聽到趙雲失蹤消息的劉雲十分擔心趙雲的安危，所以他立刻下令讓公孫瓚、關羽、張飛各領一營兵馬從薊縣出，前往右北平俊靡去和趙雲那一千兵馬匯合，然後在弄清楚情況後分三路開始向被搜索，看看能不能找到趙雲。
派出公孫瓚等人之後，劉雲雖然還是有些不放心，但是此時他也沒有別的什麼好辦法了。於是，無奈的劉雲也只能一邊兒處理著不斷送到他手中的公文，一邊兒等待著公孫瓚他們那裡的消息了。
時間就在劉雲的等待中緩緩地過去了。一轉眼，三個多月的時間過去了，紛亂的東漢又迎來了新的一年————中平二年（乙丑，公元一八五年）
在這三個月的時間裡，東漢的時局再次生了變化。
冬季，十月，皇甫嵩與張角的弟弟張梁交戰於廣宗，張梁率領的黃巾軍驍勇善戰，皇甫嵩未能取勝。第二天，皇甫嵩關閉營門，讓士兵休息，以觀察敵軍的變化。當皇莆嵩看到黃巾軍情緒逐漸鬆懈是，他便趁夜部署軍隊，清晨雞鳴之時，疾馳衝向敵陣。接著雙方交戰至傍晚時，黃巾軍大敗，張梁被斬，黃巾軍三萬多人被殺，約五萬人被逼落河中淹死。張角在此之前已經病故，他的棺材被剖開，亂刀碎屍，頭顱被送到洛陽。十一月，皇甫嵩又在下曲陽進攻張角的弟弟張寶，張寶被斬殺，黃巾軍被殺、被俘共十餘萬人。靈帝聞訊大喜，立即任命皇甫嵩為左車騎將軍，兼冀州牧，並封為槐裡侯。這其中值得一說的是，身為左中郎將的皇甫嵩能夠體恤士兵，每次行軍休息時，總是等到營帳全部修好，他才去休息，士兵全都吃上飯，他才去吃。這也是他部下能夠所向無敵，建立功勳的主要原因之一。聽到這個消息的劉雲立刻開始猜想起這次他又能得到多少俘虜來。
同時，北地郡羌族的先零部落及罕、河關兩地的盜賊起來反抗，共同擁立湟中的義勇領胡人北宮伯玉和李文侯為將軍，殺死護羌校尉泠征。金城人邊章、韓遂在西州素有盛名，起事者將其誘騙來，武力脅迫他們主持軍政事務，殺死金城太守陳懿，攻打焚燒州郡官府。這個消息不僅引起了劉雲的注意，而在劉雲得到這個消息的時候，黃恆更曾一度興奮地跑到劉雲的面前，不停地誇讚劉雲的神機妙算，這令劉雲不僅有些哭笑不得。
另外，威武郡的一個名叫蓋勳的太守也引起了劉雲的注意，這還要從頭說起。
起初，武威郡的太守依仗權貴的勢力，為所欲為，貪污殘暴。涼州從事、武都人蘇正和調查並舉了他的罪行。涼州刺史梁鵠感到害怕，想殺死蘇正和，為了避免牽連自己，於是去徵求漢陽郡長史、敦煌人蓋勳的意見。蓋勳一向與蘇正和有仇，有人勸蓋勳乘此機會進行報復，蓋勳說：「借刺史向我徵求意見的機會謀害人才，是不忠；乘人之危，是不仁。」他勸阻梁鵠說：「人們養獵鷹，是要用它捕捉獵物，如因獵鷹捕捉了獵物而將它煮殺，那麼養它還有什麼用呢？」梁鵠聽了蓋勳的話後便打消了殺蘇正和的念頭。蘇正和聽說此事後，前去拜訪蓋勳，向他致謝。蓋勳避而不見，說：「我是為梁使君著想，並不是為了蘇正和。」他對蘇正和的仇恨絲毫未減，一如當初。
後來，刺史左昌偷盜軍糧數萬石，蓋勳進行勸阻，左昌大怒，遂讓蓋勳與從事辛曾、孔常率軍另駐阿陽抵抗盜賊，想借口蓋勳作戰不力而加罪於他。然而蓋勳屢立戰功，左昌無計可施。及至北宮伯玉攻打金城，蓋勳勸左昌兵援救，左昌沒有聽從他的意見。陳懿死後，邊章等進軍，在冀縣包圍左昌。左昌召蓋勳等去救援，辛曾等人遲疑，不肯出兵。蓋勳大怒說：「從前莊賈身為監軍而延誤軍期，被司馬穰苴處死，今天的從事難道比古時的監軍還要尊貴嗎？」辛曾等感到害怕，便聽從他的主張，出兵援救。蓋勳到達冀縣後，用背叛的罪名斥責邊章等人，邊章等人都說：「假如左昌刺史早些聽從您的意見，出兵對付我們，或許我們還能改過自新。如今罪過已重，不能歸降了。」於是，撤除對冀縣的包圍離去。
隨後，叛亂的羌族人將護羌校尉夏育圍困在官府畜牧場。蓋勳與州、郡聯合出兵去救夏育。援軍行進到狐，被羌族人打敗。蓋勳手下所剩不足一百人，身上三處負傷，但仍穩坐不動。他指著路邊的木牌說：「就將我的屍體放在這裡。」句就部落的羌人領滇吾手執武器不許眾人殺死蓋勳，並說：「蓋長史是一位賢人，你們如果將他殺死，就會得罪上天。」蓋勳仰天大罵道：「該死的反叛羌人，你知道什麼，趕快來殺我！」羌人都大吃一驚，面面相覷。滇吾下馬讓蓋勳騎，蓋勳不肯上馬，於是被羌人俘虜。羌人欽佩他的仁義與勇敢，不敢加害，便將他送回漢陽。後來，涼州刺史的楊雍上表保舉蓋勳兼任漢陽太守。
