南宮派：與前面介紹的南宮宗並非一派，切莫混淆，此處南宮派為全真龍門派支派。由龍門第十代李清秋開啟，以廣東羅浮山為中心。清梁教無《玄門必讀》：「南宮祖李清秋，為龍門第十代孫，得至人傳授真道口訣。道成，得證天仙。後秘授曾一貫祖師，法派曰南宮派」。李清秋生平不詳。從清陳教友《長春道教源流》卷七可見其傳代概況：「曾一貫，號山山，不詳何許人。其師李清秋，龍門派第十代孫，得至人傳授真訣，一貫傳其學，恬修道成，以符藥救人。康熙間人羅浮，築道場於紫霄洞。五十五年（1716），廣州旱，當道邀請求雨，雨大注，因委管沖虛觀。山中五觀，余四曰酥醪，曰九天，曰黃龍，曰白鶴，俱延為住持。後遷紫霄洞道場於酥醪洞，令弟子柯陽桂主之。師自居沖虛，未幾羽化。」是為龍門第十一代。其弟子柯桂陽，「號善智，福建泉州府晉江縣人。家世住宦，幼習舉子業。……弱冠棄家游羅浮，禮曾一貫為師。」與其師共興酥醪觀。「住山三十餘年，度弟子百餘人。乾隆十年（1745）六月二十日無疾而終，年五十三。」是為龍門第十二代。其後有童復魁，號慵庵，浙江紹興府會稽縣人，為柯桂陽再傳弟子，即龍門第十四代。乾隆五十六年（1791）入道於羅浮山酥醪觀，時年三十八。復雲遊二十載，歸後被推為酥醪觀主持，復被舉任道會師之職。嘉慶六年（1801）卒，壽九十八。其徒有江本源，字瀛濤，號松竹山人，廣東番禺縣人。入道羅浮酥醪觀，通儒、釋之學，能詩文，士大夫喜與之遊。童復魁逝世後，繼為酥醪綱住持。為龍門第十五代。又有賴本華，號介生，原名洪禧，字疇葉，廣東東莞縣人。幼習舉業，為諸生，以詩名。後入酥醪觀，禮童復魁為師。習靜一室，不與人接。年八十餘化於觀中。有《浮山新志》、《紅棉館詩鈔》傳世。後有陳銘珪，字友珊，廣東東莞人。咸豐二年（1852）副貢生。晚學道於羅浮，派名教友。後修復酥醪觀。為該觀住持，自號酥醪洞主。為龍門第十七代。光緒七年（1881）卒。傳有弟子張永暗等。
金山派：全真道龍門派支派。因發源於山東嶗山，又稱嶗山派。由龍門第四代孫玄清所創。據《玄門必讀》等載，孫玄清，字元玉，號金山，又號海岳山人。山東萊州府即墨縣嶗山人（或謂青州府壽光縣人）。自幼在嶗山明霞洞出家，禮李顯陀為師。後游鐵茶山雲光洞，遇通源予授以升降天門運籌之法（內丹法）。年十九，即墨縣太和真人攜住黃石宮，苦煉二十餘年，頗有成就。明嘉靖三十七年（1558），至北京白雲觀坐缽一載，大著靈異。賜號「護國師左贊教主紫陽真人」。卒於降慶三年（1569），壽七十三。1926年北京白雲觀抄藏之《諸真宗派總簿》記有該派傳代派字。傳承與活動情況未見記載。
西竺心宗：全真道龍門派支派。由龍門第八代雞足道者所開啟。以雲南雞足山為傳播中心。據《金蓋心燈》卷六《雞足道者黃律師傳》，雞足道者，來自月支，休於雲南雞足山。自稱野坦婆閉（才字應為者字），華言求道士。所精唯西竺鬥法，稱「西竺心宗」第一百代。清順治十六年（1659）赴京師謁王常月，賜姓名曰黃守中，遂為龍門第八代弟子。《覺雲本支道統薪傳》下卷《閔大宗師傳》稱，乾隆五十五年（1790）閔一得攜王常月所傳大戒書去雞足山，黃守中猶在，閔以大戒授黃，黃以鬥法密術授閔一得，閔歸而纂為《大梵先天梵音斗咒》十二卷。黃守中所傳「西竺心宗」，實為道教中的佛密派，其法多採用道教符菉派的「雲篆」和佛教的「真言」，佛密色彩很濃。其徒多為行跡詭異、身挾絕技的江湖奇士。據載，黃守中傳管天仙（派名太清），管傳金懷懷（王清楚）、白馬李，金傳活死人（雲大辮，本姓王）、李赤腳、石照山人（章大享），活死人傳往往生（郭陽曉），為龍門第十二代。黃又傳大腳仙、王袖虎。大腳仙傳張蓬頭，張傳龍門道士（郭來澄）和李蓬頭等。十二代後傳承不詳。
