浩罕對於林雨長的到來反映還是很快的，早在安集延被攻克的第二天晚上古德亞汗就得知了中國人的消息，這個壞消息對於浩罕這樣一個風雨飄搖的政權無疑是沉重的一擊。
「清人來了我們該怎麼辦？據探報他們的火器非常的犀利。」束手無策的古德亞向身邊的寵臣問計。
「當年阿力木庫爾就不該派阿古柏去招惹清人的，那個時候俄國人步步進逼，英國人在南方也不懷好意，他還敢去挑逗清人。」寵臣那木克也想不出什麼好辦法，只好跟著抱怨一番。
古德亞長歎一聲，「阿力木庫爾當年也只是延續了我們一貫的政策而已，誰知道阿古柏一個巴特恰(男扮女裝的舞童)會掀起這麼大的風浪，所以以前的事就不用再埋怨了，關鍵是現在該怎麼辦，西面有俄國和布哈拉，東面有清，要是一個處置不當浩罕真的要完了。」
「布哈拉是我們的世仇，俄國人對領土的野心大的都沒有邊，倒是清人比較好說話，只要服個軟，再上上貢就應該能把他們打發走了。」
古德亞點了點頭，這個分析讓他的心情好了一些，「這一招對清人的確很管用，實在不行的話也只好先奉承他們一下，只是這次清人來勢很猛，速度又特別快我們還是需要加強一下浩罕城的防守。」
「國家的軍力已經很緊張了，恐怕抽不出多少兵力了。」
「這我當然知道，派人下去再抓一批，先當民夫使也好。」
阿古柏和古德亞在差不多的時間得知了林雨長的異動，不過他得到的消息是漢人的大軍佔領了古勒沙，對於這樣一個舉動他有些不大理解，佔領那裡唯一的作用就是切斷阿古柏與浩罕之間的聯繫，不過阿古柏當然知道自己現在與祖國還有多少聯繫，「我知道，不過看來漢軍並不知道，這倒是一個可以利用的東西，漢軍如果願意兩線防禦，那當然對我有很大的好處。」
心頭暗喜的阿古柏繼續盯著富貴軍在西面的動靜，所以安集延被攻下的消息他還是很快就得到了，這當然讓他大吃一驚。
「什麼？漢軍主力全部越過邊境，他們這是想幹什麼？想把浩罕一口吃掉？」阿古柏知道事情比自己預想的要大很多，他必須迅速調整自己的戰略方針了。
阿古柏對於自己的祖國並無多少眷戀，那裡沒有給他留下多少美好的記憶，至於浩罕能給他提供的退路阿古柏也不希罕，他的一生歷盡磨難所以對得到的東西特別珍惜，讓他放棄在霸一方的生活回到浩罕去仰人鼻息那比殺了他還要難受，更何況在他看來浩罕的日子也不長了，所以返回身去救援浩罕在阿古柏這裡是不可想像的。但是林雨長這次的行動讓他看到了對手劍不空回的氣勢，敵人在各方面都佔有優勢，這一點阿古柏早已知道，但是他仍然相信自己還有一線機會，那就是漢人遠道而來，如果阿古柏堅持的時間足夠長他就有機會挨到漢人退走的那一天，可是叢林雨長對浩罕的突擊阿古柏看到了漢軍的決心。
「胡裡，退路是沒有了，你看我們現在該怎麼辦？」阿古柏生性多疑，所以他的兩個兒子自然就被當作左膀右臂。
「父親大人，這事可不能等閒視之，雖然我們並不能對浩罕有什麼指望，可是以前遙相呼應自然就聲勢大壯，要是漢人在浩罕打上幾場勝仗，我們軍心會不會亂姑且不說，但是葉兒羌和庫車的那些傢伙本來就不怎麼服我們，要是聽說我們的祖國都被漢人打敗了他們不起來造反才怪呢。」
「你說的有道理，現在如果我們在氣勢上再輸下去，以後的日子就真的不好過了，漢軍統帥不簡單啊，這一戰他的勢算是取足了。」
「那我們怎麼辦呢？」胡裡一想到好好的一個王位自己一天都沒有坐過就要飛了不禁心急如焚。
「我們必須在氣勢上壓倒漢人，古德亞那個老東西我再清楚不過了，他根本就不敢和漢人去拼，你信不信，他現在肯定縮在浩罕城裡，指望漢人打累了自己退走。」雖然自己已開始也是打著這樣的主意不過現在既然阿古柏已經決心站起來抵抗那他就覺得自己有權力嘲笑一下浩罕的古德亞汗。「伊犁是清人的老巢，我們急切之間恐怕很難拿的下來，不如到塞喇木和庫車找機會反擊漢人，這樣也能鎮住葉兒羌和庫車，你則率領一支偏師重新奪取托允多拜到阿特巴什一線，截斷清人的後路，你這次出征的時機必須掌握的非常準確，漢人現在很輕鬆的攻下安集延如果我們這個時候就去碰他們的後路他一轉身就能殺到喀什噶爾來，我先在庫車與清軍周旋一番，然後你再動手，那時候伊利的清軍無力救援托允多拜，殺奔浩罕的那支清軍也肯定消磨掉了大半的銳氣。」
