大約1600年到1608年期間是莎士比亞的悲劇時期，儘管這段時期他還創作了一些問題劇如《一報還一報》、《特洛伊羅斯與克瑞西達》和《終成眷屬》。(更新速度最快記住本站即可找到本站)
很多評論家認為莎士比亞偉大的悲劇作品代表了他的藝術高峰。第一位英雄當屬哈姆雷特王子，可能是莎士比亞創作的角色中被談論最多的一個，尤其是那段著名的獨白——生存還是毀滅，這是一個值得考慮的問題。
和內向的哈姆雷特不同（其致命的錯誤是猶豫不決），接下來的悲劇英雄們奧賽羅和李爾王，失敗的原因是做決定時犯下輕率的錯誤。
莎士比亞悲劇的情節通常結合了這類致命的錯誤和缺點，破壞了原有的計劃並毀滅了英雄和英雄的愛人們。
在《奧賽羅》中，壞蛋埃古挑起了奧賽羅的性妒忌，導致他殺死了深愛他的無辜的妻子。
在《李爾王》中，老國王放棄了他的權利，從而犯下了悲劇性的錯誤，導致他女兒的被害以及格洛思特公爵遭受酷刑並失明。劇評家弗蘭剋剋莫德認為，劇既沒有表現良好的人物，也沒有使觀眾從酷刑中解脫出來。
《馬克白》是莎士比亞最短最緊湊的悲劇，無法控制的野心刺激著馬克白和他的太太馬克白夫人，謀殺了正直的國王，並篡奪了王位，直到他們的罪行反過來毀滅了他們自己。在這個劇中，莎士比亞在悲劇的架構中加入了超自然的元素。
他最後的主要悲劇《安東尼與克麗奧佩托拉》和《科利奧蘭納斯》，包括了部分莎士比亞最好的詩作，被詩人和評論家托馬斯斯特恩斯艾略特認為是莎士比亞最成功的悲劇。
在他最後的創作時期，莎士比亞轉向傳奇劇，又稱為悲喜劇。這期間主要有三部戲劇作品：《辛白林》、《冬天的故事》和《暴風雨》。還有與別人合作的《泰爾親王佩力克爾斯》。
這四部作品與悲劇相比沒有那麼陰鬱，和1590年代的喜劇相比更嚴肅一些，最後以對潛在的悲劇錯誤的和解與寬恕結束。
一些評論家注意到了語氣的變化，將它作為莎士比亞更祥和的人生觀的證據，但是這可能僅僅反映了當時戲劇流行風格而已。
莎士比亞還與他人合作了另外兩部作品《亨利八世》和《兩個貴族親戚》，極有可能是與約翰弗萊徹共同完成。
目前尚未確定莎士比亞早期的劇作是為哪家劇團創作的。1594年出版的《泰特斯安特洛尼克斯》的扉頁上顯示這部作品曾被3個不同的劇團演出過。
在1592年到1593年黑死病肆虐後，莎士比亞的劇作由他自己所在的劇團公司在劇場（thetheatre）和泰晤士河北岸的幕帷劇院（curtaintheatre）表演。
倫敦人蜂擁到那裡觀看《亨利四世》的第一部分。當劇團和劇院的地主發生爭議後，他們拆除了原來的劇院，用木料建造環球劇場。這是第一個由演員為演員建造的劇場，位於泰晤士河南岸。
環球劇場於1599年秋天開放，《朱利葉斯凱撒》是第一部上演的劇作。大部分莎士比亞1599年之後的成功作品是為環球劇場創作的，包括《哈姆雷特》、《馬克白》、《奧賽羅》和《李爾王》。
1603年，當宮內大臣劇團改名為國王劇團後。劇團和新國王詹姆士一世建立了特殊的關係。儘管表演記錄並不完整，從1604年11月1日到1605年10月31日之間國王劇團在宮廷表演了莎士比亞的7部戲劇，其中《威尼斯商人》表演了兩次。
1608年之後，他們冬天在室內的黑衣修士劇院演出，夏天在環球劇場演出。室內劇場充滿詹姆士一世時代的風格，裝飾得非常華麗，使莎士比亞可以引入更精美的舞台設備。例如。在《辛白林》中，朱庇特在雷電中騎鷹下降，擲出霹靂一響；眾鬼魂跪伏。
莎士比亞所在劇團的演員包括著名的理察伯比奇、威廉肯普、亨利康德爾和約翰赫明斯。伯比奇出演了很多部莎士比亞劇首演時的主角，包括《理查三世》、《哈姆雷特》、《奧賽羅》和《李爾王》。
受觀眾歡迎的喜劇演員威廉肯普在《羅密歐和朱麗葉》中扮演僕人彼得。在《無事生非》中扮演多貝裡，他還扮演了其他角色。
16世紀末期，他被羅伯特阿明取代，後者飾演了《皆大歡喜》和《李爾王》裡的弄臣角色。
1613年。作家亨利沃頓認為《亨利八世》描述了很多非常壯觀的儀式場景。然而6月29日，該劇在環球劇場上演的時候。大炮點燃了屋頂，劇場被焚燬，這是莎士比亞戲劇時代罕見的被準確記錄的事件。
1623年，莎士比亞在國王劇團的兩個好朋友約翰赫明斯和亨利康德爾，出版了莎士比亞劇作合集《第一對開》。該書一共包含36部莎士比亞作品，其中18部為首次出版。其中很多作品之前已經以四開的形式出版。
沒有證據表明莎士比亞認可這些版，正如《第一對開》中描述的那樣為剽竊和鬼祟的復製品。英國傳記作家艾爾弗雷德波拉德稱其中的一部分為糟糕的四開，因為它們是被改編、改寫或篡改的字，很多地方根據記憶重新寫成。
因此同一個劇有多個版，並且互不相同。這些差異可能來源於復製或印刷錯誤、演員或觀眾的筆記、以及莎士比亞自己的草稿。
另外有些情形，如《哈姆雷特》、《特洛伊羅斯與克瑞西達》和《奧賽羅》，莎士比亞在四開和對開中間修訂了字。《李爾王》的對開和1608年出版的四開差別很大，以至於牛津莎士比亞出版社將兩個版都出版，因為它們不能沒有歧義地合併成一個版。
1593年到1594年，由於劇院因為瘟疫而關閉，莎士比亞出版了兩首主題的敘事詩：《維納斯和阿多尼斯》和《魯克麗絲失貞記》，他將它們獻給南安普敦伯爵，亨利賴奧思利。
在《維納斯和阿多尼斯》中，無辜的阿多尼斯拒絕了維納斯的性要求，而《魯克麗絲失貞記》中，貞潔的妻子魯克麗絲被好色的塔昆強暴。
受奧維德的《變形記》影響，詩表現了起源於慾望的罪行和道德的困惑。這兩首詩都很受歡迎，在莎士比亞在世時重印多次。
第三首敘事詩為《愛人的怨訴》，講述了一個年輕女子悔恨被一個求婚者誘姦，收錄在1609年出版的《十四行詩》第一版中。
大部分學者現在接受《愛人的怨訴》為莎士比亞創作的觀點。評論家認為這首詩優秀的品質被沉重的結果所損傷。《鳳凰和斑鳩》哀悼傳說的不死鳥和愛人忠誠的斑鳩之死。
1599年，兩首早期的14行詩作品第138和作品第144收錄在《熱情的朝聖者》中，此書印有莎士比亞的名字，但是沒有得到他的許可。