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漕運被劫後，林啟龍對朝廷聲稱他要戴罪立功，賴在揚州不肯回淮安，與瓜州附近的明軍對峙了兩個月。這件事傳出去後，山西、山東、河南的地方官都對林啟龍喊打喊殺，認為必須要嚴懲不貸。不過兩湖、兩江的官府卻都替林啟龍說話，稱願意分攤責任，認為林啟龍幾次三番在明軍的威脅下保證了漕運暢通，是個很了不起的能臣。
浙江方面也替林啟龍說情，認為朝廷應該給這些沒有功勞也有苦勞的臣子更多的機會，何況確實如湖廣和兩江所說，林啟龍面對的戰略形勢實在是太險惡了，川陝方面起不到牽制的作用，讓鄧名一次次發起東征。要是不顧林啟龍以前數次拚死掩護漕運安全的功勞，僅僅因為這一次失誤就嚴懲他，未免太讓功臣寒心了。
被浙江點名批評的四川居然也沒有推卸責任，高明瞻代表奮戰在重慶前線的全體將士替漕運總督求情。高明瞻稱鄧名是大清開國以來遇到的最危險的敵人，將士們豁出性命和他苦戰，依然敗多勝少。林啟龍手中無兵無將，居然四次中有三次擋住了川軍，搶救出了漕運，如果罷免了林啟龍，誰還敢來幹這個差事呢，更不用說把他處死了！重慶前線的幾萬官兵罕見地發揚風格，表示他們認為浙江說得對，願意和長江戰線上的同仁們分擔責任。
陝西方面則沉默不語，既沒有和長江沿線一起支持林啟龍，也沒有和其他北方省份一樣破口大罵，最後陝西方面還嘀咕了一聲：林啟龍救回過先帝的遺體，暗示他們更傾向於長江沿線的意見。
北京方面也覺得現在確實不是追究林啟龍的好時機，若是放在幾年前，處置了也就處置了，但這幾年先後有二十萬清軍被川軍消滅，北京的底氣也不那麼足了。而且這次接到警報後，北京和山東都一致同意按兵不動，如果說貽誤戰機的話，北京同樣是有責任的。
而此時山東又爆發了新的爭吵，遏必隆思來想去，覺得去長江邊上追鄧名的意義不大，雖然失去了漕運，但林啟龍稱明軍久攻瓜州不克，士氣已墮。如果明軍連瓜州都拿不下的話，遏必隆覺得鄧名也未必就能拿下江寧。清軍主力去長江上與水師優勢的明軍作戰確實有些風險，還不如經過河南攻擊漢水流域，或是進入陝西再去四川，把鄧名的老巢端掉。
不過傑書卻受夠了李國英對鄧名水面優勢的吹捧，一心要前去江南，痛痛快快地打上一仗。傑書和遏必隆兩人詢問李國英的時候，川陝總督卻不肯支持任何一方的意見：先前是李國英說漕運丟失就意味著江南失控，但現在漕運真丟了，李國英還是鼓不起勇氣，到江邊和鄧名決戰，上次萬縣失利給他的教訓太深刻了；至於遏必隆深入四川直搗成都的計劃，李國英也哼哼哈哈地不想同意，但他又不敢說天下無敵的八旗到了四川也是沒戲，所以就拚命強調輜重的運輸問題。
見山東的清軍不動，不知道他們葫蘆裡賣的什麼藥，鄧名也沒有輕率行動，唯恐自己前腳走清軍後腳南下，一下子讓東南變天。有人建議鄧名用上次對付順治的辦法來對付傑書，那就是先行退兵，若是山東清軍侵入江南，明軍再回師。可上次順治的兵力比較少，而且一出直隸就受到江南的密切關注，還沒等禁旅八旗到達山東，江南官府就已經知道順治的底細了。鄧名全速返回揚州後，順治距離山東南部的邊境還遠著呢；而現在清軍已經在山東境內了，鄧名要是退兵，就會失去以逸待勞的優勢。
「現在湖廣、兩江肯購買我們的債券，就是因為他們內心裡認為我們可以與清廷主力一戰了，如果他們選擇做我們的盟友的話，他們可以指望得到我們的保護。」雖然鄧名認為這有讓東南督撫佔便宜的嫌疑，但最後還是下定決心和清軍進行一場交戰，如果取勝了，那整個南方的形勢很可能就此扭轉過來了。
「不需要大捷，只要小勝一仗就可以，向南方顯示我軍的力量，揭露清廷的軟弱無能，」鄧名對盟友和部下們說道：「只要我們能擋住傑書，迫使他回師就夠了。從此以後，東南就不是清廷所有。」
下定決心後，鄧名就派出大量細作收集清軍的情報，準備和伏擊順治一樣在揚州府周圍選擇一個地點伏擊南征的清軍——如果他們真的趕來江南的話。