「父親說的太對了，這個時候我們決不能再任由漢人為所欲為了，也要讓他們嘗一嘗我們烏茲別克的彎刀。」
阿古柏滿意的點了點頭，「這一次你們兄弟倆個都要殺敵建功，我老了，如果這一戰能把漢人打敗咱們就在這片廣袤的土地上就算坐穩了霸主的寶座，那時候也該是在你們兄弟倆個當中選一個太子的時候了。」
胡裡趕忙熱烈的親吻了阿古柏的手，「我們永遠追隨在父親身後。」
「對了，安集延被漢軍攻克的消息用不了兩天就會傳遍回疆，我現在最不放心的就是庫車，葉兒羌畢竟還在我們鼻子底下，咱們要到庫車恐怕還要好幾天時間準備，讓海古拉馬上把熱西丁的弟弟悄悄的弄死，他作了這幾年的庫車伯克，死了也該閉眼了。」當年阿古柏通過欺騙的手段賺開了庫車的城門之後當天就毒死了庫車的首領熱西丁，雖然後來又委任熱西丁的弟弟作了庫車伯克，但是他始終覺得這是心中的一根刺，現在不管疼不疼這根刺都必須拔出來了。
林雨長在離開托允多拜之前把自己的全部戰略意圖用加急快馬送回伊犁，這個時候左宗棠已經離開伊犁做著越過天山的準備，所以林雨長出國的信息李富貴比左宗棠知道的更早，他把那份長長的電報看了好幾遍，「他還真是有樣學樣，同一個國家開戰這麼大的事都能先斬後奏，」李富貴倒是不怕浩罕，石達開入疆之後相信阿古柏也翻不了天，只是俄國人對於中國攻打浩罕會採取一個什麼樣的態度就需要費些思量了，現在李富貴相信自己早先對俄國進攻伊犁的擔心是有些過濾了，只要俄國沒有處心積慮的隱藏實力以他們中亞的兵力在這個時候挑起和中國的爭鬥並不是很聰明的做法，但是如果中國出兵浩罕俄國人恐怕不會坐視不理，最大的可能是他們也拿出餐刀來，李富貴有些擔心在這個瓜分的過程中會出什麼岔子，所以立刻回電要林雨長在浩罕謹慎從事，同時命令左宗棠擔任起打擊阿古柏的主攻任務，石達開在迪化仍然不要動，繼續監視俄國，「看來左宗棠和阿古柏還真是宿命中的一對，既然是宿命中的對決，乾脆我就不要再插手了，左宗棠加上曾國荃不過兩萬人，也不知道夠不夠用，」李富貴雖然決定放手讓左宗棠去剿滅阿古柏，但是多少還是有些擔心。
「告訴後勤部門，全力保障左宗棠和曾國荃部的軍火供應，把他們在名單上放在首位。」李富貴相信目前左宗棠的這支部隊比起他歷史上的那支西征軍在人數上肯定大大縮水，但是裝備和訓練相信勝出一籌，如果能夠保證彈藥把現在的優勢完全發揮出來相信能敵的過阿古柏，畢竟阿古柏也還沒有達到歷史上的最高點，另外新疆的形勢也使得他無法完全集中起兵力。
接到這個命令軍需部長不禁一愣，「林師長的順位是不是應該更高一些？」
「左宗棠更高，雨長現在已經是放棄後勤，相信他自己會有辦法的，你們供得上就供，供不上就先保證左宗棠這一路。」李富貴知道單憑浩罕是不能把林雨長怎麼樣的，根據林雨長的匯報他出征前已經準備了足夠五次戰鬥的軍火，如果省一點完全能夠支持了，林雨長本人也的確打著這樣的主意，因為在阿古柏的襲擾之下這一條運輸線很難保證，所以李富貴和林雨長都在一開始就乾脆對此不抱希望。
石達開對這條命令毫無異議，實際上他現在就算是想動也未必動得了，想隨意的指揮這一個師的御林軍可不是那麼容易的事，這個師的頭頭腦腦很清楚李富貴派他們入疆的意圖，作為一個獨立的戰鬥單位他們自己會判斷新疆的形勢，然後作出自己的決定，石達開的想要調動他們說服的成分遠遠大於命令，對此石達開倒沒有什麼怨言，自從他得知自己將指揮這支部隊的時候就已經料到了今天的這個局面，對石達開來說指揮這支部隊是一個很敏感的任務，一方面說明了李富貴對他的信任，另一方面也似乎是一種考察，所以如果沒有突發事件的話他覺得自己沒有必要在這支部隊中立威，反正電報來往快捷，下面這些人不服他他還可以立刻請示李富貴。
