由於黃河絕口之水障的形成，驟然出現的洪水加上連日暴雨的緣故，正由蘭封一線繼續西進的日軍各部隊均停被迫止了追擊作戰。其中土肥原的第14師團的一部被洪水圍於中牟縣城，幾近陷入危急，若不是第2軍組織了1個工兵聯隊、6個工兵中隊的救援隊，用大批舟艇援救被困部隊，恐該部定是不測。
儘管救援隊竭盡全力，日軍還是遭受了一定的損失，位於黃河氾濫區中心的日軍第16師團一部來不及撤走的車輛、火炮、戰車等重武器及大批物資幾乎全被洪水所吞沒，一批第16師團官兵被洪水沖走、淹死。位於氾濫區以東的日軍也迅後撤。被洪水隔於新鄭以南的第16師團步兵第3o旅團的5個大隊只能就地組織防禦，靠空投解決軍需物資，最後由日軍第2軍派出的船艇隊將其撤回。
對於國民政府第1戰區來說，決堤造成黃河水障，確實起了阻止日軍第2軍西進的作用，擺脫了被追擊和與日軍血戰的嚴峻局面，並暫時保住了第1戰區所在的豫中、豫西等地區；但就戰略範圍而言，水障既未能阻止日軍進攻武漢，也沒有推遲武漢會戰的時間。
恰恰是在決堤放水，以黃河阻滯日軍前進的期間，日本內閣、大本營在6月15日的御前會議上一致通過決議，統一意見，決定進攻武漢。只不過由於黃河絕口的原因，是主攻方向不再由平漢路南下，而是沿長江西進。
其實即便日軍第2軍不受黃河水障所阻，在日本大本營未決定進攻武漢、其國內新擴建的1個師團未派至中國和調整部署以前，第2軍也不可能單獨地進攻武漢。無論是實力還是作戰後方的鞏固方面。第2軍都沒有這樣的實力進行作戰。
而本來日軍進攻武漢地主攻方向起初就有兩種選擇，甚至就是國民政府在《對武漢附近作戰之意見》中也判斷出了日軍進攻武漢的路線有三種可能，而最有可能的作戰就是沿長江西進。這條進攻路線相比之下，更能充分揮日6、海、空協同作戰地優勢。
至於日軍方面。雖已佔領了鄭州，但日本大本營也沒有做出由平漢路南下的方案選擇，華北敵後戰場地開闢。各抗日根據地的建立，廣泛的游擊戰地展開。都使得平漢線南下的作戰充滿了困難。游擊力量的存在經常使平漢路北段交通一度中斷，如日軍以平漢路為主攻方向，則不僅海軍毫無用武之地。更重要的是要保障以平漢路為後方補給交通線地暢通，必需有大量兵力，這比保障長江暢通要困難得多。
而更重要的是，事實上放棄平漢路南下進攻武漢的方略，而沿長江及淮河西進進攻武漢的構想，早在花園口決堤之前，日軍在下令徐州作戰時的初期，大本營已經有了腹案。
這個腹案是令日軍「以攻佔漢口為目的。向南京——漢口-岳州間長江及其沿岸」的作戰思想為準備的，從5月以後，日本海軍就已經開始6續給中國方面艦隊增強了兵力，以便協同6軍進攻武漢。而在6月3日，海軍軍令部又布命令：「控制長江下游大部水域，保證其交通安全」，同時還有一道命令是「攻擊南京上游地安慶」，作為進攻武漢的前進基地。
黃河決口，固然使得日軍華北方面軍違背大本營指示，獨自越過限制的追擊被擋住了。使日軍進行武漢會戰的進軍路線也改變了。退至鄭州一帶的第1戰區的中**隊也從容不迫的完成了撤退。可是數十萬中國國民卻因此而喪生。
此舉也使得國民政府很清楚的意識到在政治、經濟、道德、輿論上的影響力，所以在掘口放水的同時。第1戰區長官司令部就對外宣傳：「敵佔據開封後，繼續西犯，連日在中牟附近血戰。因我軍誓死抵抗，且陣地堅固，敵終未得逞，遂在中牟以北，將黃河大堤掘口，以圖沖毀我陣地，淹斃我大軍。」
而6月11日坐鎮武漢地委員長又致電第1戰區司令官長官-程潛，其著重指令三點：須向民眾宣傳是敵機炸毀了黃河堤。須詳察氾濫情況，利用為第一線地陣地障礙，並改善我之部署及防線。第一線各部須同民眾合作築堤，導水向東南流入淮河，以確保平漢線交通。
當日軍第14師團、第16師團沿隴海路向鄭州方向進攻時，擁有數十萬主力部隊的第1戰區竟報請最高統帥部批准，炸開花園口黃河大堤，以製造水障來阻止日軍地西進。雖然多數人都認為此舉的軍事作用顯著，既保住了豫中、豫西及陝西等大片國土不被日軍佔領，又推遲了日軍進攻武漢的時間表，然而在周成仁等基層軍官們看來，此舉使豫、皖、蘇3省4o個縣市的地區淪為澤國，數十萬人葬身洪流，上千萬人流離失所，這樣的代價未免過大了。
