為了避免兄弟殘殺的事再度生，唐太宗放棄魏王泰而改立晉王治。但太宗內心對這個性情溫和、天賦不高的兒子不甚滿意，認為他過於懦弱，沒有駕馭群臣的能力。為此，太宗一度想廢掉李治，讓三子李恪做繼承人。李恪「有文武才」、「英果」，在很多方面頗與太宗相像。但李恪是隋煬帝的女兒楊氏所生，是庶子，按照嫡長子繼承製，不具備繼承王位的資格。李世民曾經向長孫無忌
透露過改立李恪的意圖，不用說又遭到長孫無忌的抵制，說「晉王仁厚，守文之良主，且舉棋不定則敗，況儲君乎」。王朝需要穩定，而儲君的穩定又是其中的關鍵。唐太宗不得不承認他言之有理。經過幾番猶豫不決與反覆斟酌之後，太宗痛楚且遺憾地認識到：大局已定。自己所能做的，不過是在有生之年進行補救，盡快使李治克服弱點，並盡量為他將來執政鋪平道路而已。
安排良佐唐太宗的行動果斷而迅。正式宣佈冊立皇太子之後的第四天，東宮僚屬便已選定：以長孫無忌為太子太師，房玄齡為太子太傅，蕭瑀為太子太保，李世勣為太子詹事兼太子左衛率，李大亮為右衛率，於志寧和馬周為太子左庶子，蘇瑁和高季輔為太子右庶子，張行成為太子少詹事，褚遂良為太子賓客。
這是一個陣營強大的「輔佐」班子，史稱「東宮僚屬皆盛選重臣」。長孫無忌勳戚舊友，房玄齡明敏善謀，蕭瑀忠耿直率，李世勣誠實信義，李大亮文武全才，於志寧長者風度，馬周機辯過人，蘇瑁博學多文，高季輔清鑒善識，張行成體局方正，褚遂良直言不諱，劉洎剛強決斷，岑文本縝密強幹，這些人的長處不僅可以對李治產生影響，而且可以為李治所信賴依靠。
除此之外，這批人中，既有功勳元老，又有時政中堅；既有武官將才，又有經史文士；既在朝中掌握實權，又大多具有輔佐儲君的經驗。這些人代表了方方面面的勢力，既有唐太宗一貫信任的心腹，又有李承乾甚至李泰的舊僚。尤其是後兩部分人加入這個集團，對緩和李承乾、李泰勢力對李治的敵意，會揮重要作用。
李世民對這些人寄以厚望，這些人也沒有辜負李世民的重托。他們在李治即位之前的幾年時間裡，穩固太子地位，播揚太子聲名，培養太子才幹，擴展太子德行，盡心竭力、不遺余忠。及李治即位，長孫無忌、褚遂良、李世勣等人成為朝廷中心人物，掌握大局，獻計獻策，使貞觀政風得以延續，與李世民的初衷基本合拍。
悉心教育太宗希望李治盡快成熟起來，成為一個合格的儲君，便把大量心血傾注到對他的教育上。他改變了過去只由經師充任太子侍講，講授經書內容的教育方法，採取「遇物必有誨渝」——在日常生活中借題揮來教育李治。看見李治吃飯，就說：「你要知道稼穡的艱難，不奪農時，才能經常有飯吃。」見李治乘船，就說：「水能載舟，也能覆舟，百姓就像水，君主就如舟。」見李治在樹下小憩，就說：「木要以墨繩為準才能正直，君要能夠接受勸諫才會聖明。」見李治騎馬，就說：「你應知道不盡其力，才能常有馬可騎。」李治對父皇的諄諄教導總是畢恭畢敬地接受，表示一定「銘記在心」、「永誌不忘」。太宗晚年根據自已的經驗，親自撰寫《帝范》十二篇賜給李治，從《君體》、《建親》、《求賢》《審宮》、《納諫》、《去讒》、《戒盈》、《崇儉》、《賞罰》、《務農》、《閱武》、《崇文》等方面對李治循循善誘，要他明晰修身、治國、安危、興廢的帝王之道。
除了訓誨之外，李世民利用每一個機會，命李治參與討論軍國大政，以增長其政治才幹。據史書記載：「太宗坐朝，常令太子侍立。百司奏事畢，留中書門下三品平章事。太宗因為太子陳說孝道，論及政事，或時有決罰，令太子評其可否，商榷辯論，深達政要，群臣莫不歎服。」與此同時，唐太宗讓李治監國，給予他越來越多的獨立處理政務的時間。其一可以使李治懂得為國之要，在於進賢退不肖，賞善罰惡，至公無私；其二也為李治贏取政治美名。唐太宗不失時機地為李治播揚聲名，在與李治有關的詔令之中，如冊立太子、監國、參決庶政等，都充滿了對李治的褒獎讚賞之詞。由此可見，唐太宗在扶植李治方面，確實下了很大功夫。
太子李治在父皇太宗的悉心教導和群臣的忠心輔佐下，近步頗多。他不僅增加了許多政治方面的經驗，而且「文章筆扎，群藝日新」。太宗感到很寬慰，對群臣表示：「太子宗社之本，四海所繫，而某天資仁孝，內外傾服，膚之此舉，無愧於神人也。」
但是，有人指出，唐太宗對李治的教育遺漏了很重要的一點，那就是沒有針對李治的柔弱性格下大功夫。事實並非如此。當時在安排東宮僚屬時，太宗就特意針對李治仁弱缺點，命劉洎、岑文本、褚遂良、馬周更替到東宮與太子談論，以提高李治的學識與決斷能力。如果說太宗沒有就在李治仁弱這一點上下更多的功夫，也許是因為他認為李治年長以後，會有所改變；而且，仁恕守文，確實也是守城君主必備的美德。
李治寬仁孝友的天性，在被立為太子之後得到了更加充分的顯示。對大臣，他敬重有加。為了表示對老師高士廉的尊重，李治請他與自己同榻視事。後來，又下令為其專門設立座位，高士廉竭力推辭才沒有這樣實施。對兩位哥哥，他自內心地表示關心。冊立為太子後不久，李治立即向太宗請求優待兩位哥哥：「承乾、泰衣服不過隨身，飲食不能適口，幽憂可憫。乞敕有司，優加供給。」太宗大為感動，立即批准了他的請求。
對待父親太宗，李治竭盡孝道。李治與太宗父子之間，原本比較融洽，既不像李承乾那樣猜疑隔膜，也不像李泰那樣虛偽勢利。自從被立為太子以來，他與太宗接觸機會大大增多，彼此間的感情更深了。貞觀二十年（646）三月，太宗親征高麗，出前，李治哭泣數日，依依不捨。他關注太宗每天的起居情況，每當得知太宗要親臨敵城戰陣，便徹夜不眠，憂形於色。太宗從高麗回長安後身體一直很虛弱，需要靜養，政務暫由太子代理。李治處理完政事，便來到太宗寢宮照看太宗，醫藥膳食，親自過問。太宗讓他出外遊觀，他推辭，說自己寧願「奉至尊、居膝下」。太宗非常高興，在自己的寢殿側安置了一處院落，讓李治居住。李治晝夜不離地伺候父親，甚至數日不食，連頭也白了許多。太宗感動得直流淚：「我聽說古代的孝子，莫過於文王，但你這幾天為了我頭都變白了，你真是比文王還有孝心啊！我死而無憾！」