錦衣衛門下分有四旗，青紅白黃，意為青龍、朱雀、白虎、玄武。
四旗的選擇並非是門下弟子在足夠實力進入四旗的時候才開始的，而是在門下弟子實力達到百戶即聚氣之後，就已經開始了。在這個階段的弟子必須做出選擇，從而進行定向培養，因為四旗的劃分並不是單單的就只是顏色和名字不同而已，其內部及其武學修煉更是完全不一樣的。
青龍，為錦衣中堅，青龍弟子在錦衣衛中就是多面手，他們可以勝任各種任務，說穿了就是錦衣衛中的特種兵，要成為青龍弟子需要有較高的天分。在武學方面，每個青龍弟子都會選擇一套刀法和劍法，輕功是統一的八步趕蟬和武當的縱雲梯，這個四旗入門弟子是沒有什麼區別的。只有更高層的弟子才會有機會在內部接觸到更高級的武學和輕功。
青龍子弟裝備，單劍一柄，劍的種類不限，用什麼順手就帶什麼。單刀一柄，種類一樣沒有限制，接下來就是青龍弟子的特色武器。
奪命環，一種機關武器，機關沒有打開時就是一個普通的鐵環，打開保險鎖之後，鐵環圈外就會出現一圈鋸齒，使用方法很簡單，就是扔出去。奪命環在摻入內力之後，猶如切割機一般，可以輕易的將敵人劈開，對付成片的敵人非常有效。每個青龍弟子都會隨身攜帶兩個。
勾魂索，一條鎖鏈，一頭垂有一個小鐵錘，另一頭則是勾爪，長八米，平時纏繞於腰間。多用於攀爬，同樣也可以拿來當武器或者是佈置陷阱，鎖魂鉤法是每個錦衣衛弟子都必修的課程。暗器方面並沒有什麼特別的規定，可以自選攜帶。
朱雀，為錦衣眼線，說穿就是錦衣衛的情報部門，他們除了要學習武學之外，還必須要學習易容術、偵查技巧與反偵察等等，為了應對現代科技的進步，計算機課程也是他們必學課程之一，每個朱雀弟子都是一個高級的黑客。
朱雀弟子武學方面，一套匕首武技，一套暗器手法。既然身為情報人員，自然不可能帶著刀劍去偵查，槍械那就更不可能了，有時候為了深入敵營，他們必須臥底潛入，武器都會被沒收，而匕首和暗器就是最好藏的東西，錦衣衛也會為他們特製一些非金屬的武器，可以避開金屬探測儀，比如鋼化玻璃打磨而成的暗器等等。
特色武器，斷魂絲。在科技的日新月異的進步下，斷魂絲已經由原來只能用金屬打造，到現在用高強韌的纖維製作，這些斷魂絲更加的容易被隱藏在身上，錦衣衛的工匠們甚至為朱雀閣的女弟子研發出了一種用斷魂絲編製的性感胸罩，雖然是有些存心不良，但是事後證明，這東西在完成任務的時候實用性非常的強。
無影針，其啟發源於唐門的蚊須針，飛針纖細透明，乍眼一看根本無法發現它，要使用這種暗器必須要學習配套的暗器手法。無影針一般都是餵了高強度的麻藥或者是毒藥，但是因為體積太小，藥量經常不足以殺死敵人，所以一般都是當做牽制武器使用。
白虎，為錦衣利刃，白虎弟子在錦衣衛中就是強攻手，一柄大刀，就是他們的標誌。白虎弟子裝備，大刀一柄，等級越高就會換上越重的大刀，錦衣衛白虎弟子所用的大刀可以自由變換長短柄。白虎弟子武學精研刀術，對於長刀術更是非常精通，短刀離魄刀法，長刀黃龍長刀術。同時白虎弟子都會學習一套追風碎魂腿，這是一套自創腿法，為什麼會叫這個名字，緣由如下。