6月15日，日本大本營下令關東軍的混成第3旅團及混成第13旅團調返回東北。17日第2軍進行了重新部署，第14師團在開封、蘭封集結，第16師團在杞縣、睢縣、寧陵間集結。第1師團主力在夏邑、會亭集、永城附近集結。並以一部兵力盡可能長期保持柘城、鹿邑、亳州、渦陽地區。
此時的日本大本營做出了如下調整，不是因為別的，而是直向目標指向了，地處中國中部的江漢平原，東接蘇、皖，西鄰巴蜀，南連湘、粵，北毗豫、冀，平漢、粵漢鐵路和長江、漢水交會的水6交通樞紐-武漢。
自民國26年11月開始，國民政府的一些重要部門從南京遷至武漢，武漢便成為了中**事、政治、經濟的中心，其戰略地位極為重要。早在日軍攻佔了南京之後，日本大本營即開始研究進攻武漢的問題。而當時考慮的方針是：先打通津浦線，溝通南、北兩個戰場，爾後攻佔鄭州，切斷平漢路，再向武漢進攻，同時攻佔廣州，切斷中國的海上補給線。
但日本6海軍方面在共同研究後認為在華兵力暫時不足，必須增建軍隊和作一段時間的休整，才有可能採取行動。因而大本營一方面讓侵華日軍進行休整和調整部署，另一方面積極進行國內增建師團的動員工作。到民國27年4月初，日本大本營決定實施徐州會戰時，同時也決定實施武漢會戰，大本營方面不僅令6軍在制訂徐州會戰計劃時要「預想到會戰以後的形勢，要將武漢會戰的實施也考慮進去」，而且令海軍「以攻佔漢口為目的，向南京——漢口——岳州間的長江及其沿岸準備作戰」，並於5月間6續給中國方面的艦隊增強兵力。
6月3日，大本營下令海軍「控制長江下游大部水路，保證交通安全，可先攻佔南京上游的安慶，作為進攻武漢的前進基地。」而早在5月底的時候，日本大本營便擬定了當年秋季攻佔漢口和廣州的作戰指導大綱，認為攻佔漢口是早日結束戰爭的最大機會，通過這一作戰，可以做到以武力解決中國事變的大半，從歷史上看，只要攻佔了漢口、廣州，就可以統治中國」，只要控制了中原地區，實質上即是統治了全中國。
而負責研究和制訂國家政策的智囊團-昭和研究會，在提出了《關於處理中國事變的根本辦法》中更是明確提到了我國推行大6政策當前的目標，在於迅解決中國事變。當前的戰爭目標是必須在軍事行動方面確保很多的戰果。為了徹底打擊國民政府，使它在名義上、實質上都淪為一個地方政權，必須攻下漢口、廣州以及其他敵人的抗戰中樞。同時，隨時將沿海岸線的軍事的、經濟的要地逐個佔領，揮海上封鎖的效果。另一方面更必須對中國內地的重要都市和軍事設施加強轟炸。」
而且不僅僅是這樣，《關於處理中國事變的根本辦法》中，昭和研究會著重提到了「中國目前雖然已喪失了華北、華中的重要各省，然而只要國民政府還盤據在漢口，漢口就是主要以西北各省為其勢力範圍的共產軍和主要控制著西南各省的國民黨軍之間的接合點和兩黨合作的楔子，所以先為了摧毀抗日戰爭的最大因素-國共合作勢力，攻下漢口是絕對必要的。因為佔領了漢口，才能切斷國共統治地區的聯繫，並可能產生兩黨的分裂。同時，攻下漢口，對新政府(南京偽政權)說來，可以創造這樣的可能性：把漢口以下的長江下游流域歸入統治圈內。這樣才可以謀求經濟的獨立，以及實現華中戰區的復興。相反的，對於國民政府來說，就意味著喪失了湖南、湖北的糧倉地帶和中國內地惟一的大經濟中心，不但會造成該政府經濟自給的困難，並且會減弱現在惟一的大量武器的輸入通道-粵漢路的軍事、經濟價值。這樣一來，即使國民政府退到了四川或是雲南，但在這種山嶽地帶，也無法揮比一個地方政權更大的作用了。」
正是基於昭和研究會的《關於處理中國事變的根本辦法》以及6軍方面的意見，6月15日，也就在大本營下令關東軍混成第3旅團、混成第13旅團乘車返回東北的時候，日本御前會議做出了決定-在當年秋季進行攻佔武漢及廣州的作戰。
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