最後起決定性作用的還是北京，見鄧名遲遲不肯離開瓜州，就命令山東部隊南征，不管以後怎麼樣，重新打通運河再說。這次漕運被劫後，北京對周培公的剿鄧能力感到更加不放心了，以前北京認為東南就像是崇禎年的中國北方，每次遇到敵人主力只能堅守城池，然後尾隨以限制對方的行動。
而北京注意到鄧名一直無力攻克任何一個大型城市，甚至對中小城市都沒有什麼辦法，只有九江是個偶然現象。既然如此，北京認為鄧名的歷次東徵收獲其實有限，畢竟洗劫農村的效率很低，不像城市財富那樣集中。所以北京認為，李國英聲稱川西明軍從東征中獲得了驚人的繳獲有很嚴重的誇大，多半也是為了推卸責任——當年清軍能夠一次次滿載而歸，也是依靠清軍有攻破城市的能力。
北京本想若是鄧名像往常一樣退兵了，就讓遏必隆帶一萬精兵到揚州去看看，掌握江南佈防的第一手資料——反正都到了山東和江南的邊境了，去一趟也不會費太多工夫。但鄧名這次和以往不同，長期圍困瓜州而不肯返回四川，北京覺得還是需要趁現在解決問題，在冬天裡配合兩江部隊把鄧名趕回四川，就算損失再慘重，也總比把這個工作拖延到明年春耕時期強。
從七月底開始，清軍的重心就不斷向南方轉移，到八月底的時候，山東清軍的先頭偵查部隊已經抵達鳳陽。
此時雙方都非常的謹慎，滿清的中央部隊和川西明軍即將第一次大規模正面交鋒，傑書雖然口頭上很狂妄，但內心裡對此戰也非常重視，壓上了自己用來震懾騎牆派的名氣。川西明軍這邊也是一樣，儘管川軍成軍以來所向披靡，不過也沒有和十萬規模的滿清中央軍交戰過，隨著清軍逼近的消息不斷傳來，各級軍官也都顯出了一些緊張情緒。
這時淮安有一種山雨欲來風滿樓的氣氛。自從發現山東清軍開始南移後，明軍就開始控制運河南段的漕工，最近半個月來沒有從揚州來過一條船，官道上也罕見行人。坐鎮揚州的漕運總督一個勁地給後方報平安。但如果真的平安的話，運河上不應該冷清成這個樣子，有經驗的胥吏都知道明軍正在努力製造情報遮蔽網。既然明軍能夠封鎖得這麼嚴密，那就說明鄧名所圖不小，而且想製造這樣的封鎖也需要動員很多軍隊。
從八月中旬以來，上游的船隻也都消失不見了，這意味著山東清軍也徵集了他們遇到的每一條船。當看到北面的官道上也變得空無一人後，淮安周圍的不安感就更強烈了，那些家境富裕的人紛紛外逃，普通百姓也扶老攜幼地躲避到周圍去。現在是農閒時分，就是沒有能力逃到他鄉的人，也掩埋了自己的農具，藏身到遠離運河、官道的地區去，免得遇到過路的明、清兩軍。
漕運總督衙門此時還有不少屬官，留在這裡的都不是核心人員，最親信的那些人早就被林啟龍召去揚州了。留下的人人雖然對林啟龍的秘密不是很瞭解，但還是模模糊糊地看出來一些不妥之處。康親王和輔政大臣很可能會經過此處，到時候肯定也要認真詢問漕運的事情，不少人現在都在心裡琢磨，到底是把寶壓在林啟龍身上，指望著他保住官位，繼續效忠他保住自己的飯碗呢，還是反戈一擊，把自己知道的那些可疑之處秘密報告給傑書和遏必隆呢？。
當然，這種密告也是很危險的，第一是沒有什麼真憑實據，第二就是清廷經常會為了安撫地方大員而給密告者定個誣告罪。比如當初廣東巡按上奏，稱尚可喜和耿繼茂在廣東橫行霸道，朝廷覺得還需要藩王效力，就給匯報實情的巡按定了個誣告絞罪——現在留守在漕運總督衙門的官吏都是芝麻小官，如果朝廷覺得還需要借他們的人頭安撫林啟龍的話，那把告密者弄死連眼皮都不會眨一下。
駐紮此地的兩江部隊同樣心情複雜，被夾在清廷中央軍和明軍之間的感覺非常不好，很多人都有朝不保夕的感覺。他們現在都盼望著某一方快點從淮安通過，無論是哪一邊都好，這樣淮安就可以成為安全的後方，不用像現在這樣整天擔心這裡成為兩軍交戰的主戰場。
心情不好的河道官兵和兩江軍隊就整天在周圍排查細作，把來不及逃走的富戶都當做明軍的細作抓起來。現在這個節骨眼上，地方官不會替普通百姓打抱不平，他們肯定會無條件地站在軍隊一邊。