鐵皮靴，白虎弟子穿的鞋子並非是普通的鞋子，他們的鞋子都是特製的，在腳尖處鑲有釘皮，鐵皮打底，一雙鞋子有三斤重，所以千萬不要以為白虎弟子短打近戰不行，其碎魂一腿可是響徹江湖的存在，其他門派的人在看到白虎弟子的鞋子後，都會下意識的去護住自己的下檔，其實碎魂一腿就是臭名昭著的撩陰腿……
鐵虎拳套，一種近戰格鬥武器，雖說白虎弟子刀不離手，但是難免也會有意外的時候，鐵虎拳套就是為了應付這種情況而配備的，拳術一般都是白虎弟子自選，沒有固定的套路。
玄武，為錦衣鐵盾，玄武是錦衣衛中最特殊的部門，在裡面完全都是漢子，沒有一個女人，雖然不知道為什麼，但是就是自創建以來就沒有女人加入過。
玄武弟子基本上都是肌肉發達的漢子，但是這並不代表著他們的頭腦就簡單了，相反這些人頭腦非常的好，頭腦差的人能學機關術麼？機關術是非常複雜的東西，錦衣衛所有部門弟子的武器，暗器各種機關道具全部都由玄武閣包攬。
即使到了現代，錦衣衛弟子依舊還是使用著玄武閣生產的機關道具，原因是現代武器會留下的痕跡太多，並不適合錦衣衛使用，像一個幽靈的來，然後像一個幽靈一樣離開，這才是錦衣衛弟子想要的效果。
玄武弟子的武器是非常特殊的武器。戰盾，這種武器與其說是江湖武器，其實更像是軍隊的編制武器。戰盾邊緣帶有利齒，殺傷靠盾擊和邊緣的利齒切割，其盾牌可以脫手飛出去，就好像奪命環一般。玄武閣弟子，學習的是錦衣衛收集整合的戰盾之術，高級玄武弟子用的是大如門板的戰盾，戰鬥方式以拍打撞擊為主，全合金打造的戰盾，被撞到或者拍到了，你就自求多福吧。
既然是盾牌當然還是以防禦為主的，玄武弟子有自己專門的凝氣法門，將內力匯聚於盾上，可以大大的提高盾牌的防禦力。即使是現代的爆破武器，依舊無法對他們造成多大的傷害，霰彈槍是小兒科，rpg一樣毫無壓力，蕭晨甚至猜想過，玄武旗主是不是可以拿著盾牌擋下導彈。
機關匣子，玄武弟子隨身攜帶的東西，在裡面裝著許許多多的機關道具，其中最為出名的是收縮性的重型連弩，其實那就是機關匣子的本身，在將匣子裡面的東西倒出來之後，玄武弟子可以迅速組裝出一台重型連弩，弩箭有兩根指頭那麼粗，射程更是可以達到一千米，很難想像這是一台連弩，而不是單發弩炮。
玄武弟子一般不會出去執行任務，除非必要，也是團隊行動，玄武弟子在團隊之中更多的是擔任後勤工作，這並不是說玄武弟子在任務中作用不怎麼突出，相反有一個玄武弟子可以讓你的任務輕鬆很多。如果在執行任務的時候你只能帶一個人去協助的話，大部分人都會選擇帶玄武弟子去。
青龍兼顧任務所，所有的任務都是由青龍閣發佈。朱雀兼管刑法，凡是犯錯弟子都在朱雀閣受刑。白虎兼管校場，負責新人訓練。玄武自然就是兼管造兵閣了。
蕭晨在花了幾個小時和月白解釋了錦衣衛四旗的區別後，蕭晨將代表著四旗預備弟子的木牌交給了月白，讓月白自己選擇。至於蕭晨自己當初選擇了什麼，看蕭晨這樣子就知道當初蕭晨選擇的是什麼了，而且他還是被大都統指定去了青龍閣的。
月白看著牌子是沉默了一下，拿起白虎腰牌道：「匕首我不會用，朱雀就免了。那個什麼機關聽起來蠻複雜的還算了。青龍我自認沒那個資質，我還是選白虎吧。」
蕭晨點了點頭笑道：「既然選擇了，就不要後悔。」
月白握著腰牌點了點頭道：「請師父放心，弟子絕不會做出半途而廢的事情。」