮主持這次官員的考核。恰巧此時，袁崇煥的加緊奏章送到內閣，韓獷、錢龍錫，李標，劉鴻訓等人已經幾天沒有睡過一個好覺了，一個個紅著眼睛，在內閣值房開會。
韓獷先說道：各位，就袁大人的這份奏報，都有什麼看法？
作為兵部尚書，又曾經在遼東擔任過要職的孫承宗先表態支持，並且認為此舉可以進一步改善遼東前線的雙方態勢，拓展了明朝在遼東的戰略縱深，為以後收復廣寧創造了條件。
錢龍錫，李標，劉鴻訓，王祚遠等認為此舉可行，但問題是錢糧從何而來？這些年來，因為朝廷**，而且在遼東，明軍兵敗失地，為了支付遼東軍餉，朝廷已經加派遼餉.t新皇即位後，進行改革減輕賦稅，展商業。戶部好不容易才勉強維持開支，這筆錢怎麼出？
韓獷、錢龍錫、李標、劉鴻訓等沒有什麼好主意。加稅肯定是不行的，挪用各地的軍餉也是行不通的，實在只沒有辦法，孫承宗硬著頭皮說：各位，不如請皇上動用內帑暫時支付，如何？
韓獷、錢龍錫、李標等大吃一驚，皇上即位之初，已經動用幾百萬兩的內帑用於支付各地的糧餉，此時怎麼還能奏請皇上動用內帑？
劉鴻訓想了一想，說：吾皇英明，初登大寶時，積蓄力量，等候時機，適時雷霆一擊，剷除閹黨，並且內帑以充軍資，實乃不世明君。此奏章事關重大，我看孫大人此舉可行。
劉鴻訓明顯支持孫承宗的意見，錢龍錫、李標、王祚遠沉思片刻，也支持孫承宗的意見，韓獷看了看王永光、錢謙益、成基命。
王永光現在是無所謂了，大打定主意，查察過後，一定要辭職，榮華富貴雖好，但還要有命去享啊。春風得意的錢謙益並不想冒著得罪皇上的風險來支持袁崇煥，不過看著同僚都贊同，無奈，只得點點頭；而成基命，從心理來說，是十分贊同的，不過歷經宦海幾十年的成基命來說，剛入內閣，還是小心為好。
袁崇煥的奏章和內閣的意見一起被送到了崇禎皇帝的御案之上。這幾個月以來，崇禎也清閒，朝廷考核官員，陝西的叛亂，朝廷財政的吃緊，時刻困繞著他。最令人煩惱的是有些官員竟然賄賂國舅周奎和田宏遇，而周奎、田宏遇竟然說動周皇后和田貴妃，為那些失業的功勳貴族說情，並且還想干擾這次官員的考核。這讓崇禎非常的憤怒。
崇禎雖然沒有斥責皇后和貴妃，但對周皇后和田貴妃的態度明顯的冷淡下來，崇禎皇帝感到，現在必須採取一些措施了。周奎、田宏遇可不是什麼好人，藉著國舅的身份胡作非為，崇禎早就想辦他們不爽了，不過看在周皇后和田貴妃的面子上，也就睜一隻眼，筆一隻眼，再說現在事情太多，也沒空搭理他們。不過這次他們觸怒到了崇禎皇帝，並且讓崇禎感到，再也不能放任這兩位國舅了。隨即崇禎便命令曹化醇嚴密監視兩位國舅，並嚴令曹化醇，告訴紫禁城守門官員，不准他們進入宮門半步。
崇禎看到袁崇煥的奏章和內閣的意見後，不由苦笑，又要自己動用內帑？想想朝廷現在的狀況，現在朝廷財政緊急，陝西要賑災，還要剿滅起義軍，遼東要打仗，各地官員要工資，軍隊要糧餉，現在實在是沒錢啊。好吧，這筆錢還是我拿吧，不過，既然有的蒙古部落一邊拿朝廷的撫賞，一邊竟然幫後金，想兩邊討好，哪有怎麼便宜的事情？
