阿古柏的反擊是趁著月色展開的，為了加強這次進攻的突然性阿古柏甚至沒有聯絡城中的內應就直接開始指揮部隊攀爬城牆，這個時候城上負責守衛的士兵大多數都去睡了，僅有的幾個崗哨也找了一個背風的地方紮在一起聊起了天，入疆以後大家都很不習慣這裡晝夜的溫差，這次的勝利來的如此容易同樣也讓這些士兵產生了輕敵的心理，一直到浩罕人摸上城頭才有人發現。
清脆的槍聲在城內響起，曾國荃在軍中多年，睡覺的時候已經養成了警覺的習慣，所以在第一聲槍響之後他就從睡夢中醒了過來，而且意識到自己的疏忽。黑暗中不斷有騎兵在街上跑過，曾國荃也不知道究竟來了多少敵人，只能組織各營的兵勇向一塊靠攏同時準備撤出城去。
在這一夜的戰鬥中曾國荃親自率領他的衛隊守住庫車城的東門，一隊一隊的士兵從這個門撤出去在城外集合，阿古柏數次想要攻下東門把清軍留在這座亂成一團的城中，可是始終無法成功。就這樣到天色漸亮的時候大部分的清軍都已經撤到了城外，而這個時候曾國荃也發現敵人的數量並不多，但是極其彪悍，再看看城外自己部隊衣衫不整的樣子，曾國荃知道這一戰自己輸了，不過他相信自己能夠找回來，因為城外的那支部隊雖然士氣低迷，但是他們並沒有掉頭逃走，實際上這些人始終盯著城頭上豎著的帥旗，同時昨天晚上雖然慌亂，但是大部分士兵並沒有丟棄他們的武器，所以曾國荃仍然相信這些手下，這次的失敗是因為自己的疏忽大意，而不是他的軍隊有什麼不好，湘軍歷史上曾經經歷過多次失敗，但是總是能夠重新站起來，曾國荃相信這一次自己同樣能夠渡過這道難關。
阿古柏也看出這支漢軍還沒有完全喪失鬥志，所以他並不過分追趕，而是利用他的部隊大部為騎兵的特點進行追擊，庫車距玉古爾足有兩百里，阿古柏認為以漢軍目前的狀態只要在沿途不斷的進行衝擊他們遲早會徹底的崩潰，然後那就是一場屠殺了。
曾國荃相信只要自己能退到阿巴特就能夠組織起有效的防禦，同時也能獲得駐守在玉古爾守軍的支援，當然這並不代表後撤到阿巴特就是一件很輕鬆的任務，浩罕人就像一條惡狼一般緊緊的跟在身後，時不時的就會猛衝上來，曾國荃指揮部隊且戰且走行進的速度非常緩慢，唯一讓他感到欣慰的是士兵們都很明白在這片廣袤的戈壁上隊伍一旦分散所有人的命運都將是死亡，因此曾國荃最害怕的潰逃並沒有發生。但是今天晚上究竟該如何度過曾國荃還不知道，戈壁灘深秋的夜晚非常的寒冷，同時黑暗也將會給獵食者提供最好的保護。
對於漢軍的戰鬥力阿古柏感到十分的吃驚，不過他並不認為這會妨礙他摘取勝利的果實，他已經派遣一支小分隊繞過曾國荃到前面破壞水井和村鎮了，相信明天漢人就會嘗到焦渴的滋味了，到那個時候每到一處水源漢人就會慌亂的四處找水，而他則可以抓住機會驅趕他們，最終將他們變成羊群。
就在雙方都認為今天會這樣平平淡淡過去的時候變數發生了，阿古柏突然得報在自己的後方有漢軍在活動，這個報告如同一道閃電讓阿古柏看到自己疏忽了什麼，和曾國荃一樣他也被輝煌的戰果迷住了眼睛，只看到面前的肥肉，卻沒有想到潛伏的危險。在這場追擊戰中阿古柏本來兵力就不足，又要分兵去包抄，所以能派出的偵查力量非常有限，只能保證在部隊行進的線路上不會有敵人的埋伏，而想要探查整個戰場肯定是力不從心，更何況也沒有人認為有這個必要。
