新老兵合營、授旗結束之後，擴編後的湖廣鎮已經有了正規軍的樣子，接下來需要的便是大量嚴格而系統的訓練，以及將來在戰場上的磨練。
等到被編入各營和老兵一起訓練時，新兵們才發現自己在前半個月的那些訓練簡直就是毛毛雨。在這裡，不僅訓練時間更長，強度也更大，要求也更嚴格。校場邊上長期站著一隊隊手持皮鞭大棒的督導軍士，虎視眈眈地看著訓練中的官兵們。一旦有士兵出現動作不達標的情況或稍微表現出偷懶跡象，便會立刻被軍官呵斥著揪出，然後交給場邊的督導軍士們進行鞭打。
在這種環境下，不少新兵都吃了虧。尤其是那些技術兵種，如炮兵和火槍兵，只要動作稍微出點差池便會倒大霉。關於這一點，炮營的新兵們感受最深。在他們的眼裡，營官王大人還好一些，雖然在訓練場上比較嚴厲，但好歹不會做得太出格，訓練場下對大家也很關心。最可怕的是那個不知道從哪裡來的，黃頭髮藍眼睛、如同鬼魅般的彪形大漢，就好像是吃飽了撐得慌一樣，成天變著法地折磨大家。推炮車、估算距離、裝填彈藥……只要誰有一點做得不合他的心意，他便會幾腳踢來，一陣屋裡哇啦的大罵，緊接著還會有其它的處罰。至於處罰的方式，就五花八門了，可能是光著身子背上實心炮彈沿著校場跑圈，也有可能是倒立等等。新兵們由於不知道那個鬼臉大漢究竟是什麼品級，只是從老兵那裡依稀得知他叫馬什麼奧，於是便在暗地裡稱他為「馬閻王」。
在全體將士發奮訓練的同時，龐岳又對軍隊的某些機構進行了調整。直接隸屬於總兵官的參謀處、軍情處分別改名為參謀司、情報司，並增設了督導司和醫護司。
其中，情報司的最高長官依舊是總監，仍然由馬元成擔任，負責各個方向的情報搜集以及排查內奸等工作。
參謀司的最高長官為總參謀官，目前這一職務由副總兵張雲禮兼任。參謀司的主要工作為協助軍事主官負責分析各種情報，進行戰前推演，制定作戰計劃等等。其具體機構設置，分為直接聽命於總兵，戰時跟隨總兵一起行動的總司以及設立在各基層作戰單位上的分司。其中，總司由總參謀官和三十名參謀組成。此外，在千總隊和營兩級單位上也設立分司和參謀官，千總隊的參謀分司由參謀官和五名參謀組成，各營的參謀分司由參謀官和十名參謀組成，並且。各營、各隊的參謀官直接由總參謀官進行提名後上報總兵進行任命或撤免，並分別享受與營副和隊副同等的官銜以及待遇。
同時，總參謀官還有一項特殊的權力，便是在總兵和副總兵都無法指揮作戰的情況下接管對全軍的指揮權，可謂位高權重。
督導司的主要工作為監督軍紀的執行、對觸犯軍紀的行為進行處罰、戰時負責戰果以及戰功的記錄、戰後負責勳章的評定以及戰後的撫恤工作，最高長官為總督導官，授游擊銜。
經過龐岳於副總兵張雲禮以及首席幕僚田世尊的一番商討，第一任總督導官由原剛鋒營營副史萬春擔任。史萬春是北直隸人，也屬於初跟隨龐岳的那一批人，他三十五六的年紀，老成持重又頗講究原則，無論在誰面前都只認死理，是擔任這一職務的最佳人選。
督導司和參謀司一樣，同樣分為總司和下屬各分司，而且下設機構和成員更多。總司由總督導官和若干文吏以及兩百名督導官兵組成。此外，局以上作戰機構設立督導分司和督導官。各局的督導分司由督導官、一名文吏以及五名督導軍士組成；各司的督導分司由督導官、兩名文吏和十名督導軍士組成；各千總隊的督導分司由督導官、三名文吏和三十名督導軍士組成；各營的督導分司由督導官、六名文吏以及一百名督導軍士組成。各分司的督導官同樣由總督導官提名上報總兵進行任免。
醫護司，顧名思義，當然是為了救治傷員而設置的機構。可以說，老兵是軍隊的財富，而那些從血雨中生還的老兵更是一支強軍的基礎。正是考慮到這一點，龐岳才決定成立醫護司，將軍中的隨軍郎中有效地組織起來，將來在戰場上便可以挽救更多傷兵的性命。
醫護司和參謀司、情報司不同，不屬於軍事機構，其最高管理人員（不稱為最高長官）為總醫官，由原贛州鎮首席醫官鄒原海擔任。醫護司的主要工作場所為湖廣鎮下轄的野戰醫院，但同時在局以上的作戰單位中同樣派設隨軍郎中和經過救護訓練的輔兵，並對其進行統一管理。
除了設立參謀司、情報司、督導司、醫護司等機構之外，龐岳還從軍中選拔出驍勇善戰、膽大心細的官兵成立了一個直接聽命於自己的軍事偵察單位——偵騎隊。編製為一個司，最高指揮官為把總，下轄三百多軍士都為騎兵，如果將來有條件，每人配雙馬甚至三匹戰馬。如遇戰事，偵騎隊則負責在大軍行進、宿營時偵察行軍路線和地形，以及擔任外圍警戒等工作。
在眾人的共同努力下，龐岳的設定很快便得到了實現，所規劃的各種機構陸續開設、完善了起來。被選拔出來的參謀官和督導官開始與隨行人員一起，前往各基層作戰單位，偵騎隊也選拔出了足夠的合格人手。
對參謀分司、督導分司這些新成立的機構，大部分官兵都感到有些新奇，畢竟是第一次見到，之前幾乎是聞所未聞。不過，很快便有一些經驗豐富的軍官預料到了這些機構在日後的營伍管理以及行軍作戰中的重要性，不由得大為稱讚總兵大人構思之巧妙。
對下面傳來的稱讚之語，龐岳並沒有往心裡去，因為在他看來，自己設置的這些機構還顯得比較粗糙，究竟作用如何，將來還有待於實戰的檢驗。
不過，看著自己手下的軍隊已經由當初那支從荻港狼狽撤出的敗軍變成了今日這支各兵種、機構齊全的正規軍，龐岳也不由得生出發自心底的欣慰，於心中感歎大事可成。
十一月下旬，當以上新設機構完善之後，由各地徵調而來的工匠也陸續感到了辰州。龐岳知道自己又要開始忙上一陣子了，和練兵一樣，製造總局的籌辦同樣是耗費精力的事情。