在擊潰了晉南中條山的第1戰區部隊之後，華北方面軍司令部於6月2o日、21日召開了有軍司令官、師團長、獨立混成旅團長等部隊長參於的軍事會議。在這次會議上，今年3月1日方才到任的新任參謀長-田邊盛武中將就晉南作戰作了總結性言，並對華北今後的治安作戰提出了意見。而司令官-多田駿中將更是在會議結束時，就華北治安作戰特別指出，要積極作戰，採取軍、政結合，徹底清剿八路軍武裝。
這次會議之後，岡村寧次中將於7月7日接替了多田駿，出任華北方面軍司令官，而多田司令官怎麼被調回國內，待命晉銜，擔任軍事參議官。6軍省方面，為了表彰他在軍界服務38年及華北作戰的功績，特別是在華北推行的強化治安、鐵壁合圍、梳篦掃蕩等整肅手段，於9月份晉陞多田駿為6軍大將，同時編入預備役。
大規模行動告一段落之後，日軍並沒有立即停止進攻，而是當即在中條山區內反覆搜索、掃蕩殘留的第1戰區零散部隊。直到6月15日，日軍才宣佈「中條山會戰以赫赫戰果勝利結束」。按照日方統計數據「中**隊被俘3.5萬人，遺棄屍體4萬餘具；日軍僅戰死673人，負傷2292人，完全達到了消滅敵軍主力的目的，收到事變以來罕見的戰果」
中**在晉南失利後，為防止再遭到大的損失，第1戰區主力先後均撤至黃河以南，致使該地出現了大批偽政權。但在晉東南的八路軍第129師一部和地方武裝力量，卻很快即進入這一地區，狠狠地打擊了日軍偽化活動，並迅建立了新的敵後抗日民主根據地。
這種情況下，華北方面軍司令部，在分析晉南作戰後的治安形勢時，司令部情報課認為：當重慶軍的大部隊駐紮在晉南時，晉東南八路軍部隊的活動，還比較謹慎，但重慶軍遭到致命的打擊而失去晉南之後，八路軍的部隊隨之進入。從此，華北地區的游擊戰，已全為八路軍所領導。而作戰課則依然堅持他們原來的意見，作戰主任參謀-島貫武治中佐所認為「由於擊潰了晉南第1戰區的兩個集團軍，日軍才可以集中全部兵力，專門對八路軍作戰。」
儘管中條山的第1戰區的部.隊被肅清了，可隨著八路軍部隊又逐漸深入中條山區，繼續開展游擊戰爭。日軍華北方面軍也不得不承認：「中條山會戰以後，在新佔據的地區內，以前的不安定勢力即重慶軍，被八路軍勢力取而代之，逐漸浸透到各個方面，治安反而惡化了……作為蔣系中央軍擾亂治安基地的中條山脈據點……實際上有名無實。拿它與八路軍系統相比，它的活動是極其差勁的……」從此，華北的游擊戰如同烈火一樣的熊熊燃燒起來。
由於中條山是華北淪陷後，正面.戰場在黃河以北所保有的惟一的一塊較大而突出的陣地，橫跨晉南三角，是潼關、西安、洛陽和隴海路西段的天然屏障，是為遏制華北、中原和西北的戰略樞紐，並且與太行山、太岳山、呂梁山互為犄角，同時瞰制同蒲路和晉東南。
本來第1戰區在這裡配置重兵，.與敵後戰場相靠攏、相呼應，進退有據，從戰略上看是必要的、正確的。但本次會戰是1937年11月太原會戰之後，日軍對華北正面戰場動的僅有的一次大規模進攻。然而在此以前的3年多裡，中條山區沒有大的作戰行動，中**隊本應該有充分時間進行戰備，有良好地形可作依托，且可養精蓄銳，以逸待勞。
而日軍兵力有限，用於守備尚感不足，又剛剛經過.八路軍百團大戰的打擊，轉而對八路軍各根據地進行報復性掃蕩，其部隊更形疲憊；第33師團、第21師團剛由贛北、徐州調來，況且第33師團在上高會戰之後尚未整補即倉促投入作戰。
相對於日軍來講，中**隊的有利條件還是很多.的。但從會戰全過程來看，中**隊卻處處被動挨打，毫無積極主動精神可言，有利條件蕩然無存，甚至沒有還手之力。
戰後，第1戰區在總結性的《會戰要報》中列舉了一.些原因，防廣兵單，完全處於內線，形成被包圍態勢；萬山崇崇，道路崎嶇，交通困難，兵力機動和補給運輸均感不便；無縱深兵力，也未控制機動兵團，一經接觸，預備隊即使用罄盡；武器裝備落後，炮兵極度缺乏，無力封鎖山口道路，亦無力打破日軍封鎖。特別是日本空軍威脅極大，交通線、渡河場、通信聯絡等均受其破壞與控制，且日軍實施向心突擊，打擊中**隊縱深。作戰第一天，師以上司令部多數被襲擊阻擊，致指揮通信時常中斷。日軍進攻中又大量使用毒氣彈，使中**隊無法堅守，難以作長時間周旋。此外，各部隊編制待遇不一律，餉糈顯有豐窘，影響團結精神與作戰意志者至深且大；官兵思想驕怠，警戒疏忽，為敵所乘，等等。