崇禎皇帝當天就連下兩道聖旨，第一道的主要內容是：准許袁崇煥修築大、小凌河及右屯等諸城堡，並從內帑中支出近三百萬兩白銀，移薊鎮三萬餘人到遼東，以充實遼東勞力及補充遼軍。
第二道聖旨的主要內容是指責一些蒙古部落背信棄義，為後金效力，除一小部分的蒙古部落外，全面停止對蒙古的撫賞。崇禎的用意是要給這些兩面派一些顏色看看，想兩邊討好，不可能。這項措施，也緩解了朝廷財政的困難。
袁崇煥在遞上奏章後，並沒有消極等待，一方面他集合關外的民夫，徵集糧食、草料，在聖旨還沒有下達的情況下，就開始搶修大、小凌河及右屯等諸城堡，另一方面，命令遼軍做好戰鬥準備。
聖旨下達後，袁崇煥立即任命祖大壽為前鋒總兵官，率令關外八城民夫修築大、小凌河及右屯等諸城堡，任命朱梅、何可綱為副將，協助祖大壽築城。袁崇煥率領眾軍移住錦州，趙率教部被命令嚴守山海關。
皇太極親征察哈爾大軍於十月十五日回到瀋陽，隨即得到袁崇煥修築大、小凌河及右屯等諸城堡的消息。皇太極暗歎一聲，好快啊。
皇太極十分清楚，如果明朝修完大、小凌河及右屯等諸城堡，那前線勢必推進到廣寧，假以時日，廣寧十有**回落入袁崇煥的手裡，那對後金就大大的不妙了，不過此時後金剛剛經歷過大戰，軍隊必須要經過相當的一段時間修養，否則還會像寧錦大戰一樣，飲恨與袁崇煥之手。
皇太極永遠也忘不了寧錦大戰，天聰元年正月，皇太極以朝鮮使臣不恭為借口，命令阿敏率領八旗軍進攻朝鮮，朝鮮軍不敵，一直被八旗軍打到平壤，朝鮮被迫與後金定下「兄弟之盟」。
阿敏率領八旗軍凱旋回歸後，皇太極企圖趁八旗軍銳氣正勝，兵寧錦，一舉蕩平遼西，並為父汗努爾哈赤報仇。
於是在天聰元年即天啟七年五月初六，皇太極親自指揮兩黃旗與兩白旗，前鋒直指錦州、寧遠。十一日，皇太極率領六萬八旗軍將錦州團團包圍。
從十一日到二十七日，後金軍隊連續征戰十七天，期間皇太極攻城不克；以政治手段誘降，不降；誘其出城野戰，不出；圍城打援，不獲。令皇太極十分的氣惱。
二十八日，皇太極率軍進攻寧遠被袁崇煥打得灰頭土臉，二十九日，皇太極無奈回師繼續進攻錦州。至六月初六，仍不能攻克錦州，而八旗軍損失慘重士氣低落，皇太極懷著滿腔的遺憾和憤怒，撤軍回師。
不過這一回，皇太極學乖了，他並沒有貿然的進攻明軍。一方面是因為這次征討察哈爾林丹汗部雖然取得了勝利，不過八旗軍也受到了一些損失，在加上八旗軍長途征伐，軍隊也十分的疲憊。
另一方面，寧遠大戰和寧錦大戰讓皇太極難以忘懷，寧遠大戰時，皇太極目睹了八旗歷史上最為慘痛的一次失敗，父汗努爾哈赤也因此鬱鬱而終；寧錦大戰，皇太極被袁崇煥所率領的關寧軍狠狠的教訓了一頓，印象實在是深刻啊。所以，皇太極一方面命令八旗軍加緊修養，並打造攻城器具；一方面命令斥候詳細偵察錦州，大、小凌河和右屯等城堡的軍力情況，為進攻大、小凌河及右屯等諸城堡，並肆機佔領錦州、寧遠作好軍事準備。