雲巢派：全真道龍門派支派。由龍門第八代陶守貞開啟。以浙江湖州金蓋山為傳播中心。據《金蓋心燈》卷二《靖庵先生墓表》等載，陶守貞，原名然，字浩然；派名守貞，號靖庵。世居浙江會稽，祖唐應蜀藩聘，遂居蜀。幼孤，隨母居蜀。母卒，至浙江吳興依族侄陶思萱，尋入金蓋山修道。清順治十五年（1658年），受戒於北京白雲觀王常月，授以卷冊，遣歸金蓋。康熙十二年（1673）卒。傳法給族侄陶思萱（號石庵），為龍門第九代。陶傳第十代徐清澄（號紫垣），徐傳第十一代徐一返（號隆巖）。一返兼承正一派，法名漢臣。「禱雨祈晴，無不立應」。沈一炳弟子龍門第十二代陳陽復（號樵雲）亦曾得徐一返授正一法。其該派分衍為更小支派，傳衍於江浙。
天柱觀派：全真道龍門派支派。由龍門第八代金築老人開啟。以浙江餘杭金築坪天柱觀為傳道中心。《金蓋心燈》卷二《金築老人傳》：金築老人者，「字號三見而三異：《洞霄聞人志》載，盛青崖，江南桐城人，明末進士，隱天柱觀；《楊氏逸林》載，樵雲氏者，桐鄉人，姓盛，名未詳。明末進士，值世滄桑，高隱大滌，自號退密山人。《菰城拾遺》載，異人金大滌，學富五車，嘗自比管、樂。明亡遂隱，初休金蓋山之白雲居，更號樵雲，既歸老於天柱金築坪。……著作頗多，石庵輩梓以行世。」蓋為清初一隱君子。曾從王常月受戒，為龍門派第八代弟子。康熙三年（1664）傳潘太牧（字牧心），為龍門第九代，潘傳第十代王清虛（號洞陽），王傳第十一代潘一元（字天崖）。此後承傳不詳。
金鼓洞派：全真道龍門派支派。由龍門派第九代周太朗開啟。傳播中心在杭州金鼓洞。據《金蓋心燈》和《金鼓洞志》載：周太朗（1628—1711），字元真，號明陽，江蘇震澤（今吳縣）人。父歿，捨俗出家。初禮龍門第八代孫守一（號玉陽），繼禮黃守元（號赤陽）為師，嗣為龍門第九代。後游東南，於康熙三年（1664）來杭州。康熙五年（1666）結茅於西湖棲霞嶺北金鼓洞，建屋修真，即後之鶴林道院。於是參玄訪道者雲集。先後傳弟子戴清源（號初陽）、高清昱（字東籬）、方清復（號凝陽）、謝清涵（號賓陽）、金清來（號靜靈）、孟清晃（號逸陽）、許清陽等。閔一得云：「當時從師（指周太朗）者，千有餘人。聞之輕雲子（指沈一炳）曰：全真一派，東華而下，盛自重陽（王囗），歷傳丘（處機）、趙（道堅）、陳（通微）、周（玄樸）祖，周傳張（靜定）、趙（真嵩）、王（常月）、黃（守元），……逮我明陽子周律師出，祖道南行。」與諸師「賡揚唱和。玄風慶會，自元而降，殆無有過之者。」（《金蓋心燈》卷三《周明陽律師傳》）表明龍門派南傳後，以周太朗時期為最盛。周太朗弟子中，高清昱去浙江天台山，另開桐柏宮支派。其餘住山弟子繼續在金鼓山傳衍。戴清源傳第十一代駱一中（字聖哲），駱傳第十二代蔡陽善（字天一），蔡傳第十三代戴北莊（派名戴來某），戴傳張復純。時當清道光年間。
桐柏宮派：全真道龍門派支派。由龍門第十代高清昱開創。以浙江天台山桐柏宮（崇道觀）為傳播中心。據《金蓋心燈》卷四《高東籬宗師傳》：高清昱，字東籬，祖籍山東寧海州（治牟平），寄居長白。宿學儒。康熙三十一年（1692），年已七十五，始由台灣至浙江杭州金鼓洞，師事金鼓洞派創始者周太朗（號明陽），嗣為龍門第十代弟子。周授以《南華》、《道德》、《參同》、《悟真》、《華嚴》、趙注《大學》、《中庸》及《心經》等。居金鼓洞鶴林道院四十餘年，從游者眾。雍正十三年（1735），出主天台桐柏山崇道觀講席，後啟桐柏宮支派。乾隆三十三年（1768）卒。著有《台灣風俗考》三卷。高清昱傳弟子沈一炳（號輕雲）、方一定（字熔陽）、閔一得（號懶雲），為龍門第十一代。沈一炳傳弟子陳陽復（字雲樵）、周陽本（字梯霞）、費陽得（字丹心），為龍門第十二代。他們又多開啟更小的支派。陳復陽開啟餘杭南湖三元宮支派，門下有阮來宗、楊來逸、錢來玉、鮑來金等；周陽本開啟餘杭銅山半持庵支派；費陽得開啟歸安（吳縣）射村開化院支派。方一定下傳弟子十二代顧陽昆（字蒼州），顧傳十三代王來真（號嶧陽），開啟蘇州裴嫁橋斗母宮支派。閔一得下傳弟子也很多，其徒孫輩王來因等又宗祖他開啟覺雲支派。他本人學綜三教，著述甚豐，是清代少有的著名道教學者。