而國民政府軍.事委員會在總結中則談到中條山戰役失利的原因是正面第43軍不能堅韌抵抗，為日軍錐形攻勢突破，直趨垣曲，日軍再以主力東西掃蕩，將第14集團軍、第5集團軍壓迫於黃河北岸背水決戰，使中**隊處於不利態勢所致。
但在所有人看來，以上所說，固然都是中條山會戰招致敗績的種種原因，但卻不是根本原因，也許軍事領率機關在抗日戰爭戰略相持階段在政治上的衰退**、精神上的萎靡懈怠、指揮上的措置失當，盲目認為日軍兵力不足，不會向中條山動大規模進攻，只求僥倖苟安，消極觀望，不思進取，在3年多的時間內不積極整軍備戰，不配合敵後戰場作戰，未作堅固的戰場建設，沒有周密的作戰計劃才是根本原因所在。
這樣當然不可能作堅韌的抵抗，更談不上轉入有計劃的反攻，日軍一旦動進攻，便完全陷於被動，手足無措。中條山區防線東西長17o公里，而縱深不過5o公里，背靠黃河為陣，而晉南的作戰部隊，卻對黃河各渡口毫不重視，未建立必要的橋頭堡，更未修築任何防禦工事，以致戰鬥一開始，數日之間退路即全被切斷。各部隊竟然均無戰備存糧。
5月7日會戰開始後，部隊就陷入斷糧之中，第14集團軍總司令劉茂恩於5月11日就向委座致電說：「大軍已絕食3日，四周皆有強敵，官兵枵腹血戰，狀至可憫，若不急籌辦法，恐有潰散之虞。」
而這場大敗仗，也讓委員長在談到中條山會戰的慘敗時，不得不承認這是「抗戰有史以來，最大之恥辱」。而這場敗仗還只是一個開始。
整個1941年的上半年，世界形勢正在翻天覆地的生著變化，法蘭西戰敗，不列顛困守孤島，美國人態度曖昧，而此時的日本乘英、美忙於應付歐洲戰爭之機，積極謀求南進，不僅僅這樣，隨著法屬印度支那進駐事件之後，英美在遠東地區，也提高了對日本人的防範，美國人希望利用中國抗戰拖住和消耗日本，因而加強了對中國的援助。
由於東京軍部強烈感到自己在遠東進行的戰爭實際上是以中、蘇、美、英為對象的，因而提出了處理中國問題必須和解決南方問題、北方問題綜合考慮，並作長期打算。基於這種背景，參謀本部制定了《大東亞長期戰爭指導綱要》和《對華長期作戰指導計劃》這兩份文件，在1941年1月16日的大本營會議上，參本的這兩份計劃性的文件，就獲得批准，並在御前會議上得到了天皇的裁決。
在《對華長期作戰指導計劃》中，大本營認為：「不放鬆現在對中國的壓力，在此期間應用一切辦法，特別是利用國際形勢的變化，力求解決中國事變。作戰以維持治安及佔據地區肅正為主要目的，不再進行大規模進攻作戰。如果需要，可以進行短時間的、以切斷為目的的奇襲作戰，但以不擴大佔領區和返回原駐地為原則。準備在1941年夏秋時期，揮綜合戰力，給敵人以重大的壓力，力求解決事變。」
而1941年3月1日，畑俊六大將接替西尾壽造，出任司令官之後，中國派遣軍就根據《對華長期作戰指導計劃》，開始進行了積極的準備，確定在夏秋以阿南惟幾中將的第11軍為主力，實施長沙作戰。一舉解決湘北贛北方向的威脅。
而此時，在6月22日，蘇德戰爭爆。在此之前，日本為解除南進的後顧之憂，曾採取措施調整對蘇邦交，外相-松岡洋佑的推動下，東京與莫斯科曾經在4月13日簽定了《蘇日中立條約》；不過蘇德戰爭爆後，日本又於7月2日的御前會議上決定秘密進行對蘇戰爭準備，一旦蘇德戰爭的展對日本有利，即使用武力解決北方問題。
而在這之前，關東軍方面曾經組織實施了大規模的軍事演習-正對蘇聯的關東軍特別大演習。而此時對蘇備戰，，大本營考慮要從第11軍至少抽調2個師團到中國東北，加強對蘇戰備，同時繼續準備南進，因而準備將長沙作戰的問題暫時擱置起來。
儘管此時軍部和政府方面，都對南進還是北上，存在著各自不同的聲音，但有一點是可以明確的，那便是依然在抗戰的中國，始終威脅著日本的後背。