「立刻放棄對敵人的追擊，去沙雅爾。」阿古柏當機立斷。
「不等弄清楚情況再作決定嗎？而且偷襲阿巴特的部隊怎麼辦，我們要是掉頭就走他們會被漢人吃掉的。」海拉爾覺得他的父親有些太小心了，實際上探子還沒有弄清楚後方漢軍的規模。
「等弄清楚就晚了，立刻調頭。」阿古柏明白在這一帶活動的漢軍絕對不會是小股部隊，在這個距離上發現了敵人很可能代表著現在行動都已經太遲了。
阿古柏的擔心並沒有錯，這一次各方都打著以快打慢的主意，所以行動之前都缺乏細緻的準備，這就造成了庫車混亂的戰局，當左宗棠出現在庫車的北方時其他人竟然毫無察覺，曾國荃認為他起碼還要有一天的時間才能到達，而阿古柏就乾脆沒有想到北方還有一支漢軍。
左宗棠自己率部重新奪回了庫車，浩罕人入城之後在庫車簡單的燒殺了一番就去追趕曾國荃了，在庫車留下的都是一些本地的內應，他們本來正在等待著浩罕主子勝利凱旋，沒想到一眨眼庫車又被漢軍圍了個水洩不通，城裡剛剛被鎮壓下去的反浩罕力量立刻抬頭，城牆上的戰鬥激烈而短促，很快大批的賣國賊就被抓了起來，庫車城的大門再一次向王師打開，不過這一次入城顯然不如迎接曾國荃的那樣熱烈，因為雖然只是一次小小的反覆但是城中卻減少了五分之一的人口，所以對比起昨天慶祝解放的歡快今天整個庫車顯得凝重了許多。
在這種凝重的氣氛下一大批賣國賊掉了腦袋，左宗棠很高興得看到老百姓以自己的行動來支持西征大業，他一方面探查周邊情報、加強庫車的防衛，另一方面仔細的詢問了這次浩罕人反撲的情況，當他得知這次是阿古柏親自帶隊的時候左宗棠立刻命令麾下大將劉錦棠把庫車守好，自己則率兵跟著就追了下來，當浩罕的探馬發現楚軍的先頭部隊的時候左宗棠的主力距阿古柏只有二十里路了。
同阿古柏一門心思的追蹤曾國荃不同，左宗棠的探馬派的相當遠，對於阿古柏的行蹤他摸的還是很清楚的，當左宗棠一聽到浩罕人調頭的報告立刻命令部隊展開向著阿古柏的方向包抄過去。
雙方戰鬥開始的時候太陽已經漸漸的西沉，阿古柏為了殺開一條血路不斷的催動他的部隊衝擊著漢軍的陣地，而楚軍憑藉著火力上的優勢一次次的打退他們的衝鋒，當太陽躲藏到遠方沙丘的後面，月亮代替了它主宰了這片殺戮之地，這個時候楚軍的主力已經集中了起來，浩罕人只剩下了東面一條路可逃，可是他們也知道東面還有曾國荃的部隊正在觀望，置之死地的浩罕人充分展示了他們彪悍的天性，雖然他們衝不破左宗棠的防禦，但是漢軍的進攻也遭到他們猛烈的反擊，這一戰一支殺到月上中天曾國荃率隊投入戰場才算徹底的結束，左宗棠和曾國荃連夜清點死屍與俘虜，可是阿古柏和他的兒子卻沒有被找到，只抓住了阿古柏的外甥阿吉托拉。