對於這個蓋勳，劉雲十分的欣賞，所以他立刻找來黃恆將這個人列入了拉攏的名單內。
不說劉雲這邊兒和黃恆商量如何拉攏蓋勳，隨著歷史的巨輪緩緩地轉動，黃巾之亂的時代也接近了尾聲，其中幾次大規模的戰鬥如下：
先是在黃巾將領張曼成被殺後，所餘部眾又擁立趙弘為統師，人數再度擴大，達到十餘萬，攻佔了宛城。朱俊與荊州刺史徐等率軍聯合將宛城包圍起來。從六月攻至八月，一直未能攻克。有關部門要求將朱俊調回。司空張溫上書說：「從前秦國任用白起，燕國任用樂毅，都是經過長年艱苦奮戰，才能戰勝敵人。在征討穎川黃巾時便已建立戰功，揮師南下，已經確定作戰計劃；在戰爭之中更換統帥，是兵家的禁忌。應該再給一些時間，讓他取得成功。」靈帝這才作罷。不久，朱俊動進攻，將趙弘斬殺。
接著是黃巾將領韓忠再次佔據宛城抗拒朱俊。當時，朱俊讓士兵們敲著軍鼓進攻宛城西南角，黃巾軍全都趕赴該處抵禦。結果，朱俊卻親率精兵襲擊宛城的東北角，登上城牆而入。無奈韓忠退守小城，驚慌失措，要求投降。諸將也都願意接受，但朱俊說：「在軍事上，本有形式相同而實質不同的情況，從前秦末劉邦、項羽爭霸的時候，人民沒有確定的君主，因此要獎賞歸附者，以鼓勵人們前來歸順。如今天下統一，只有黃巾軍起來造反，如果接受了他們的投降，就無法鼓勵那些守法的百姓；而嚴厲鎮壓，就能懲罰罪犯。現在如果接受他們的投降，就會進一步助長叛軍的勢頭，他們在有利時起兵進攻，不利時則請求投降。這是放縱敵人的作法，不是上策。」朱俊連續起猛攻，未能攻克。他登上土山，觀察黃巾軍的情況，回頭對司馬張說：「我知道原因了。現在叛軍被嚴密圍住，內部形勢危急，他們求降不成，突圍又無路可走，因而死戰。萬人一心，已是勢不可擋，更何況十萬人一心呢！不如撤除包圍圈，集中兵力攻城。韓忠見到包圍解除了，勢必自己出來求生，自己出城定會各尋生路，鬥志全消。這是破敵的最好辦法。」於是朱俊解除包圍，韓忠果然出戰，朱俊乘勢攻擊，大破黃巾軍，殺死一萬餘人。
最後南陽太守秦頡殺死了韓忠，剩下的黃巾軍又推舉孫夏為統帥，再次佔領宛城。朱俊起猛攻，司馬孫堅率領部下先登上城牆。癸巳（二十二日），攻下宛城。孫夏逃走，朱俊追至西鄂縣的精山，再次擊潰黃巾軍，斬殺一萬餘人。黃巾軍潰不成軍。其他州、郡誅殺的黃巾餘眾，每郡數千人。
隨著這些戰鬥的結束，爆於東漢中平元年二月的黃巾之亂基本上落下的帷幕。
不過，隨著黃巾軍的被消滅，豫州刺史太原人王允居然在打敗的黃巾軍收繳物品中查出宦官領張讓門下的賓客與黃巾軍往來聯繫的書信，於是他便將這些信件上報朝廷。靈帝知道後大雷霆，斥責張讓。張讓叩頭請罪，靈帝竟也不再追究。於是張讓尋機誣告王允，遂將王允逮捕入獄。恰巧趕上大赦，王允得以恢復原職。可是在十天之內又以別的罪名被捕。楊賜不願讓王允再遭受拷打的痛苦和羞辱，派人對王允說：「因為你揭了張讓，所以會一月之內再次被捕。張讓兇惡無比，陰險難測，希望你好好考慮一下，是否還要再受折辱。」王允屬下那些年輕氣盛的從事們，淚流滿面，一同將毒藥進奉給王允。王允厲聲說道：「我身為一個臣子，得罪了君王，理應由司法機構正式處死，以公告天下，怎麼能服毒自殺呢！」於是摔掉藥杯，奮然起身，出門登上囚車。他被押解到廷尉以後，大將軍何進與楊賜、袁隗一起上書營救，王允才得以免死，被判處減死一等之罪。
東漢中平元年，可以說是很亂的一年。不過劉雲知道，這一年其實才只是亂的序幕，真正的亂還在以後。而此時，在這天下大亂即將開始的時候，劉雲唯一要做的就是蓄勢，就宛如一個準備攻擊的豹子，等著中原大地這塊肥肉積蓄自己的力量，當天下大亂真正開始的時候，他劉雲便會領著手下的英豪迅猛地撲出去，狠狠地在中原大地這塊肥肉上咬上一口。