那三萬江戶守軍和五萬民團原本就對德川幕府的投降決策甚為不滿，再加上移交江戶防務之後，還被三萬西南四藩倒幕軍和倒幕義軍「監視居住」，深深地感到不被新的中央政府信任，對自己的前途和命運充滿憂慮，當天晚上的衝突更是猶如一根導火索，迅速引燃了他們的不滿。
於是，那三萬江戶守軍和五萬民團紛紛走出平安宮，在無組織、無預謀的情況下，開始在江戶城東一帶打砸搶燒。得到消息的大久保利通迅速採取斷然措施，先是將衝突雙方隔離開來，對有關責任人進行了處理，又出動駐紮在德川神社附近的將近五萬西南四藩倒幕軍和倒幕義軍將嘩變的那三萬江戶守軍和五萬民團控制了起來，因而才沒有釀成更大規模的兵變，但是，即使這樣，所造成的損失卻也著實不小。
於是，當天晚上，各式各樣的謠言在江戶城內不脛而走。江戶民眾充分發揮了作為事實上的都城居民的「八卦」天賦，有的說這是德川家康在天之靈所為，因為德川幕府的投降決策使他大為震怒，因此懲罰沒有骨氣的德川幕府和江戶民眾，同時也警告睦仁天皇和西南四藩「倒幕派」不要欺人太甚。有的說這是潛伏在民間的德川幕府殘餘勢力所為，目的是打擊睦仁天皇和西南四藩「倒幕派」的士氣，以便在將來復辟德川幕府。也有的說這是大久保利通所為，目的是刺殺睦仁天皇和京都方面的隨行臣僚，以便取而代之。還有的說這是巖倉具視所為，目的是打擊風頭正健的大久保利通，防止他對自己的地位構成威脅，避免自己失勢。更有的說這是睦仁天皇所為，目的是藉機打擊大久保利通和巖倉具視，防止大權再次旁落。……凡此種種，不一而同。」「
……
似乎是為了印證這些謠言，第二天清晨，睦仁天皇頒布敕令，聲稱昨天晚上發生的一連串事件是有組織、有預謀的，是潛伏在民間的忠於德川幕府的極端組織所為，目的是破壞「大政奉還」儀式，妄圖逆轉「王政復古」的潮流。睦仁天皇還在敕令中宣佈遷都江戶，江戶即日起改稱東京。同時，改元明治，當年即為明治元年。
……
明治元年的夏天，江戶民眾，甚至全體日本民眾，都感到了「新政」的力量，彷彿是有東風破開了經年累月的凝滯空氣，帶來了新的改變。
最先是中央政府結構的改變。首先，決定天皇為國家元首、海陸軍最高統帥，天皇作為決策機構，承擔決策國事的職能。其次，追授剛剛病逝的高杉晉作為日本歷史上最後一任征夷大將軍、攝政和關白，從此之後，永久取消征夷大將軍、攝政和關白職位，不復設立。再次，設立元老院，任命巖倉具視為太政大臣，德川慶喜為左大臣，大久保利通為右大臣，木戶孝允為內大臣，元老院作為議政機構，承擔國事顧問的職能。最後，設立內閣，任命伊籐博文為內閣總理大臣，西鄉隆盛為內閣官房長官，陸奧宗光為外務大臣，井上馨為內務大臣，澀澤榮一為財政大臣，山縣有朋為陸軍大臣，伊東佑亨為海軍大臣，乃木希典為陸軍副大臣，東鄉平八郎為海軍副大臣，內閣作為行政機構，承擔處理國事的職能。
接著是外交政策的改變。首先，推行「去殖民化」政策，廢除西方列強在日本的一切特權，沒收西方列強在日本的一切財產，切實保護國家主權不受侵犯。其次，與中國結成全方位夥伴關係。中國在經濟、外交和軍事領域給予日本無償援助，向日本提供無息貸款。日本則在國際事務中堅定地站在中國一邊，內政外交政策均與中國保持一致。當條件成熟時，簽訂《中日友好同盟條約》，將此種特殊關係以法律形式確定下來。…,
然後是內政政策的改變。首先，政治方面，頒布「廢藩置縣」敕令，撤銷全國範圍內的所有藩鎮，將行政區劃定位「一都（東京都）、一道（北海道）、二府（京都府、大阪府）、四十二縣（青森縣、巖手縣、宮城縣、秋田縣、山形縣、福島縣、茨城縣、栃木縣、群馬縣、崎玉縣、千葉縣、神奈川縣、新瀉縣、富山縣、石川縣、福井縣、山梨縣、長野縣、岐阜縣、靜岡縣、愛知縣、三重縣、滋賀縣、兵庫縣、奈良縣、和歌山縣、鳥取縣、島根縣、岡山縣、廣島縣、山口縣、德島縣、香川縣、愛媛縣、高知縣、福岡縣、佐賀縣、長崎、熊本縣、大分縣、宮崎縣、鹿兒島縣）」。其次，經濟方面，頒布「殖產興業」敕令，允許土地買賣，鼓勵農業生產，興辦一批煤炭、鋼鐵、機械、造船和軍工企業，發展鐵路、郵政、電報、銀行、保險和證券等行業，拓展海外貿易。再次，文教方面，頒布「文明開化」敕令，學習西方的科學技術，選派留學生，培養新式人才。最後，軍事方面，頒布「整軍經武」敕令，購買新式武器，改編西南四藩倒幕軍、倒幕義軍和幕府軍為新式軍隊，成立軍校。
這些改變使得江戶民眾，甚至全體日本民眾如癡如醉，沉浸在「新政」的推行所帶來的前所未有的寬鬆自由和創業動力中。他們或者投身實業，為了自己和家庭的幸福而奮鬥，或者重回學堂，如饑似渴地學習西方的自然科學和社會科學，或者進入軍營，渴望建功立業。一場空前的變革，漸漸在日本國內蔓延開來。
……
兩個月後，日本，東京灣，橫須賀。
張繼、容閎、秦謀和代善笑著與前來送行的伊籐博文、陸奧宗光、井上馨和澀澤榮一等人一一握手話別。他們身後，劉步蟾、林永升和葉祖珪分別駕駛著「無畏號」、「精誠號」和「忠勇號」戰列艦等待回國。