左宗棠一邊派出騎兵四面追捕一面拷問阿吉托拉，這個小子倒也算硬氣，一直到第二天中午才在狂笑中道出了整件事情的原委，原來阿古柏看到漢軍如此準確的攔截在他的歸途上他就已經知道今天是凶多吉少了，當看到面對漢軍還算稀鬆的防線他手下的騎兵兩次出擊都無功而返阿古柏明白這次想要全身而退已經是不可能了，大隊人馬想要繞開漢軍的攔截非常的困難，因為從這裡到沙雅爾沿途全是沙漠，這裡看似廣袤可實際上供人選擇的線路並不多，漢軍可以走直線搶佔各個要點，而他想要避開敵人就需要大兜圈子，這種情況下漢軍很容易就能把他的退路掐斷。基於這樣一個認識阿古柏決定利用夜色的掩護帶著親信小隊偷偷離開，讓大隊人馬吸引漢軍主力的主意，而留下來指揮的就是他的外甥，到了這個時候阿古柏離開了將近一天，漢軍已經不太可能追得上他了阿吉托拉才把這一切說了出來求一個痛快的了結。
左宗棠和曾國荃面面相覷，阿古柏此去肯定帶了用於換乘的馬匹，先行了將近一天的確很難再追得上，錯失了這個良機讓他們都大感懊悔。
「四千部下加上一個外甥，就這樣說扔就扔了，這個阿古柏究竟是不是人啊？」左宗棠搖著頭說道。
「季高兄還記不記得王爺是怎麼評價那個阿古柏的？」曾國荃也是頗有感觸，他這次輸在阿古柏之手，如果不是左宗棠突然出現自己很有可能全軍覆沒，所以再也不敢輕視這個對手了。
「這我倒是記得，王爺說這個阿古柏幸好是生在浩罕這艘快要沉的船上，如果生在哪個強國絕對能夠建立不世的功業，別的不敢說，起碼狠辣這一項他算是夠格，」左宗棠又掉過頭來問阿吉托拉：「這一戰你留下來指揮簡直就是死路一條，沒想到你們這些禽獸一般的浩罕人中也有這樣的忠義之士。」
阿吉托拉聽完通譯的翻譯愣了大概有十幾秒鐘，然後爆發出一陣狂笑，這陣笑聲把左宗棠弄得有些莫名其妙，他不知道自己的話有什麼好笑，只好狠狠的瞪了通譯一眼，覺得肯定是這個傢伙胡翻一氣惹的蠻族恥笑。
好容易阿吉托拉笑完了，搖著頭說道：「我早就聽說你們這幫漢人整天就會說什麼仁義道德，講的那些東西能把人笑死，當年我舅舅為了謀一個向上爬的機會把我母親獻給一位伯克做妾，你居然在這裡講什麼忠義。」
拿自己的親人去討好上司的事左宗棠也聽說過一些，這些人當然都受到了他的鄙視，不過對阿古柏卻有些鄙視不起來，「行事無所不用其極，也難怪他能攪動西陲的風雨，阿古柏這樣做我能夠理解，可是對於你我就有些不明白了，你舅舅如此對待你的母親為什麼你還願意替他賣命呢？」
「我母親是心甘情願被送出去的，舅舅是這個家族的主幹，我們都是枝葉，為了主幹犧牲一些枝葉本來就是天經地義的事情，那裡用得著你們的那些廢話。」在這裡阿吉托拉有一件事沒有說，那就是如果一旦阿古柏表現出無法再扮演主幹這個角色阿吉托拉會毫不猶豫的將他踢下去，西北惡劣的環境的確在這個家族培養出了一種特有的狼性。
左宗棠也的確發現在西北人們家族的觀念特別濃厚，在湖南人們宗族觀念雖然也很重但是還沒有到能夠壓倒其他一些價值觀的地步。
「看來這浩罕人的確和我們不大一樣，你覺得該如何處置他們？」左宗棠覺得無法從俘虜那裡得到更多的東西就轉而向曾國荃徵求處置俘虜的意見。
曾國荃在這一戰中死傷慘重，而他的性格外向，既然吃了虧自然就想要找回來，「那還用說，自然是全殺了，安集延人豺狼之性，你對他們好也沒用，殺了最乾脆。」