左宗棠這個時候正在翻過天山，在經過初期的試探之後他和曾國荃都發現庫車一帶的叛軍力量不強，而且當地有些人還借此機會和清軍接觸希望能夠裡應外合獻出庫車，戰事可以說是相當的順利，所以左宗棠和曾國荃就決定快速的拿下庫車，兩人分別從伊犁和迪化出發從東北兩面同時發起進攻，左宗棠在翻越天山的時候遇到了一些麻煩，當林雨長的軍情和李富貴的命令一前一後的被送到時他正在對著下面的人發脾氣，因為曾國荃已經到達了玉古爾，隨時可以對庫車發起進攻，這當然讓左宗棠非常急躁，他選的這條路線比較荒涼，道路也不好走，再加上西北糟糕的氣候他這次行動從出師就不太順利，不過左宗棠畢竟不是普通的人物，因此雖然麻煩不斷但是全軍的士氣並為衰落，輜重也十分穩妥，為了讓全軍加快速度左宗棠日漸嚴厲，不過同時他又與士兵在一起同甘共苦。
一天之內的兩封急報把左宗棠嚇了一跳，林雨長甩開後方出境作戰的膽量讓他有些咂舌，而李富貴居然就此認同了林雨長的做法也讓左宗棠有些難以想像。把這些念頭全部拋開以後左宗棠知道庫車已經成為平叛的主戰場了，阿古柏在喀什噶爾的壓力一輕他就有可能調整自己的戰略，那麼現在趁敵人還未做好準備一舉拿下庫車在天山南麓奪取一個穩固的陣地就變得非常重要了，同時這一戰也能大大的鼓舞隊伍的士氣。想到這裡左宗棠聚集起軍中所有的將領大罵了一番，「你們這幫兔崽子明天再敢磨磨蹭蹭的我直接就砍了你們的頭，下去告訴士兵，明天本帥不騎馬，陪著他們一起走，到太陽落山前就算死也得給我死在天山的山腳。」
第二天楚軍的行動的確加快了許多，左宗棠年近六旬走在隊伍中間自然是十分的吃力，部將一再請他上馬都被他拒絕了，在行軍的時候左宗棠並沒有給他們太大的壓力，他也只是勉力的跟上全軍的速度，但是他幾乎不用休息的能力就把其他人給比下去了，到了下午士兵們發現他們有些跟不上統帥的步伐了，最後下山的一段路很多人都是連滾帶爬的完成的，雖然十分狼狽，但是畢竟完成了任務。
在同一天曾國荃拿下了庫車，他比左宗棠更早得知庫車將成為剿滅阿古柏的橋頭堡，所以決定不再等待左宗棠單獨進攻庫車，而這個時候阿古柏的次子海拉爾剛剛把熱西丁的弟弟——庫車伯克給毒死，說起來這位伯克大人實在是有些冤枉，雖然他的心裡的確想過清軍一來就投降，可是畢竟沒有付諸行動，因為說到底當年熱西丁的庫車政權也是對抗朝廷的，而自己又在阿古柏手下干了好幾年的庫車伯克，總有一些心理負擔，與清軍聯繫的是巴桑家族的人，他們基本上沒有多少歷史問題，對浩罕人騎在本地人頭上拉屎早就非常的不滿，現在有了機會自然要反咬一口。
在這種敏感的時刻庫車伯克突然暴斃這當然引起了人們的擔心與不滿，本來這裡浩罕人就不多，大部分守軍還是本地人，人心浮動之下曾國荃出現的實在是恰到好處，當他把部隊展開攻城以後，城內自己就先亂了起來，海拉爾到了這個時候也不戀戰，帶了一些心腹穿城而走，曾國荃幾乎可以說是兵不血刃的奪下了庫車。
庫車的各族人民載歌載舞的歡迎了這支軍隊的入城，這為西征中各民族的交往開了一個好頭，因為曾國荃固然知道在這些少數民族地區侵擾百姓的事情必須嚴厲禁止，但是知道和做到是兩碼事，曾國荃在軍紀上的控制一向缺乏力度，想要突然嚴格起來實在有些力不從心。不過在庫車並不存在這樣的問題，友善熱情的當地人使的士兵對這個地方產生了認同感，軍民同樂當中沒有發生一起騷擾百姓的事件，這讓曾國荃非常欣慰，不過這也給了他一個錯誤的認識，那就是庫車的老百姓全都對漢軍十分友好，再加上這入疆的首功竟然如此輕易的落在他的頭上，曾國荃就難免有些飄飄然起來，當天的慶祝活動一直持續到深夜，除了向後方報捷再加上派出一騎快馬到北方通知左宗棠以外就沒有再採取進一步的軍事行動，而這個時候阿古柏正率領他的部隊向庫車趕來。
在路上阿古柏碰上海拉爾的殘兵敗將之後當即決定立刻反攻庫車，阿古柏這次帶領的只是一支先頭部隊，本來打算先趕到賽喇木、庫車一線瞭解一下敵情，在主力到達之前就把作戰計劃制定下來，沒想到清軍的行動比他還快，這個時候他才意識到清軍很可能是在全線進攻，展開地圖仔細的研究一番之後阿古柏決心利用自己處於內線的優勢先擊潰庫車一線的清軍，然後再掉頭回去和兒子一起切斷出境清軍的退路，這樣就必須以快打快，趁著清軍剛拿下庫車立足未穩的時候打他們一個出其不意就成了阿古柏心中最好的招數。