這個建議挺合左宗棠的心思，他也覺得這些俘虜留不得，不過還有些猶豫。
曾國荃看出左宗棠的躊躇，想了一下又提出了另一個建議，「林師長在西面處理安集延人的手法頗為巧妙，我覺得我們倒是可以學一下。」
「哦？說來聽聽。」左宗棠知道林雨長迅速的攻下了安集延，不過林雨長怎麼處置安集延人他就不知道了。
「林師長把他斬獲的頭顱用大車裝回來到各地傳閱，那些和安集延人有仇的還可以申請一個拿回家去洩憤，一下子就把那些回回都調動起來了。」
「這樣啊，不過這並不是殺俘，那只是在戰場上斬獲的首級，我倒是聽說他在戰事結束後並未大肆屠戮安集延人。」
「這就要活學活用了，林師長用死的，咱們卻可以用活的，這些安集延人哪個手上不是沾滿我們西北各族同胞的鮮血，不如咱們就開個公審大會，讓大家控訴安集延人的暴行，最後把這些安集延人交給庫車的老百姓處置，這就不算是殺俘了吧。」
左宗棠眼睛一亮，「你這招很有意思啊，真是妙計，看不出來沅甫兄還有這樣的謀略。」左宗棠覺得這一招處置了安集延的俘虜，同時加深了本地維吾爾人、哈薩克人同安集延人之間的仇恨，再加上此舉還可以收買人心，實實在在是一個好主意，不過據他所知曾國荃並不是一個擅長陰謀的人。
「我也是跟別人學的，王爺不就是用這一手對付西班牙人的嘛。」曾國荃謙虛地說道。
阿古柏帶著自己的兒子一路逃回賽喇木之後深感漢軍勢大，乾脆又向後撤到了拜城，在這裡遇到了東進的主力才重新回到賽喇木與左宗棠遙遙相對。說起來這一戰雙方互有傷亡，漢軍的損失還要大過阿古柏，不過阿古柏畢竟是全軍覆沒，這在心理上對他的打擊頗大。再加上庫車的公審大會把一千多名俘虜還有他的外甥一起送上了天堂，敵人的狠辣也讓阿古柏頗感擔憂，心存疑慮的阿古柏暫時不敢輕舉妄動，於是不斷的進行小規模的試探來尋找左宗棠的破綻。而左宗棠也充分吸取了上一次曾國荃戰敗的教訓，把庫車到沙雅爾一線守的風雨不透，他在等待李富貴答應給他們補充的軍火，只要這批軍火一到曾國荃部基本上就能恢復戰力，再加上兩支部隊整合完畢，那時他將完成最後的準備。
阿古柏在賽喇木也感覺到了漢軍變得越來越強，這並不出人意料，既然是主力會戰漢軍的力量自然會不斷的加強，他也明白時間不在他這一邊，可是他對此卻沒有什麼好辦法，這是他第一次面對一支現代化兵器裝備起來的部隊，阿古柏很快發現沙漠地形竟然對對方有利，在沙漠中作戰騎兵不管是衝擊還是迂迴都受到諸多限制，一望無際的戈壁讓埋伏和隱蔽也變得十分困難，而對方的火力優勢則完全沒有受到任何影響，在大多數的衝突中浩罕人都吃了虧。阿古柏在正面無法打破左宗棠的防禦就只好把扭轉乾坤的希望放在他的長子胡裡了，這個時候林雨長正把浩罕鬧得雞犬不寧，阿古柏覺得是時候切斷林雨長的退路了，在阿古柏的計算中自己不需要獲得全面的勝利，李富貴現在把一隻巴掌掄圓了扇過來，如果讓他結結實實的打上的確會被拍得死死的，但是在這個過程中他只需要斬斷漢軍的一根手指那對手就會因為疼痛而把巴掌收回去，所以他對於自己的未來仍然充滿信心。